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标题: 二氧化碳水合物NVE系综的能量不收敛问题 [打印本页]

作者
Author: freshman-gromac 时间: 4 day ago
标题: 二氧化碳水合物NVE系综的能量不收敛问题
各位老师好，我对模型进行了nvt+npt的弛豫，时间步长时1fs，nvt跑了400ps，npt跑了800ps温度和压强已经收敛，第一张图是nvt系综下的温度压力等参数的变化图，第二张是npt的变化图，可是后续进行nve系综时，发现总能量出现单调递增的情况，如第三张图片所示，我的in文件的书写如下所示，已经尝试过不同的nve模拟时间，在跑1ns的情况下也是单调递增的情况，研究的是二氧化碳水合物，我想要问一下，我这种情况是什么原因引起的，后边要解决的话大概是朝着那个方向去解决。非常感谢各位老师。
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# CO2 Hydrate
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units             real
dimension          3
boundary          p p p
atom_style       full
bond_style       harmonic
angle_style       harmonic

pair_style       lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.1577 10.0 8.5
pair_modify       mix geometric
kspace_style       pppm/tip4p 1e-4

# 读取文件
read_data          minenergy-90.data
timestep          1.0

set                type 1 charge -1.1794
set                type 2 charge 0.5897
set                type 3 charge 0.6512
set                type 4 charge -0.3256

pair_coeff       1 1 0.21084 3.1668  # 1=O*, 2=H*, 3=C, 4=O
pair_coeff       1 2 0.0 1
pair_coeff       2 2 0.0 1

bond_coeff       1 0 0.9572       # O*-H*
angle_coeff       1 0 104.52       # H*-O*-H*

group HW type 1
group OW type 2
group CO2C type 3
group CO2O type 4

group watergroup union HW OW
group co2group  union CO2C CO2O
fix                1 watergroup shake 0.0001 20 0 b 1 a 1

neighbor          2.0 bin
neigh_modify       every 1 delay 0 check yes

thermo             100
thermo_style       custom step temp press pe ke etotal density vol
# ============ 初始速度 & 平衡 ============
velocity          all create 270 123456 mom yes rot yes dist gaussian

# NVT平衡
fix                NVT all nvt temp 270 270 100.0

run                400000
unfix             NVT

# NPT平衡
fix          NPT all npt temp 270 270 100.0 aniso 98.69 98.69 1000
run                800000

unfix    NPT

write_restart equilibrium.restart

write_data    equilibrium.data

# NVE模拟

fix       nve all nve

run       50000

unfix    nve

write_restart 1.restart

write_data    1.data

作者
Author: DavyHou 时间: 3 day ago
本帖最后由 DavyHou 于 2026-8-10 12:22 编辑

不是应该先NPT而后NVT吗？你用经典立场跑MD，为什么不跑更长时间的预平衡。

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