sobereva 发表于 2017-5-30 11:25
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
yanmu 发表于 2017-5-30 11:59
反应物是二苯硅烷和二氧化碳和苯基胺,温度50,极性溶剂。看了一篇计算文献用的是M052X/6-31g(d)||m052x/ ...
sobereva 发表于 2017-5-30 14:13
m062x,整体精度比M052X好得多
不要效仿文献,很多都是菜鸟写的,你看的那篇用的级别就不理想。而且根 ...
yanmu 发表于 2017-5-30 15:48
我刚开始想用b3lyp/6-31+g(d)气相优化,m062x/6-311++g(d,p)溶剂化单点能,但b3lyp优化出的醋酸根离子和 ...
sobereva 发表于 2017-5-30 16:01
可以用m062x/6-311+g(d,p)//m062x/6-31+g(d)这个计算
结果不会定性错误,但算不上1L你说的精度很高, ...
我本是个娃娃 发表于 2017-5-30 21:00
http://sobereva.com/278
yanmu 发表于 2017-5-30 21:12
谢谢。还想问一个问题,就是我几何优化时显示收敛了,到10的-6次方了,但是一直不结束下来,是分子对称性 ...
我本是个娃娃 发表于 2017-5-30 21:18
10E-6?不应该是10E-8吗?
yanmu 发表于 2017-5-30 21:35
我一直是10的-6
我本是个娃娃 发表于 2017-5-30 21:35
贴出来关键词
我本是个娃娃 发表于 2017-5-30 21:45
#p opt freq m062x/6-31+g(d)即可
yanmu 发表于 2017-5-30 21:48
反应温度50呢
我本是个娃娃 发表于 2017-5-30 21:50
优化的时候不必写,算热力学数据的时候才需要
yanmu 发表于 2017-5-30 21:55
你的意思是如果有温度和压强条件改变,计算溶剂化单点能的时候加温度和压强吗?那如果我j现在几何优化时 ...
我本是个娃娃 发表于 2017-5-30 21:57
不会,温度和压强并不会改变势能面的形状,所以除非是热力学数据,否则没必要添加
sobereva 发表于 2017-5-30 16:01
可以用m062x/6-311+g(d,p)//m062x/6-31+g(d)这个计算
结果不会定性错误,但算不上1L你说的精度很高, ...
yanmu 发表于 2017-5-30 22:32
%nprocshared=8
%mem=13000MB
# opt freq pop=nbo temperature=323.15 m062x/6-31+g(d)
yanmu 发表于 2017-5-30 22:10
%nprocshared=8
%mem=13000MB
# scrf=(solvent=CH3CN,read,smd) temperature=323.15 m062x/6-311++g(d, ...
liyuanhe211 发表于 2017-5-31 00:36
不影响opt的结果,但影响freq的热力学部分的结果。
sobereva 发表于 2017-5-31 05:41
算单点、振动分析时设temperature、pressure毫无意义,写了也白写,哪怕自己对理论一无所知,自己一对 ...
yanmu 发表于 2017-5-31 08:31
如果我做一个反应温度是50度的机理时,计算其能量,能垒,在
# opt freq=noraman pop=nbo m062x/6-31+g( ...
yanmu 发表于 2017-5-31 08:39
气相优化 求校正因子 # opt freq pop=nbo temperature=323.15 m062x/6-31+g(d)
过渡态 #p opt=(calcfc, ...
liyuanhe211 发表于 2017-5-31 09:04
#p opt freq m062x/6-31+g(d) temperature=323
另外即使freq计算时不加temperature命令,只要保留了ch ...
yanmu 发表于 2017-5-31 15:05
好的,谢谢老师
liyuanhe211 发表于 2017-5-31 09:04
#p opt freq m062x/6-31+g(d) temperature=323
另外即使freq计算时不加temperature命令,只要保留了ch ...
yanmu 发表于 2017-5-31 15:13
谢谢老师的耐心解答。那最后一个求溶剂化单点能时#p scrf=(solvent=acetonitrile,smd) m052x/6-31G(d)为 ...
sobereva 发表于 2017-5-31 15:25
看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
yanmu 发表于 2017-5-31 15:12
谢谢老师的耐心解答。那最后一个求溶剂化单点能时#p scrf=(solvent=acetonitrile,smd) m052x/6-31G(d)为 ...
liyuanhe211 发表于 2017-5-31 20:38
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
sobereva 发表于 2017-5-31 15:25
看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
yanmu 发表于 2017-6-8 21:34
sob老师,我找过度态时出现 Error in internal coordinate system,然后我就加了opt=cartesian,能量一直 ...
sobereva 发表于 2017-6-8 23:23
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
sobereva 发表于 2017-5-30 16:01
可以用m062x/6-311+g(d,p)//m062x/6-31+g(d)这个计算
结果不会定性错误,但算不上1L你说的精度很高, ...
yanmu 发表于 2017-6-29 09:31
老师,我目前用到的溶剂化模型smd结合m062x/6-311++g(d,p)或m052x/6-31g(d),能垒算的特别高,有点不符 ...
sobereva 发表于 2017-6-29 09:43
溶解自由能就用m052x/6-31g*,不要考虑别的
单点可以尝试wB97XD、MN15、B3LYP。或者双杂化DSD-PBEP86- ...
yanmu 发表于 2017-6-29 11:32
老师,我几何优化用的就是m062x/6-31g(d)了,所以计算单点能级别更好的基组是哪个呢?
sobereva 发表于 2017-6-29 21:23
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
def2-TZVP
yanmu 发表于 2017-6-30 08:24
#p scrf=(solvent=acetonitrile,smd) m062x/def2-tzvp 是这样写吗
冰释之川 发表于 2017-6-30 09:40
RTFM!! http://sobereva.com/g09/m_basis_sets.htm
#p scrf=(solvent=acetonitrile,smd) m062x/def ...
sobereva 发表于 2017-5-30 11:25
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
yanmu 发表于 2017-7-4 22:19
在帖子中看到这样一段话,“对于Gaussian、Crystal这样基于高斯基函数的程序,算孤立体系常用的6-31G**基 ...
sobereva 发表于 2017-7-5 06:24
不用PBC方式来计算的话,6-311G*算Si毫无问题。
对于PBC计算含Si的晶体,也不一定出问题,但是可能遇 ...
sobereva 发表于 2017-5-30 16:01
可以用m062x/6-311+g(d,p)//m062x/6-31+g(d)这个计算
结果不会定性错误,但算不上1L你说的精度很高, ...
yanmu 发表于 2017-7-12 11:37
老师,优化一些对称性高的分子有虚频,于是我用了opt=tight,int=ultrafine,nosymm,虚频消除掉了。但是反 ...
sobereva 发表于 2017-7-12 17:43
不会不准确。
但如果横向对比不同体系能量,一个用了ultrafine则其余都得用
yanmu 发表于 2017-7-12 22:15
反应中涉及到三个反应底物,5个中间体,目的是把整个路径势能图计算出来,但其中一个中间体因为对称性高 ...
sobereva 发表于 2017-7-13 10:53
你可以用优化出没虚频结构,再用默认的fine算一次单点,这样其它结构也就不需要再在ultrafine下计算一 ...
yanmu 发表于 2017-7-14 09:17
用int=ultrafine优化出的没虚频的结构,再计算单点能时也加上int=ultrafine计算一下单点能,这样理解对吗 ...
sobereva 发表于 2017-7-14 10:12
优化用不用ultrafine和单点用不用ultrafine是两回事,可以都ultrafine,也可以只有一个用ultrafine
yanmu 发表于 2017-7-14 11:03
那我想解决的由ultrafine优化消虚频带来的问题怎么处理呢?我可能没有理解到老师的意思
sobereva 发表于 2017-5-30 11:25
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
yanmu 发表于 2017-10-23 12:08
看到了一篇咪唑类化合物在乙腈溶液中负氢解离焓的文献,气相结构与能量的计算采用 MP2/6-311 + +G( d,p) ...
sobereva 发表于 2017-10-23 14:18
溶剂化能按这里面用M052X/6-31G*结合SMD
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobe ...
yanmu 发表于 2017-10-23 20:58
这个体系主要就是一个供氢給体分子,解离成一个阳离子和一个H负离子,需要用到气相中的焓和溶剂化能数据 ...
sobereva 发表于 2017-10-24 00:04
对
用于算溶解自由能的气相单点能直接写# M052X/6-31G*
yanmu 发表于 2017-10-24 12:25
溶剂模型化单点能#p scrf=(solvent=acetonitrile,read,smd) M052X/6-31G*,气相单点能# M052X/6-31G*。
...
sobereva 发表于 2017-10-24 15:41
甭管你之前看的文章了,结果肯定不如SMD好。那个计算气相能量的级别在现在来看性价比也极低
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