公社群聊Q&A整理：2016.09.24 01 - 2016.10.29 19 Concate - 计算化学公社

2016.09.24 00:56:01
Q:
请问各位老师，有没有人会安装packmol，我弄了好久都不行
请问您是否还记得吗
A:
以前写的：
打开Makefile，改成
FORTRAN = ifort
#
FORTRAN_PARALLEL = gfortran
然后运行make即编译串行版本。运行诸如./packmol < PA34_2.inp即可
如果要编译并行版本，则运行make parallel。并行版本只能用gfortran，ifort通不过。编译版本前无需先编译串行版本。如果编译的是并行版本，则不能当成串行版本用。使用前把ppackmol脚本里的path改为./，然后把ppackmol和编译出的packmol可执行文件放到一起，运行诸如
./ppackmol 4 PA34_2.inp
代表使用4核
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2016.09.24 01:14:28
Q:
[图片]老师又来打扰了就是那个占据轨道的信息也是从那些数据导入到origin中画的那x轴的红色绿色的线吗？
A:
什么意思？
所有轨道能量在量化程序计算完了的时候就都输出了
Multiwfn里主功能0中也能批量看到
Q:
是的老师 multiwfn中能看到就是怎么在origin把那些轨道给加进去呢
A:
不是到导出了line的txt文件么，直接往origin里一拖，当曲线图来做，就是竖条图
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2016.09.24 01:43:09
Q:
请问B3LYP*和B3LYP有什么区别
A:
前者HF成份是15%，后者20%
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2016.09.24 03:09:03
Q:
标准薛定谔方程，虽然通常采用原子单位，写出来也好看，但是想请问一下老师，真实情况下求解方程时，关于单位问题是如何操作的
A:
求解结果也是原子单位
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2016.09.24 04:17:06
Q:
请问一下，谁有绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图的Multiwfn软件，可以给我发一份吗，谢谢
我下载了一个，不太合适，用不了
A:
怎么不合适？
官网上下的没任何问题
Q:
哦哦，可能是是我装的不合适吧，
A:
windows版无需安装，linux/Mac版按手册2.1节说明配置
Q:
我是在小木虫有的一个连接，我点进去下的，不太对
A:
忘记小木虫！
Q:
哦哦，我是怕有病毒没敢乱下载
A:
我官方发布的哪可能有病毒
带病毒的，要么开发者太菜，中了毒都不知道；要么开发者别有用心
Q:
哦哦，好的，因为我之前下过软件，电脑中毒了，所以。。。
A:
第三方渠道下载的，带毒可能性最高
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2016.09.24 05:05:17
Q:
请问优化分子时每次都出现Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
然后卡住是怎么回事呀？
A:
SCF迭代ing
Q:
这样啊……也就是说不是错误？
A:
怎么会是错误
Q:
好吧~太谢谢啦！
A:
注意群共享里的群规
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2016.09.24 05:23:57
Q:
请问用RESC相对论计算对基组有要求吗？有人了解吗？
A:
dyall基组，或者各种对相对论计算收缩的基组诸如dunning系列基组的-DK版本
这里还一堆适合相对论计算的基组
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
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2016.09.24 05:48:25
Q:
老师关于restricted and unrestricted DFT的介绍在哪里可以找到呢？
A:
随便找本像样的量化书里面都有，诸如levine的、cramer的
要了解深点，要懂pople-nesbet方程，可以看szabo的modern quantum chemistry
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2016.09.24 08:17:43
Q:
CHEN 感觉这位兄弟对酶相当内行
原来是清华的呀，怪不得……
[图片]
A:
y
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2016.09.24 16:45:41
Q:
[图片]请问计算NBO 这样输入文件对吗
A:
没特殊情况直接op=nbo就完了
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2016.09.24 17:52:38
Q:
请问有没有人用multiwfn算过OHF=42q这个公式里的q，这在手册里的哪个模块啊
A:
用SCPA方法做轨道成分分析
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
手册一堆例子
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2016.09.24 17:59:19
Q:
请问为什么multiwfn所看到的轨道能量信息和GV里面的轨道能量对不上呢？
就是HF值
OA:
均是读取的同一个fchk文件
？
Q:
直接读取的
[图片]
这个值
a.u
OA:
你们问题的立场不对
A:
对不上绝对是你看错了
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2016.09.24 18:05:07
Q:
大家好，我想问一下，固定受体优化给体，前面的-1和0是这么加吗(是在元素前边这样加还是加哪？
[图片]
A:
元素后头
Q:
谢谢老师
[图片]
老师是这样吗？
A:
y
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2016.09.24 18:10:03
Q:
请问
“ICSS_ZZ=30时的侧视图如下，左半边是五元环右半边是七元环，可以看出左半边的等值面比右半边鼓出一块，这表明五元环的芳香性要强过七元环，因为被屏蔽得更厉害。如果继续增加ICSS_ZZ值到30，”
第一个“ICSS_ZZ=30”是不是应该是“ICSS_ZZ=20”
[图片]
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
A:
就是ICSS_ZZ=30，说的是右图
Q:
但是如果第一个就讨论的是30的，为何后面还要说如果继续增加到30？而且如果是右图，就不用说左半边比右半边鼓起，因为右半边已经是窟窿了…
A:
右图当中左半边还是鼓起的
增大到30是为了从上面看差异也更清楚
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2016.09.24 18:29:35
Q:
老师，计算NICS(1)-ZZ用高斯计算时如果没有正常结束，但是已经输出了Bq原子的isotropic值是不是也可以呢？
A:
是
Q:
老师，计算NICS(1)-ZZ用高斯计算时如果没有正常结束，但是已经输出了Bq原子的isotropic值是不是也可以呢？
A:
[图片]
Q:
可是，sob老师,我查看了一下之前算的输出文件都是有两个Bq原子的isotropic值，而这个死掉的输出文件里只有一个，是不是还应该继续算呢？
A:
你若要考察两个当然得重新算
Q:
老师，我不太明白您的意思
[图片][图片]这样就是两个不同的值，是考察了两次吗？
我用的mp2/def2-的方法和基组
[图片]这是route命令行的内容
A:
什么意思？同一次计算怎么会把一个点输出两次？
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2016.09.24 21:17:05
Q:
使用根据混合溶剂比例混合溶剂的介电常数，然后使用相近似溶剂进行替换是否需要标明文献出处？恳请老师们指点一下，谢谢！
A:
不用标明
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2016.09.24 23:19:52
Q:
大家好，能通过截图再问问题吗？
用高斯软件如何计算[图片]？
A:
[图片]
Q:
我想用高斯软件去算，如何操作？
老师，你能发一份幻灯片给我吗？
A:
15:34:20已经发过了
Q:
你能把整个幻灯片发给我琢磨吗？
A:
不能
也没有幻灯片讲怎么截取团簇的
稍微玩玩gv动动脑就会了
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2016.09.24 23:42:52
Q:
用qst2找过渡态，出现错误，请问怎么解决？
[图片]
A:
用opt=TS
不要以为QST2是好东西
QST2自动给的初猜很多情况烂爆
Q:
好的谢谢老师
估计是化学直觉不足，用QST2些许能有帮助
A:
机器的化学直觉比人差得远
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2016.09.24 23:56:27
Q:
如何把.cif导入Multiwfn?
A:
不支持.cif
支持的格式在手册里2.5节有详述
一切问题在手册都能找到答案
Q:
目前只发现高斯软件支持.cif，但不知道怎么算？
能告知计算方法吗？
A:
自己用gv或MS等程序从cif中截出团簇来算
直接当周期性体系你根本用高斯算不动，算完了也得不到准确的自旋密度图
“只发现高斯软件支持.cif”根本没有这回事
高斯也不支持直接拿cif当输入文件
Q:
如何用gv或MS等程序从cif中截出团簇？截出的团簇怎么导入Multiwfn？
A:
gv里用pbc工具对晶胞平移复制几次成为足够大的复晶胞，然后去掉周期性，删除多余部分，只剩下感兴趣部分。然后放高斯里算单点，得到chk，然后转成fch，然后按幻灯片里的步骤计算自旋密度。
更细节的过程没时间说了。
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2016.09.25 01:33:52
Q:
sob老师，您好，向您再请教一个问题，丙三醇和开链式果糖发生半缩醛及缩醛反应会有五种产物，这五种产物的极性如何在我们理论计算中通过gaussian进行模拟比较呢？谢谢老师
A:
最简单的就是算偶极矩比较
悬
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2016.09.25 01:45:40
Q:
求高斯软件、Multiwfn数据导入的操作技巧或教程
A:
意义不明
手册第四章全是教程，咋不看
导入什么数据？
仔细看完此文
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
手册第二页：
[图片]
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2016.09.25 03:04:26
Q:
[图片]
如何将密度差图上所有线的数据都填上。
A:
等值线的值不会显示在曲率很大的地方
自行ps就完了
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2016.09.25 03:23:54
Q:
分子的对称性根据高斯计算的结果能看出来吗谢谢
A:
直接用gview判断不就完了
高斯计算时也会对点群进行判断
Q:
老师是根据优化的分子结构自己判断吗
还是高斯计算的结果里面也有
A:
高斯本身根本不是用来判断对称性用的
只不过计算时候可以利用对称性节约耗时和给出谱项符号
Q:
[图片]
是不是就说明优化后的该分子属于C1对称性
还有能量震荡曲线怎么看，谢谢谢谢老师
A:
通过结构化学基础知识，自行判断一下应该是什么点群。然后再让gv判断，默认标准判断不出来就降低阈值，如果降了不少还判断不出来实际点群，说明当前结构和点群偏差明显
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2016.09.25 03:35:17
Q:
不知道目前有哪些程序的TDDFT能处理spen-shell的三重激发态，并且能考虑旋-轨耦合呢？
A:
ADF大抵适合，没试过
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2016.09.25 03:37:53
Q:
各位老师好，请教一个问题，输入文件[图片]，我想把输出的log文件转化成wfn文件，还用加关键词scrf=(solvent=dichloromethane) 、nosymm、field=z+50吗？
A:
log文件不可能转换成wfn文件
Q:
各位老师好，不好意思，没有说明白，我的意思是想得到wfn文件，输入的关键词除了加output=wfn，如果既有溶剂又有电场存在，还需要加scrf=(solvent=dichloromethane) 、nosymm、field=z+50吗？
A:
[图片]
加啊
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2016.09.25 03:38:43
Q:
不记得ADF是否能处理open-shell的triplet 激发态. 我看看手册去..
[图片]这个呢..
A:
不知道你是不是指这个
http://lumpac.pro.br/
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2016.09.25 03:55:03
Q:
各位前辈好！能问一下：schrodinger软件是收费软件吗？大概多少钱？交一次钱能用一年还是无限期使用？
A:
颇贵，高度商业化程序
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2016.10.19 17:41:46
Q:
请问老师说的设定默认参数在哪，我在g09文件下没有找到Default。Route
A:
自己建
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2016.10.19 17:55:44
Q:
社长
我看文章总发现作者这样计算基态和激发态，基态用的B3，激发态用的CIS
[图片]
我记得基态和激发态应该应用同一种算法啊
A:
没有这个要求
但也甭学他
除非之后还要做激发态振动分析，否则CIS优化激发态是莫名其妙
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2016.10.19 17:59:20
Q:
看明白了，谢谢老师，老师DFTB+方法精度怎么样？
A:
取决于参数
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2016.10.25 01:49:57
Q:
sob老师，您好，请问Multiwfn软件可以量化底物间的π-π相互作用吗？
A:
可，用RDG方法分析
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2016.10.25 03:25:36
Q:
麻烦问下下：NBO电荷可以用来看哪个位点和重金属离子作用吗，我看的论文里有人用的是静电势
对高斯懂得很少烦请说的简单点浅显点
A:
可以。静电势更严谨
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2016.10.25 03:37:25
Q:
不确定Nstate=n中的n值，只知道自己要找的激发态的上限的激发能是15eV，要怎么设置@Sobereva
A:
没法直接根据这个来设
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2016.10.25 03:57:39
Q:
老师记得您说过计算键能用整体的焓减去断键后两个片段的焓，那这个与计算复合体焓变一样吗，焓变不是用复合体的焓变减去单体的焓变来求吗
A:
一样
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2016.10.25 04:29:00
Q:
老师打扰了，pop=nbo和pop=savenbo 算出来的电荷转移理论上是一样的吗？
OA:
就是用nbo电荷分析电荷转移啊
Q:
恩是的就是看转移的电荷量是多少，
为了画一下那个前线轨道图所以节省一下时间。。
A:
根本就不影响输出。savenbo只不过额外多干一件事：把nbo存到chk里而已
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2016.10.25 04:45:47
Q:
[图片][图片]他文中写的，应该I也是6-311g*
但是，我采用6-311g*，在高斯09 A01和D01都不行呢。
咨询一下，这个聚集诱导淬灭ACQ，说的是分子堆积在一起时候的特点是吧，那这类单分子是不是有什么特点呢？有没有相应的资料，谢谢指点。
恩，这是结构特点哈，谢谢
A:
要想统一就用def2
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2016.10.25 04:53:30
Q:
频率计算的谱图怎么导出来呢？
A:
后处理菜单有到处选项
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.10.25 05:01:34
Q:
[图片]老师，怎么从这群数中找Au的系数，6s,6p,5d的，查了资料看了半天也没看明天
我造的，可是具体那几个我现在很懵啊[表情]
A:
“Au的系数”这种说法大错特错。你能得到的只有Au的各个NAO在这个BD里的系数
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2016.10.25 05:04:06
Q:
[图片]请问这种一个C上有双自由基的需要换算法么
A:
徒看你要算什么态。三重态卡宾的话用默认就完了，开壳层单重态的卡宾按此文考虑
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2016.10.25 05:36:19
Q:
请问老师，高斯能用CASPT2方法吗？
A:
不能
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2016.10.25 05:42:18
Q:
老师～早晨说如果是闭壳层就不加R (闭壳层体系是指体系中所有的电子均按自旋相反的方式配对充满某些壳层)照这么说凡是所含原子电子为基数就得加R～是吗？？？
就是有单电子就必须加R是吗？？
A:
R永远不用着自己写
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2016.10.25 06:05:12
Q:
请教一下老师及各位高手，gaussian在做键角扫描的时候，用scan关键词，怎样可以使角度是对称着变化，而不是两个原子固定，另一个原子在变化？非常感谢！
A:
没有办法
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2016.10.25 06:16:41
Q:
反应坐标在过渡态时，算键吗？
A:
键跟反应坐标没法直接对应。如果你说反应过程中要断的键在TS算不算键，可以算即将断裂，键级会比平衡状态下降很大
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2016.10.25 10:29:43
Q:
请问gaussian在本机上计算的时候怎么设置不同基组？[图片]这里只有genecp...
A:
自己编辑输入文件的关键词，总靠gview构建输入文件永远都是菜鸟
非要自己写就到Add. Inp.标签页里去写
直接用def2就完了，全周期表通用，根本没必要教混合基组
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2016.10.25 16:37:50
Q:
大神，我的基态是单重态的平面结构，激发态是三重态的四面体结构，这样算出来的激发能是图中的这条直线所对应的能量么？
[图片]
@Sobereva
A:
你在单重态极小点下做电子激发计算，得到的三重态激发能就对应那个直线
当前是计算垂直激发，和你三重态极小点是什么结构完全无关
Q:
[图片]可是这个直线不是应该对应三重态的基态到三重态的激发态的能量么
A:
基态若是三重态(T0)你就直接在T0极小点下用0 3 TD计算T0到T1激发能
Q:
@Sobereva
A:
别老发图+at
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2016.10.25 16:45:55
Q:
老师：请问含有苯，偶氮苯和二炔烃的400+原子的结构优化，使用PM6比较适合还是HF/4-31G
A:
MOPAC2016用PM6-D3H4或PM7
g09用PM6D3
你说的那俩根本没法用
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2016.10.25 16:46:58
Q:
老师，那papai堆积的具体数值是哪个参数呢？
A:
哪有什么参数之说
Q:
就是可以量化吗？
A:
相互作用能自己用整减片段去算
作用距离自己去量
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2016.10.25 16:47:47
Q:
好的，MOPAC收费的吧？
我们课题组没有购买
A:
[图片]
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2016.10.25 16:50:32
Q:
老师单体AB复合成整体AB的键能和单体AB复合成整体AB的氢键结合能的算法一样吗？
单体A、B
老师是这样的我的物质是A和B，合成了C，我想计算合成后C的键能和C中氢键的能量，但是具体操作不太会
A:
[图片]
Q:
老师之前你发的这个图片，[图片]，我要是计算氢键结合能是不是就用优化里面的复合物C的SCF done 和单点能里面的A的BDE SCF done，那还用BSSE校正这个能量吗？或者是BSSE校正后的氢键结合能，直接用高斯对复合物C 进行BSSE counterpoise任务最后输出的complexiation energy (corrected)就是氢键结合能了，
A:
“是BSSE校正后的氢键结合能，直接用高斯对复合物C 进行BSSE counterpoise任务最后输出的complexiation energy (corrected)就是氢键结合能了，”
就是这个
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2016.10.25 16:53:52
Q:
sob老师，zindo是不是不能算有过渡金属的体系啊啊
A:
不适合，只适合有机体系
Q:
哦哦，知道啦
体系比较大，td算不动
A:
sTDA
Q:
老师，sTDA是啥
A:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=sTDA&lang=english
Q:
老师gaussian下可以直接用么？我看网站上说已经包含其中了
A:
基于高斯的.fch文件可以用
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2016.10.25 16:57:35
Q:
恩，就是计算了相互作用能之后，还想把这部分相互作用能进一步细化，但是我的体系又是非限制性开窍层的，因此也不支持用ADF算相互作用能的成分，所以想通过multiwfn研究轨道作用和paipai堆积，看是否能量化
A:
用轨道相互作用讨论弱相互作用是邪道
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2016.10.25 16:59:08
Q:
老师，你帮我看一下我这个文件，我总是计算出错，但找不出原因
谢谢
A:
硬盘剩余空间不够
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2016.10.25 17:06:50
Q:
sob老师您好，在科音上看到您的帖子，“优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw”，并且下载了程序，在linux系统中运行。但是运行的时候，随着计算，直接就写出了结果文件，没有写入到.out文件中，（没有生成结果文件）。我要怎么做，才能生成一个.out结果文件呢？
A:
用>重定向到某个文件里
e.g. optDFTw > ltwd.out
Q:
我也编译了一遍.f90文件，执行的时候，直接写optDFTw不执行，需要写./optDFTw才行。是不是还需要设置什么才行？
A:
怎么设置帖子里都写了
需要./是正常的
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2016.10.25 17:12:14
Q:
[图片]
请问这个图如何做的
用namd
A:
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73
Q:
不是
用gromacs会做但是用namd就只能调出2d 散点图第三个坐标不知道怎么调
A:
把散点数据用类似ddtpd的程序转换成每个点一个自由能值，绘制成地形图就完了
怎么来的四组
PC1、PC2、每个PC1-2组合时的自由能值，就这三列，作图就完了
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2016.10.25 17:14:51
Q:
老师，请教一个问题，用amber程序跑蛋白ＭＤ，在底物某个原子与周围残基某个原子之间加了一个约束，跑出来的轨迹，用mmpbsa方法计算蛋白－底物结合自由能并且分解各残基。请问，这样弄出来的结果，其结合自由能是不是要比未加约束时的结合自由能大得多？　如果是，多出来的结合自由能是不是主要分解到施加了约束的那个残基，而未施加约束的残基对结合自由能的贡献基本不变？
A:
不好说，变大和变小都有可能。诸如约束得让残基活动不开，和残基的位阻或静电互斥变大，只会导致算出来的结合自由能变小。
Q:
是不是变小的可能性更大？
A:
可能
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2016.10.25 17:37:12
Q:
sob老师，我用muitiwfn看LOL时出现下面的情况
[图片]
输入X=0也是同样的情况
我再等等，谢谢娃娃老师
A:
A L 如果图没蹦出来，尝试其它体系，或绘制其它实空间函数
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2016.10.25 17:50:58
A:
A L @ wonderful- 没有谁更准之说。同一个结构下，谁能量更低谁就是当前结构下的基态
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2016.10.25 17:52:03
Q:
[图片]请问下gaussian09 怎么算 EPR，关键词只输入EPR 出来是错误的
A:
prop=epr
Q:
我试试，谢谢sob老师！
成功了，跑起来了，谢谢
老师您好，再问两个问题，一个是EPR有必要用专门的EPRIII这个基组去跑么？还是别的基组也可以，另外一个问题是在网上找不到EPRIII 中碘原子对应的赝势应该怎么半？
A:
不是必须用。不过建议用对内核部分描述好的基组，比如pcS或更好的pcJ，IGLO或EPR基组都可以。cc-pCVnZ系列也称
算EPR显然不能用赝势。得用全电子基组
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2016.10.25 17:55:58
Q:
Sob老师，能不能发我一份dushin程序，你的帖子我没有权限下载不了。
A:
http://sobereva.com/330
Q:
没有权限[表情]
A:
博文里哪要权限？
明显根本没看
Q:
您所在的用户组无法下载或查看本附件。
A:
那你根本甭用了，这点复杂度都扑街
明白着根本都没进入博文链接
论坛只要注册了就能下载那个帖子的附件，注册都懒得注册
Q:
我是等级不够[表情]，注册了。
A:
根本没有什么等级不够
只要注册之后审核通过了，直接就能下载，又不是资源分享区必须level2才能下载
Q:
[图片] 老师这个....
A:
字号不要超过12
如果连注册都懒，直接到博文里下载，用winrar解压
that's all
Q:
不是点第一个链接吗，
A:
都给你编译好了直接用编译好的不就完了
我看，9.5成几率，给了源代码包也不会编译
Q:
[表情]可能连编译是啥都不知道
A:
然
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2016.10.25 18:02:51
Q:
[表情]注册一下论坛也不花钱，这个都不愿意？
[表情]博文也下不了？
我传一份吧，可怜之人必有可恨之处
A:
你这是害人
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2016.10.25 18:05:06
Q:
老师，我这个电脑运行太慢，有地方可以租用端口吗？还有一个，我在模拟药剂分子与矿物表面的作用，明年5月份毕业，现在还来得及吗？师兄说搞不定了@Sobereva
只拿MS计算来搞硕士论文，可行吗？ @Sobereva
他们说，这个计算只能给不懂得人看，懂得人看就太low，何况国内那么多懂这个的。。。。@娃娃-首席卖萌官
A:
完全可以。
字号不要超过12
连hyperchem都能拿来发文章
Q:
租超算怎么租？@娃娃-首席卖萌官
A:
直接联系超算中心的人
Q:
老师，可以让你们有偿计算吗？我这里可能计算不完了 @娃娃-首席卖萌官
A:
现在不接
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2016.10.25 18:25:44
Q:
老师，请问一下，团簇的平均结合能与带隙之间有什么联系吗？平均结合能大团簇稳定和，带隙宽团簇稳定，他们有什么联系和区别吗？谢谢
A:
平均结合能大对应热力学稳定
带隙大和动力学稳定有时有一定关系，但不明确。用带隙讨论稳定性不是什么可靠的方式
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2016.10.25 18:27:11
Q:
[图片]
啥文件都没
盘竟然塞满了
不知道怎么检查
A:
显示隐藏文件
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2016.10.25 18:35:57
Q:
老师，您推荐的几个机组貌似对碘元素都没有定义，但是如您所说，做这个应该是要用全电子基组的，那这种情况下该怎么办呢？
做EPR
A:
EMSL上对I有不少带DK后缀的都可以标量相对论计算时候用
高斯自带的UGBS也可以
Q:
就是您http://sobereva.com/156这个文章里面写到的方法对吧？
A:
y
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2016.10.25 18:42:56
Q:
请问一下l999出错，能量基本稳定，有点震荡，我续算用opt=tight，仍然震荡
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
直接写个tight当然没用，只会更难达到收敛限
Q:
我是应该用反的。loose是吧。
我想当然了，谢谢Sob，这个帖子一定要认真看。不好意思
A:
先尝试博文其它做法，不得已再loose
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2016.10.25 18:47:41
Q:
HOMO LUMO就算你做吗？
HOMO LUMO计算你做吗？
能帮我计算吗？有偿计算
是单一的药剂分子的计算，原子HOMO和LUMO，，，以及非极性基的logP
A:
“非极性基的logP”根本没这说
logP是对分子而言的
Q:
分子中各个原子以及分子的HOMO density
以及分子的 HOMO 和LUMO
我不太懂
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Q:
[图片]
类似这个的
A:
“HOMO密度”一看就是菜鸟用词
用%衡量的那叫原子对HOMO的贡献
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2016.10.25 18:56:55
Q:
[图片][图片]请教各位老师，我用TDDFT算荧光中，在激发态优化时出错了，求解决办法，上面是我的输入输出文件
A:
加大nstates，或者减小步长上限再试
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2016.10.25 19:04:36
Q:
[图片] 请问一下这个书名是什么
OA:
这种书还是烧掉为好
Q:
为什么
感觉不错的样子
A:
因为误人子弟
新人显然看不出问题来
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2016.10.25 19:49:07
Q:
[图片]老师，我的分子间存在氢键，但我算的是单分子，没有弱相互作用是不是不用加弥散函数，我算过度态时有构造的氢键，是不是得加，之前说体系在计算中基组要一致，那我是不是算基态也得加上重算，这是我的分子[图片]老师能不能帮我看一下
A:
对此体系，几何优化、找过渡态、振动分析这样的目都用不着弥散
Q:
老师我算吸收也不用加是吧
A:
不加
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2016.10.25 20:02:12
Q:
[图片]
sob老师，这是什么原因啊，我算您的例子是正常的，换个体系就会这样
A:
正在算
Q:
任务已经结束了
[图片]
A:
查看自动生成的最后的out文件分析原因
Q:
sob老师，这个需要的内存需要是不是很大，我的分子80多个纯有机分子，用12个CPU,需要内存多大，我不知道是不是自己内存设置太小了才会导致任务掉下来的。
[图片]
这是log文件，
A:
字号不要超过12
Q:
sob老师，不好意思，“字号不要超过12“是什么意思啊。我的template模板就是高斯计算单点计算任务的
A:
QQ的字号
群共享里群规中有规定
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2016.10.25 20:13:31
Q:
Sob老师，Gaussian A.02中M062x如何加色散矫正呢？
A:
加不了
M062x不加色散校正通常也没问题
Q:
老师，那么M06可以加么
A:
D.01才能加D3色散校正
仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
我是使用M06计算的溶剂化能，会不会结果不准确了
好的谢谢Sob老师
A:
这跟色散校正两码事
SMD算溶剂化能最佳级别是M062X/6-31G*
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2016.10.25 21:07:52
Q:
Sob老师，我对一个体系进行单点能计算，一直出错。借鉴您的帖子加入了关键词SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12仍然不收敛。想向您请教一下。出错输出文件如下。
A:
明显不是不收敛所致
[图片]
Q:
这张图我都见过不止十次了
A:
是的
发得都没意思了
Q:
快把实用量子化学写出来吧，否则感觉大博士会被这种东西无聊死
A:
不解决根本问题
Q:
至少可以缓解
A:
会问常见问题都是不关注群聊所致
Q:
[表情]把群聊的问题进行汇总，都可以干掉郭勇的高斯指南
A:
那个指南没法看
真是，随便翻到一页都是各种错误
以后拿它当做出挑错练习题的范本还成
Q:
[表情]我见过好多人看到这个的时候还觉得如获至宝
A:
新人没有判断能力，乱看网上的资料是极度危险的
连exploring第三版都一大把错误
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2016.10.25 22:11:44
Q:
各位，请教个问题，“T1的势能面总在S1势能面的右下方”。这个怎么理解？在下方好理解，电子相关导致的能量降低，在右侧怎么解释？
A:
没有上下文，“右”根本没法说
甭管它
Q:
[图片]
是因为T1态键长更长，结构更松散？
A:
[图片]
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2016.10.25 22:24:45
Q:
请问nbo能处理一个含有约60个原子的体系吗？
A:
能
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2016.10.25 22:37:54
Q:
[图片]G09使用ccsd（t）计算单点能出现错误，请问老师如何解决用ccsd（t,conv）类的也出错
A:
[图片]
Q:
使用过了以上均不能成功
A:
如果你当真都用了，那你就没救了
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2016.10.25 22:48:48
Q:
老师，想查找关于用Mutiwfn 做Color-filled map of electron density 的相关资料，在manual上看了操作步骤，但是感觉不够详细，想看更多点，请老师给推荐一下，谢谢！
A:
手册4.4节的例子还不详细？每一步什么意义，敲什么命令都写得很明白了
Q:
但是做出来的图怎么跟它的结构图对映的，不清楚对映的那个原子（因为我的体系原子比较多）？
A:
你作图时候用三个原子定义作图平面，一看图上的原子符号位置，立刻就知道怎么对应了
另参考
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
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2016.10.25 22:49:23
Q:
[图片]老师我照着您这个例子计算出来了但是我想计算单体复合后的密度差，是不是就把命令换成单体的 wfn 格式，用1处-单体Awfn-单体2wfn?
A:
是
后头有水二聚体例子
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2016.10.25 23:07:15
Q:
[图片]第二列跟的数据表示什么？老师
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
可是最后相加怎么等于0呢[表情]
A:
看完博文再问
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2016.10.25 23:07:15
Q:
[表情]
大博士怒了
sob老师因犯群规而退群
2号群解散
完
[表情]
[表情]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.25 23:24:07
Q:
请问各位老师，文献中的某个团簇平均每原子的磁矩可以从高斯文件的输出结果中得到吗？谢谢[表情]
A:
用原子的自旋布居数换算成原子对体系电子自旋磁矩的贡献
Q:
谢谢老师。[表情]能找到布居数，可是不太会换算。[表情]
嗯嗯。谢谢。[表情]
A:
比如某d原子轨道上自旋电子数为0.4，就说这个d原子轨道上电子自旋磁矩是0.4μ_B
μ_B是玻尔磁子
所以原子自旋布居数乘μ_B就是原子对自旋磁矩的贡献
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2016.10.25 23:30:05
Q:
[图片]
这是什么情况？
A:
上传输入文件
Q:
算是吧 wb97XD
自带色散
不太方便上传输入[表情] 见谅
A:
有太重的原子超过D2色散校正支持的元素范围，或者有Bq之类乱七八糟情况
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2016.10.26 00:08:01
Q:
[图片]老师最后一步输入2时总是自己没有是我少了什么东西吗 [图片]
A:
什么“自己没有”
Q:
输入2 界面自动关闭
也没有跳出等值线的图片
A:
输入文件有毛病或者输入的命令有误
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2016.10.26 00:16:10
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：我的restart不算是怎么回事，输入文件如下# B3LYP/genecp opt=(restart,ts,noeigentest) geom=modred freq iop(1/8=3)
alkene_3
0 1
C -1.31147540 -0.77553593 0.00000000
C 0.07406860 -0.55259893 0.65485500
C -1.90720740 1.94659007 -1.44303100
C -0.36602940 1.80158207 -1.38920500
C -2.34614940 0.24687307 0.43818300
C 0.40332460 0.90684507 0.90665200
C -2.61028940 1.43165207 -0.20469100
C 0.20894860 1.95672607 0.01353300
H -1.21860140 -0.76150693 -1.09106900
H -1.66893140 -1.78118393 0.25405100
H 0.85622660 -1.02627693 0.03742300
H 0.10055960 -1.07512893 1.61959800
H -2.29900240 1.44918907 -2.34602000
H -2.15937540 3.00721407 -1.55324700
Ni -1.32238240 1.86840207 1.55267900
B 41 42 D
C H 0
6-31g*
****
Ni 0
sdd
****
Ni 0
sdd
A:
甭写乱七八糟的
直接取上次最后的结构opt(ts,calcfc,noeigen)就完了
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2016.10.26 00:46:49
Q:
老师好有没有HF成分在70%左右的DFT泛函
A:
没有
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2016.10.26 00:55:14
Q:
各位大神，为啥我的三体复合物的相互作用能为正的呀？我的单体及三体用的方法和基组都是一致的，求大神帮我解答一下
mp2 /aug-cc-pvdz,单体：Br离子和ICF2CF2I,三体是：[图片]
[图片]
我用的一样
求相互作用能不是用三体的总能量减去单体的总能量吗？还需要专门有方法基组？
求各位大神赐教
A:
把优化任务的输出文件传上来
Q:
好的，马上给你发
A:
注意是上传到群共享
Q:
老师，您看一下
A:
优化和振动分析时候不要用counterpoise
Q:
哦哦，是要和优化，频率分开吗
----------------------------------------------------
2016.10.26 00:55:59
Q:
[图片]
A:
甭用IPCM
Q:
您好老师，刚学习gauss，考虑了溶剂化效应水，下面程序错在哪里
A:
Sobereva(190258442) 16:56:18
甭用IPCM
----------------------------------------------------
2016.10.26 00:56:27
Q:
老师您好，在对一个体系从头至尾做了详细地密度泛函计算后，突然被告知应该考虑色散，那是否需要全部重算呢？
如果我意识到了色散矫正的重要性，应该怎么样才能使修改的计算量减小？
例如我优化了体系的，获得了体系的能量，接着算了体系的频率。
A:
又慢又烂
原先什么级别算的？
Q:
B3LYP/6-31G（d，p）
A:
体系如果色散作用很重要，诸如算含有pi-pi堆积的情况，必须优化都得重新带着色散校正优化。
如果色散作用没那么关键，加色散校正重新算单点就完了
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2016.10.26 01:10:59
Q:
老师，能说下2,7-二甲基-4-辛酮怎么合成吗@Sobereva
A:
这是计算化学群
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2016.10.26 01:15:13
Q:
老师，请教一下黄色标记的在gauss里怎么输入？
[图片]
A:
这是MOPAC的关键词，高斯哪有
Q:
哦
手动输入到高斯里管用吗？老师
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.26 01:24:50
Q:
老师，之前在群里发的那个骗人的培训是哪个机构来着
A:
博宏科睿
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2016.10.26 01:24:50
Q:
老师，这是为什么啊
A:
counterpoise是算相互作用能时候用的
优化和振动分析时强烈不建议用
Q:
哦哦，这样啊，好的，谢谢老师
老师的意思是，我把优化，频率分析做完，再单独做counterpoise？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.26 01:53:29
Q:
[图片]老师，这种说法对吗，难道+才是弥散函数，d,p,不是弥散函数，难道书上说的都是错的？
A:
你说的那个书趁早撕了
Q:
[表情]好，，
老师计算中只加**数，不加具体的d,p,f函数，是不是计算过程中会自动识别？可以这样理解吗？
A:
基本正确
*=(d)
**=(d,p)
想全面了解基础知识，好好看群共享里“基组入门资料小合集”，别看其它乱七八糟野鸡山寨资料，否则被坑无疑
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2016.10.26 02:05:29
Q:
老师，这是我做 td(root=2) opt的结果，但state2的f=0，可是state2的能量比state1的能量低，我用当前这个结构继续做td(root=1) opt时，优出来的是state1 还是能量低的state2？
[图片]
A:
state2
Q:
也就是root1是能量最低的态，而不是excited state1 ？
A:
你当前图里state2 是能量最低的激发态。你在这个结构下做TD opt的时候，图里的state2就成了state1了
之所以图里state2能量比state1还低，是因为优化过程出现了势能面交叉
Q:
恩恩，那图里的state1是我想要的态，我就应该在此结构下做td(root=2) opt吧
A:
y
Q:
[图片]
可是老师，优出来和第一张图是一样的结果
A:
看优化的第一步，确认标注的被优化的态是你初始结构下要优化的态
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2016.10.27 22:56:31
Q:
Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /home/zhangy/g09-D/g09/l123.exe at Sat Oct 22 23:23:13 2016.
A:
IRC里写LQA
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2016.10.27 23:46:14
Q:
各位老师好，请问 frontier electron density fr [图片]这个是怎么算的？
[图片]文章里边这么说的，这个概念是作者自己整出来的吗？
A:
公式里没写清楚r，i的含义
搞清楚含义自行根据输出的系数算就完了
这个量也莫名其妙，如果就是指原子对HOMO和LUMO的贡献和，用multiwfn算
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
无聊的概念。预测自由基反应位点算福井函数f0多好
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2016.10.27 23:56:09
Q:
请问sob 用Multiwfn看ECD，能在一个图里同时观察UV和ECD吗？
A:
不能。可以导出数据在origin里合在一起做
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2016.10.28 00:17:44
Q:
Sobereva老师您好，我想问一下态求和算极化率时，偶极矩之差是总值的差，还是xyz分量分别求差再平方和开根号？？
A:
极化率哪有之差那一项？
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.28 00:24:12
Q:
请问我构建了个甲烷分子但是没法得到fchk文件
[图片]
我该怎么解决
A:
直接用opt
Q:
其他分子是可以的难道是因为甲烷太简单了？
= =不知道为什么啊别的分子都能生成fchk文件但是甲烷不行难道我名字取的不对？
A:
Woo 重算个单点，甭用乱七八糟的关键词再转换
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2016.10.28 00:57:15
Q:
老师，请问做aim得到的图不显示原子是该修改哪一步
[图片]
A:
界面右侧选择显示原子
说明原子核距离作图平面太远，默认设定下显示不出来
后处理菜单有选项设这个阈值
Q:
请问后处理菜单在哪里看
A:
把图片关闭后显示的菜单
Q:
[图片]
请问是选哪一个来设置这个阈值
A:
显然是选项17
Q:
不好意思，还想问一下，设成多少合适
A:
至少比当前大，试试便知
Q:
我试了增加到5、6后，需要添加NOCHECK，这样得到的结果也行？
A:
看具体提示，弄清楚原因
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2016.10.28 00:59:08
Q:
社长，所谓aim就是atom in molecule么？
A:
是
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2016.10.28 01:04:07
Q:
[图片]
请问一下，遇到这中情况该怎么处理
A:
按它说的增加NSTATI重算
Q:
增加NSTATI算出来的结果是猜出来的吗？可以相信吗？
A:
什么叫猜出来？
数值越大耗时越多，结果原理上也越准，对于解决当前问题可能更是必须的
----------------------------------------------------
2016.10.28 01:10:10
Q:
各位老师，这句话的意思是我应该在.bashrc里面加入一句什么样的话呢？[图片]
A:
source $AMBERHOME/amber.sh
前提是前头定义了AMBERHOME
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2016.10.28 01:40:21
Q:
Gamess软件是免费的吗? 下载链接谁有啊谢谢
A:
[图片]
Q:
我没有找到[表情]
A:
开玩笑
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.28 02:07:26
Q:
老师这句话中genmer的使用非常容易，只需要提供每种分子的几何结构.xyz文件，请问在吗生成。xyz文件呢
怎么生成XYZ
A:
[图片]
按格式自己写，或用某些程序保存产生
Q:
老师不好意思还是不懂，这个是用记事本写出来？保存成什么格式呢？，这句话运行参数和分子设定都记录在genmer.ini文件中，什么意思呢？怎么记录在里面了
A:
[表情]
靠我的语言表达能力已经无能为力了
Q:
[表情]
[表情]
A:
无语
----------------------------------------------------
2016.10.28 02:28:08
Q:
[图片]有哪位老师知道这种剖面图的Debye的数据点怎么提取出来的吗？求指教
A:
没上下文不好说。
也许是对相应z位置的薄层内的甲醇的偶极矩统计得到的。如果模拟程序没自带相应功能就得自己写代码去算
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2016.10.28 02:39:20
Q:
#p opt=(calcfc,qst2,noei) freq b3lyp/6-31G** [图片]老师，网上说这个错误是原子编号不一致导致的，但是我仔细检查了，编号是一致的，该怎么解决啊老师 @LiYuanhe
A:
在gview的edit-connection里进行检查，如果也没提示异常什么的，甭用QST2就完了
Q:
老师请问这是为什么呢[图片][图片]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.28 03:44:03
Q:
GROMACS培训前需要补补哪些基础，sob老师。
A:
也没什么特别要补的。毕竟分子力学和动力学的理论上的难度比量化低得多得多。有兴趣可以先看看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)
----------------------------------------------------
2016.10.28 03:45:34
Q:
老师，请问ONIOM计算频率的输出结果中，频率个数为什么是3N个呢？这里计算的频率和单层QM计算的3N-6频率是什么关系呀？
A:
就是3N-6啊
若某些地方输出3N，明显是没有投影掉整体运动，直接拿3N*3N力常数矩阵对角化产生的结果
----------------------------------------------------
2016.10.28 03:59:17
Q:
老师，GROMACS培训时间定了么@Sobereva
A:
预计元旦
最新信息会在科音官网上体现
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2016.10.28 04:37:07
Q:
请问高斯中团簇原子的磁矩是怎么计算呢。纠结这个问题很久了，自己查了，但还是不会算。需要输入pop=full关键词吗？谢谢大家帮忙。
A:
自旋布居数乘以玻尔磁子
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2016.10.28 04:40:56
Q:
老师，我想问下我用高斯ghf int=dkhso计算相对论效应的时候出现L502不收敛，我采取的措施还是和往常opt任务SCF不收敛的一样的处理方法吗？
A:
opt和SCF不收敛的解决完全两码事。
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.10.28 04:41:43
Q:
请问各位一个问题，gaussian在计算较弱的相互作用时，加不加nosymm关键词，计算结果的几何结构有较大差别，频率也不一样，有人遇到过这种情况吗？
，两个log文件如下，1st_nosymm.log是加了nosymm关键词，最后得到没有虚频的结构，苯环和丙炔酸基本处于一个平面；不加nosymm的情况下，第一次优化报错：[图片]，然后取第一次优化结果的最后一帧作为2nd.log的输入结构，同样的关键词优化，依然报错，但已经可以明显的看到几何结构的不同；
还有频率的差别，同样的结构，取单点能的时候关键词分别如下：
[图片][图片]
用freq关键词计算其频率，不加nosymm的情况下，出现两个虚频：
[图片]
加了nosymm的情况下，没有虚频：
[图片]
而且我也没有外加电场之类的，优化轨迹对我也不重要，所以不属于sob在这篇帖子（http://sobereva.com/297）里所说的需用用nosymm的两个情况；但比较神奇的是，以前查看优化轨迹时，如果朝向发生剧烈跳变，按sob的这篇帖子（http://sobereva.com/289）里的方法就没什么问题，但好像这篇帖子里的方法对我这个体系不适用，该有结构跳变还是有
谢谢老师！
A:
“同样的结构，取单点能的时候关键词分别如下”明明是freq任务
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2016.10.28 05:16:20
Q:
[图片]老师，我的过渡态中构造了一个分子内氢键[图片]基组是这个，最后出现不收敛错误[图片]我查了一下不收敛的解决办法，试过了，还是不行，老师能不能指点一下，
[图片]
A:
写noeigen
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2016.10.28 06:04:29
Q:
老师，对于较大分子，Multiwfn可不可以直接载入.cube对其进行分子表面的静电势分析呢，例如产生其表面静电势图
A:
较大分子做分子表面静电势定量分析最佳最快的做法是手册4.12.7写的
----------------------------------------------------
2016.10.28 06:06:52
Q:
[图片]计算自由能：ZPE,熵,[图片],在gjf开头分别怎么写？[图片]是不是只改变后面的scale数值吗，比如矫正ZEP时，改变成该方法和基组的scale因子，读出ZEP；熵时，改变成该方法和基组的scale因子,读出熵的-T*S...?
A:
ZPE!=ZEP
你用freqchk多方便，省得还改输入文件跑一遍高斯
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2016.10.28 16:02:49
Q:
，谢谢老师！可问题在于，同样的初猜和方法，是否加nosymm关键词会影响优化过后的几何结构和频率，这点是我不太能理解的，尤其是对几何结构的影响。
A:
如果一开始的结构本身就没对称性，属于数值巧合
如果最后振动分析都没虚频，而且优化收敛限足够严，说明优化到不同极小点去了
Q:
明白了，谢谢老师！以前从未想过nosymm关键词会导致优化后极小点的不同，感觉这个关键词好神奇
A:
Sobereva(190258442) 9:23:19
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
[图片]
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2016.10.28 16:29:35
Q:
老师。用Dmol3算金属氧化物能垒的话用什么机组比较合适，GGA PBE还是GGA BP
A:
PBE
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2016.10.28 16:56:46
Q:
Sob量化编程小书什么时候能写好
A:
未知，最近杂事多
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2016.10.28 17:11:14
Q:
大博士，动力学的培训班可以从31号开始吗？这样可以减少请假的天数
A:
到时候再看看
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2016.10.28 17:13:30
Q:
[图片]请问老师初次使用NAMD 在官网下载的NAMD 为什么不能解压是下载这两个没错吧谢谢
A:
保证文件下载完整了
winrar解压
Q:
[图片]
请问老师，这种是什么原因导致的错误？
后面提示：Error：software termination
[图片]
A:
没下载完整
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2016.10.28 17:15:52
Q:
[图片]用view看收敛标准曲线的时候用 RMS Gradient作图和 RMS force（chemcraft使用RMS force作图）作图有什么不同吗
A:
一码事
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2016.10.28 17:19:20
Q:
mmpbsa里对配体的结合自由能分解到残基的原理是：按力场公式计算每一帧、每个残基、中的原子对配体中的每个原子的非键相互作用，加和，取平均值。
是这样吗？
A:
是
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2016.10.28 17:24:08
Q:
老师，我几何优化四个yes，但频率计算出现俩no，比较大的开壳层体系，请问结果可靠吗@Sobereva
A:
看偏离收敛限多少，差个两三倍以内还凑合
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2016.10.28 17:30:10
Q:
各位量化前辈好！能不能请教一个问题：continuum solvent models和SMD以及PCM是什么关系？PCM和CPCM以及IEFPCM是什么关系？
A:
你就用SMD就完了
SMD用IEFPCM计算极性部分，非极性部分用特殊的方式计算
CPCM可姑且认为是PCM的近似
IEFPCM是PCM的最佳实现形式
Q:
sob前辈您好！能问一下：continuum solvent models是不是包括SMD以及PCM？
A:
是
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2016.10.28 17:34:03
Q:
我算的是1.11
[图片]
Sob老师您好，在用RRKM计算反应分支比时需要反应物的[图片]，如果以初始络合物当作反应物，初始络合物的[图片]应该怎么算呢？
A:
如果你指的势阱深度，若已经有了A---B、A---A、B---B之间的ε，那么如果把A.B当做一个粒子，则ε(A.B---A.B)=ε(A---A)+ε(B---B)+2ε(A---B)
只是随便一说，洒家不负责任
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2016.10.28 19:03:25
Q:
[图片]老师，我在算过渡态的时候，老是自动跳出来，不能忘下面算，而且log文件末尾是这样的，请问这是哪里出现问题了？
A:
无法确定，可能性太多
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2016.10.28 19:07:16
Q:
[图片]
老师求解答
A:
程序bug，软件环境与程序有兼容性问题等等
先换版本再试
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2016.10.28 19:22:10
Q:
[图片][图片] 这两个具体有什么区别吗 @
A:
前者是把后者的氢原子的电荷都轨道与之相连的重原子上
前者是把后者的氢原子的电荷都归到与之相连的重原子上
Q:
也就是某一个原子周围的氢原子
A:
y
Q:
那我想用这个电荷，哪一个更准确一些？？？
A:
哪能说哪个准确，明显看你的目的
Q:
因为我做的两个片段，我想算一个库伦势
A:
就是理想化的整数电荷
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2016.10.28 19:35:23
Q:
怎么说呢？
没有理解其中的奥秘
A:
占据和非占据NBO轨道的混合，即超共轭，当然导致能量的降低
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2016.10.28 19:39:18
Q:
sobereva 我用DSD-PBEP86-D3BJ计算单点能，Gaussian 的输出结果中有两个能量，一个是HF= ，另一个是MP2= ；请问哪个能量是DSD-PBEP86-D3BJ的结果啊?
(Gauss View 默认读取的能量是MP2的)
[图片]
A:
MP2
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2016.10.28 19:47:14
Q:
老师您好，请问下我要固定石墨烯裁剪片段的边缘原子，起饱和作用的氢原子也需要固定吗？谢谢
A:
无所谓
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2016.10.28 21:04:45
Q:
[图片]老师我构造了分子内氢键计算过度态出错，现在改写为这样对吗？[图片]之前看别人说把主要反应得键长延长，然后固定键进行构象优化，也有人说要计算氢键的色散矫正，我是用没有优化的分子构造完氢键后直接用TS算过渡态的。老师能不能指点一下
A:
opt里写cartesian
跟色散校正完全无关
氢键用B3LYP优化结构还是没问题的，虽然算作用能不准
Q:
opt=（ts,calcfc,cartesian）老师是这样吗？？谢谢！！！
老师～作用能不准～是不是意味着我做能量计算～最好别用B3LYP～这样的话跟优化的方法不一致～可不可以～是不是我要把反应物和产物用同样的方法重新计算？？？
A:
当然可以和优化不一样
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2016.10.28 21:18:16
Q:
请问amber里lj参数，还有静电参数在哪里
A:
没有所谓的静电参数。原子电荷在库文件.lib或prep或.in里
LJ参数在诸如parm99.dat里
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2016.10.28 21:36:28
Q:
各位老师我想请问这种图是怎么做的[图片]
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
分别导出曲线数据放origin合在一起画
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2016.10.28 23:17:04
Q:
早成老师说加noeigen ,后来老师看完后说加cartesian,我也加了calcfc,我看老师的博文说不加calcfc,但是以前的前辈都加了，我不知道怎么弄了，今天又有我们这边的老师说要做CP矫正，我也查了一些相关资料，但是还是不知道该怎么弄，
A:
找TS标准写法opt(calcfc,noeigen,TS)
碰到内坐标错误才加cartesian
没事甭乱用counterpoise，搞清楚原理再说
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2016.10.28 23:44:55
Q:
用qst2优化过渡态，出现如下错误：
[图片]
[图片]
请问是什么原因？
A:
算法犯傻了，没法继续做了
拿最后结构算个频率，如果最后依然很符合收敛限也没虚频就可以用了
Q:
就优化了一步，而且结构与反应物基本一样，需要的是过渡态，qst2方法
A:
就甭用弱智的QST2不就完了
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2016.10.29 00:09:16
Q:
请问下大家，CPMD与CP2K有啥区别呢？
A:
[图片]
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2016.10.29 00:29:22
Q:
Löwdin电荷是什么定义，意思是什么，请教各位了
A:
[图片]
Q:
请问老师，描述金属Pd与富勒烯形成配位键结合时，金属向碳笼的电荷转移能用LOWdin电荷描述吗？用那种电荷描述这种配位作用时的电荷转移比较合理？
A:
可以，但不能有弥散函数
Hirshfeld、ADCH、NPA都可以
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2016.10.29 00:53:27
Q:
[图片][图片][图片] 老师，irc怎么会这样呢？为什么过渡态在下面呢？
A:
IRC里写LQA
Q:
好的老师
LQA是控制什么的？步长？
老师您能解释一下原因么是过渡态定位不准？@Sobereva
A:
LQA免得做重校正步，因此避免了重校正步不收敛
g09默认的HPC算法太傻
也算老生常谈问题了，一直打算写个帖子说这个，但眼看G16快要出了，到时候IRC默认算法改了，帖子又白写了
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2016.10.29 01:17:08
Q:
sob老师，你好，我现在算了一个线性的FeC3和甲烷的吸附，由于电子态的问题，吸附中间体一直都比反应物的能量好0.4左右的电子伏特，怎么能解决这个问题啊
高0.4左右个电子伏特
A:
中间体能量本来就可以比反应物高
Q:
甲烷吸附上去应该有吸附能啊
A:
那不叫中间体，那叫反应复合物
反应复合物必定能量比两个反应物能量和要低
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2016.10.29 01:30:53
Q:
用什么软件可以读取ORCA的轨迹文件？
VMD读不了。。。。
[图片]
A:
你把.trj后缀改成.xyz拖进VMD绝对能读
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2016.10.29 02:50:07
Q:
请问有人用chelpg算过电荷吗？写文章是否是直接写chelpg呢？
A:
CHELPG
要恰当引用
Q:
老师，写文章时能直接写CHELPG吗
A:
还怎么写？
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2016.10.29 03:28:04
Q:
sob老师 gromacs中 tyr磷酸化的力场在哪里下载？[表情]
A:
忘了，当年也是google搜出来的
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2016.10.29 03:34:30
Q:
大神们，我们用的高斯算出来的密立根电荷的单位是啥呀？？？
A:
e
e=elementary charge
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
[图片]
Q:
他的单位不是au吗@Sobereva
A:
一码事！
a.u.是单位制，其电量单位就是e
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2016.10.29 03:36:37
Q:
我们老板天天都说米利根电荷，我说是马利肯，他还不信，说自己英文比我好，我怀疑他去得是不是美国
A:
mulliken至多翻译成穆立肯，翻译不成密利根
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2016.10.29 03:38:24
Q:
各位老师，请教一个问题，在计算动力学参数是，改变温度条件，得到k,A，Ea都会变化，那我如果想给出[图片]这种关系式，我该用那个温度下的A和Ea呢？还是需要做点变换？
A:
通过理论方式计算出k与T的关系曲线，再套用阿仑尼乌斯公式拟合得到这种形式
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2016.10.29 03:54:52
Q:
下半年有量化培训吗
A:
12月有初级量化培训
Q:
大概什么时间出通知呢？我要早做准备
A:
11月
时间12月3~6日
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2016.10.29 04:06:40
Q:
[图片]老师GV里面的这个颜色能调节成红色是高电势蓝色是负的为什么就全部变成红色了
A:
必需左小右大
Q:
GV里面的不能选择颜色，那Multiwfn[图片]的能调节吗
感觉这两个字母反着呢
A:
调什么颜色？
原子颜色能调，极值点颜色调不了
Q:
Multiwfn 极小值点是蓝色，它改不成红色吗
A:
改不了，除非你改代码，或者放到VMD里绘制，在那里改
Q:
哦哦感觉如果把GV里面的和Multiwfn 放在一起分析颜色就会反着来
哦哦好的老师谢谢您
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
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2016.10.29 04:13:37
Q:
老师，动力学班几天?就是元旦三天假开吗？
A:
待定
3或4天
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2016.10.29 04:20:17
Q:
老师，我用mutiwfn做电荷转移，再用VMD看看到这样的图[图片]我想用这种键线式的图我想改成球棍式的要怎么改@Sobereva
A:
graphics-representation，drawing method设为CPK
否
用gview保存成pdb
看手册，不要猜
Q:
[图片]但是出现这样的图，只有红色的区域没有蓝色的了，而且所有的原子都是一个颜色了
A:
再建个representation专门显示负值部分（isovalue设负值）
恰当设定coloring method来区分原子颜色
Q:
我试试，老师有这方面介绍的资料吗
A:
just play with VMD
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2016.10.29 04:34:05
Q:
sob老师，请问您一个Multiwfn使用上的问题，在做CDA时候我分了2个片段，再看复合物轨道时候出现了问题beta轨道和Alpha轨道对应不上。我试了许多版本发现3.37之前的都可以正常输出。请问这是怎么回事
[图片]用3.2版本输出的beta轨道CDA
[图片]用3.39输出的
均是同一个体系
A:
能量刻度不一样
Q:
为什么老版本的可以而新版本的不行呢？
A:
自己把刻度调合适就完了
Q:
您看一下第二个图没有纵坐标
我怎么调都是那样无变化
A:
文件给我
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2016.10.29 04:42:02
Q:
因为溶液中的PH值会影响我的体系的氧化还原电位，我想问问我在算溶质在水中的溶剂化能的时候，如何把PH值设置进去，这里水相中由于OH-离子的加入，PH值是14，请哪位有经验的老师指导一下怎么设置吧，谢谢！老师
A:
考虑PH是否对体系质子化状态有影响
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2016.10.29 05:28:55
Q:
sob老师，怎么画出如图所示的轨道能级图[图片]
A:
复杂情况用multiwfn的CDA
简单情况自己算出轨道能级在origin里画成折线图
----------------------------------------------------
2016.10.29 06:08:52
Q:
大神们，有知道原子单位制下的真空介电常数为多少的吗？？？
A:
1
----------------------------------------------------
2016.10.29 06:43:18
Q:
老师，请问使用multiwfn进行静电势分析，对不同构型的静电势分析结果具有可比性吗（比较分析在不同构型中某一个原子附近静电势）？
A:
有
----------------------------------------------------
2016.10.29 06:49:44
Q:
话说今天组会我想到一个问题
有mulliken电荷也有别的电荷比如npa啊aim什么的
有mulliken自旋有别的自旋吗
A:
有
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2016.10.29 15:47:10
Q:
老师这是我的输入文件和输出文件：[图片][图片]，基组用的是def2qzvpd，这个错误应该怎么改
谢谢
A:
根就都没写基组
明摆着默认用了STO-3G
Q:
自定义
A:
自定义不写gen？
----------------------------------------------------
2016.10.29 16:08:59
Q:
老师，[图片]计算MECP出现的错误？怎么办呀？@Sobereva
A:
格式不对，仔细对照
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
[图片]
我没发现问题呢
A:
甭瞎空格
上传完整输入文件
末尾多空一行
Q:
好的
老师，我在运行prepare.sh后，geom,文件会有不识别的原子，我手动调整可以吗？
A:
怎么会不识别？
Q:
[图片]
5r和7i是Br和Ni
A:
写元素序号啊
5r、7i什么鬼
Q:
我手动改过了
自动生成的文件是这样的
改后出现的错误提示基组错误
A:
注意geom里的格式
最后让.gjf能正常生成就完了
----------------------------------------------------
2016.10.29 16:29:26
Q:
请问激发态的分子可以做它的 MO么？@Sobereva
A:
[图片]
Q:
[图片]
这个问题又来了
A:
民科思维
----------------------------------------------------
2016.10.29 17:09:23
Q:
请教社长了..
ONIOM计算的自由能可以把MM部分和QM部分分开不..
分不开的话，难道要自己手动计算不成.？
MM部分的自由能算的太糙了...
A:
没法分开。ONIOM是把低级和高级部分的Hessian矩阵混合作为整体Hessian再计算频率，得到自由能。这是耦合在一起的。
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2016.10.29 17:18:01
Q:
请教一下各位老师同学，用Gaussian09进行NICS计算时，出现“severe error message #2070"错误是什么原因？
A:
看具体报错提示
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2016.10.29 17:42:47
Q:
老师：您好！一个含有Li,Na,K,Be,Mg,Ca,Ir的体系，对其进行结构分析和芳香性分析，其中 Li,Na,K,Be,Mg,Ca采用b3lyp的方法和6-311++G*.对Ir采用b3lyp/CEP-121G方法和基组。您看觉得合适吗？谢谢！
A:
甭用CEP，没什么好处
SDD或lanl2TZ
Q:
恩，好的谢谢老师！可以请问谢谢！
A:
对当前问题没缺陷
Q:
恩，那可以进一步的问一句：CEP-121G对于研究哪一类问题有缺陷呢？谢谢！@Sobereva
A:
干嘛非用这个破赝势基组
明明SDD或lanl2TZ常用得多，结果也更好
Q:
我是在一篇文章上看到的，对这个基组不熟悉，就像老师说的SDD和LANl2tz更加常用，所以想问问[表情]
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2016.10.29 17:44:14
Q:
我猜测一个过渡态进行irc计算怎么出现这样的问题
[图片]
怎么就一个点
能给指导一下吗？谢谢啊
A:
IRC正常算完再看
中途报错就试图解决
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2016.10.29 17:46:54
Q:
请问，遇到overlap matrix出现负数特征值怎么办？用的基组是def2-TZVP
是要换基组吗
A:
不用管
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2016.10.29 18:08:59
Q:
加色散能用在柔性扫描上吗？
A:
能
Q:
谢谢老师
色散矫正DFT-D3只能用高斯的D版本或者E版本吧，我看完忘记了[表情]
A:
>=D.01
----------------------------------------------------
2016.10.29 18:10:48
Q:
sob老师，请问用什么算每个轨道上的电子占据数？谢谢
A:
pop=full就给你输出出来。
按轨道能量从低往高排
----------------------------------------------------
2016.10.29 18:18:18
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：TDDFT输出的轨道对之间的跃迁对于激发态的贡献，这些轨道是不是这个构型下的基态轨道？
A:
是
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复制代码