计算化学公社

标题: scan扫描正常结束，可是结果很奇怪，离得很远的两个原子成键了，不知道是什么原因 [打印本页]

作者
Author: SKY诺烯 时间: 2017-6-13 21:05
标题: scan扫描正常结束，可是结果很奇怪，离得很远的两个原子成键了，不知道是什么原因
主要目的是找羟基自由基夺取C-H上H找过渡态？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-13 21:11
你的输出文件和输入文件都不对应
夺氢过渡态直接把初猜结构摆好了opt(calcfc,TS,noeigen)就完了，何必去柔性扫描，完全没必要还添乱。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-6-13 21:53

sobereva 发表于 2017-6-13 21:11
你的输出文件和输入文件都不对应
夺氢过渡态直接把初猜结构摆好了opt(calcfc,TS,noeigen)就完了，何必去柔 ...

→_→感觉突然出现很多用柔性扫描找过渡态的，好像在FAQ最后强调“正常方法实在不行再柔性扫描”不大管用，是不是应该直接去掉那一段

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-13 22:36

liyuanhe211 发表于 2017-6-13 21:53
→_→感觉突然出现很多用柔性扫描找过渡态的，好像在FAQ最后强调“正常方法实在不行再柔性扫描”不大管用 ...

很多初学者都快把柔性扫描当做找过渡态必经的过程了（无论反应有多简单），应该也是以讹传讹来的

作者
Author: SKY诺烯 时间: 2017-6-14 07:53
opt(calcfc,TS,noeigen)，我用过这个方法，结果出来两个虚频，消一个怎么都没有消掉，想问下这样的反应可能没有过度态吗？如果没有过渡态，应该如何确定？我每次用scan主要原因是为了确认有没有过渡态。感谢老师的解答。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-6-14 09:33

SKY诺烯发表于 2017-6-14 07:53
opt(calcfc,TS,noeigen)，我用过这个方法，结果出来两个虚频，消一个怎么都没有消掉，想问下这样的反应可 ...

没听说有氢转移没有过渡态的

作者
Author: SKY诺烯 时间: 2017-6-20 22:38
又接着找了一个星期，用opt、（calcall,ts,noeigen）DFT 依旧是没有找到，用HF找到了，想问下用不同的方法找到的过渡态相差是不是很远？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-21 13:52

SKY诺烯发表于 2017-6-20 22:38
又接着找了一个星期，用opt、（calcall,ts,noeigen）DFT 依旧是没有找到，用HF找到了，想问下用不同的方法 ...

HF成份越高，势垒往往越高，因此HF下容易找到很正常。有可能在某些泛函下的PES上就没有那个过渡态。通常有机反应就用M06-2X，其HF成分很高，势垒计算结果通常不错，此级别的PES上没有过渡态，那多数情况就理应没有了。

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