计算化学公社

标题: dalton程序的执行问题 [打印本页]

作者
Author: stephenmessi 时间: 2017-6-27 22:33
标题: dalton程序的执行问题
各位老师好，请问一下用怎样的方法能执行dft_b3lyp_cart.dal和H2O_intgrl.mol这两个文件得到dft_b3lyp_cart_H2O_intgrl.out文件？（这都是dalton中自带的例子），本人初次接触dalton，十分感谢。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-6-28 07:37
我们这边是，需要.dal文件，.mol文件，然后还需要一个pbs文件。就是往机器上提交的文件，
下面是我们这边的pbs脚本文件，关于你们那边的，你可以咨询一下你们的集群管理员，和我们这个应该差距不大
#!/bin/sh
#PBS -N TPA
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l walltime=14400:00:00
#PBS -q DALTON
#PBS -j oe

NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

ulimit -s unlimited

#Dalton-2013
export PATH=/home/fanjz/globle/software1/DALTON-2013.3-Source/build:$PATH
source /home/software/intel/Compiler/11.1/072/bin/ifortvars.sh intel64
source /home/software/intel/Compiler/11.1/072/bin/iccvars.sh intel64
source /home/software/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvarsem64t.sh
export PATH=/home/software/openmpi-1.4.4-Intel/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/software/openmpi-1.4.4-Intel/lib
export OMP_NUM_THREADS=1
#Dalton-2013

cd $PBS_O_WORKDIR

dalton -N $NPROCS -t /tmp/$PBS_JOBID spinorbit.dal 4czipn-t1.mol

rm -rf /tmp/$PBS_JOBID

仅供参考

作者
Author: stephenmessi 时间: 2017-6-28 09:47
谢谢，我看到教程里说要创建一个run.sh的脚本文件运行，和您这里的pbs文件是一回事吗？还有请问一下例子中的test文件有什么用吗？十分感谢。

作者
Author: 哇哇吐 时间: 2017-12-15 07:58
我也想知道dalton中的例子怎么进行测试，菜鸟一枚，请问楼主知道如何提交dalton计算么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-15 14:09

哇哇吐发表于 2017-12-15 07:58
我也想知道dalton中的例子怎么进行测试，菜鸟一枚，请问楼主知道如何提交dalton计算么？

运行：一般情况需要一个.dal文件，内含计算任务的说明；还需要一个.mol文件，内含分子结构、基组定义
运行的格式是dalton [选项] [.dal] [.mol]，例如dalton -N 4 DFT1 H2O
代表用4个MPI进程，用DFT1.dal里定义的任务去算H2O.mol里的体系，运行后会在当前目录产生DFT1_H2O.out输出文件，以及.tar.gz文件，内含输出的各种零碎文件。任务运行过程中文本界面可能会出现很多warning，不用管。
运算的时候文件都在DALTON_TMPDIR定义的目录里，算完之后会再被拷出来到当前目录

另一种运行方式：dalton hf。此时hf.dal文件里面包含了所有运行要用的信息。虽然有的任务可以这么执行，但很多任务必须像上面那样把.dal和.mol分开写。

作者
Author: iamjjLin 时间: 2023-1-8 00:07

sobereva 发表于 2017-12-15 14:09
运行：一般情况需要一个.dal文件，内含计算任务的说明；还需要一个.mol文件，内含分子结构、基组定义
运 ...

sob老师，请问：如果我要用dalton计算S1和T1之间的SOC常数，使用以上运行格式，其中[.mol]那里只能填一个文件吗？如果需要填两个文件名，那应该用什么格式？如果只需要一个，那是使用S1.mol文件，还是T1.mol文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-8 05:49

iamjjLin 发表于 2023-1-8 00:07
sob老师，请问：如果我要用dalton计算S1和T1之间的SOC常数，使用以上运行格式，其中[.mol]那里只能填一个 ...

各个几何结构都可以算SOC，用什么几何结构取决于你的目的。显然只能写一个结构

用什么结构算看具体问题，公社论坛首页全文搜索框搜，很多人问过此问题也早有人回复过

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