计算化学公社

标题: 高斯使用volume后的两点疑问 [打印本页]

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2017-6-27 11:17
标题: 高斯使用volume后的两点疑问
高斯使用volume后有两点疑问：
1. 常用的范德华半径有两种：0.001 au (气相) 和 0.002 au (凝聚相)，高斯默认是使用0.001
我尝试计算凝聚相中的体积，但使用
#p b3lyp/6-311+g(d,p) volume iop(6/45=512000) 和
#p b3lyp/6-311+g(d,p) volume iop(6/45=512000) scrf
这两者均使用的是基于 0.001的范德华表面，第二个明明使用了溶剂模型，怎么不是 0.002呢？
怎样使用 0.002 的范德华半径？

2. 计算完后，会有这样的结果
Molar volume = 298.318 bohr**3
Recommended a0 for SCRF calculation = 2.91 angstrom ( 5.51 bohr)
下一个是Onsager溶剂模型适用的溶质半径，那么第一个根据V=4/3*pi*r^3求解出来的半径是什么？
明显发现，第一个比较小，半径的选取有什么依据或原则？

作者
Author: Frank 时间: 2017-6-27 17:45
半径选择没有一个普适方法，如果用Onsager模型，可以用Suppan方程 a=(3M/4piΩN),其中N和M分别为阿伏伽德罗常数和分子量，Ω为溶质的体积密度。或者 Clausius-Mossotti equation

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-27 18:09
高斯不会那么聪明，手册里也没写用了scrf就会默认用0.002，更何况0.001和0.002也只是个经验性的标准

用Multiwfn计算，界面里直接就能设定等值面用多大数值。而且Multiwfn的定量分子表面模块算体积，精度又高速度又快
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

第二个问题在上文也详细写了

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2017-6-27 20:46

Frank 发表于 2017-6-27 17:45
半径选择没有一个普适方法，如果用Onsager模型，可以用Suppan方程 a=(3M/4piΩN),其中N和M分别为阿伏伽德罗 ...

你好，关于Suppan方程，这个有没有文献说明下？google搜索后看到是光激发之类的方程式
Clausius-Mossotti equation中不涉及半径R，一般说的R也是通过V=4/3*pi*r^3计算的

作者
Author: Frank 时间: 2017-6-27 22:02

赵云跳槽发表于 2017-6-27 20:46
你好，关于Suppan方程，这个有没有文献说明下？google搜索后看到是光激发之类的方程式
Clausius-Mossott ...

分别看这两篇文献
S. Paul, Chem. Phys. Lett., 1983, 94, 272.
J. Rivail, D. Rinaldi, Chem. Phys. 18 (1976) 233.

作者
Author: 赵云跳槽 时间: 2017-7-1 22:59

Frank 发表于 2017-6-27 22:02
分别看这两篇文献
S. Paul, Chem. Phys. Lett., 1983, 94, 272.
J. Rivail, D. Rinaldi, Chem. Phys. 1 ...

看了这两篇文献，实际上没有那个什么“Suppan方程”，说的都是Clausius-Mossotti方程

”Suppan方程“可能是因为第一篇文献作者是Paul Suppan的缘故

作者
Author: Frank 时间: 2017-7-2 17:50

赵云跳槽发表于 2017-7-1 22:59
看了这两篇文献，实际上没有那个什么“Suppan方程”，说的都是Clausius-Mossotti方程

”Suppan方程“ ...

第一，存在Suppan方程这个说法，例如Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy 51.4 (1995): 603-615.这篇文献
第二，两个方程还是不同的，Suppan方程用体密度和分子量计算半径；C-M方程用极化率来计算。二者之间是否可以转化我没研究过，不确定。

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