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标题: Gaussview结构构建问题 [打印本页]

作者
Author: YT18810916793 时间: 2017-7-7 10:29
标题: Gaussview结构构建问题
各位老师，大家好！在进行Gaussview构建下面结构时，我先用ChemDraw画好分子结构，然后导入chem3D中，点击MM2 ——Minimize Energy,保存为.mol格式，最后用GV打开保存为.gjf格式，结果发现分子结构式，相连的三个咔唑环嵌套在一起，想不明白是怎么回事？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-7 12:35
chem3D里看到的MM2优化完了结构合理不？如果合理，那必然是后续的事，操作问题。

作者
Author: bomsaude 时间: 2017-7-8 02:16
简单画了一下，gv中扫把一扫，空间位阻太大，苯环都不在一个平面上了，优化看看怎么样？

C                0.57877931 3.33990243 0.11674414
C                -0.80369273 2.86657666 -0.46660628
C                -0.90134452 1.27883358 -0.73640265
C                0.35751646 0.63220949 -1.37039283
C                1.69241337 2.69448341 -0.79194152
C                1.66228279 1.07101039 -0.76766216
C                2.66177144 3.44579520 -1.72966715
N                3.30499227 4.01606674 -2.49721864
C                -1.97708200 3.77716929 -0.88742393
N                -2.85432966 4.45799907 -1.20217760
C                3.43800119 5.36726947 1.22588341
C                3.80798620 6.35471074 0.09077925
C                3.43525369 7.76854719 0.54392954
C                1.94466055 7.79659689 0.25511343
C                1.23584557 6.69826343 1.11437425
C                1.88036266 5.28245832 1.24850442
N                0.83089270 4.14380145 1.35440993
C                -0.16395543 6.54659297 1.55971964
C                -0.25393156 5.04791361 1.97373057
C                -1.43685230 4.78245725 2.93502178
C                -2.62896496 5.55546758 2.38636886
C                -1.45476248 7.41450161 1.51218333
C                -2.36276411 7.05035607 2.67970048
C                -3.81193599 1.27349801 -2.45221175
C                -4.81985483 2.42886415 -2.22475865
C                -6.04810412 1.77967757 -1.52973395
C                -5.60473629 1.57423888 -0.07262166
C                -4.40056888 0.59319782 -0.01752740
C                -3.31343568 0.72390225 -1.08556480
N                -1.92957738 0.27466145 -0.62468547
C                -3.83768171 -0.31229597 1.00254354
C                -2.41116405 -0.58499519 0.49932503
C                -1.74930731 -1.84552643 1.10882732
C                -2.09471337 -1.97343554 2.57482651
C                -4.25824161 -0.85977827 2.37861423
C                -3.62330561 -2.23804212 2.58596802
C                -2.10800886 -1.36011109 -3.50242268
C                -3.16873850 -2.17289376 -2.70074724
C                -2.70573730 -3.65254778 -2.70022127
C                -1.53718066 -3.68785170 -1.70772387
C                -0.40285513 -2.78179153 -2.21826270
C                -0.73196994 -1.36351950 -2.77379338
N                0.38106305 -0.30101201 -2.54615370
C                1.03811565 -2.80241208 -2.06962095
C                1.48709721 -1.41133331 -2.60579049
C                2.94419775 -1.48564104 -3.14891182
C                3.86683815 -2.33591634 -2.21029835
C                2.06277974 -3.78017106 -1.44686904
C                3.33659560 -3.79182573 -2.27875428
C                1.70314582 -0.11313033 2.33510706
C                1.48298990 -1.46977046 3.03318305
C                2.86451361 -1.92169901 3.59058681
C                3.67671922 -2.34426149 2.36207090
C                3.86366339 -1.15136789 1.41400377
C                2.60558518 -0.35882043 1.10281589
N                2.57600141 -0.02749194 -0.35041740
C                4.87673409 -0.65583325 0.45065843
C                4.05006785 0.29458088 -0.42668013
C                4.91431047 1.37651841 -1.12695577
C                6.18784330 0.73371238 -1.69595613
C                6.33583046 -0.97251760 0.04873976
C                7.02236759 0.28945281 -0.47281826
H                -3.57849341 0.86996680 -3.40400450
H                -4.68172084 3.47985498 -2.44184447
H                -6.97781749 1.48435654 -1.99430402
H                -6.00872533 2.12680269 0.75773710
H                -4.80440174 -0.32871004 3.11913476
H                -4.10846243 -3.18166582 2.66035184
H                -1.44593611 -1.85136675 3.41854646
H                -1.21191671 -2.57503249 0.55399213
H                -2.27887819 -0.92994946 -4.46485699
H                -4.02386209 -1.78571594 -2.18783913
H                -3.08471410 -4.46894050 -3.31470376
H                -1.55384951 -4.18687273 -0.77582717
H                1.94077550 -4.29560842 -0.51848888
H                3.73882184 -4.61714531 -2.84724083
H                4.66644577 -1.97959696 -1.59429532
H                3.26202699 -1.09266006 -4.08995472
H                -1.44908688 4.24715807 3.87201829
H                -3.45452303 5.16432059 1.84474586
H                -2.71411467 7.60639926 3.52448906
H                -1.73355075 8.10371185 0.68861471
H                1.48309521 8.40308336 -0.51817260
H                4.09135776 8.51344339 1.01010150
H                4.18856685 6.10116299 -0.87045568
H                4.13814495 4.91299336 1.87868243
H                1.36574686 0.84097303 2.69210374
H                0.56059240 -2.03255542 3.06319602
H                3.18575026 -1.89568482 4.59273091
H                3.96470762 -3.35741937 2.14848271
H                6.76281470 -1.94505071 0.01945093
H                7.86272697 0.78696173 -0.04785832
H                6.42313784 0.57410411 -2.74130806
H                4.71052109 2.41638741 -1.12856345

作者
Author: kyuu 时间: 2017-7-8 10:36

bomsaude 发表于 2017-7-8 02:16
简单画了一下，gv中扫把一扫，空间位阻太大，苯环都不在一个平面上了，优化看看怎么样？

C ...

关于Clean用法这里有讨论
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &extra=page%3D1

作者
Author: mutron 时间: 2017-7-8 18:44
GV打开保存为gjf的话，GV只是提取坐标并没有做任何改动，而且一般MM2不会把本来不镶嵌的苯环优化成镶嵌（能量显然会剧增），所以估计是chemdraw到chem3D出问题。试了一下从chemdraw复制粘贴到chem3D重现了苯环镶嵌的问题，毕竟用平面结构图画体积比较大的立体分子很容易会叠合，然后chem3D就识别错误了。建议如sober老师所说先观察MM2优化完毕后的结构合不合理，本例就需要手动移动原子，让镶嵌的环解开，再运行一次MM2优化，结构就比较合理了。或者用GV里面的custom fragment把咔唑环以不会重叠的角度接上苯环，再优化也可以

这个分子在HF/3-21G水平下有一个C2点群的构型（极小点），三个咔唑环与中间的苯环交错、彼此同向，苯环保持平面，应该是能量最低的构象（待确认）；用MM2或者PM6-D3优化的话还有个与3L给出的初始结构相似的构型（还有几个和C2构象相差几十kcal的构象），中间的苯环因为咔唑环的位阻已经不是平面，PM6-D3的gibbs自由能和C2构型相差约45kcal/mol

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