计算化学公社

标题: 能否计算有机分子在纳米粒子表面的结构？ [打印本页]

作者
Author: ca0yan9 时间: 2017-7-4 20:39
标题: 能否计算有机分子在纳米粒子表面的结构？
做了个课题，是有机物和纳米粒子在表面吸附的问题，想优化结构和给出有机分子（含1~2个B原子）在表面的最优结构，最好能与测的11B对照，请有关计算公司帮忙处理，暂时不知可行性如何，能否得到与实验结果相同或类似的情况。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-5 06:12
这种任务能计算，比如可以对分子做构象搜索，筛出一批能量较低的结构，自动摆放到纳米粒子表面，然后再优化，再看哪种优化后能量最低。可以直接跑MD，通过反复退火来找能量最低结合方式。只要你找的代算有足够水平，是可以得到有用结果的。

作者
Author: ca0yan9 时间: 2017-7-5 09:32

sobereva 发表于 2017-7-5 06:12
这种任务能计算，比如可以对分子做构象搜索，筛出一批能量较低的结构，自动摆放到纳米粒子表面，然后再优化 ...

谢谢老师，但是其中有个问题，比较复杂的是分子是化学吸附到表面，B吸附在表面后配位环境发生改变，由sp2变为sp3状态，请问这样的情况下需要我们事先将初始结构做处理，感觉处理一下运算量会轻松一些，而且会减少得到和实际情况不同的结果？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-5 09:57

ca0yan9 发表于 2017-7-5 09:32
谢谢老师，但是其中有个问题，比较复杂的是分子是化学吸附到表面，B吸附在表面后配位环境发生改变，由sp2 ...

你可以先把分子和表面离得较近，适当调节结构，使化学吸附位置处它们基本能靠化学键作用上，然后优化。基于这个结构，再去通过扭转各个可旋转的键来找到能量最低结合方式。

作者
Author: ca0yan9 时间: 2017-7-5 14:03

sobereva 发表于 2017-7-5 09:57
你可以先把分子和表面离得较近，适当调节结构，使化学吸附位置处它们基本能靠化学键作用上，然后优化。 ...

谢谢老师，我试试看。

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