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标题: freeze纳米管的情况下跑npt报lincs warning错误 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2017-6-29 15:37
标题: freeze纳米管的情况下跑npt报lincs warning错误
各位前辈，小弟在模拟二氧化硅纳米管，想把纳米管freeze的情况下，对管长方向控压，跑个npt，使水达到合适的密度，但是体系报lincs warning的错
如果去掉纳米管的freeze则没问题，如果直接跑nvt也没问题。
以下是控压部分的mdp：
; Semiisotropic pressure coupling is now on
Pcoupl             =  Parrinello-Rahman
Pcoupltype       =  semiisotropic
tau_p             =  2.0 2.0
compressibility    =  0 4.5e-5
ref_p             =  0 1.0
refcoord_scaling = all

请各位大侠指教，如何在freeze纳米管的情况下跑npt

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-6-29 16:19
mdp中有个
你在设置的时候，不考虑二氧化硅纳米管这个 group 之间的相互作用

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-29 21:31
控压和freeze一起用容易出问题，可以尝试用2L方式解决，或者你改成限制(restraint)而非冻结也能解决

作者
Author: mol 时间: 2017-6-30 08:47

ruanyang 发表于 2017-6-29 16:19
mdp中有个
你在设置的时候，不考虑二氧化硅纳米管这个 group 之间的相互作用

多谢，但是按如下mdp设置后，提示warning:Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups
请问可能是什么原因？
; Energy monitoring
energygrps       =  BOT SOL
energygrp_excl    =  BOT BOT SOL SOL

; Semiisotropic pressure coupling is now on
Pcoupl             =  Parrinello-Rahman
Pcoupltype       =  semiisotropic
tau_p             =  2.0 2.0
compressibility    =  0 4.5e-5
ref_p             =  0 1.0
refcoord_scaling = all
freezegrps       = BOT
freezedim          = Y  Y  Y
periodic_molecules  = yes

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-6-30 09:12
直接忽略这个warning
https://mailman-1.sys.kth.se/pip ... 11-June/062513.html

作者
Author: mol 时间: 2017-6-30 09:24

ruanyang 发表于 2017-6-30 09:12
直接忽略这个warning
https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2011-June/062513.h ...

用-maxwarn 1忽略之后跑npt还是报lincs warning...

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-6-30 09:27
这个我就不清楚了！我一般情况下是可以解决的，是不是版本或者是其它的问题，建议你试试Sob老师说的那个 constraints 的方法

作者
Author: mol 时间: 2017-6-30 09:30

ruanyang 发表于 2017-6-30 09:27
这个我就不清楚了！我一般情况下是可以解决的，是不是版本或者是其它的问题，建议你试试Sob老师说的那个 co ...

恩，正在看这个方法呢，多谢了^_^

作者
Author: mol 时间: 2017-6-30 09:32

ruanyang 发表于 2017-6-30 09:27
这个我就不清楚了！我一般情况下是可以解决的，是不是版本或者是其它的问题，建议你试试Sob老师说的那个 co ...

你用的版本是多少？

作者
Author: cavalier 时间: 2020-4-13 11:18

mol 发表于 2017-6-30 08:47
多谢，但是按如下mdp设置后，提示warning:Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy g ...

  我在进行类似模拟时发现有下面这个note，是不是一定要用 Berendsen pressure
  coupling。总之我注意到你也是用Parrinello-Rahman pressure
  coupling的。
NOTE：
  You are combining position restraints with Parrinello-Rahman pressure
  coupling, which can lead to instabilities. If you really want to combine
  position restraints with pressure coupling, we suggest to use Berendsen
  pressure coupling instead.
其实我不明白为什么Parrinello-Rahman pressure
  coupling不行，两种方法有什么区别呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-15 00:38

cavalier 发表于 2020-4-13 11:18
我在进行类似模拟时发现有下面这个note，是不是一定要用 Berendsen pressure
coupling。总之我注意 ...

本来也没必要非得用PR压浴，对于一般体系并不会体现出比berendsen有显著好处，对于当前情况如提示所示还有不稳定的可能，没必要纠结于此

作者
Author: cavalier 时间: 2020-4-16 11:51

sobereva 发表于 2020-4-15 00:38
本来也没必要非得用PR压浴，对于一般体系并不会体现出比berendsen有显著好处，对于当前情况如提示所示还 ...

感谢sob老师！
然而在此基础上，我仍然有两个问题，请问：
1.两种压浴算法上到底有何差别，适用情况如何判断？虽然关于算法，手册上有提到，但是看得不是很明白，当然我还会继续仔细的研究。
2.refcoord_scaling选项的算法原理是什么？这个选项我倒确实没找到比较详细的介绍。里面有三个选项，no，all,com。主要是all和com有什么区别，当然，如果知道算法，我想应该就能判断区别了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-16 13:41

cavalier 发表于 2020-4-16 11:51
感谢sob老师！
然而在此基础上，我仍然有两个问题，请问：
1.两种压浴算法上到底有何差别，适用情况如 ...

1 PR压浴适合产生相模拟，好处是可以产生严格正确的NPT系综，但不适合平衡相，因为容易震荡。Berendsen压浴的诟病是没法产生精确的NPT系综，但体系粒子数较多的情况下这个问题可以忽略不计。

2 (, 下载次数 Times of downloads: 70)

作者
Author: cavalier 时间: 2020-4-17 10:53
本帖最后由 cavalier 于 2020-4-17 10:57 编辑

sobereva 发表于 2020-4-16 13:41
1 PR压浴适合产生相模拟，好处是可以产生严格正确的NPT系综，但不适合平衡相，因为容易震荡。Berendsen压 ...

感谢sob老师！上述问题我基本明白了。
经检查：我测试发现，两种压浴算法，无论ref-p设置为1bar，还是较高的1500bar，甚至10000bar，通过简单观察log文件里记录的压强，发现确实涨落都很大，几十或几百bar不等（确实PR压浴涨落更大）。
我的体系原先是简单的bulk水里悬浮着一个碳纳米管，本意是通过加压研究一些受限的冰相，现在看来，是不是不太可靠了？毕竟如果ref-p设置为1bar，一涨一落相差个几百bar，误差也太大了吧。
我计划构建一个在管的两边各加石墨板的系统，xyz均冻结石墨烯（因为这样板不会变形），然后施加加速度。这样肯定可以施加一个比较稳定的压强了吧。但是我有个小疑惑，明明已经冻结了，为什么加加速度就能让板动起来呢，那这样压力怎么算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-19 00:45

cavalier 发表于 2020-4-17 10:53
感谢sob老师！上述问题我基本明白了。
经检查：我测试发现，两种压浴算法，无论ref-p设置为1bar，还是较 ...

涨落几百bar是非常正常的事情，你做模拟做多了就更清楚这点了。需要关注的是平均压力，不要管瞬时压力。体系越大涨落越小。
如果你把板用freeze冻结了，还把它设成加速度的组，理应不会动起来

作者
Author: cavalier 时间: 2020-4-19 11:01

sobereva 发表于 2020-4-19 00:45
涨落几百bar是非常正常的事情，你做模拟做多了就更清楚这点了。需要关注的是平均压力，不要管瞬时压力。 ...

感谢sob老师！
压力方面，学到了！
至于冻结同时加加速度，我和师弟做过在不同的体系里都用过，冻结的石墨平面都会运动。
最近我构建了一个类似注射器的系统，平行于z向的CNT，管口两侧有挡板，然后再在外边水库加平行于xy的石墨平面。我分别用两种方式驱动：
1.仅在x，y方向上冻结石墨平面，施加z向加速度。
2.完全冻结石墨平面，并施加z向加速度。
结果：
1.平面具有左右振动地运动，在驱动力和内部压强差不多的时候会原地震荡，如果管另一侧加一个更大的反向驱动，这个板会被推回去。所以我觉得这个系统是合理的，除了板会一定程度地变形，但是在另一个帖子已经请教过了，现在把键参数都提升了50倍，虽然确实还是不够漂亮，但是好多了。
2.平面不会振动，像一堵墙一样推动水。如果内部水压随压缩而升高，平面会原地不动。即使在管另一侧加一个反向的驱动，这块板也绝对不会后退。
附：对于前面两种方式，如果施加一样大小的加速度，且系统其它结构一样，方式2，也就是完全冻结的平面，运动速度会显著大于仅x，y冻结的平面。对于驱动力压强，我现在是这么衡量的，如果仅冻结xy，压强应该可以用m*a/S这样计算吧？但是对于完全冻结的平面，压强到底有多大，感觉不能用m*a/S计算了，而且现在看来，恐怕完全冻结还施加加速度根本就不可靠。
最后，想确认一下，平面仅冻结xy，施加z向加速度，的方式和压强大致计算应该没什么问题吧？

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