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标题: 食品油脂反应过渡态的研究 [打印本页]

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-5-31 10:32
标题: 食品油脂反应过渡态的研究
大家好，我做的是食品油脂这块的，涉及到的反应体系是两种油脂在酶的作用下反应生成一种新物质，那么生成的过程中会产生副反应，我则想研究一下这部分副反应对于正反应的影响，研究一下过渡态的情况，那这个体系是很复杂的，因为酶是大分子，油脂的话，分子链也挺长，所以想问你一下这么复杂的体系不知道能不能做呢？希望做这块的，或者有这方面经验的人替小弟解答一下，十分感谢！

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-6-3 09:47
这个帖子要被沉了~

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-3 13:23
把酶截出来活性位点（团簇模型），或者用ONIOM，然后根据情况可以适当把油脂分子进行简化，放在合适位置，然后找过渡态计算。计算条件很好的话，两三百原子的模型体系也能承受（指的是DFT级别描述的原子数）。如果机子一般，那么就得结合化学、理论直觉更小心谨慎地去设计模型体系，把原子数控制在150，最好100以内。
一定要先找前人提出过的机理，如果有相关计算研究文章更好，参考那些文章，自行摸索着去做

此文可以作为一定参考http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5916

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-6-3 13:29

sobereva 发表于 2017-6-3 13:23
把酶截出来活性位点（团簇模型），或者用ONIOM，然后根据情况可以适当把油脂分子进行简化，放在合适位置， ...

好的，sob老师，我学习一下，谢谢

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-7-17 17:22

sobereva 发表于 2017-6-3 13:23
把酶截出来活性位点（团簇模型），或者用ONIOM，然后根据情况可以适当把油脂分子进行简化，放在合适位置， ...

老师，想咨询你一下配置的问题，下面这个配置对于我做这方面，够不够呢？

CPU：2 颗 Intel Xeon E5-2699 v4 CPU, 最新 Broadwell 架构，22Core, 44 Thread，2.2GHz, 55MB L3 Intel Smart Cache
内存：64GB(8*8GB，预留 8 个内存插槽) DDR4
显卡：2GB 独立显卡
硬盘：512GB SSD 固态硬盘作系统加速盘 4TB 7200RPM SATA 企业级硬盘存储数据

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-17 17:31

jackieiii 发表于 2017-7-17 17:22
老师，想咨询你一下配置的问题，下面这个配置对于我做这方面，够不够呢？

CPU：2 颗 Intel Xeon E5-26 ...

够，但对于44核机子来说64GB太小，建议128GB
2GB独立显卡不明不白

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-7-18 14:31

sobereva 发表于 2017-7-17 17:31
够，但对于44核机子来说64GB太小，建议128GB
2GB独立显卡不明不白

好的，老师，这2GB独立显卡不要吗，换成集显啊？

作者
Author: alwens 时间: 2017-7-18 14:43

jackieiii 发表于 2017-7-18 14:31
好的，老师，这2GB独立显卡不要吗，换成集显啊？

老师的意思是这个要用gpu级别显卡

作者
Author: jackieiii 时间: 2017-7-18 15:58
哦哦，好的，不好意思，对硬件不是很懂~

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-19 05:41

jackieiii 发表于 2017-7-18 14:31
好的，老师，这2GB独立显卡不要吗，换成集显啊？

我是指要写明型号，光说2GB，具体显卡规格可能差别大了去了。
如果纯粹量化用机子，用集显足矣，就算涉及3D显示分子结构，几十块钱买个二手PCI-E显卡也够了。

作者
Author: 要顺利毕业呀 时间: 2019-10-31 13:22
您好我是刚准备用模拟软件的新手也是想做油脂体系想请问您是模拟了油脂混合体系还是模拟的某一种脂肪酸呢

作者
Author: jackieiii 时间: 2019-11-2 21:51

要顺利毕业呀发表于 2019-10-31 13:22
您好我是刚准备用模拟软件的新手也是想做油脂体系想请问您是模拟了油脂混合体系还是模拟的某一种脂肪 ...

甘油三酯/甘油二酯

作者
Author: 要顺利毕业呀 时间: 2019-11-4 15:39

jackieiii 发表于 2019-11-2 21:51
甘油三酯/甘油二酯

是甘三酯和甘二酯的混合物吗？请问您是自己画的分子式还是导入的已有分子式呢？甘油三酯连接了三个脂肪酸，这三个脂肪酸要咋办呀。

作者
Author: jackieiii 时间: 2019-11-5 09:28
都有，目前做的是甘油二酯。
分子是数据库找的，当然有的只能找到2D结构，所以从数据库导出进行进化的。
第三个问题没搞懂？

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