计算化学公社

标题: 在vmd界面只显示原子，没有等值面咋办？ 80个原子的 [打印本页]

作者
Author: wmg166 时间: 前天 21:45
标题: 在vmd界面只显示原子，没有等值面咋办？ 80个原子的
本帖最后由 wmg166 于 2026-8-14 11:43 编辑

vasp计算出来的结果，导入Multiwfn得到的func1 func2文件然后导入VMD1.9.3输入上述命令，在vmd界面只显示原子，没有等值面咋办？ 80个原子的体系。前5个是VMD操作界面的附图。

用的这个Itwd.vmd文件：
mol new func1.cub
mol addfile func2.cub
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
color scale method BGR

这个是rdg.fill文件：
mol new func1.cub
mol addfile func2.cub
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.035 0.02
color scale method BGR
color Display Background white
axes location Off
display depthcue off
display rendermode GLSL
light 3 on

作者
Author: sobereva 时间: 前天 21:58
当前和VESTA没半毛关系，不要发VESTA的截图，完全是添乱

主动说清楚每一张图都是什么、按照置顶的社员必读贴说的按照合适的顺序插入到帖子的合适位置，乱七八糟排序给别人理解造成严重困难
描述问题时必须注意严谨性，其他人看你的问题都不知道你想干嘛，什么Itwd.vmd、rdg.fill都不知道是哪来的名字，下文里介绍的我的RDG作图脚本根本不叫这俩名字
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

发帖前好好看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

光拿最后一张图来说，报错已经很明显了，.vmd脚本文件不在当前目录下（VMD文本窗口里输入pwd显示的目录）

另外，如果你的目的是考察表面吸附，mIGM远远好于promolecular近似的RDG，仔细看下文
使用mIGM方法基于几何结构快速图形化展现弱相互作用
http://sobereva.com/755（http://bbs.keinsci.com/thread-57066-1-1.html）

作者
Author: wmg166 时间: yesterday 11:08

sobereva 发表于 2026-8-13 21:58
当前和VESTA没半毛关系，不要发VESTA的截图，完全是添乱

主动说清楚每一张图都是什么、按照置顶的社员必 ...

谢谢，我的是表面吸附。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)