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标题: gaussian在超算中计算出现如下问题。 [打印本页]

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-14 10:34
标题: gaussian在超算中计算出现如下问题。
本帖最后由 tjuchan 于 2015-1-14 10:35 编辑

Error: illegal instruction, illegal opcode
rax 0000000000000003, rbx 00007fff37a9b028, rcx 00002ba1bd34ed08
rdx 000000000000000a, rsp 00007fff37a999b0, rbp 00007fff37a999e0
rsi 0000000000000007, rdi 0000000001445a18, r8  3ff3000000000000
r9  3fe6000000000000, r10 000000000000000e, r11 0000000000000246
r12 00007fff37a9b020, r13 00002ba1bd34ece8, r14 00007fff37a9b018
r15 00002ba1bd34ed58
  --- traceback not available
每次向超算提交任务，不管是单核还是多核都会出现上面的错误。这是为什么啊？安装的是g09C版本啊！
各位帮忙看看
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
以下是PBS任务提交脚本：
#!/bin/csh
#PBS -N gaus-c603
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q tjuche_queue
#PBS -j oe

set INPUT=hopt.gjf
set LOG_FILE=hopt.log

cd $PBS_O_WORKDIR
set nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
sed -i -e "/^%NProc/Id" -e "1i %NProcShared=$nprocs" $INPUT
g09 < $INPUT >& $LOG_FILE

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
gjf文件：
%NProcShared=1
%chk=hopt.chk
# opt hf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                -0.59523809 0.34520850 -0.00451903
H                -0.23858366 -0.66360150 -0.00451903
H                -0.23856525 0.84960669 0.86913248
H                -0.23856525 0.84960669 -0.87817053
H                -1.66523809 0.34522169 -0.00451903

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5

-------------------------------------------------------------------------------------------
安装过程如下：

export g09root=/../../g09

export GAUSS_EXEDIR=$g09root/g09

export GAUSS_SCRDIR=/tmp

export PATH=$PATH:$g09root/g09

source $g09root/g09/bsd/g09.profile

安装完后which g09 提示~/g09/g09/g09应该是安装成功了吧，

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-14 10:36
表情部分是冒号：和$

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-15 11:45
本帖最后由小范范1989 于 2015-1-15 11:47 编辑

你把gif下面的坐标删除试试，就是这些数据
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5
把那个geom也删除试试。
我很水，我只是感觉可以这样试试，不一定可以哈。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-15 16:32

tjuchan 发表于 2015-1-14 10:36
表情部分是冒号：和$

发帖时点击编辑窗口下方的“附加选项”，选禁用表情即可不转义为表情

你的环境变量设置比较怪，/../../g09这句，第一个/已经代表根目录了，就没有上一级目录了
而且，貌似你在g09目录下又有个g09目录，这么设置目录也比较怪。

超算中心的事不好说，多试试吧。也可以算个普通单点任务再试试

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-1-15 17:42
本帖最后由 tjuchan 于 2015-1-15 17:43 编辑

sobereva 发表于 2015-1-15 16:32
发帖时点击编辑窗口下方的“附加选项”，选禁用表情即可不转义为表情

你的环境变量设置比较怪，/../.. ...

好的，想向你们咨询一些问题(关于molclus的)，给你们发邮件了，还没有回的。

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