计算化学公社

标题: 关于计算自由能的审稿意见问题 [打印本页]
作者
Author: alicedu    时间: 2017-6-20 18:11
标题: 关于计算自由能的审稿意见问题
    各位,本人新接触计算化学,投了一篇稿件,审稿人的一条意见有些困惑,求解!The authors should consider calculating the free energy for reaction barrier instead of only energy + ZPE. I expect all of the transition states to be disfavored by entropy change and consequently, all the reaction barriers will be higher than calculated.注:本人计算能垒画能级图时,用的是Energy+ZPE,审稿人的意见是不是用计算自由能表示反应的能垒?后面那句话又怎么理解呢?多谢大家指点!
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2017-6-20 20:48
标题应反映帖子内容。
汉字不要用斜体

用E+ZPE没什么道理，审稿人是要求用△G。
审稿人后面表示从理论/经验上可以预测你熵的贡献后，△G计算出的自由能垒、会比E+ZPE对应的“不知道是什么垒”数值更大，这与具体的反应有关，参照上下文和你文章内容，或许有可能影响你的结论。
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-6-20 20:55
本帖最后由 冰释之川 于 2017-6-20 20:56 编辑

2楼Yuanhe大法回答了你的困惑，这里附上你未来算吉布斯自由能可能碰到的问题：
(, 下载次数 Times of downloads: 58) (, 下载次数 Times of downloads: 57)

作者
Author: hakuna    时间: 2017-6-20 21:11
冰释之川 发表于 2017-6-20 20:55
2楼Yuanhe大法回答了你的困惑，这里附上你未来算吉布斯自由能可能碰到的问题：

刚做了一次”粗鄙之人“，是不是一定要做“讲究之人”？
作者
Author: xujian    时间: 2017-6-21 08:23
本帖最后由 xujian 于 2017-6-21 09:24 编辑
冰释之川 发表于 2017-6-20 20:55
2楼Yuanhe大法回答了你的困惑，这里附上你未来算吉布斯自由能可能碰到的问题：

我想请问一下冰大法，为什么Eelec+Gcoor不等于H-TS呢
作者
Author: alicedu    时间: 2017-6-21 08:26
hakuna 发表于 2017-6-20 21:11
刚做了一次”粗鄙之人“，是不是一定要做“讲究之人”？

十分感谢，争做“讲究之人”
作者
Author: alicedu    时间: 2017-6-21 08:26
liyuanhe211 发表于 2017-6-20 20:48
标题应反映帖子内容。
汉字不要用斜体

谢谢！
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-6-21 08:34
hakuna 发表于 2017-6-20 21:11
刚做了一次”粗鄙之人“，是不是一定要做“讲究之人”？

看你的需求了，对精度要求不高的话一般人做法就可以了
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-6-21 08:48
本帖最后由 冰释之川 于 2017-6-21 08:50 编辑
xujian 发表于 2017-6-21 08:23
我想请问一下冰大法，为什么deltaG+Gcoor不等于H-TS呢

没听说过有deltaG+Gcoor。只有如下关系：
       G(coor,T)=ZPE+deltaG(0--->T)
       G=E(ele)+G(coor)=H-T*S, 其中H和S都是还没有采用校正因子校正。

下面讲一下最严谨地求取G(T)的方法，摘自（《谈谈谐振频率校正因子》http://sobereva.com/221）

以下是freq任务会输出的四个量，为了省事用字母表示，使用不同校正因子时它们都会有变化。
Zero-point correction= A
Thermal correction to Energy= B
Thermal correction to Enthalpy= C   注意这一项不是ΔH，而是ZPE+ΔH
Thermal correction to Gibbs Free Energy= D
首先，在ZPE校正因子下得到ZPE（即A）。然后在熵校正因子下得到-T*S（即D-C）。之后在ΔH校正因子下得到ΔH（即C-A）。最终将这三个量加在一起，再加上高精度方法算的电子能量E，就得到了自由能G=E+ZPE+ΔH-T*S。
作者
Author: xujian    时间: 2017-6-21 09:25
冰释之川 发表于 2017-6-21 08:48
没听说过有deltaG+Gcoor。只有如下关系：
       G(coor,T)=ZPE+deltaG(0--->T)
       G=E(ele)+G(c ...

谢谢，想写的是单点能加上吉布斯自由能校正。写错了
作者
Author: hakuna    时间: 2017-6-21 09:48
冰释之川 发表于 2017-6-21 08:48
没听说过有deltaG+Gcoor。只有如下关系：
       G(coor,T)=ZPE+deltaG(0--->T)
       G=E(ele)+G(c ...

绕晕了，赶脚D=ΔG+ZPE=ΔH-T*S+ZPE，那直接G=E+D不就可以了？
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-6-21 10:04
hakuna 发表于 2017-6-21 09:48
绕晕了，赶脚D=ΔG+ZPE=ΔH-T*S+ZPE，那直接G=E+D不就可以了？

讲究的做法你要使用ZPE矫正因子，H校正因子和S矫正因子分别矫正的。最后每块矫正后的数据再加和
作者
Author: limaolin0    时间: 2017-6-21 10:18
冰释之川 发表于 2017-6-21 10:04
讲究的做法你要使用ZPE矫正因子，H校正因子和S矫正因子分别矫正的。最后每块矫正后的数据再加和

如果需要的是△G，讲究的做法和一般的E+D对结果有多大影响呢？
作者
Author: 冰释之川    时间: 2017-6-21 11:04
limaolin0 发表于 2017-6-21 10:18
如果需要的是△G，讲究的做法和一般的E+D对结果有多大影响呢？

普通人做法是最常用的，其结果一般可以接受。那个讲究人做法只有在比如你专门研究热力学数据时（包括Benchmark），才会考虑各种校正
作者
Author: sobereva    时间: 2017-6-21 13:28
标题要反映帖子内容，便于检索；不要用斜体，否则看着难受。置顶的新人必读里提醒过。给你改了
作者
Author: 一颗赛艇    时间: 2018-6-10 02:56
冰释之川 发表于 2017-6-21 08:48
没听说过有deltaG+Gcoor。只有如下关系：
       G(coor,T)=ZPE+deltaG(0--->T)
       G=E(ele)+G(c ...

请问直接D-C就是“熵校正因子下得到-T*S”吗？ C-A就是“ΔH校正因子下得到的ΔH”吗？
作者
Author: 冰释之川    时间: 2018-6-12 11:39
一颗赛艇 发表于 2018-6-10 02:56
请问直接D-C就是“熵校正因子下得到-T*S”吗？ C-A就是“ΔH校正因子下得到的ΔH”吗？

是的，前提是设置了相应的校正因子



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