计算化学公社

标题: 类似于刘智攀的Stochastic Surface Walking程序还有别的吗 [打印本页]

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Author: ikea1984 时间: 2017-6-20 16:43
标题: 类似于刘智攀的Stochastic Surface Walking程序还有别的吗
从动力学找反应路径的思路听起来很炫，但是他们家居然得花钱买，报销不了啊。。。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2017-6-20 19:56
嘿嘿嘿。当今世上做的最好的两个组，第一是日本Morokuma和Maeda的GRRM程序，他们已经做了约10年，已经是完全体。这个软件是要钱的，而且很贵。SOB曾经写了个简介的PPT：http://sobereva.com/319。
第二是刘志攀的SSW程序，他们做了约5年，步入成熟期，在团簇结构搜索方面优于GRRM。
我所在的课题组两三年前也开始做自动化搜索反应路径的程序，目前为止发了一篇paper：DOI：10.1021/acs.jpca.6b12195，我参与了部分功能的coding。不过对题主没啥用，因为我们不是要钱不要钱，我们还在成长期，还没公布程序

作者
Author: ikea1984 时间: 2017-6-20 20:21

zjxitcc 发表于 2017-6-20 19:56
嘿嘿嘿。当今世上做的最好的两个组，第一是日本Morokuma和Maeda的GRRM程序，他们已经做了约10年，已经是完 ...

我去，小日本儿到处留名啊，想当年我还被面过，不过一听要去京都就放弃了

作者
Author: niobium 时间: 2017-6-20 22:23
2楼威武

作者
Author: quanta 时间: 2023-11-6 09:05

zjxitcc 发表于 2017-6-20 19:56
嘿嘿嘿。当今世上做的最好的两个组，第一是日本Morokuma和Maeda的GRRM程序，他们已经做了约10年，已经是完 ...

这个工作有进一步的进展嘛？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-12-12 11:42
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-12-12 11:44 编辑

quanta 发表于 2023-11-6 09:05
这个工作有进一步的进展嘛？

这个程序（至少）发了4篇文章
DOI: 10.1021/acs.jpca.6b12195; DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00799; DOI: 10.3389/fchem.2019.00557; DOI: 10.1039/d3cp02443a
当初我参与了一部分的那个第一代程序已经基本废弃无人维护了，这几年课题组一位学生用Python重写了一版，现在开放申请了https://itcc.nju.edu.cn/shuhua/index_ADCR.html

我已毕业离开课题组了。关于自动反应路径搜索，我正从零开始写起（没有参照任何现版源代码，因为它不开源），刚完成产生构象部分，采用的是历史由来已久的旋转单键的办法，程序可以自动识别分子中的有效旋转单键和环，无需手动指定或避开个别原子。预计后面会放进MOKIT，写多少放多少。

作者
Author: 超限制抱怨 时间: 2023-12-12 14:20

zjxitcc 发表于 2023-12-12 11:42
这个程序（至少）发了4篇文章
DOI: 10.1021/acs.jpca.6b12195; DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00799; DOI: 10 ...

不知道毕业前能等到这个不

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-12-12 14:24

超限制抱怨发表于 2023-12-12 14:20
不知道毕业前能等到这个不

不需要等待，现在不是7、8年前，有很多免费开源的自动反应路径程序，世界已发生了翻天覆地的变化，例如AutoMeKin
https://rxnkin.usc.es/index.php/AutoMeKin
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.26734

作者
Author: paramecium86 时间: 2023-12-12 16:30

超限制抱怨发表于 2023-12-12 14:20
不知道毕业前能等到这个不

如果想用南大的ADCR发邮件联系那个组就可以了。签个啥协议就能用了应该。我们组里也装了在做测试。

作者
Author: KAIMISITERUI 时间: 2024-1-10 10:13

paramecium86 发表于 2023-12-12 16:30
如果想用南大的ADCR发邮件联系那个组就可以了。签个啥协议就能用了应该。我们组里也装了在做测试。

想问一下测试完的效果怎么样，之前申请了一直没有消息。

作者
Author: paramecium86 时间: 2024-1-10 13:54

KAIMISITERUI 发表于 2024-1-10 10:13
想问一下测试完的效果怎么样，之前申请了一直没有消息。

最近黎教授的组不是要开培训的么。可以参加的。我自己测实际算的体系还是有些慢。

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