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标题: 请教，力场中Se原子的原子类型 [打印本页]

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-6-13 09:29
标题: 请教，力场中Se原子的原子类型
AMBER力场中找不到Se原子的原子类型，原始文献也没找到，请教哪位有经验的老师，遇到此情况的处理方法，非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-13 11:47
Amber/GAFF主要面向生物和普通有机体系，Se是肯定没有的，适当时候可以自己拟合力场参数，看具体用到什么体系什么问题上，要求不高的时候在硫的基础上进行调整也可以。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-6-13 16:19

sobereva 发表于 2017-6-13 11:47
Amber/GAFF主要面向生物和普通有机体系，Se是肯定没有的，适当时候可以自己拟合力场参数，看具体用到什么体 ...

谢谢sob老师。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-6-13 16:25

sobereva 发表于 2017-6-13 11:47
Amber/GAFF主要面向生物和普通有机体系，Se是肯定没有的，适当时候可以自己拟合力场参数，看具体用到什么体 ...

sob老师，我是要比较O-s-se一族元素的差异，是不是就只能用拟合参数的办法了，拟合参数，键长键角，二面角都需要拟合吗？可不可以只拟合二面角项。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-13 16:44

guoy14iccas 发表于 2017-6-13 16:25
sob老师，我是要比较O-s-se一族元素的差异，是不是就只能用拟合参数的办法了，拟合参数，键长键角，二面 ...

都得拟合。像键长，这些原子共价半径都不同，平衡键长肯定相差很多，不能不考虑

作者
Author: wbn 时间: 2017-6-13 21:35
先到文献中找吧，不行换个力场得了，如果没有经验的话拟合一个原子的LJ，键长键角参数不是那么容易的...

作者
Author: AlanTam 时间: 2022-4-26 21:23
请问楼主关于Se的问题解决了吗？我也遇到了相同的问题

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-27 06:30

AlanTam 发表于 2022-4-26 21:23
请问楼主关于Se的问题解决了吗？我也遇到了相同的问题

用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建含Se体系的拓扑文件，其中Se的LJ参数用UFF的凑合

作者
Author: AlanTam 时间: 2022-4-27 16:25

sobereva 发表于 2022-4-27 06:30
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建含Se体系的拓扑文件，其中Se的LJ参数用UFF的凑合

谢谢sob老师的耐心解答，使用sob老师编写的拓扑文件非常简捷快速，我使用后出现如下default，想请问一下老师我是哪里出错了吗？另外生成的拓扑文件是直接写进力场中的aminoacids.rtp中吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-28 05:16

AlanTam 发表于 2022-4-27 16:25
谢谢sob老师的耐心解答，使用sob老师编写的拓扑文件非常简捷快速，我使用后出现如下default，想请问一下 ...

蛋白质拓扑文件应当用pdb2gmx。http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ5说得很明白了

搞不清楚你到底要创建什么的拓扑文件，结构图贴出来描述清楚

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