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标题: 使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-23 03:59
标题: 使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱

使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱

Using Multiwfn to plot conformationally averaged spectrum

文/Sobereva @北京科音

First release: 2017-Jun-23 Last update: 2020-Jun-18

1 前言

众所周知，柔性分子有大量构象，并且其中许多低能的构象在当前研究的温度下都是有不可忽略的分布比例的，热平衡状态时它们的比例通常使用Boltzmann公式基于高精度计算的各个构象的相对自由能来计算，见《根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例》（http://sobereva.com/165）。

不同构象的光谱往往是不同的，甚至有定性差异，特别是圆二色谱的构象敏感性颇高。为了得到能够和实际较相符的理论光谱，我们计算柔性体系光谱时应当对分布>10%（更严格时，分布>5%）的所有构象分别算出的光谱曲线，并按照构象分布比例进行加权线性组合。下面管这种方式得到的理论光谱叫做权重平均光谱或构象平均光谱。

Multiwfn（官网http://sobereva.com/multiwfn）虽然主要用处是波函数分析，但经常关注此程序的人一定知道Multiwfn也具有非常强大的绘制光谱的功能，在《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图》（http://sobereva.com/224）中做了介绍，没看过的话一定要先仔细看看。从Multiwfn 3.4版开始，Multiwfn支持直接绘制构象权重平均光谱，这大大简化了绘制这种光谱的操作步骤，本文就通过实例介绍怎么实现，比起使用任何其它程序都要方便得多。

本文的量化计算使用Gaussian09 D.01完成，最新版Multiwfn可在其官网免费下载。不熟悉Multiwfn的建议参看《Multiwfn入门tips》（http://sobereva.com/167）。本文的计算除了上述博文外还涉及以下博文的知识，缺乏基础者应当先看看：
《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://sobereva.com/327）
《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》（http://sobereva.com/314）
《谈谈谐振频率校正因子》（http://sobereva.com/221）

提醒：使用本文的方法通过Multiwfn绘制光谱，请在你的文章里引用Multiwfn启动后提示的程序原文！

2 实例：绘制plumericin的构象平均电子光谱

这里通过plumericin（鸡蛋花素）作为例子，演示怎么绘制其构象平均的UV-Vis和ECD光谱，为了简单起见不考虑溶剂效应。plumericin有四种值得考虑的构象，分别用a,b,c,d表示，如下所示

(, 下载次数 Times of downloads: 94)

a与b、c与d的差异在于图右端酯基的方向，a与c、b与d的差异在于O11是在内侧还是外侧。

2.1 准备

对这四个构象，依次做以下计算
(1)在B3LYP/6-31G*下进行优化，得到以下计算用的结构
(2)在B3LYP/6-31G*下做振动分析，计算时带着此级别下的ZPE校正因子0.9806，得到自由能校正量
(3)在M062X/def2TZVP下做单点计算
(4)将(2)的自由能校正量与(3)的单点能相加，得到准确度较好的自由能。然后根据玻尔兹曼公式计算常温下的分布比例
(5)用PBE1PBE/TZVP TD(nstates=20)关键词在PBE0/def-TZVP级别下以TDDFT方法计算最低的20个激发态

第(5)步计算的输出文件都已经提供在了Multiwfn压缩包里的examples\spectra\weighted文件夹中。

计算构象分布比例需要把自由能算得非常准。当前计算级别，只能说能给出个定性正确的分布比例，但要求定量结果较好的话，应当用更高级别计算单点能，比如DSD-PBEP86-D3/def2-QZVP。如果考察溶剂下的情况，一定要带着溶剂模型才行，否则分布比例可能严重错误。当前计算得到的a,b,c,d构象分布比率分别为60.46%、19.50%、16.86%、3.17%。因此，构象平均的UV-Vis或ECD光谱应当计算如下：
构象平均光谱=0.6046*a的光谱+0.1950*b的光谱+0.1686*c的光谱+0.0317*d的光谱

2.2 绘制构象平均的UV-Vis谱

我们写一个叫做multiple.txt的文件（必须叫这个名字），内容如下。里面每一行是上面电子激发计算的输出文件路径，之后是相应构象的出现比率。
examples\spectra\weighted\a.out 0.6046
examples\spectra\weighted\b.out 0.1950
examples\spectra\weighted\c.out 0.1686
examples\spectra\weighted\d.out 0.0317

文件路径写相对路径还是绝对路径都行。这里写的是相对路径，是对于“当前目录”而言的，如果不知道什么叫“当前目录”，看《将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧》（http://sobereva.com/237）。注意如果你用的是Linux环境，multiple.txt里涉及的有的文件的路径里有/符号或空格，则必须把路径两边加上双引号，否则文件没法载入。

如手册3.13.2节所示，Multiwfn绘制光谱绝不仅仅支持Gaussian输出文件，比如ORCA、sTDA的输出文件也支持，因此multiple.txt里引入的文件也可以是其它类型的，甚至可以不同来源文件混用。

启动Multiwfn，载入multiple.txt，然后依次输入
11  //绘制光谱的主功能
3  //UV-Vis
0  //显示光谱

马上看到下面的图
(, 下载次数 Times of downloads: 103)
图中红色粗曲线是权重平均后的UV-Vis光谱，可以直接和实验对照。如图例所示，绿、蓝、粉、黑色曲线分别是a,b,c,d四种构象的光谱。从这样的图上，非常便于比较各个构象光谱以及权重平均光谱的差异。由于构象a的比例达到60.5%，占了绝对主导，因此权重平均的光谱整体上也和构象a的比较相似。

用Multiwfn作过单个体系的光谱的人都知道图中黑色竖线对应的是量化程序直接算出来的激发能和强度数据，经过展宽就产生了理论光谱。当前图上黑色竖线是所有构象的竖线的集合，但每个构象对应的竖线的高度都已经乘过了相应的权重值。因此，可以认为当前图中红色粗曲线是由图上这些黑色竖线直接展宽产生的。

Multiwfn还可以把各个构象对权重平均的光谱的贡献曲线直接绘制出来，由此便于讨论实际光谱是如何构成的。关闭刚才的图，然后选一次选项18，然后再选0重新绘制光谱，得到下图
(, 下载次数 Times of downloads: 111)

此图中每个构象各自的光谱曲线高度已经乘上了相应的分布比率，因此，图中四个构象光谱曲线高度之和就是红色粗线；换句话说，图中绿、蓝、粉、黑线分别对应于a,b,c,d构象对权重平均光谱的贡献。从此图上明显看出，a构象的贡献是最显著的。

此图中竖线位置和高度和前一张图一样，但是此图里不同构象对应的竖线用了不同的颜色，和曲线颜色相对应。由于此图中无论是曲线高度还是竖线高度都已经是乘过构象权重值的，所以可以认为每个构象的光谱曲线是由相同颜色的竖线展宽产生的。

2.3 绘制构象平均的ECD谱

所有输入文件同上一节。还是启动Multiwfn，载入multiple.txt，然后依次输入
11  //绘制光谱的主功能
4  //ECD
2  //载入速度表象的转子强度

为了下面便于讨论，我们先选16让程序把权重平均的ECD谱的极大点和极小点位置都找出来，如下所示
Local maximum X:    181.6653    Value:       24.5974
Local maximum X:    223.9452    Value:       44.9789

Local minimum X:    158.1958    Value:       -0.0081
Local minimum X:    200.9999    Value:    -30.7966
Local minimum X:    253.6460    Value:       -5.2244

然后选0显示光谱，看到下图
(, 下载次数 Times of downloads: 103)

曲线和竖线的含义和上一节相同，不再累述。前面说过圆二色谱对构象比较敏感，确实，当前的ECD图上，各个构象光谱的差异比起它们在UV-Vis中明显更大。相对来说，a和b的谱较相似，c和d的较相似。虽然构象a的出现比例占绝对优势，因此其ECD谱（绿曲线）和权重平均的谱（红曲线）相似程度最高，但是，此图也反映，只考虑这一个构象还是不充分的，因为在<190nm的区域，如果不考虑其它构象的影响，则181.7nm处的峰就难以凸显出来。

关闭上图。为了绘制出各个构象对权重平均ECD谱的贡献，选一次18，再选0，看到下图
(, 下载次数 Times of downloads: 95)
从这个图上可以非常直观地看出权重平均ECD谱的构成。181.7nm的峰很明显是粉色曲线（构象c）所贡献的，因为它几乎和红粗线重合，而构象a,b,d在此处的贡献不仅小，而且由于贡献有正有负，彼此也很大程度抵消了。对201.0nm、253.6nm的负峰和223.9nm正峰，构象a（绿线）显然起到了主导性的贡献，因为其曲线很接近红粗线，构象b对201.0nm和223.9nm处的峰的形成也起到了推波助澜的作用，因为其贡献和构象a的符号是相同的。构象c（粉线）在223.9nm处捣蛋，产生显著负贡献，要是没有它，此处的红粗线的峰高度能明显更高。

3 总结

本文通过很简单的例子说明如何结合主流量化程序和Multiwfn绘制构象权重平均的光谱。可见过程极为简单，写个multiple.txt文件列出各个构象的输入文件以及相应比例即可。而且还可以把所有构象的曲线同时绘制出来，或者把各个构象产生的贡献绘制出来，对讨论权重平均光谱的特征极为有益。Multiwfn还提供了大量选项可以调节绘图效果，可以得到能直接用于发表的图。

另外，在绘图界面里用选项2，可以导出spectrum_curve.txt和curveall.txt到当前目录下。前者记录的是权重平均的光谱曲线数据，而curveall.txt记录的是各个构象的曲线数据，每个构象对应一列。这些文件可以导入Origin等程序来作图，届时可以更灵活地调节图像效果。

在绘图界面里还有选项21 Set status of showing weighted curve and curves of individual systems，进入其中后可以选择是只显示构象权重平均的曲线、只显示每个体系各自的曲线，还是二者同时显示。

本文的体系需要考虑的构象比较少，手工计算不麻烦，但如果体系可能有很多构象，自己懒得去一一搜索，那么最理想的做法是使用Molclus程序做构象搜索，参见《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html），使用其中的gentor组件可以很方便地大批量产生初猜构象，见《gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》（http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html）。将gentor+molclus+量化程序结合使用，你会发现超级灵活、超级便捷，而且希望精度高一些（但计算耗时高）还是希望速度快一些（计算精度低），完全可以通过调节所调用的量化程序的关键词来自由控制，用熟了之后就基本再也不想用其它构象搜索程序了。

附：同时绘制多个体系的光谱
在2017-Aug-14及之后更新的Multiwfn当中也可以同时直接绘制多个体系的光谱，比如可以把不同分子、不同级别下的光谱绘制在一起。做法很简单，把前文的multiple.txt里的权重值改成图例文字即可，这样就不会产生和显示总光谱，而且图例可以自定义。比如multiple.txt可以写成这样
examples\spectra\indigo\ZINDO.out ZINDO
examples\spectra\indigo\TD-PBE0.out TD-PBE0/6-31G*
examples\spectra\indigo\TD-PBE0_TZVP.out TD-PBE0/def-TZVP
结果如下，同时把三种不同计算级别的谱图显示出来了，便于对比。完整的绘制的例子见Multiwfn手册4.11.6节。
(, 下载次数 Times of downloads: 108)

作者
Author: niobium 时间: 2017-6-23 04:11
楼主辛苦！

作者
Author: ggdh 时间: 2017-6-23 07:16
构象平均的带振动分辨的光谱应该也能做把？
另外假设我这个体系只有一个local minimal，我跑个动力学，取1000帧，然后每帧权重设为0.001. 应该也能够用这个方法计算平均光谱？

作者
Author: dingweilu 时间: 2017-6-23 07:31
楼主辛苦！

作者
Author: lpqfnu 时间: 2017-6-23 07:45
好贴，楼主辛苦！

作者
Author: xujian 时间: 2017-6-23 10:41
sob老师，您说的这一句“用PBE1PBE/TZVP TD(nstates=20)关键词在PBE0/def-TZVP级别下以TDDFT方法计算最低的20个激发态”，意思是PBE1PBE/TZVP=PBE0/def-TZVP吗？

作者
Author: happyknighthawk 时间: 2017-6-23 14:35
对于ECD计算的数据处理，的确是省事了不少，谢谢sob老师的讲解！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-23 15:56

xujian 发表于 2017-6-23 10:41
sob老师，您说的这一句“用PBE1PBE/TZVP TD(nstates=20)关键词在PBE0/def-TZVP级别下以TDDFT方法计算最低的 ...

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-23 15:59

ggdh 发表于 2017-6-23 07:16
构象平均的带振动分辨的光谱应该也能做把？
另外假设我这个体系只有一个local minimal，我跑个动力学，取1 ...

Multiwfn目前不支持绘制振动分辨的光谱，除非自行把相应的能量、强度数据写成Multiwfn可以认的文本文件，然后再照常绘制。这种情况，也是可以如文中这样多个构象直接混合的。

可以

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-14 20:41
对官网上的Multiwfn进行了更新，现在可以非常方便地同时绘制多个体系的光谱，见本帖末尾，以及最新版手册4.11.6节的例子。

作者
Author: FZQ 时间: 2018-6-10 23:16
sob老师您好，有一个问题，如果实验中样品在测吸收谱和荧光时会分解，分解出的产物也会产生荧光，如果能知道分解的产物和原样品分子的比例，那么我是否可以用上面的方法画出它们的权重光谱？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-11 05:50

FZQ 发表于 2018-6-10 23:16
sob老师您好，有一个问题，如果实验中样品在测吸收谱和荧光时会分解，分解出的产物也会产生荧光，如果能知 ...

可

作者
Author: ericzhou93 时间: 2018-6-11 20:11
sob老师您好！
如果我有一个有机荧光分子的实验光谱（吸收光谱和荧光光谱）和优化好的基态结构（B3LYP/6-31G*，无虚频）。要如何确定哪些构象值得考虑呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-12 05:44

ericzhou93 发表于 2018-6-11 20:11
sob老师您好！
如果我有一个有机荧光分子的实验光谱（吸收光谱和荧光光谱）和优化好的基态结构（B3LYP/6-3 ...

看波尔兹曼分布是否超过比如10%

作者
Author: ggdh 时间: 2020-6-12 16:48
21 Toggle showing weighted curve, current: No
建议这里加一个状态：only。就是只显示weighted curve，而不显示每个构象的curve。
如果构象很多的情况下，这个状态很有用，如果显示全部的curve，就会很乱完全看不清。。
当然我可以把spectrum_curve的数据拿出作图，这里就是图个方便。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-13 00:37

ggdh 发表于 2020-6-12 16:48
21 Toggle showing weighted curve, current: No
建议这里加一个状态：only。就是只显示weighted curve， ...

N天之后我会加上，届时通知你

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-18 19:46

ggdh 发表于 2020-6-12 16:48
21 Toggle showing weighted curve, current: No
建议这里加一个状态：only。就是只显示weighted curve， ...

我今天更新了multiwfn 3.7(dev)，进入选项21之后，可以选择只显示权重的光谱、只显示每个体系的光谱，以及将它们同时显示。

另外你在群里提到的载入多体系时设置振子强度的功能也已经改进了，目前可以通过范围语句选择要修改振子强度的体系序号

作者
Author: wangchunchun 时间: 2020-10-8 17:13
尊敬的sob老师，请问如果要计算某分子在溶剂下的权重分布比例，我知道单点能是需要在溶剂条件下计算，那请问老师，优化振动文件也需要在溶剂下计算吗？还是说优化振动文件使用气相条件下的输出文件呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-10 00:35

wangchunchun 发表于 2020-10-8 17:13
尊敬的sob老师，请问如果要计算某分子在溶剂下的权重分布比例，我知道单点能是需要在溶剂条件下计算，那请 ...

只要体系局部不显离子性，气相还是溶剂模型下做opt freq皆可
没有判断能力就一律在溶剂模型下做opt freq

作者
Author: wangchunchun 时间: 2020-12-13 14:36
sob老师，您好，请教一个问题，我先在气相条件下算了脂肪酸分子的优化和振动，我是需要计算一个脂肪酸分子在气相条件下的红外光谱，那单点能的计算需要加溶剂吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-14 01:22

wangchunchun 发表于 2020-12-13 14:36
sob老师，您好，请教一个问题，我先在气相条件下算了脂肪酸分子的优化和振动，我是需要计算一个脂肪酸分子 ...

你要算红外光谱，和单点能有什么关系？你也没体现你为什么要提到溶剂。

作者
Author: wangchunchun 时间: 2020-12-15 11:40
本帖最后由 wangchunchun 于 2020-12-15 11:41 编辑

sobereva 发表于 2020-12-14 01:22
你要算红外光谱，和单点能有什么关系？你也没体现你为什么要提到溶剂。

sob老师您好，因为我是想算构象权重平均红外光谱，就需要考虑构象的比例，但是我本来打算做的光谱是气相的不加溶剂的，所以我最开始做的是用气相条件下振动的输出文件，以及更高级别的基组算出来的单点能的电子能量，把这两者放到shermo里算构象占比。
可是在看“使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据”这篇博文的时候，里面说构象分布比例必须恰当考虑溶剂效应。
所以我想请问一下，照这样看如果我想做一个构象权重平均红外谱是不是也得做溶剂条件下的，否则由气相条件下的振动输出文件和由气相条件下的单点能计算得到的电子能量来得到的构象分布是不行的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-15 14:56

wangchunchun 发表于 2020-12-15 11:40
sob老师您好，因为我是想算构象权重平均红外光谱，就需要考虑构象的比例，但是我本来打算做的光谱是气相 ...

你到底要做气相里的光谱还是溶剂里的光谱？
如果你研究的就是气相，当然不需要加溶剂。sob老师的意思是，当你研究的是溶剂里的过程时，必须考虑溶剂效应，不是说即使你研究的是气相过程也要考虑溶剂效应。

作者
Author: liuhe 时间: 2022-3-22 15:02
本帖最后由 liuhe 于 2022-3-22 15:06 编辑

sob老师，我这波尔兹曼分布最大的蓝色线（32.8%）怎么没有显出来?，还有其他较低分布的线也没有表现出来，根据博文里做的 (, 下载次数 Times of downloads: 77)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-22 16:09

liuhe 发表于 2022-3-22 08:02
sob老师，我这波尔兹曼分布最大的蓝色线（32.8%）怎么没有显出来?，还有其他较低分布的线也没有表现出来， ...

看一下是不是蓝色线在这个区域里没有吸收，和x轴重合了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-23 08:21

liuhe 发表于 2022-3-22 15:02
sob老师，我这波尔兹曼分布最大的蓝色线（32.8%）怎么没有显出来?，还有其他较低分布的线也没有表现出来， ...

32.8%的蓝色曲线显示出来了，仔细看，几乎和Y=0是重合的，说明这个构象虽然Boltzmann分布比例大，但是其ECD信号非常弱，单独画的时候几乎看不到

作者
Author: liuhe 时间: 2022-3-23 10:01

sobereva 发表于 2022-3-23 08:21
32.8%的蓝色曲线显示出来了，仔细看，几乎和Y=0是重合的，说明这个构象虽然Boltzmann分布比例大，但是其E ...

老师，这权重平均的光谱不就没意义了，怎么调整才能表现出来？还是只能单独做ECD谱了
？

作者
Author: liuhe 时间: 2022-3-23 10:02

wzkchem5 发表于 2022-3-22 16:09
看一下是不是蓝色线在这个区域里没有吸收，和x轴重合了

看到了老师有什么办法调整吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-23 13:51

liuhe 发表于 2022-3-23 10:01
老师，这权重平均的光谱不就没意义了，怎么调整才能表现出来？还是只能单独做ECD谱了
？

当然有意义，即便2号构象没有明显的ECD信号，由于它占了权重，自然也影响了权重光谱。

你若只想清楚地看2号构象的ECD图，单独对这个构象绘图就完了。

作者
Author: liuhe 时间: 2022-3-23 18:54

sobereva 发表于 2022-3-23 13:51
当然有意义，即便2号构象没有明显的ECD信号，由于它占了权重，自然也影响了权重光谱。

你若只想清楚地 ...

了解，谢谢sob老师

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