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标题: 小分子处理出错 [打印本页]

作者
Author: lsbaa1937 时间: 2017-6-7 09:28
标题: 小分子处理出错
各位老师，我在处理小分子时遇到以下错误，请问该怎么解决。
Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time
Total number of electrons: 200; net charge: 0
Running: /home/gentai/amber14/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Error: cannot run "/home/gentai/amber14/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit

HETATM 1  N LIG A 1    172.963 161.512 184.233  1.00  0.00          N
HETATM 2  N LIG A 1    173.709 158.964 183.706  1.00  0.00          N
HETATM 3  C LIG A 1    170.045 155.133 181.404  1.00  0.00          C
HETATM 4  C LIG A 1    170.090 156.342 182.120  1.00  0.00          C
HETATM 5  C LIG A 1    171.325 156.961 182.456  1.00  0.00          C
HETATM 6  C LIG A 1    171.291 158.218 183.278  1.00  0.00          C
HETATM 7  C LIG A 1    172.395 159.354 183.184  1.00  0.00          C
HETATM 8  C LIG A 1    174.458 161.874 182.306  1.00  0.00          C
HETATM 9  C LIG A 1    175.778 162.483 182.334  1.00  0.00          C
HETATM 10  C LIG A 1    176.547 163.021 181.285  1.00  0.00          C
HETATM 11  C LIG A 1    177.819 163.551 181.577  1.00  0.00          C
HETATM 12  C LIG A 1    178.303 163.548 182.902  1.00  0.00          C
HETATM 13  C LIG A 1    177.504 163.046 183.950  1.00  0.00          C
HETATM 14  C LIG A 1    176.228 162.534 183.651  1.00  0.00          C
HETATM 15  C LIG A 1    174.339 161.315 183.769  1.00  0.00          C
HETATM 16  C LIG A 1    172.662 162.670 185.051  1.00  0.00          C
HETATM 17  C LIG A 1    172.022 160.588 183.929  1.00  0.00          C
HETATM 18  C LIG A 1    174.669 159.877 183.913  1.00  0.00          C
HETATM 19  C LIG A 1    172.515 156.326 182.025  1.00  0.00          C
HETATM 20  C LIG A 1    172.475 155.095 181.341  1.00  0.00          C
HETATM 21  C LIG A 1    171.241 154.497 181.031  1.00  0.00          C
HETATM 22  O LIG A 1    177.979 163.041 185.217  1.00  0.00          O
HETATM 23  O LIG A 1    175.314 162.072 184.543  1.00  0.00          O
HETATM 24  O LIG A 1    170.887 160.711 184.372  1.00  0.00          O
HETATM 25  O LIG A 1    175.759 159.531 184.351  1.00  0.00          O
HETATM 26  O LIG A 1    173.919 157.756 184.187  1.00  0.00          O
HETATM 27  S LIG A 1    172.426 159.814 181.415  1.00  0.00          S
HETATM 28  S LIG A 1    174.285 160.630 181.008  1.00  0.00          S
END

管理员2019-May-15补充：要求不让antechamber产生原子电荷可避免此问题。目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，非常方便，不会遇到antechamber这么多破麻烦，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: tomwong4253 时间: 2017-6-7 11:17
本帖最后由 tomwong4253 于 2017-6-7 11:18 编辑

我试了一下ABT17版也有这个错误，估计是你的小分子构型antechamber不认识，认为键接方式不对所以报错。

用g09搭配resp电荷应该没问题，如果你有gaussian的话，附上操作过程
（把氢记得先补上，你的原文件里边应该少两个氢，我用pymol的add polar hydrogen补好了）
antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.com -fo gcrt
g09 lig.com > lig.log
antechamber -i lig.log -fi gout -o lig.prepi -fo prepi -c resp -s 2
parmchk2 -i lig.prepi -f prepi -o lig.frcmod
之后在leap里边
loadamberparms lig.frcmod
loadamberprep lig.prepi
应该就OK了

附上一些文件，你可以参考下

作者
Author: lsbaa1937 时间: 2017-6-7 11:36

tomwong4253 发表于 2017-6-7 11:17
我试了一下ABT17版也有这个错误，估计是你的小分子构型antechamber不认识，认为键接方式不对所以报错。

...

好的非常感谢

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