计算化学公社

标题: gaussian计算药物晶体在不同溶剂中的溶解度大小趋势 [打印本页]

作者
Author: 懒散的猴子kk 时间: 2017-6-8 17:19
标题: gaussian计算药物晶体在不同溶剂中的溶解度大小趋势
各位老师们好，利用gaussian计算药物晶体在不同溶剂中的溶解度大小趋势，需要参考的除了分子偶极矩参数，还有哪些参数可以判断溶解度趋势呢？

溶解自由能是否可以成为一个判断标准？（在溶剂模型下计算的单点能减去气相下计算的单点能）

作者
Author: wei 时间: 2017-6-8 21:54
做个热力学循环，可以看出，主要由溶解自由能决定

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-8 23:18
溶解自由能只是影响因素之一，还得考虑原物质分子之间解离本身所需的能量

作者
Author: 懒散的猴子kk 时间: 2017-6-9 08:36

wei 发表于 2017-6-8 21:54
做个热力学循环，可以看出，主要由溶解自由能决定

热力学循环？不是特别懂，高斯计算的热力学性质吗？

作者
Author: 懒散的猴子kk 时间: 2017-6-9 09:59

sobereva 发表于 2017-6-8 23:18
溶解自由能只是影响因素之一，还得考虑原物质分子之间解离本身所需的能量

老师，您好，我考察的药物分子间可形成氢键，解离能除了氢键的断裂，还有其他的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-9 10:20

懒散的猴子kk 发表于 2017-6-9 09:59
老师，您好，我考察的药物分子间可形成氢键，解离能除了氢键的断裂，还有其他的吗？

当然也有别的分子间相互作用，比如范德华作用、卤键等等

作者
Author: 懒散的猴子kk 时间: 2017-6-9 15:42

sobereva 发表于 2017-6-9 10:20
当然也有别的分子间相互作用，比如范德华作用、卤键等等

老师，还有两个问题：
1.我要计算药物分子（29个原子，只含碳氢氧）与不同溶剂缔合氢键的键能，该用什么样的溶剂化模型呢？（看到有帖子说体系要与溶剂缔合氢键不可使用隐式溶剂模型）；
2.分子溶于溶剂，分子间的解离能和缔合氢键所需能量之和判断其溶解度趋势是否可行？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-9 21:28

懒散的猴子kk 发表于 2017-6-9 15:42
老师，还有两个问题：
1.我要计算药物分子（29个原子，只含碳氢氧）与不同溶剂缔合氢键的键能，该用什么 ...

1 SMD
你说的那个帖子，要么帖子写错了，要么你会错意了
2 可。但是溶质和溶剂之间并非仅仅是靠氢键作用维持，不要忽略其它作用方式

作者
Author: 懒散的猴子kk 时间: 2017-6-9 22:01

sobereva 发表于 2017-6-9 21:28
1 SMD
你说的那个帖子，要么帖子写错了，要么你会错意了
2 可。但是溶质和溶剂之间并非仅仅是靠氢键作 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: wei 时间: 2017-6-12 09:35
几天没来，谈一下自己看法。热力学循环可知，有机分子溶解度=晶格能+溶剂化能之和。二者确实都可以算出来，前者可以算的比较准，后者很难算准，误差较大。如果药物分子结构相似，定性的看看顺序，那计算还是可以的；如果结构不相似，又要定量，那根据我的经验，希望不大。

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2019-10-10 11:12
我最近也在用计算辅助解释不同溶剂中的溶解度顺序，我是同一个药物分子的同一个晶型，那样根据热力学循环的话，是不是溶解度顺序主要只由溶剂化自由能决定
1、用的是混合溶剂，定义介电常数是否用对应体积比加和，还是用摩尔比。我看社长的博文有很多限制条件。对这种会有影响吗。
2、我之前用MS的discover做过动力力学模拟，出来的溶剂化自由能顺序对不上，先准备用高斯怎么样

作者
Author: wei 时间: 2019-10-10 13:42

SSSjjjiao 发表于 2019-10-10 11:12
我最近也在用计算辅助解释不同溶剂中的溶解度顺序，我是同一个药物分子的同一个晶型，那样根据热力学循环的 ...

1. 混合溶剂参数只是简单加和平均来处理，定性能对上就不错了。2.分子力场算不准很正常

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2019-10-11 18:17
那我用高斯的隐式溶剂模型算，是可行的吧
那有没有混合溶剂参数加权平均的方法来做的，有文献依据吗
感谢

作者
Author: bufanzhi 时间: 2020-7-25 17:56
你好，老师，请问汉森溶解度参数可以计算吗？谢谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)