计算化学公社

标题: 分子间振动正则模式计算 [打印本页]

作者
Author: janeli1995 时间: 2017-7-10 05:48
标题: 分子间振动正则模式计算
想计算Γ-point的分子间振动正则模式，得到如图结果，想问除了VASP和CRYSTAL，未见有文献在Gaussian中实现的。是不是Gaussian中无法进行刚性分子近似，所以无法区分分子间和分子内部振动呢？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-10 07:49
分子间和分子内振动模式耦合很弱，毕竟力常数差得很大。直接挨个观看振动模式，把对应分子间的取出来就完了，通常低波数的一批都是对应分子间的

作者
Author: janeli1995 时间: 2017-7-10 09:01

sobereva 发表于 2017-7-10 07:49
分子间和分子内振动模式耦合很弱，毕竟力常数差得很大。直接挨个观看振动模式，把对应分子间的取出来就完了 ...

谢谢老师！那是只要把dimer放在Gaussian中计算freq就可以吗？
比如说找出了几个频率是分子间振动，那么怎么确定是这几种对称（Au、Bu等等）的哪一种呢？

作者
Author: hzfish 时间: 2017-7-10 09:06
借楼问一下，楼主表格中那个libration是个什么模式？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-10 10:53

janeli1995 发表于 2017-7-10 09:01
谢谢老师！那是只要把dimer放在Gaussian中计算freq就可以吗？
比如说找出了几个频率是分子间振动，那么 ...

输出频率的时候直接就会显示振动模式的不可约表示（前提是整个结构已经被判断出了应有的点群）

作者
Author: janeli1995 时间: 2017-7-10 22:45

hzfish 发表于 2017-7-10 09:06
借楼问一下，楼主表格中那个libration是个什么模式？

谢谢！

看图应该是两个分子相对移动和转动

作者
Author: janeli1995 时间: 2017-7-11 01:30

sobereva 发表于 2017-7-10 10:53
输出频率的时候直接就会显示振动模式的不可约表示（前提是整个结构已经被判断出了应有的点群）

老师您好，如果我输入两个分子的坐标，判断的是两个分子整个结构的点群吗？因为查到萘分子的点群应该是D2h，但是我输入dimer的坐标之后判断的是C1（没什么对称性），最终算出的频率也相差甚远。
我的关键词是：
#p opt freq=savenormalmodes b3lyp/6-31g*

请问还需要注意什么吗？
谢谢！

作者
Author: janeli1995 时间: 2017-7-11 04:20

sobereva 发表于 2017-7-10 10:53
输出频率的时候直接就会显示振动模式的不可约表示（前提是整个结构已经被判断出了应有的点群）

请问是不是需要用PBC作为晶体进行计算？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-11 09:16

janeli1995 发表于 2017-7-11 04:20
请问是不是需要用PBC作为晶体进行计算？

这和PBC没关系

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-11 09:40

janeli1995 发表于 2017-7-11 01:30
老师您好，如果我输入两个分子的坐标，判断的是两个分子整个结构的点群吗？因为查到萘分子的点群应该是D2 ...

判断点群是对整个体系而言，不是体系中每个单体而言

作者
Author: hzfish 时间: 2017-7-12 10:24

janeli1995 发表于 2017-7-10 22:45
看图应该是两个分子相对移动和转动

谢谢！

看文献时好象看到过，气相为平动，液相时为libration。

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