计算化学公社

标题: 二维材料声子谱计算的扩包问题？! [打印本页]

作者
Author: lisu555 时间: 2017-6-17 00:42
标题: 二维材料声子谱计算的扩包问题？!
建了一个 2x3x1的2维材料(晶格常数12唉左右)，想计算该2维材料的动力学稳定性，扩包是在2x3x1的2维材料的基础上继续扩包，还是在原来1x1x1的基础上扩成 2x3x1的2维材料进行声子谱计算呢？谢谢！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-6-25 18:12
看你要处理的是什么样的问题。一般情况下参考单胞，扩胞会导致声子色散曲线折叠（与能带是类似的），一般扩胞的原因是因为vasp直接算声子谱只能得到Gamma点的，所以需要建立超胞之后计算声子色散曲线然后再进行反折叠回单胞多个q点的情况，完整的过程可以使用phonopy+vasp直接完成。如果只是看看频率值的话，其实没啥本质区别。

作者
Author: lisu555 时间: 2017-6-25 23:31

卡开发发发表于 2017-6-25 18:12
看你要处理的是什么样的问题。一般情况下参考单胞，扩胞会导致声子色散曲线折叠（与能带是类似的），一般扩 ...

谢谢！如果要计算ZPE 零点能的话，需要计算声子谱呢还是只要计算GAMMA点的频率就可以了呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-6-25 23:38

lisu555 发表于 2017-6-25 23:31
谢谢！如果要计算ZPE 零点能的话，需要计算声子谱呢还是只要计算GAMMA点的频率就可以了呢？

Gamma点就可以，不过你得到的是超胞的。

作者
Author: lisu555 时间: 2017-6-26 00:16

卡开发发发表于 2017-6-25 23:38
Gamma点就可以，不过你得到的是超胞的。

哦，谢谢！明白了！

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2018-12-18 19:43

卡开发发发表于 2017-6-25 18:12
看你要处理的是什么样的问题。一般情况下参考单胞，扩胞会导致声子色散曲线折叠（与能带是类似的），一般扩 ...

请问如果是在超胞上的掺杂或者空位、吸附这些情况，那么就只能用这个超胞的体系来做做声子谱计算了吧？而且如果是只想验证由于虚频的话，直接用VASP算gamma点就行吧？但如果想看焓熵这些热力学参数就得phonopy计算吧？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-12-18 20:43

灰飞的旋律发表于 2018-12-18 19:43
请问如果是在超胞上的掺杂或者空位、吸附这些情况，那么就只能用这个超胞的体系来做做声子谱计算了吧？而 ...

是，这些都要在需要在超胞上算。当然，最慢的步骤其实也就是有限移动或线性响应法算声子频率来得到Hessian的过程，后续的声子谱和计算热力学计算量并没有那么大。

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2018-12-24 11:16

卡开发发发表于 2018-12-18 20:43
是，这些都要在需要在超胞上算。当然，最慢的步骤其实也就是有限移动或线性响应法算声子频率来得到Hessia ...

谢谢指导，最近几天忙，没有及时回复

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2021-2-24 12:32
本帖最后由灰飞的旋律于 2021-2-24 12:34 编辑

卡开发发发表于 2018-12-18 20:43
是，这些都要在需要在超胞上算。当然，最慢的步骤其实也就是有限移动或线性响应法算声子频率来得到Hessia ...

借楼再请教您个问题，我最近在vasp+phonopy用DFPT算一个单层结构的声子谱，空间群是P3M1，六方晶系，单层结构，一共5层原子层，用的 5个原子的单胞算的声子谱，是不是应该15条谱线，但是我用phonopy处理得到的图只有10条，这是因为二维体系的原因吗，没有了z方向的振动？但是我看和我结构相似的文献中，比如有个同样二维单层结构的，他的单胞有4个原子，当然他和我的空间群不一样P6M2，但是他的声子谱确是12条？
还有一些TDMC，二维单层金属双硫化物MX2，文献中声子谱也都是9条。所以我的少了5条是我计算参数设置原因呢？还是简并了，这也有点太巧了，正好少了5条，不太像感觉。
还是别的原因? 请帮我分析下，打扰了，感谢！

计算声子谱用的INCAR

SYSTEM = MoS2
ISTART = 0
ICHARG = 2
GGA = PE
PREC = Accurate
LREAL = .FALSE.
IBRION = 8
NSW = 1
NELM = 200
ENCUT = 500
EDIFF = 1E-08
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
ALGO = Normal
LPLANE = .TRUE.

POSCAR晶格矢量部分

(, 下载次数 Times of downloads: 56)

band.conf

#band.conf
ATOM_NAME = A B C
DIM = 1 1 1
BAND = 0.0 0.0 0.0 1/3 1/3 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
FORCE_CONSTANTS = READ

得到的声子谱图

(, 下载次数 Times of downloads: 86)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-2-26 18:17

灰飞的旋律发表于 2021-2-24 12:32
借楼再请教您个问题，我最近在vasp+phonopy用DFPT算一个单层结构的声子谱，空间群是P3M1，六方晶系，单 ...

应该是因为简并的原因。

作者
Author: 汪杰 时间: 2024-10-22 13:33

卡开发发发表于 2021-2-26 18:17
应该是因为简并的原因。

请问一下老师，对于一个二维体系，我使用phnonpy扩胞，用的是2*2*1，但是它为什么会扩出20个POSCAR出来呢？实在是不理解

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-10-22 18:22

汪杰发表于 2024-10-22 13:33
请问一下老师，对于一个二维体系，我使用phnonpy扩胞，用的是2*2*1，但是它为什么会扩出20个POSCAR出来呢 ...

phonopy -d的过程有两个，一个是建立超晶胞，一个是产生超晶胞内不等价原子位移，并不只是建立超胞。对于一些特定程序，比如VASP自身能够进行有限差分和线性响应，那么产生原子位移后的POSCAR-XXX可以无视，通过产生的SPOSCAR结构直接进行即可（亦即mv SPOSCAR POSCAR，然后进行ibrion=5~8的计算）。

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