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标题: 新手求教AMBER的相关问题 [打印本页]

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-7-1 17:12
标题: 新手求教AMBER的相关问题
各位老师好，刚学习AMBER这个软件，所有的东西都不是很懂，我先说一下，我是在Ubuntu系统下安装的amber，我想请教几个问题：第一：我现在想构建一个DNA小片段，教程里说需要使用文本文档编辑一个
molecule m;

m = fd_helix( "abdna", "aaaaaaaaaa", "dna" );
putpdb( "nuc.pdb", m, "-wwpdb");
保存为nuc.nab
我想知道这个文件保存在哪？
第二个问题是：在调用sander的时候需要这三个文件
The sander input files are available here:
01_Min.in
02_Heat.in
03_Prod.in
这三个文件保存在哪？
还有就是我调用程序的时候会出现
未找到命令
希望各位给一些指导

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-7-1 17:13
yb@yb-VirtualBox:~$ cd amber16/
yb@yb-VirtualBox:~/amber16$ cd bin
yb@yb-VirtualBox:~/amber16/bin$ xleap
xleap：未找到命令

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-7-1 17:26
yb@yb-VirtualBox:~$ cd amber16/bin/
yb@yb-VirtualBox:~/amber16/bin$ ./nab nuc.nab
/home/yb/amber16/bin/to_be_dispatched/nab: nuc.nab: no such file (arg # 1)

作者
Author: milkxx 时间: 2017-7-1 19:12

qq8942128 发表于 2017-7-1 17:13
yb@yb-VirtualBox:~$ cd amber16/
yb@yb-VirtualBox:~/amber16$ cd bin
yb@yb-VirtualBox:~/amber16/bin$ ...

如果文本界面应该用tleap

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-7-1 22:14

milkxx 发表于 2017-7-1 19:12
如果文本界面应该用tleap

非常感谢，我想请问一下，我是想设计一个DNA片段，需要用文本文档储存一些命令，我想问一下这个文本文档保存在哪？我主要是用NAB这个程序，但是调用NAB的时候显示无法找到文本

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-2 00:56
搞不清楚路径就写绝对路径呗，比如/home/test/nuc.pdb

作者
Author: milkxx 时间: 2017-7-2 10:30

qq8942128 发表于 2017-7-1 22:14
非常感谢，我想请问一下，我是想设计一个DNA片段，需要用文本文档储存一些命令，我想问一下这个文本文档 ...

nab 一般在amber安装目录bin目录下，在不清楚PATH的情况下写绝对路径绝对是个好建议
另外说明一下 nab 属于ambertools

作者
Author: qq8942128 时间: 2017-7-2 13:37
非常感谢但是我现在又遇到一个新的问题我想构建一个简单的DNA片段根据教程里的步骤走但是却输出不了结果，只得到一个文件内容为：
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
#include <assert.h>
#include "nabcode.h"
extern char NAB_rsbuf[];
static int mytaskid, numtasks;

static MOLECULE_T *m;

int main( argc, argv )
int argc;
char *argv[];

{
nabout = stdout; /*default*/

mytaskid=0; numtasks=1;

static STRING_T *__st0001__ = NULL;

m = bdna( STEMP( __st0001__, "cgcgaattcgcg" ) );

putpdb( "nuc.pdb", m, NULL );

exit( 0 );

}

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