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标题: 高斯ONIOM方法计算分子筛NO吸附 [打印本页]

作者
Author: atom 时间: 2015-1-14 19:42
标题: 高斯ONIOM方法计算分子筛NO吸附
各位了解oniom的同胞们帮小妹看一下这个问题出在哪里了？我想算Cu-ZSM-5分子筛上面NO的吸附能，附件是我的分子筛模型坐标， (, 下载次数 Times of downloads: 73) 将模型优化完并且NO吸附优化完之后得到的外推能量分别是-1901.037657，-2030.221899，NO优化完的能量是-129.8881562，经过计算得出吸附能0.70391482hartree，且不说这个能量很大，它还是正值，这就肯定不对了。。。很纳闷到底错误出在哪里了？是模型错了还是能量我取错了。。。。在线坐等，大家也可以qq群里找我，475195035

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-15 18:31
凡是使用ONIOM时遇见怪问题，最好的做法就是别用ONIOM。很多人把ONIOM过于理想化了，它会带来很多麻烦事，绝对不是简单地一划分高低层，然后计算速度一下子就“免费”地变快了。

这种体系，最好用混合基组，直接涉及到吸附的关键部分用6-31+G*，Cu用Lanl2DZdp，其余部分用3-21G*计算。这种级别绝对能算得动。涉及到弱相互作用区域最好像这样带着弥散函数。而且最好加上DFT-D3校正。

另一种更快的做法就是在MOPAC2012下面用PM7来算。

总之ONIOM能不用就尽量避免使用，除非对ONIOM的特征、细节、优缺点掌握得很透彻。

作者
Author: atom 时间: 2015-1-17 17:10
嗯嗯因为我只是用这个小模型试验一下oniom计算方法如何，我最终是想把分子筛做到500-600原子，所以想图快才想用此方法，之前的计算问题纯属个人问题，我算错了呢。。。可是现在又涉及到Svalue测试问题，我看高斯说明书上都是说s值之差约等于0才判断为计算合理，可是我做的计算吸附符合文献和实验值，可是做的s测试确实一万多，难道可以凭着这个数值说计算不合理？谢谢老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-18 04:25
你对S-value理解得不对。对于两层ONIOM，S-value是特定级别下，整体和H层区域的能量差，即没有被归入H层部分的能量。这个值显然不会接近于0，否则整体和H层就没区别了。
有的资料里写高级别的S-value和低级别的S-value应该尽量相同，即ΔS-value接近0说明划分得好，这说法也不对。因为不同级别下能量的绝对值本身就没有可比性。

所以，对于单个体系，讨论S-value是没意义的。

所谓的S-value应当接近0，正确理解是对于使用ONIOM研究一个化学反应或者研究一系列分子的能量差的时候，在特定级别下（高级别或低级别皆可），两个分子之间，或者反应前后，S-value之差应当接近于0。这样才能说明在这类研究中ONIOM划分得合理。

对于你当前研究，做S-value测试没意义，只要把H层取得足够大，在吸附位点附近留有足够的空间就够了。

作者
Author: atom 时间: 2015-1-19 23:38
嗯嗯知道了老师今天看到高斯的例子关于分子筛的原子类型后面都没有附带电荷，别的不是分子筛的算例上面都有，所以就想问您第一个问题，这个电什么时候加？加这个电荷是通过QEq方法得出的，就想附件图片，这个QEq charges就是对应的原子电荷吗？第二个问题是。既然电荷只在第一步计算中计算出来，之后就不更新了，为什么还制定原子电荷呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-20 00:30
我不知道你看的是哪个例子。对于柔性体系，原子电荷是一定要设定的，否则构象会明显不准确。而对于分子筛，由于相对来说比较刚性，决定结构的主要是成键参数，因此不定义原子电荷影响不大，可能是因为这个原因例子里省了。
但原理上来说，还是定义原子电荷为好。这个就是QEq电荷，是UFF力场标配的计算原子电荷的方法。
QEq电荷是依赖于坐标的，基于分子力场计算时QEq电荷只根据初始结构算一次，之后虽然几何结构变化了也不重算了，即假定电荷随后不受结构的变化而有明显影响。

作者
Author: atom 时间: 2015-1-22 00:49
谢谢sob老师了

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-10-1 20:38

sobereva 发表于 2015-1-15 18:31
凡是使用ONIOM时遇见怪问题，最好的做法就是别用ONIOM。很多人把ONIOM过于理想化了，它会带来很多麻烦事， ...

sob老师，请问有没有对不用原子使用不同基组的快捷方法？
比如，表层的Si O用6-31G*，下面的Si O全用3-21G*，如果一个一个标注有点过于反锁。

另外，类似于这种表面吸附的情况，如果把基底的除表层外所有原子都固定，是否合理？
谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-1 23:08

lastzealot 发表于 2015-10-1 20:38
sob老师，请问有没有对不用原子使用不同基组的快捷方法？
比如，表层的Si O用6-31G*，下面的Si O全用3-2 ...

gview打开view-atom selection界面，然后用builder里的选框工具把下层的原子全都圈上，此时atom selection editor里面就会给出被选择的原子的编号，比如1,3-7,12-16,22-26。然后直接把这个编号表示用在自定义基组设定里就行了。

合理。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-10-2 08:22

sobereva 发表于 2015-10-1 23:08
gview打开view-atom selection界面，然后用builder里的选框工具把下层的原子全都圈上，此时atom select ...

谢谢老师
另外，请问老师有写过关于ONIOM的文章吗？
我在www.sobereva.com简单翻阅了一下您以前的大作，好像没有这方面的。真想拜读一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-2 08:34

lastzealot 发表于 2015-10-2 08:22
谢谢老师
另外，请问老师有写过关于ONIOM的文章吗？
我在www.sobereva.com简单翻阅了一下您以前的大作 ...

没写过。
高斯官网上有个ONIOM白皮书可以看看

作者
Author: suntree 时间: 2018-11-9 20:00
你好，请问你的吸附能不合理的原因是什么，我也遇到了这个问题
谢谢

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