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标题: 我想做一个构象搜索的扫描作业，应该如何设置变量 [打印本页]

作者
Author: nkallwar 时间: 2015-1-14 12:17
标题: 我想做一个构象搜索的扫描作业，应该如何设置变量
想研究一下下面这个结构互变的问题，

需要同时旋转 Cr-O-Cr-N1 与Cr-O-Cr-N2 两个二面角，我用gview写了一个Scan的作业，设置这两个二面角以每步10度的幅度变化，但发现出来的点只有一个变量在动

想这种同时改变两个量的scan作业应该怎么设置？还是只能手动一个一个搭结构算不同的点？

作者
Author: fcfsdu 时间: 2015-1-14 19:05
opt里加上modredundant, 文件最后指定两个二面角

D N1 N2 N3 N4 S step step size
D N5 N6 N7 N8 S step step size

这样扫出来就是一个二维的势能面了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-15 16:59
一种办法是调整二面角的定义，让其中一个NH2的二面角依赖于另一个，当另一个的二面角scan时，这个也就跟着转了。

另外的做法就是生成一个个单点输入文件，但手写太麻烦，建议用脚本来自动生成。用个for循环让其中的两个二面角的数值都依赖于循环次数，并且利用重定向和EOF指令每循环一次输出一个高斯输入文件。不清楚的话，可以看这个帖子的第5节：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=535，这里利用了脚本批量生成nwchem的输入文件，并且令里面的一个数值依次变化。

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