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标题: B3LYP/6-31G(d)算弱力，能认可吗？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-13 12:26
标题: B3LYP/6-31G(d)算弱力，能认可吗？
使用粘土矿物和有机分子做弱力的计算，牵涉到范德华力 < 氢键 < 离子键桥作用, 使用B3LYP/6-31G(d)基组，请问使用该基组，估算能量和弱力，能得到认可吗？谢谢

作者
Author: jiewei 时间: 2015-1-13 12:35
B3LYP-D3/6-31G+(d,P)

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2015-1-13 14:03
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-1-13 14:25 编辑

jiewei 发表于 2015-1-13 12:35
B3LYP-D3/6-31G+(d,P)

jiewei你快来看，又来一个…建议楼主看看这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=601

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-13 15:01
对于优化来讲，这是能忍受的底线，但最好还是加上D3，毕竟是免费的，而且能避免审稿人吐槽。但对于能量计算，强烈建议用更高级别，一方面没几何优化耗时，另一方面结果对计算级别的敏感度明显高于几何优化。

作者
Author: jiewei 时间: 2015-1-13 15:25

yjcmwgk 发表于 2015-1-13 14:03
jiewei你快来看，又来一个…建议楼主看看这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=60 ...

哈哈，大家现在想当然的就用B3LYP啦。估计是上面没有老师，没有师兄师姐的原因。
PS：上面我好像写错了是 B3LYP-D3/6-31+G(D,P)

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2015-1-13 15:39

jiewei 发表于 2015-1-13 15:25
哈哈，大家现在想当然的就用B3LYP啦。估计是上面没有老师，没有师兄师姐的原因。
PS：上面我好像写错 ...

嗯嗯，确实错了
加号在前在后，在高斯里面含义可不一样啊;P

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2015-1-13 15:41

sobereva 发表于 2015-1-13 15:01
对于优化来讲，这是能忍受的底线，但最好还是加上D3，毕竟是免费的，而且能避免审稿人吐槽。但对于能量计算 ...

M06-2X-D3配个高基组做优化，然后找个双杂化泛函加D3算能量，肯定没问题吧
当然这计算量是个问题啊

作者
Author: 卒之爱 时间: 2015-1-13 17:08
一般用mo6-2x

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-13 18:52
试过再加个p，压根就算不动，250个原子的体系，还有Si, O, Mg这些晶体结构。算起来没有反应，大半个月过去了，高斯还在那运行，显示2个OK。
D3这个考虑过，Orca压根算了几天就报错，不明白咋回事，已经是b3lyp/6-31G收敛的了。

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-13 18:59

yjcmwgk 发表于 2015-1-13 14:03
jiewei你快来看，又来一个…建议楼主看看这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=60 ...

楼主提醒的确实如此。不过还好是矿物分子与极性化合物之间的静电引力，找出作用位点，评估作用能，有实验支撑。b3lyp描述色散力差，还好色散力指的是非极性分子之间相互作用。

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-21 10:32

sobereva 发表于 2015-1-13 15:01
对于优化来讲，这是能忍受的底线，但最好还是加上D3，毕竟是免费的，而且能避免审稿人吐槽。但对于能量计算 ...

您好，请问一下。
我算两分子的弱相互作用时，优化和频率计算采用M06-2X/6-311+(2df,2p)+D3+(opt=tight)+(int=ultrafine)，但是出现的问题是，在优化过程四个收敛标准全是yes，在频率时候出现两个yes但是没有虚频，但是有时候两个NO项的值没有超过收敛标准的两倍(可以忽略)，有时候超过了，需要重新算吗？；
接着拿优化完的坐标采用M06-2X/cc-pVTZ下计算能量；
这样做是不是有点问题呢？
计算能量的时候有必要在换别的方法吗？比如MP2然后再用aug-cc-pVTZ基组吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-21 18:28

tjuchan 发表于 2015-1-21 10:32
您好，请问一下。
我算两分子的弱相互作用时，优化和频率计算采用M06-2X/6-311+(2df,2p)+D3+(opt=tight) ...

如果你说的后两个是NO是相对于tight判断标准而言的，那么当前结果可用。如果是相对于默认判断标准而言还出现了大于两倍的情况，那么建议用verytight优化。

计算能量的级别一定要>=优化的级别。优化时考虑了D3反倒能量计算时没考虑，优化时考虑了弥散函数而计算能量时没考虑，这都不妥。而且cc-pVTZ这样的基组是给后HF计算用的，对DFT而言很浪费。
虽然M062X-D3/6-311+G(2df,2p)已经不错了，但如果想更精确，如此帖所述，单点能计算强烈推荐用orca算PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVP，又快又准。
大体系弱相互作用计算的解决之道 http://sobereva.com/214

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-21 20:25

sobereva 发表于 2015-1-21 18:28
如果你说的后两个是NO是相对于tight判断标准而言的，那么当前结果可用。如果是相对于默认判断标准而言 ...

谢谢详尽的解答，看了《大体系弱相互作用计算的解决之道》好几遍了，用过orca算单点
RI-PWPB95 D3 RIJK def2-QZVPP def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C grid4 tightSCF
我想加入BSSE，仿照orca的manual写总出错。
再请问一下；我现在先大概采用M062X-D3/6-311+G(2df,2p)优化，PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVP计算能量和BSSE矫正。
之前看了别人在公社里关于BSSE的一些帖子，Einter=Edimer(bsse矫正后)-Ea(自由状态下的)-Eb(自由状态下的)，意思是我先在M062X-D3优化完a,b自由状态下的几何构型，和M062X-D3下复合体的构型，在将这些坐标做输入ORCA中仿造例子做BSSE，是这样吗？问题是优化单体(不是大分子，12个原子左右)的时候需要用到M062X-D3中的D3吗？换句话说优化单体和复合结构需要在同一基组和方法下吗？(尽管D3是免费的)

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-21 20:30

tjuchan 发表于 2015-1-21 20:25
谢谢详尽的解答，看了《大体系弱相互作用计算的解决之道》好几遍了，用过orca算单点
RI-PWPB95 D3 RIJK ...

刚才又试了用ORCA计算，终于发现如果原来在文件夹下修改AABB.inp文件，而没有把隐藏文件(AABB.inp~)删除，多核计算是会出错“ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt”.不知道是不是只有我才有这个问题。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-21 20:58

tjuchan 发表于 2015-1-21 20:25
谢谢详尽的解答，看了《大体系弱相互作用计算的解决之道》好几遍了，用过orca算单点
RI-PWPB95 D3 RIJK ...

优化单体和复合物必须用完全一样的方法。

但是，对于计算BSSE校正能来说，单体不需要也不能单独优化。counterpoise过程中用的单体的结构都是直接取自复合物的。

另外要强调的是，PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVP计算时不要去考虑BSSE问题，不仅多余，而且可能精度反倒下降。因为此基组已经几乎没有BSSE问题了，而且，D3参数拟合时就是用这个基组，就算剩下一丁点BSSE问题也在D3校正中自然而然地隐含地解决了。

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-21 21:19

sobereva 发表于 2015-1-21 20:58
优化单体和复合物必须用完全一样的方法。

但是，对于计算BSSE校正能来说，单体不需要也不能单独优化 ...

谢谢解答。清楚多了。

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-22 21:31

tjuchan 发表于 2015-1-21 20:30
刚才又试了用ORCA计算，终于发现如果原来在文件夹下修改AABB.inp文件，而没有把隐藏文件(AABB.inp~)删除 ...

又碰到这个问题的，呵呵。chmod 770 user吧，给其权限。我就是碰到这种问题，这么解决的。立竿见影！楼主试试

作者
Author: mountain 时间: 2015-2-11 11:11
对于有写过渡金属体系，感觉使用PBE0泛函要比B3LYP精确得多

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