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标题: Gaussian里的clean功能大家到底用不用 [打印本页]

作者
Author: kyuu 时间: 2017-7-7 09:17
标题: Gaussian里的clean功能大家到底用不用
建模后，Gaussian里的clean structure功能确实是挺实用的，但是用过clean之后直接做结构优化可能算出来的不是最优的结构，一般建议是拉一下某个键长，
其实我想问大家，1.用不用clean功能，2. 拉不拉键长，拉多少 3. 选择哪里的键比较合适
如果是螯合物的情况下，是改金属原子附近好还是其他部分不太重要的键？

作者
Author: steven 时间: 2017-7-7 09:43
我也挺想知道这个问题.
有个师兄告诉我不用clean,建完之后先半经验优化一下,我也是一直这么做的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-7 12:39
“拉某个键”并非什么常用、好的做法
如果是存在诸多可能的构象，应当去旋转可旋转的键再分别优化

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-7 12:41

steven 发表于 2017-7-7 09:43
我也挺想知道这个问题.
有个师兄告诉我不用clean,建完之后先半经验优化一下,我也是一直这么做的

clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪电按钮立马就用UFF优化。这比clean的那种优化效果往往好得多，尤其是clean经常给出很恶心的结果。
(, 下载次数 Times of downloads: 122)

作者
Author: kyuu 时间: 2017-7-7 14:43

sobereva 发表于 2017-7-7 12:39
“拉某个键”并非什么常用、好的做法
如果是存在诸多可能的构象，应当去旋转可旋转的键再分别优化

这.....其实.....是高斯官方培训的时候这么教的，教员名字我就不提了。
所以UFF优化后直接提交任务？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-7 18:39

kyuu 发表于 2017-7-7 14:43
这.....其实.....是高斯官方培训的时候这么教的，教员名字我就不提了。
所以UFF优化后直接提交任务？

UFF只是简单粗暴地预优化一下，很大体系一眨眼功夫也优化完了，比扫把工具结果更稳妥。
如果初始结构建得可能不太理想，特别是可能存在很多过近接触，DFT优化前建议先UFF预优化一下。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-7-7 18:47

sobereva 发表于 2017-7-7 12:41
clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪 ...

话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-7-7 18:49

冰释之川发表于 2017-7-7 18:47
话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

我感觉比UFF好很多

作者
Author: steven 时间: 2017-7-7 20:08

sobereva 发表于 2017-7-7 12:41
clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪 ...

谢谢老师学到了!

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-7 22:08

冰释之川发表于 2017-7-7 18:47
话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

MM2、MMFF都是高精度有机分子力场，对有机体系绝对完爆UFF
UFF主要好处是普适性好

作者
Author: kyuu 时间: 2017-7-8 08:17
本帖最后由 kyuu 于 2017-7-8 10:34 编辑

sobereva 发表于 2017-7-7 22:08
MM2、MMFF都是高精度有机分子力场，对有机体系绝对完爆UFF
UFF主要好处是普适性好

如果是1D PBC高聚物的场合，如何预优化和优化

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-8 13:39

kyuu 发表于 2017-7-8 08:17
如果是1D PBC高聚物的场合，如何预优化和优化

按照PBC计算，常规优化就行了
PBC计算的时候不支持力场和半经验，所以预优化就用小点的基组来做

作者
Author: zl20n 时间: 2017-7-8 17:11

sobereva 发表于 2017-7-7 22:08
MM2、MMFF都是高精度有机分子力场，对有机体系绝对完爆UFF
UFF主要好处是普适性好

如果是对于过渡金属配合物（有机配体）来说那？MM2还是UFF?

作者
Author: kyuu 时间: 2017-7-8 17:51

sobereva 发表于 2017-7-8 13:39
按照PBC计算，常规优化就行了
PBC计算的时候不支持力场和半经验，所以预优化就用小点的基组来做

我最近对高斯做1D PBC比较感兴趣，用聚乙烯在09上试了一下，l9999错误，
#p opt freq HSEh1pbe/6-31g*/auto IOp(3/74=-51) int=ultrafine
请问这个输入指令有问题吗
另外我想问一下，因为我学高斯（G16）的时候，老师说，如果做PBC，请用纯泛函，可能Scuseria在09介绍PBC的时候是推荐过HSEh1pbe的，但那不是杂化泛函吗。所以用纯泛函是出于经济，还是结果可靠性呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-8 17:56

zl20n 发表于 2017-7-8 17:11
如果是对于过渡金属配合物（有机配体）来说那？MM2还是UFF?

UFF

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-8 17:57

kyuu 发表于 2017-7-8 17:51
我最近对高斯做1D PBC比较感兴趣，用聚乙烯在09上试了一下，l9999错误，
#p opt freq HSEh1pbe/6-31g*/a ...

看具体报错，如果是结合优化发生震荡、没收敛，看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

做PBC绝不是非得用纯泛函。
杂化泛函比纯泛函能得到更好的结果，但是太昂贵。HSE06性能能达到杂化泛函当中较好的水准，又由于它是范围分离泛函，对于基于高斯函数的PBC计算来说耗时在全局杂化泛函和纯泛函之间。所以如果能承受比纯泛函更高的计算耗时，是很推荐用HSE06的
不过只有纯泛函才能靠密度拟合加速计算，但高斯在密度拟合这方面搞得不怎么样，用了密度拟合甚至有时候耗时不降反升。

作者
Author: kyuu 时间: 2017-7-9 12:19
本帖最后由 kyuu 于 2017-7-9 13:50 编辑

sobereva 发表于 2017-7-8 17:57
看具体报错，如果是结合优化发生震荡、没收敛，看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http:/ ...

几何优化收敛四个No，加了calcall后，l1110 error，NB too large for integers on this machine，可能是内存不够大？设的10G。
高斯也知道自己搞的不好，找了个组搞机器学习做最优拟合, 有钱任性随便作

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-9 18:47

kyuu 发表于 2017-7-9 12:19
几何优化收敛四个No，加了calcall后，l1110 error，NB too large for integers on this machine，可能是 ...

和内存没关系。没更充分信息没法说
高斯的几何优化是几乎所有程序里最好的

作者
Author: fortinbras 时间: 2017-7-11 17:26

sobereva 发表于 2017-7-7 12:41
clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪 ...

sob老师您好，我想请问一下，如何建这样的快捷键呢？谢谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-11 21:50

fortinbras 发表于 2017-7-11 17:26
sob老师您好，我想请问一下，如何建这样的快捷键呢？谢谢~

(, 下载次数 Times of downloads: 283)

作者
Author: fortinbras 时间: 2017-7-12 10:01

sobereva 发表于 2017-7-11 21:50

谢谢老师~~

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2017-9-3 15:50
本帖最后由非柳暗花明于 2017-9-3 15:52 编辑

冰释之川发表于 2017-7-7 18:47
话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的MMFF预优化一样么？麻烦了

作者
Author: kyuu 时间: 2017-9-3 17:49

非柳暗花明发表于 2017-9-3 15:50
请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的M ...

Save as里文件格式选Gaussian(.gjf) 另计算也可以走Chem3D里的Gaussian接口

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-9-4 08:54

非柳暗花明发表于 2017-9-3 15:50
请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的M ...

输出直接选择*.gjf格式呀

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2017-9-4 21:08

冰释之川发表于 2017-9-4 08:54
输出直接选择*.gjf格式呀

谢谢

作者
Author: 非柳暗花明 时间: 2017-9-4 21:08

kyuu 发表于 2017-9-3 17:49
Save as里文件格式选Gaussian(.gjf) 另计算也可以走Chem3D里的Gaussian接口

谢谢

作者
Author: JYM· 时间: 2019-9-28 15:30

sobereva 发表于 2017-7-11 21:50

sob老师您好，请问一下 UFF opt 就是用 PM6 进行预优化吗？也就是跟找过渡态可以先用便宜的基组算一下是一个道理吗？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-29 02:35

JYM· 发表于 2019-9-28 15:30
sob老师您好，请问一下 UFF opt 就是用 PM6 进行预优化吗？也就是跟找过渡态可以先用便宜的基组算一下是 ...

显然不是
UFF对应的是UFF力场

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-9-29 12:12
从来不用Chem3D
clean非常方便少数几个缺点就是对于大体系可能会卡很久以及有些时候会陷入奇怪的构象（再手动调一调再clean就行了）
虚线键往往clean出来会太长此时手动拉一拉是有好处的不过找过渡态都是先冻结一两个自由度做限制性优化拉不拉区别不大

作者
Author: JYM· 时间: 2019-9-29 23:11

sobereva 发表于 2019-9-29 02:35
显然不是
UFF对应的是UFF力场

谢谢sob老师！那UFF优化的快捷键scheme具体要怎么设置呢？是把 keywords 写成 UFF opt 就可以了吗？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-1 07:55

JYM· 发表于 2019-9-29 23:11
谢谢sob老师！那UFF优化的快捷键scheme具体要怎么设置呢？是把 keywords 写成 UFF opt 就可以了吗？谢谢 ...

是

作者
Author: JYM· 时间: 2019-10-1 09:54

sobereva 发表于 2019-10-1 07:55
是

谢谢老师

作者
Author: kyuu 时间: 2019-10-1 14:55

Accelerator 发表于 2019-9-29 12:12
从来不用Chem3D
clean非常方便少数几个缺点就是对于大体系可能会卡很久以及有些时候会陷入奇怪的构象（ ...

。。。。掘墓者
不是闭环结构，最好不要轻易用扫把工具，结构偶尔会扫的非常怪

作者
Author: FuHao 时间: 2024-1-26 18:45
各位前辈，我有个问题，gauss view的小扫帚（clean）能不能只clean部分原子？就是只clean我选中的部分原子？有没有什么快捷键可以操作？

作者
Author: Huschein 时间: 2024-1-26 19:08

steven 发表于 2017-7-7 09:43
我也挺想知道这个问题.
有个师兄告诉我不用clean,建完之后先半经验优化一下,我也是一直这么做的

看过一些benchmark的文章，至少PM6 PM7这种半经验方法，其实未必比MMFF要更好，有时候甚至表现更差

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