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标题: 找过渡态遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: yanmu 时间: 2017-6-19 17:54
标题: 找过渡态遇到的问题
找过渡态时，用的# opt=(calcfc,noeigen,ts) freq temperature=323.15 m062x/6-31+g(d) ，构建一个初始过渡态，但放进去计算了一夜还没有出来一个点，或者有时计算的特别特别慢，这是怎么回事，又该怎么解决?谢谢

作者
Author: xujian 时间: 2017-6-19 18:06
方便的话贴一下输出文件啊

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散，否则速度慢很多（对于找过渡态来说，弥散毫无必要，即便是阴离子体系，优化时弥散也不是必须的）
慢不慢要看体系大小、设定、计算条件，只有你当前的信息什么也没法讨论

作者
Author: yanmu 时间: 2017-6-19 21:01
本帖最后由 yanmu 于 2017-6-20 10:16 编辑

xujian 发表于 2017-6-19 18:06
方便的话贴一下输出文件啊

作者
Author: yanmu 时间: 2017-6-19 21:04
本帖最后由 yanmu 于 2017-6-19 21:18 编辑

sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散，否则速度慢很多（对于找过渡态来说，弥散毫无必要，即便是阴离子体系，优化时弥 ...

老师，我的体系是双苯基硅烷做负氢給体还原胺和二氧化碳的反应，并且有阴离子作催化剂，几何优化和找过渡态还用加弥散吗？直接用m062x/6-31g(d)吗？还用加极化吗？溶剂化单点能是smd模型，m062x/6-311++g(d,p)和m052x/6-31g(d）两个都用了，并且能量差别有点大。目前找过渡态计算有些慢，有时过渡态中会出现带四个苯环的分子和带两个苯环的分子反应，想寻找出错原因。谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-20 03:23

yanmu 发表于 2017-6-19 21:04
老师，我的体系是双苯基硅烷做负氢給体还原胺和二氧化碳的反应，并且有阴离子作催化剂，几何优化和找过渡 ...

直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义，极化显然得加，看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

结合SMD算溶解自由能用m052x/6-31g(d)，用m062x/6-311++g(d,p)结果只会更烂，这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

想进一步图快的话，泛函可先用B3LYP，反复尝试，找到过渡态后，再改用更昂贵的M06-2X

作者
Author: yanmu 时间: 2017-6-20 08:27

sobereva 发表于 2017-6-20 03:23
直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义，极化显然得加，看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.co ...

好的，谢谢老师

作者
Author: yanmu 时间: 2017-6-20 08:31

sobereva 发表于 2017-6-20 03:23
直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义，极化显然得加，看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.co ...

那我直接拿之前优化好的结构用新的基组做输入文件，重新优化，这样可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-21 13:34

yanmu 发表于 2017-6-20 08:31
那我直接拿之前优化好的结构用新的基组做输入文件，重新优化，这样可以吗

可

作者
Author: yanmu 时间: 2017-6-22 17:03

sobereva 发表于 2017-6-20 03:23
直接用m062x/6-31g(d)。弥散没意义，极化显然得加，看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.co ...

老师，先用b3lyp找到过渡态后，能直接将过渡态那个点做输入文件改成新泛函m062x找过渡态吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-22 17:05

yanmu 发表于 2017-6-22 17:03
老师，先用b3lyp找到过渡态后，能直接将过渡态那个点做输入文件改成新泛函m062x找过渡态吗?

可

作者
Author: yanmu 时间: 2017-9-10 10:27

sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散，否则速度慢很多（对于找过渡态来说，弥散毫无必要，即便是阴离子体系，优化时弥 ...

老师你好，计算一个脱水的基元反应时，液相计算的能垒比气相还高是怎么回事？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-10 11:05

yanmu 发表于 2017-9-10 10:27
老师你好，计算一个脱水的基元反应时，液相计算的能垒比气相还高是怎么回事？

这并不意外

作者
Author: yanmu 时间: 2017-9-10 16:49

sobereva 发表于 2017-9-10 11:05
这并不意外

好的，谢谢老师

作者
Author: yanmu 时间: 2017-9-15 21:23

sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散，否则速度慢很多（对于找过渡态来说，弥散毫无必要，即便是阴离子体系，优化时弥 ...

老师，我想问一下一般反应中质子化怎么处理，像A + H+= AH+的反应,算自由能时，是直接优化一个H离子计算吗？对质子有没有特别的处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-15 22:10

yanmu 发表于 2017-9-15 21:23
老师，我想问一下一般反应中质子化怎么处理，像A + H+= AH+的反应,算自由能时，是直接优化一个H离子计算 ...

看此文，直接给了质子气相下的热力学数据
J. Phys. Chem. A 2014, 118, 11090−11097

作者
Author: yanmu 时间: 2017-9-16 11:03

sobereva 发表于 2017-9-15 22:10
看此文，直接给了质子气相下的热力学数据
J. Phys. Chem. A 2014, 118, 11090−11097

谢谢老师

作者
Author: yanmu 时间: 2017-9-25 21:22

sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散，否则速度慢很多（对于找过渡态来说，弥散毫无必要，即便是阴离子体系，优化时弥 ...

老师，我找到了一个过渡态，并做了irc,# irc=(calcall,maxstep=5,notrust) m062x/6-31+g(d),但是取最后一个点做几何优化时#p opt=calcfc freq pop=nbo m062x/6-31+g(d)
却出现了 Error in internal coordinate system的错误，这时候该怎么解决？如果要发文章的话，这种IRC文件要提交的吗？但是作irc向后产物连接不到你想要的那个结构时，怎么办？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-25 21:27

yanmu 发表于 2017-9-25 21:22
老师，我找到了一个过渡态，并做了irc,# irc=(calcall,maxstep=5,notrust) m062x/6-31+g(d),但是取最后 ...

opt里写cartesian
不用提交

作者
Author: yanmu 时间: 2017-9-26 07:53

sobereva 发表于 2017-9-25 21:27
opt里写cartesian
不用提交

直接用opt=cartesian，还是opt=（cartesian,calcfc）.如果不用提交，怎么保证找到的过渡态是正确的，没有人检查的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-27 11:25

yanmu 发表于 2017-9-26 07:53
直接用opt=cartesian，还是opt=（cartesian,calcfc）.如果不用提交，怎么保证找到的过渡态是正确的，没有 ...

用calcfc对收敛有益，但更耗时

做振动分析、走IRC

作者
Author: yanmu 时间: 2017-10-11 12:00

sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散，否则速度慢很多（对于找过渡态来说，弥散毫无必要，即便是阴离子体系，优化时弥 ...

老师你好，对找到的一个过渡态做irc，取最后一个点用b3lyp优化时，其中有个C-O键没成，但是用m06时C-O成键，我的其他基元反应都一直用的b3lyp,这样的话是不是要将所有的反应物中间体过渡态都要换成m06呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-11 18:14

yanmu 发表于 2017-10-11 12:00
老师你好，对找到的一个过渡态做irc，取最后一个点用b3lyp优化时，其中有个C-O键没成，但是用m06时C-O成 ...

有机反应用M06-2X比B3LYP和M06都更可靠。M06不是给有机体系用的
成不成键看键长度、键级等指标，不要看gview有没有判断成键

作者
Author: yanmu 时间: 2017-10-11 20:44

sobereva 发表于 2017-10-11 18:14
有机反应用M06-2X比B3LYP和M06都更可靠。M06不是给有机体系用的
成不成键看键长度、键级等指标，不要看g ...

恩恩，是用的m062x，只是对同一个过渡态用b3lyp和m062x做irc的结果和取irc最后一个点优化后的结构不一样，我整个反应是用b3lyp计算的，但只有那一步只有用m062x取irc的最后一个点优化能得到想要的结构，所以要通篇改成m062x吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-11 21:32

yanmu 发表于 2017-10-11 20:44
恩恩，是用的m062x，只是对同一个过渡态用b3lyp和m062x做irc的结果和取irc最后一个点优化后的结构不一样 ...

B3LYP下，IRC跑长一点，末端优化时减小步长上限且用calcall再试
有机体系用B3LYP一般不会给出定性错误的结果
实在没辙再通篇用M062X，反正不能混着用，交代不清

作者
Author: yanmu 时间: 2017-10-12 09:02

sobereva 发表于 2017-10-11 21:32
B3LYP下，IRC跑长一点，末端优化时减小步长上限且用calcall再试
有机体系用B3LYP一般不会给出定性错误的 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: yanmu 时间: 2017-10-13 11:16
本帖最后由 yanmu 于 2017-10-16 17:35 编辑

sobereva 发表于 2017-6-21 13:34
可

计算了一个过渡态，胺上的N亲核进攻醇胺上的C，脱去一分子水，生成缩醛胺，然而计算的能垒比较高，40多kcal,想着用一分子水去协助降低能垒，可是过渡态一直调不好，一直有内坐标出错，要不就是振动模式不太对，不知道该怎么办了，我已经试过了50多次了。希望听听老师的建议，谢谢老师。

作者
Author: yanmu 时间: 2017-12-24 11:53

sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散，否则速度慢很多（对于找过渡态来说，弥散毫无必要，即便是阴离子体系，优化时弥 ...

老师，用# opt=(calcall,noeigen,ts) freq m062x/6-31g(d) 找了一个过渡态但是有两个虚频，一个90多的虚频对应甲酸根挤掉乙酸，另一个虚频是30左右对应的是乙酸根上的甲基旋转振动，想要的振动是第一个，怎么把第二个虚频去掉呢？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-24 14:16

yanmu 发表于 2017-12-24 11:53
老师，用# opt=(calcall,noeigen,ts) freq m062x/6-31g(d) 找了一个过渡态但是有两个虚频，一个90多的 ...

按照不想要的虚频模式稍微移动结构重新找过渡态

作者
Author: yanmu 时间: 2017-12-24 22:00

sobereva 发表于 2017-12-24 14:16
按照不想要的虚频模式稍微移动结构重新找过渡态

好的，谢谢老师

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