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标题: 求助 ONIOM,链接原子参数 [打印本页]

作者
Author: xpyp 时间: 2017-6-18 17:07
标题: 求助 ONIOM,链接原子参数
本帖最后由 xpyp 于 2017-6-18 17:23 编辑

采用ONIOM（分三层：qm:pm6:amber）计算，如图（附件）所示，在C1和C3切断，C1上加了H4作为链接原子（红色）。G09自动设定：H4的Amber 力场原子类型（model amber type）为H2, 而C1为 C, O2为O， N5为 N，

计算出错提示：

Bondstretch undefined between atoms 1502 1517 H2-C [L,M]

Angle bend undefined between atoms 1502 1517 1518 H2-C-O[L,M,M]

Angle bend undefined between atoms 1502 1517 1519 H2-C-N[L,M,M]

请问该如何解决？谢谢！

（图中原子编号非输出文件中的，实际对应关系为：，H4 即为 H1502, C1 为 C1517, O2 为 O1518, N5为 N1519)

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-18 21:08
如果体系总共就图中这么大，用MM层完全多余，你还得整参数去。直接 DFT:半经验就够了
非要用MM就得自己在输入文件末尾补充缺失的参数

作者
Author: xpyp 时间: 2017-6-18 21:38
没，我的体系有几千个原子。现在就是不知MM参数该如何获得？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-18 23:45

xpyp 发表于 2017-6-18 21:38
没，我的体系有几千个原子。现在就是不知MM参数该如何获得？

先把对应的原子的原子类型记下来，然后对照缺失参数的提示看看是缺哪些原子类型组成的成键项参数，然后可以试图google搜搜，有能借来的就借用，实在没有的尝试自行拟合。对于不重要的项，估计一个或者借用个相似的参数也行。
ONIOM补充力场参数的例子在exploring 3ed里我记得有

作者
Author: xpyp 时间: 2017-6-19 00:05
谢谢，我在exploring 3ed里找到类似处理的了。

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