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标题: antechamber程序中的APS.dat文件 [打印本页]

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-6-30 14:27
标题: antechamber程序中的APS.dat文件
不知道哪位老师，有研究过amber中antechamber中dat文件夹中的内容，最近在拟合Se原子的力场参数时，因为没有Se 原子，在生成gro,top.时，遇到报错信息：The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/vol6/home/yuanping/program/amber14/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber
于是查找google了一下，在Amber mail list有人问过这个问题的解决方案，,Amber程序的开发者JunmeiWang，给的回答是http://structbio.vanderbilt.edu/ ... chive/2009/5362.php
modify the $AMBERHOME/dat/antechamber/APS.DAT file to append one line
describing the APS parameter for Se
it should like:
APS Se 34 2 * * 0 * * * * *
然而并不懂文件中默认的东西。[attach]9449[/attach]不知道这几个是AV0..代表什么意思？请问有知道的老师吗？非常感谢。

作者
Author: ggdh 时间: 2017-6-30 22:30
Atomic Penalty Scores (aps) For Different Atom Types In Bond Type Perception., AV0-AV6 Stand For Atomic Valence 0 to 6.

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-7-1 10:42

ggdh 发表于 2017-6-30 22:30
Atomic Penalty Scores (aps) For Different Atom Types In Bond Type Perception., AV0-AV6 Stand For Ato ...

非常感谢您，请问您有改过这个文件的经验吗？感谢指点。

作者
Author: ggdh 时间: 2017-7-2 15:39
本帖最后由 ggdh 于 2017-7-2 15:42 编辑

guoy14iccas 发表于 2017-7-1 10:42
非常感谢您，请问您有改过这个文件的经验吗？感谢指点。

Se和S很像，找个S的复制过来就行了。不过S的价态多。找相应价态的复制过来，比如2价的S AV2那里就是0

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-7-3 09:47

ggdh 发表于 2017-7-2 15:39
Se和S很像，找个S的复制过来就行了。不过S的价态多。找相应价态的复制过来，比如2价的S AV2那里就是0

非常感谢

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