公社群聊Q&A整理：2017.04.12 04 ~ 2017.04.16 01 Concate - 计算化学公社

2017.04.12 04:11:04
Q:
[图片]老师你好，问下xyz每列是代表每个方向上的跃迁偶极矩么？后两列dip.s.与osc.是代表什么意思呢？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
里面都写了
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2017.04.12 04:14:23
Q:
老师，请问一下 CCSD(T)计算的频率有强度吗
A:
如果指高斯，无
Q:
老师，那用molpro呢
A:
不能
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2017.04.12 04:15:05
Q:
各位群友，请教一个问题，RDF曲线出现负值应该怎么解释呢？
A:
相应区域密度低于平均密度
刚才说错了。
小于1是低于平均密度
按照标准定义负值不会出现，除非对曲线做了某些整体平移，即平均密度不对应于1
要么就是程序bug
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2017.04.12 04:15:06
Q:
请问sob 老师在求298K 条件下物质的生成浛，采用以下公式
[图片]
请问高斯计算能够输出其中对物质的热容矫正项（如下）吗？如果不能，请问怎么计算这项
[图片]
A:
能
Q:
比如我采用B3LYP 优化和计算了频率，输出的结果在哪里呢
A:
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
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2017.04.12 04:35:06
Q:
Gaussian16能否在win 下并行？
A:
能
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2017.04.12 04:36:11
Q:
请问一下df2-tzvp是不是ma-tzvp删掉弥散函数的基组呢？
A:
那叫def2-TZVP
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2017.04.12 04:42:40
Q:
老师，算溶剂化能的时候，用M06L,对应的算的最准的基组级别是什么啊，这个有相关文献吗
溶剂化模型是SMD
优化的时候用的是m06l
算溶剂化可以用m05-2x吗？
A:
那叫做“计算溶解自由能”
可
Q:
嗯嗯。。。是的，溶解自由能
那优化和算溶解自由能的泛函可以不一样吗
A:
当然可以
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2017.04.12 04:54:53
Q:
二价铁配合物，参与负氢原子催化过程，基组是不是起码要6-31++g**呢
A:
恩
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2017.04.12 04:56:40
Q:
老师您好！我在Multiwfn 手册里看到要生成.wfn文件需要在Gaussian 输入文件中的路径部分输入out=wfn,另外在末尾还要写上输出路径，请问老师，如果是用自己的电脑连接到Linux服务器做的计算，那输出路径应该写服务器上的文件夹吗？
A:
是
Q:
如果计算的时候没有写这些，那得到的输出文件是不是就不能用Multiwfn 分析了？也就是说我要重新写输入文件再算一遍了？/小纠结
A:
有fch文件也行
用fch文件能用的功能比wfn文件更多
Q:
我试了，输入11后选择3（UV-Vis），然后回车，软件自动退出了
A:
输入文件有问题
fch文件根本不能用来绘制光谱，必须用输出文件
例子很清楚
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
用Gauss View能看光谱的
A:
gview载入fch文件绝对看不了UV-Vis！
该怎么操作博文里写得极为清楚
Q:
是看不了，必须用log文件
A:
那不完了
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2017.04.12 04:58:46
Q:
请问高斯view计算出来的电子密度的单位应该是原子单位，那么是不是就是e/bohr3呢？
还是e/埃3
A:
e/bohr3
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2017.04.12 05:04:47
Q:
[图片]老师，这是您之前的一个帖子。如果算溶解自由能的泛函可以跟优化的泛函不一致的话，用b3lyp,smd,6-31g*和m05-2x,SMD,6-31g*算溶解自由能都可以是吗
A:
是
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2017.04.12 05:05:03
Q:
老师，在高斯里有一个结构的fch文件，怎么利用Multiwfn和VMD来画NCI
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2017.04.12 05:06:39
Q:
请问老师，2S+1是自旋多重度，对于没有单电子，有1个单电子，我都能理解其状态，但是有2个单电子的时候，第三种情况是怎么分布的？[图片]谢谢老师。
A:
你指双自由基？
Q:
是啊
三重态的情况
A:
双自由基哪是三重态
[图片]
Q:
哦，原来双自由基一直我都弄错了，谢谢老师。那老师2S+1=3的时候，那第三种情况是个什么样的情况啊？
A:
你的图第一个就是三重态
Q:
嗯嗯，了解。
A:
第三种情况是Sz=0的S=1态，必须用两个行列式线性组合才能表示，看szabo的书
Q:
[图片]在这一块？
A:
恩
讲组态函数那块儿
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2017.04.12 05:06:52
Q:
Maximum Force 0.001649 0.000450 NO
RMS Force 0.000182 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.083647 0.001800 NO
RMS Displacement 0.012792 0.001200 NO
--------------
离收敛还有多远？
A:
位移还差很大
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2017.04.12 05:14:50
Q:
[图片]从这里面下载的基组是不是需要将氢原子的定义放在所有元素定义的最后面呢?
A:
没必要
Q:
但是我我将H放在最前面的时候提交计算会出现错误
A:
你格式不对
Q:
刚一提交上去就这样报错[图片]
A:
没法直接算，除非你自己设计出个计算方式来
Q:
[图片]
我是将这个基组的定义放在坐标空一个格子之后
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.04.12 05:21:49
Q:
请问老师，高斯可以计算环张力吗？
A:
没法直接算，除非你自己设计出个计算方式来
Q:
哦哦，那麻烦问一下老师，什么软件可以直接算出环张力啊，multiwfn可以吗
A:
并没有广为认可的计算环张力的方法
Q:
我查阅的文献有计算电子查分密度来评价环张力大小的
A:
从有张力和无张力的体系的键强度上进行对比是可行方式之一
或者考察ELF、键径等因为环张力而往外凸的程度
变形密度往外凸的程度也反映环张力
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2017.04.12 05:28:39
Q:
是不是需要在H前面加一个负号呢？我将这个H的定义放在所有元素的最后面，提交上去就不报错再运算了，不知道是什么原因
A:
用不着负号，你体系里又不是没有氢
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2017.04.12 05:39:46
Q:
计算拉曼谱的原理是什么 sob老师有相关的文章吗
A:
J. Phys. Chem. 1990, 94, 8106
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2017.04.12 05:41:13
Q:
老师您好，1：ΔH 在可以用来表示分子之间相互作用能吗？ 2：我计算出来的分子之间相互作用能使用BSSE校正结果后为正值，这个正值可否被用来表示两分子相互之间具有排斥作用？（我的文章中需要用这个表示排斥作用）谢谢老师
A:
1 能
2 吸引还是排斥要看坐标。如果确信计算完全合理，只能说在那个位置下二者是排斥的
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2017.04.12 05:47:06
Q:
请问下，cc-pVxZ+ 跟cc-pVxZ区别在哪，如果前者加了弥散，为何不说成月份基组（maug-cc-pVxZ）？
A:
不要在意那些非主流命名
在月份基组提出之前，各种在aug-cc-pVnZ基础上简化弥散函数都是胡乱命名的
Q:
大博士，计算含有一个过渡金属原子的体系，用wB97XD好还是用M06更好
A:
M06
Q:
[表情]感谢大博士，M06L呢？
A:
亦可
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2017.04.12 05:59:59
Q:
老师，高斯能用耦合簇计算分子的非谐力场么
A:
高斯又没法产生力场
CCSD(T)没法做非谐振计算
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2017.04.12 06:06:32
Q:
老师，BSSE校校正之后能量为正值，这种情况怎么解释，谢谢
A:
如果是指单点能，优化不够充分
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2017.04.12 06:10:08
Q:
老师，我用Multiwfn 分析UV-Vis中各个跃迁的贡献情况，得到的结果中发现激发态有点高啊，而且图像只有一个峰，会不会是计算结果有什么问题？[图片][图片]
A:
重复手册里的例子
Q:
[图片]请问老师，这里的第二列是Mulliken populations吗
A:
重复不出来手册就是操作有问题
1是Mulliken电荷，2是Mulliken自旋布居
Q:
好的谢谢老师
那请问老师， Mulliken自旋布居和Mulliken布居是一个意思吗
A:
当然不是
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
Q:
请问老师输出里面那一项是Mulliken布居没明白
A:
还怎么更明白
就那么两列数据，还能有什么
Q:
[图片]这个区别请问老师这个
A:
给你贴博文你又不看
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2017.04.12 08:49:32
Q:
请教一个问题，量子动力学程序里面，粒子在下一步的位置，是通过含时薛定谔方程来计算，还是对粒子的势能（量子化学方法计算）求坐标偏导，得到力，然后根据牛顿力学来求得下一步的位置？
A:
看是什么层面的了。
一般意义的量子动力学，核和电子都以波函数描述，通过含时薛定谔方程来演化。
相对于量子动力学来说的经典动力学，核则是按你后面说的方式计算轨迹
Q:
就是我们目前使用的量子动力学软件用的算法
象amber也可以做QM/MD
难道amber里的量子动力学用的是含时薛定谔？
我查一下
A:
amber无论MM还是QM/MM，都是经典动力学层面上的
做量子动力学先得拟合出势能面才行
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2017.04.12 17:14:47
Q:
各位老师，对阳离子体系的优化与分析，和普通分子体系有区别吗？
A:
id 无
但注意阴离子计算一般要带弥散函数，但很多分析方法如Mulliken布居、Mayer键级等，不能用于有弥散函数的情况否则结果一团糟
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2017.04.12 17:51:52
Q:
各位大神，MOLDEN文件可以用什么可视化软件打开？
A:
multiwfn
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2017.04.12 17:55:12
Q:
谢谢sob老师。如果从分子中拿走一个电子，使体系变成+1,2的情况，这个时候是可以做自旋布局的对吗？这也属于激发态吗？
A:
id 是
那叫电离态不叫激发态
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2017.04.12 18:17:17
Q:
[图片]我想知道后面括号里的3是什么意思啊
不是单位不同
都是debye,写的很清楚
A:
甭管gview，自己从输出文件读就完了
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2017.04.12 18:19:22
Q:
大家好，我在高斯优化过程中可以看到收敛指标都已经完成，但是报错l703.这个l703是什么错误？如何修改完成？望大家指教？
A:
字号不要超过12
怎么提问看
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
现在字号对了吧？
A:
恩
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2017.04.12 18:20:11
Q:
请教个问题如果想说明一个分子倾向于和一个银离子结合而不是倾向于结合两个银离子应该如何去算？
银离子也能优化吗。。
A:
银离子结合上去之后的那个离子可以优化，单个银离子不能
算结合一个和结合第二个时候能量变化
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2017.04.12 18:20:22
Q:
为什么每次你说字号不要超过12的时候，我这里现实的都是一样的字号？
A:
因为你用的是气泡模式，这里说了
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
Q:
你说的字号大了，不是指我吧？
A:
不是
Q:
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
polar=(DCSHG)这个关键字和选项的输出文件是可以分析的吧@Sobereva
A:
可以
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2017.04.12 18:25:10
Q:
老师您好，我想问一下，在用gromacs做一些原子的冻结的时候，需要做索引文件，如果我要固定的原子数比较多（大概2万个原子）而且不是同一类型的原子，那我应该怎样来固定？
A:
利用VMD的极为灵活的选择语句把那些地方都选上，然后用脚本导出原子序号
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2017.04.12 18:25:29
Q:
计算比如[H3N]-->[BF3]从配位至解离导致的电子转移，用CDA和片段电荷哪个更合理？
A:
只要不需要细化到轨道层面的电荷转移讨论，用原子电荷便可
----------------------------------------------------
2017.04.12 18:25:51
Q:
多谢是分别优化单个离子单个分子结合后结构然后求dG么？
A:
是 @song2666
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2017.04.12 18:27:46
Q:
新手向老师们请教一个问题，在top文件中opls力场，苯环上的偶氮貌似没有定义，我用tppmktop自动生成的是azd_n1 1 UNL N，请问这个可以用么，还是在gromacs中oplsaa.ff中找相关的？
A:
没法用，原子参数都没给你。往往这种情况是程序没法自动从OPLSAA库当中判断出合适的，如果oplsaa.ff里有合适的原子类型就自己指定就完了。
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2017.04.12 18:57:25
Q:
请问老师，在对一个Cu2+金属配合物优化和计算能量的时候，对Cu2+使用SDD基组和Lanl2dz。哪个基组相对更精细一点呢？
A:
SDD
Q:
那SDD基组，是我选择的这个基组吗？[图片]
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.04.12 19:06:50
Q:
请教各位大神: 四原子直线型分子进行高斯优化时，用Z-matrix方法怎样表示？二面角的数值如何确定？还有怎么加虚原子？
A:
没特殊必要甭用内坐标，输入文件里用笛卡尔坐标就完了
Q:
嗯呢谢谢老师主要现在是想要使用CCSD(T)方法进行优化使用笛卡尔坐标做不出来所以想使用内坐标试试
请问老师有没有好的建议？
A:
CCSD优化足矣
死活非要用CCSD(T)，用笛卡尔方式表示，让分子冲着Z轴，把z坐标用变量表示作为可优化的变量
Q:
嗯呢谢谢老师这个方法试了不行
您是给我的建议吗
A:
怎么不行？此例顺利优化完了：
# CCSD(T)/6-31G* opt
Title Card Required
0 1
C -0.00000000 0.00000000 Z1
H -0.00000000 0.00000000 Z2
N -0.00000000 0.00000000 Z3
Z1=-0.49687143
Z2=-1.56687143
Z3=0.64972857
凡是说不行就把不行的原因、报错提示说明
Q:
嗯呢好的谢谢老师 HHeCN
%mem=2gB
%nprocshared=8
# CCSD(T)/AUG-CC-PVTZ OPT FREQ
Title Card Required
0 1
H 0.00000000 0.00000000 Z1
C 0.00000000 0.00000000 Z2
N 0.00000000 0.00000000 Z3
He 0.00000000 0.00000000 Z4
Z1=-2.76156600
Z2=-0.12620500
Z3=1.03194400
Z4=-1.85240500
%mem=2gB
%nprocshared=8
# CCSD(T)/AUG-CC-PVTZ OPT FREQ
Title Card Required
0 1
H
C 1 r2
N 2 r3 1 a3
He 2 r4 3 a4 1 d4
r2 2.0000
r3 1.0000
a3 180.0000
r4 1.0000
a4 180.0000
d4 360.0000
这是Z-matrix输入文件
A:
贴这干嘛
而且你这么写还白浪费时间，180度那个变量根本不需要优化
Q:
Distance matrix (angstroms):
1 2 3 4
1 H 0.000000
2 C 2.000000 0.000000
3 N 3.000000 1.000000 0.000000
4 He 3.000000 1.000000 0.000000 0.000000
Small interatomic distances encountered: 4 3
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /握手/apps/gaussian/g09/l202.exe at Thu Apr 6 02:02:20 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 0
000000000005783, rsp 00007ffc040408a8, rbp 00007ffc04040e90
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005783, r8 00002b5aa32c62c0
r9 0000000000000000, r10 00007ffc04040630, r11 0000000000000202
r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007ffc04040ed8
r15 00000000000003e6
--- traceback not available
这是Z-matrix输出
Distance matrix (angstroms):
1 2 3 4
1 H 0.000000
2 C 2.000000 0.000000
3 N 3.000000 1.000000 0.000000
4 He 3.000000 1.000000 0.000000 0.000000
Small interatomic distances encountered: 4 3
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in [表情]/apps/gaussian/g09/l202.exe at Thu Apr 6 02:02:20 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000005783, rsp 00007ffc040408a8, rbp 00007ffc04040e90
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005783, r8 00002b5aa32c62c0
r9 0000000000000000, r10 00007ffc04040630, r11 0000000000000202
r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007ffc04040ed8
r15 00000000000003e6
--- traceback not available
这是Z-matrix输出
A:
直线还根本没法定义二面角
都跟你说了别用内坐标
Q:
直线不能定义二面角吗
A:
稍微动脑
Q:
嗯呢谢谢老师那如果我现在想用CCSD（T）优化这个体系怎么办呢
A:
把我的全部回复大声朗读一遍
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:07:09
Q:
请问老师用Multiwfn可以做分子图吗？
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:26:55
Q:
[图片]
同志们，我有机合成的反应，想计算一下
怎么入门啊
要研究激励
机理
有没有人稍微指点下
以后可以合作
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
有没有视频，可以购买
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:28:55
Q:
老师您好用了allcheck，还是报错。[图片]
/流泪
A:
直接用gview提取之前的结构就完了
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:32:54
Q:
sob老师您还现在是chk文件打不开/大哭[图片]gview打开时这样提示的。
A:
打开之前的输出文件
Q:
sob老师您好，gview打开时候报error。我是在Linux下把chk文件转成fchk文件，再用gview打开，但是会报错。麻烦您看下[图片]
A:
本文编辑器打开输出文件，找最后一次输出的结构部分的段落，拷出来
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:46:09
Q:
老师，找过渡态用IRC来验证，发文章的时候跑的IRC的数据图还需不需要附上去呀？
A:
不用
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:48:02
Q:
我想问一下，我用高斯计算过渡金属单个原子 Ni原子。为什么HOMO轨道是s轨道。
Ni的电子排布应是 [图片]
A:
3d8 4s2，本来4s能级就更高
Q:
我的疑问是：根据周期表，这里应是先占据4s，然后又占据的3d轨道。
所以3d应该在外面。
A:
3d元素，失电子是先从4s失的，显然4s理应更高
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:49:04
Q:
老师，您能帮我看看这个错误的原因嘛
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:51:41
Q:
请问老师，优化过程分子采用rb3lyp/6-31g(d,p)，但分子中如果有碘元素，应该用什么基组较好？我对有重元素的分子优化这一块不是很了解
A:
优化过程lanl08或SDD够了
----------------------------------------------------
2017.04.12 19:56:40
Q:
我对ONIOM部分电荷有点搞不弄清楚，就简单试了下，使用
#p oniom(b3lyp/6-311g(d):b3lyp/6-31g(d):b3lyp/3-21g)
0 1 0 1 0 1 1 2 1 2 1 2
但计算结果显示Mulliken电荷
[图片]
其中只有H层有电荷，M层和L层都没有（应该H层电荷相加为1，而M层电荷相加为-1，L层电荷相加为0）
请问这是咋回事？
A:
那是因为当前这个子任务只是计算H层的
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2017.04.12 20:07:16
Q:
Sobereva老师，我想购买一个molclus
预编译的。
A:
按molclus官网上的说明，发邮件
----------------------------------------------------
2017.04.12 20:19:13
Q:
请问,ＧＶＩＥＷ氨基酸突变功能吗？
A:
没有。你可以gv里自己去删改残基，但之后要把原子名改成pdb标准的
----------------------------------------------------
2017.04.12 20:50:47
Q:
文件一个点也没优化出来，log文件的结尾是这样的[图片]请问老师，这个是正常的吗？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.04.12 21:10:29
Q:
老师高斯09一运行就出现这个问题，怎么解决呢
Error: segmentation violation
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.12 21:37:52
Q:
[图片]为什么我GS输入文件的频率是整数，而到这里变成了小数，差了一点？
Muitiwfn里面处理超极化率输出文件的@Sobereva
Muitiwfn里面处理超极化率输出文件，为什么我GAUSSIAN输入文件的频率是整数，而到这里变成了小数，都差了一点？[图片]
A:
multiwfn的au->nm转换因子和Gaussian可能有微妙的不同
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2017.04.13 00:19:31
Q:
@冰释之川电子能量是不包含热力学和零点能的，我问的是能不能是加入dft-d和pcm后的能量？
A:
DFT-D当然能加入
加入PCM之后那确切来说是“包含溶解自由能的单点能”，你如果说是电子能量，必须说清楚是溶剂下的
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2017.04.13 00:24:51
Q:
我们计算化学课的助教说gaussian做频率计算的输出文件直接给出的熵值是不够准确的（与使用振动频率等数据计算得到的结果相比）。请问这种说法是否正确？
嗯，我计算的时候加上了矫正因子。
[图片]是这样的，助教是想让我们用这些公式（统计力学的原理嘛），使用输出文件中的相关数据来算出熵，而不是直接读取输出的熵值。我觉得gaussian在计算中自然也是基于一样的原理，那么结果应该是没有区别的。
A:
Maxwell 你们助教说的完全不正确
高斯就是根据理想气体标准热力学公式算的熵
具体公式这里有
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
另见
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
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2017.04.13 00:39:26
Q:
[图片]各位老师，RDG输出的散点图数据中哪一列是做RDG要用的横纵坐标？ @Warm_Cloud
A:
屏幕上有清楚的提示
Q:
好的老师
惭愧惭愧
[表情]
[图片]没看到标注啊，老师
A:
输出完了就有
[图片]
提示得没法更清楚
Q:
[表情]
谢谢[表情]
[表情]
之前的txt文件，想拿出来再查看一下数据，结果。。。
[图片]
OA:
你可以自己把这两句话复制到你的数据txt里面[表情]
这一句话
A:
直接输出到txt里，用户还得从txt里删掉那些才能导入origin
Q:
是的。。。光是开这个txt都卡的不行。。。
A:
大的txt用ultraedit打开超快
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2017.04.13 00:39:55
Q:
老师，请问一下有pdb和cub文件，怎么用vmd做basin的图啊
@Sobereva
A:
把这俩都载入，把basin那个用isosurface方式显示就完了，multiwfn手册里写了
----------------------------------------------------
2017.04.13 00:40:00
Q:
老师好！我算了一个结构的过渡态，出现好几个虚频，其中有个虚频的振动是我要预想的振动趋势，剩余的不是。那剩余的虚频，是不是都要消去呢？
A:
是
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2017.04.13 00:43:54
Q:
各位老师，请问计算反应过渡态能垒时，应该加零点校正能，还是吉布斯自由能？
A:
图省事用电子能量算，求严格用自由能算
只加ZPE什么用也没有
Q:
我现在的结果是TS有一个-53的虚频，但是IRC一直跑不出来，加上calcall，调整步长，也只有三个点,，我该怎样验证我得到的是不是一个真正的TS?
A:
看振动方向判断是否有化学意义
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2017.04.13 00:49:41
Q:
老师，自旋密度除了优化结构后可以得到，还有别的什么方法吗？
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.04.13 00:55:00
Q:
老师，我想问下，Multiwfn进行的这个AIM分析可信度有多高呢，因为我本来以为是水的氢原子跟三氟甲基的一个氟原子作用形成弱氢键，但是没想到是氧原子与F原子生成了一个卤键
[图片]
A:
这明显不可能有你期望的氢键，键角都那么大了
同时做个RDG图考察有益
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Q:
但是键长是在弱氢键的范围内哟
A:
光看键长有什么用
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2017.04.13 01:03:03
Q:
[图片]大博士，这是不是要安装C编译器？
A:
是
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2017.04.13 01:17:03
Q:
请问涉及到过渡金属的体系不推荐用nbo计算电荷吗？
A:
如果用的高斯自带的3.1，最好和最新版本NBO进行比较，如果差异大，说明老版本可靠度低
NPA对于过渡金属有含糊性，morokuma很早年就在CPL文章里说过这事情
Q:
那我关注的是配位后非金属原子的电荷推荐用什么计算？
A:
ADCH、NPA皆可，看群文件里原子电荷计算方法的对比
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2017.04.13 01:22:10
Q:
请问，高斯的fchk文件里面所包含的信息，群里谁有相关资料吗，怎么网上找不到。
A:
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
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2017.04.13 01:29:10
Q:
请问sob老师，为何我的Linux系统里面没有gcc呢？
A:
和你安装时候选的模式有关，CentOS/RHEL若选的开发环境那种模式，gcc是自动装的，其它很多模式不会自动装gcc，这时需要你用yum来额外装。
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2017.04.13 01:30:58
Q:
大家好，请教大家一个MS软件的相关问题。/抱拳
我对TNT进行了，700K下Forcite分子动力学模拟，却发现晶体的结构并没有太大的改变，即分子并没有想预料到的一样发生了热分解。Forcite参数设置如下：
[图片][图片]
[图片]
另外，我每次执行Forcite动力学，MS都会自动转变成P1对称性。。。
[图片]
[表情]拜托群里的大神解决一下。
写错了，是3000K下
A:
热运动本来就会破坏对称性，自动设成P1是理所应当的
COMPASS又不是反应力场，显然描述不了分解
Q:
那老师，就是说是我力场选择有问题是吗？
A:
MS里没有能够描述热分解问题的力场
一般得用ReaxFF。正好最近物化学报有篇李象远他们的ReaxFF研究黑索金热分解的文章你可以参考：doi: 10.3866/PKU.WHXB201701161
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2017.04.13 01:38:18
Q:
[图片]yum了半天了，一个都没成功
A:
重启
Q:
/憨笑
[表情]
[图片]
一大堆的error
A:
第一届gromacs培训班时候你不都装过么，已经用了gcc了
Q:
/擦汗后来重装系统，就把原来的给覆盖了
[图片]这次全选，不会遗漏了
大博士肯定在蓄力
A:
[图片]这就够了
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2017.04.13 01:53:23
Q:
老师我的体系是65个电子，Integrating basins的时候multiwfn给出的是64.78，是合理的吧
A:
是
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2017.04.13 02:06:54
Q:
Thermal correction to Energy
Thermal correction to Enthalpy
Thermal correction to Gibbs Free Energy
这三个校正有没有可能是负值？？
谢谢！
A:
第三项可能
Q:
振动配分函数取对数后，也可能是负值？
谢谢！
A:
自由能里有-TS项，可以导致为负
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2017.04.13 02:30:59
Q:
老师，localization index (LI)越小，越容易发生离域啊
A:
蒽
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2017.04.13 02:37:25
Q:
老师，怎么理解数值噪音，[图片]。谢谢
A:
稍微学习点数值算法就懂了
没写过程序、不了解常用数值算法的话说几句话不明白
Q:
老师，有什么资料推荐我学习一下这个数值算法
A:
Numerical Recipes
Q:
谢谢
A:
至少把这个看懂了
https://en.wikipedia.org/wiki/Numerical_differentiation
----------------------------------------------------
2017.04.13 02:58:27
Q:
请问，我用multiwfn 画出了uv-vis 光谱，应该怎么把图像或者导出呢？
A:
菜单里有导出图像的选项
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2017.04.13 02:59:17
Q:
请问各位老师，我用amber跑动力学时，在最小化时，出现这样的错误 Error opening unit 10: File "refc" is missing or unreadable 我找不出哪里错啦，请老师指教
A:
-refc参数接的是位置限制用的参考坐标文件，你要用了位置限制就得提供，如果不打算用位置限制就应该修改.in文件去掉这设置。手册里搜refc
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2017.04.13 03:12:01
Q:
请问老师，我想画类似6氯代苯这样的对称性结构的话，有没有什么比较便捷的办法让所有氢一次性都变成别的结构，不用一个一个点吗？谢谢老师~
A:
先约束成D6h对称性
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2017.04.13 03:28:16
Q:
sob老师，能给我发一篇关于开壳层自旋密度的文章吗？我想了解一下，她在文章中是如何讨论的。
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
这里面已经说得够充分了
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2017.04.13 03:30:59
Q:
[图片]，卢老师，水分子键角为60°时，Gview能优化出O-H键长的长度吗？
A:
能，优化时冻结键角就完了
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2017.04.13 03:33:04
Q:
Sob老师，我在unix中用G09算的chk文件想用formchk转成fchk文件，不知为何转不了，系统说找不到formchk文件
在G09 win中转貌似也不行
谢谢谢谢! 怎么查foumchk路径? 然后怎么加到PATH
formchk不work . 系统说找不到formchk
'找不到formchk就把formchk的路径加到PATH' 这个我还没弄明白怎么弄
A:
[图片]
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2017.04.13 03:47:27
Q:
老师，请问用b3lyp/6-31G*找过渡态，发生了震荡，把步长设小一点的关键词怎么写呀？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2017.04.13 04:13:53
Q:
老师，请问GVIEW里面怎么给原子加上哪种彩色的背景，方便区分多层分子。
A:
是
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2017.04.13 04:26:18
Q:
老师您好，计算分子vdW表面静电势的时候，vdW surface的定义是手册中如下字段吗？[图片]谢谢老师。这个我是否需要引用对应文献？谢谢老师
A:
J. Am. Chem. SOC. 1987, 109, 7968-7979
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2017.04.13 04:28:24
Q:
老师，请问一下，molpro中rotate后面是0或90度是交换轨道，那45度是什么意思啊
A:
均匀混合
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2017.04.13 04:31:12
Q:
老师，对子比较大的体系，几何优化前两个达到yes,最大受力0.000040,rms force 0.000008,后两个比收敛限度大两三倍，一直震荡。我此时用opt=loose,几何结构变化已经很小了，继续算频率误差会不会比较大啊？@Sobereva
我用的是高斯
A:
基于最后的结构，calcfc且减小步长上限
如果怎么折腾还是连loose的位移收敛限都达不到，做个freq看看，如果没虚频姑且接受了
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2017.04.13 04:36:57
Q:
老师您好！
在做根据吉布斯能的玻尔兹曼分布计算的时候，electronic energy要不要算上啊。最后用来计算分布的吉布森自由能是哪个呢。
用的ORCA做的计算。
[图片]
A:
输出里已经写得很明白了
Q:
是哪个呢。我怕自己搞错了。
多谢老师了。
能不能帮忙指明一下。
A:
final那个
Q:
那那个For the completeness是干啥的呢。
A:
告诉你自由能的热校正量
----------------------------------------------------
2017.04.13 04:59:37
Q:
卢老师，您好。还是刚刚那个问题，我没明白怎么用高斯去优化，去得到键角为60°的键长的大小。还请卢老师帮帮忙。我看的文献上为了保持体系偶极矩不变化，在修改键角的同时改变了键长，不明白键长是如何得到？祝卢老师工作顺利，身体健康。
A:
不明白文献想干嘛。
如果意思是键角必须要求60度，又要求偶极矩和自然状态的偶极矩一样，那你就不断改变键长，看什么时候算出的偶极矩和自然状态的一样
----------------------------------------------------
2017.04.13 06:08:19
Q:
请问，用Multiwfn得到的电子密度差分图，如何把坐标轴上的数字和标题字体变大呢？谢谢
A:
没法改
Q:
好的，谢谢sob老师
电子密度差分图中横纵坐标轴分别表示什么意义呢？还是只是一个长度单位呢？
A:
如果用XY/YZ/XZ平面定义绘图平面，就是实际坐标
如果用三个点来定义平面，只是起到刻度作用
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2017.04.13 06:09:37
Q:
CFOUR 计算二面角也不能180度吗？[图片]
A:
搞清楚键角和二面角
二面角何来不能180度
Q:
[图片]这里面没有角度180
所以才觉得很奇怪
A:
内坐标下优化，键角不能180度不是高斯的专利
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2017.04.13 06:12:15
Q:
咨询一下sob老师。ONIOM模型能用sob-MECP吗？谢谢老师
A:
不行
Q:
偶，那背景电荷的方式呢？添加charge。把电荷定义写入Input——Tail?谢谢老师指点
A:
可以
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2017.04.13 06:39:30
Q:
老师，请问一下，用casscf优化好的结构，做caspt2第一激发态的单点计算，分子轨道会发生变化吗，还是需要做结构优化
A:
意义不明。
动态相关多多少少会影响结构，如果你想更靠谱点，就CASPT2下进一步优化
CASPT2本身就是基于CASSCF波函数做的，不会在CASSCF上再进一步改变轨道
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2017.04.13 06:46:00
Q:
请问盆分析是不是不能用nbo计算的fchk文件啊？
A:
你不把NBO存到chk里就行
----------------------------------------------------
2017.04.13 06:46:43
Q:
[emoji]
[图片]
奶奶的，这是哪个傻逼啊
操，黑sob
OA：
哈哈哈哈
Q:
怎么知乎对于这么抽风的观点都不删除掉？
这是哪个问题的答案啊
【链接】大家如何看思想家公社及天才般的群主sobere
https://www.zhihu.com/question/27533811
OA:
围观下
Q:
此人有种别匿名，否则被人骂死
应该在两个群里
/无奈没必要理
A:
只要是有一丁点知名度的人，就总免不了被一些小人闲言碎语
Q:
说实话，有时候我对现实生活中遇到的人感到很无力
看透人性后，我越来越喜欢狗
OA:
/阴险看我经常被骂已经习惯了
Q:
估计会有人说这些好评是水军
知乎上另一个问题可以配合来看：https://www.zhihu.com/question/38714506
OA:
知乎已经不能看了[图片]
翻墙看Quora
[emoji]
Q:
垃圾就让它在垃圾堆里发臭好了，干嘛非要搬过来恶心大家呢
OA:
quora不用翻墙吧。。。
Q:
没了，只是让大家人肉下，我不会
/尴尬
[表情]
OA:
坚决拥护sob老师。
/斜眼笑发微博上，微博上会人肉的多
A:
估计那是个水平很菜又很懒的人，自己不肯动脑子，问一些傻问题，稍微被批评两句就心里记仇，找着机会就黑洒家一下
Q:
有可能就是以前在群里不老实，被sob老师踢走的人
A:
略有水平=装逼
积极回答问题=秀存在感
遏制丝毫不动脑、频繁问弱智问题的行为=没礼貌
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2017.04.13 06:51:05
Q:
老师，同一个分子，用nbo得到的原子电荷，盆分析得到的原子电荷以及Mulliken电荷差距都挺大的，合理吗？
A:
很正常
毕竟计算方式不同，没什么意外的
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2017.04.13 07:31:48
Q:
A:
新帖
用NWChem做SODFT在DFT计算中考虑旋轨耦合效应
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5573
用这个方法，可以算是把单个态计算考虑旋轨耦合问题完美解决了
全电子标量相对论计算，前两天安利的LUT-IOTC也算是给完美解决了
还都有解析梯度
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2017.04.13 07:50:08
Q:
最速下降法共轭梯度算法这两个那个算法比较好呢
A:
前者在优化前期快，后期容易震荡
后者不容易震荡，优化前期比前者效率略低
二者结合疗效好
[图片]
虽然很简单，但效果不赖
Q:
第二个式子，是Hjj的吧
A:
对，笔误
Q:
sob老师我遇到的问题是这样的我优化一个晶体结构当受力的精度提高到-6次方的时候就一直迭代收敛不了但是晶格常数已经不变了
想要优化到更高的精度有啥技巧没有呢
我目前优化的用的CG
A:
都已经不变了，受力又已经很小，就当是收敛了
如果还要更高精度，如果程序有双精度版用双精度版，或者用准牛顿法
Q:
就是精度很高的时候用CG不好是吗
应该用准牛顿法把
A:
这跟具体情况有关，CG并非不能优化到高精度
但牛顿法更鲁棒，虽然慢
前者在优化前期快，后期容易震荡
后者不容易震荡，优化前期比前者效率略低
二者结合疗效好
[图片]
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2017.04.13 09:12:53
Q:
[图片]
基于M-L的预测真的比从头算的方法好用吗……
现在感觉这个领域还是很新颖的
之前看过一个文章说用神经网络算过渡态了
A:
噱头
局限性很大，适用体系很有限，比如只能算烷烃类的生成焓
也发了N篇文章，时间也不短了，但没多少引用
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2017.04.13 15:47:33
Q:
《在赝势下做波函数分析的一些说明》文中谈及:“def2-系列基组，诸如def2-TZVP，对于前四个周期都是全电子基组，但是从Rb开始，尽管还是叫做原先的名字，但本质上就成了赝势基组了”;“def2系列重收缩版：def2系列基组从H到Xe都有全电子基组版本，但没有对相对论计算而优化。”。那么在高斯中，def2-TZVP对于第五周期Rb-Xe到底是全电子基组还是赝势基组？如果是赝势基组，还需要考虑相对论效应吗？
A:
def2-TZVP对Rb-Xe是赝势基组。本身结合的就是Stuttgart相对论赝势，所以自然而然就考虑标量相对论效应了。
----------------------------------------------------
2017.04.13 16:44:23
Q:
打扰了各位老师，Origin 里边怎么线上的小方格去掉，[图片]
奥，谢谢老师。
[图片] 老师再次打扰一下，怎么把线条更平滑一些，我加粗了线条，还是曲折的，我做的是曲线图
A:
也可以图像尽量放大显示，然后在ps里把图像缩小，由于会重新采样，所以边缘锯齿就平滑多了
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2017.04.13 17:43:03
Q:
CONFLEX程序进行构象异构体的构象搜索可靠么？这个程序难学吗？
A:
没什么意思，还挺贵。用molclus是好得多的选择
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
----------------------------------------------------
2017.04.13 18:38:57
Q:
[图片]
请问各位老师，这个蓝色标注的是什么意思
A:
把氢加到相连的重原子上之后重原子的值
----------------------------------------------------
2017.04.13 18:52:23
Q:
请问各位高手，有没有可以计算分子在不同二面角下的激发态的方法？类似于柔性扫描势能面那种
A:
激发态计算方法和扫描设定一起用就完了
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2017.04.13 19:22:41
Q:
[图片] velence bond theory 有什么程序可以定量的表征出能级的位置
不知道哎
我来看看
A:
如果不要求非得是VB的话，用NBO程序输出NAO能量，再用FNHO关键词输出NHO能量，就可以做这种图
Q:
类似于ADF的键能分解？NBO组里没有
A:
用高斯自带的NBO3.1就行
牵扯不到ADF
Q:
好的
A:
针对前面那个问题，写了个小文
用NBO计算原子轨道杂化后的能量变化
http://bbs.keinsci.com/thread-5576-1-1.html
Q:
/赞
----------------------------------------------------
2017.04.13 19:43:36
Q:
老师我想请教下这个正常吗我用Multiwfn算出来的电子转移数量和文献中用的CT算出来的数量不一样
A:
计算方式不同结果当然可能不同
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2017.04.13 19:49:24
Q:
Sob老师您好！我想请教一个问题：
我在计算一个物质脱氢生成自由基的过程，设计了２条路径
结果发现，从两种路径计算得到Ｒ自由基的Ｇｉｂｂｓ自由能不同。
上面路径：G(R·)=G(R-H)+G(O2)-G(OOH)
下面路径：G(R·)=G(R-H)+G(CuBr2)-G(HBr)-G(CuBr)
关键词：b3lyp/6-31+G(d,p) 5d
O2的自旋多重度为3，CuBr2自旋多重度为2，CuBr自旋多重度为1，
谢谢！[图片]
A:
显然结果不同，不同分子里键的强度都不一样
自由基的吉布斯自由能就直接算这个自由基就完了
----------------------------------------------------
2017.04.13 19:59:46
Q:
各位老师，麻烦问一个问题吧！就是过渡态优化，有且只有一个虚频，可是这个虚频较小，虽然振动模式是对的，可是跑irc走不到两侧，那这是过渡态吗？
A:
虽然走不到两侧精确位置，但总能走一段距离，从这段IRC轨迹上判断
Q:
如果走一段，forward和reverse都走向一侧了，那就说明这个过渡态找的不对，是这样吗？
麻烦老师啦！
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.13 21:01:03
Q:
[图片]这个vector 为啥不从1开始/笑哭（好像以前问过，可是找不到聊天记录了）
A:
默认只输出价轨道
Q:
[图片] 关于用高级别算电子能，假设我用了高级别算了E1，激发能(E2-E1)我用了泛函调控方法搞到了，那么E2的能量能不能这两部分加和？
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.04.13 21:16:43
Q:
[图片]想把数据输出在文件里而不是屏幕上，为什么每次要按2次-2才行？按一次是和原来一样默认的输出在屏幕上的
A:
哪个界面？
Q:
处理超极化率的
200-7
A:
选完了-2哪还有-2
[图片]
-2之后选了11之后，输出就都在polar.txt里了
Q:
选完了-2再选11，是吧
是的，刚才搞错了，不好意思
A:
显然啊
Q:
大神见谅哈
比如我想先输出[图片]再输出[图片]需要每次输出要把输出[图片]后的polar.txt改名字，否则覆盖而不是接着写入，是吧
OA:
是
[表情]
[表情]你葫芦里卖的什么药
Q:
春药，你需要吗@米豆豆
OA:
[表情]小心扣分
Q:
啧
这个违反哪条规定（
这个是娃娃问我我回答的，所以不违反
大博士规定
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.13 21:32:38
Q:
各位老师，请教一个VMD画图的问题，如何调节球棍模型等显示方式，我在Display选项里找了很久也没找到[表情]
我做是RDG填色等值面，在Graphic-Representation下吧isosurface换成cpk都成了蓝色的了，我只是想把ball-stick换成stick模式
[图片]
是不是哪里我调错了
A:
Create rep，新建显示方式再改成CPK
----------------------------------------------------
2017.04.13 22:00:24
Q:
为什么没用一次程序，[图片]这个文件都会更新啊？讲讲道理呗，卢老师
每用一次程序
A:
因为里面最后一行记录了上次打开的文件路径，这样才能用o命令来快速载入上一次载入的文件
Q:
恩，那正常来说，我退出程序，是不是应该打exit，尽管直接关掉窗口也没问题
A:
windows下就应该直接关掉窗口
----------------------------------------------------
2017.04.13 22:06:44
Q:
老师，cp-MP2高斯中能应用么，关键词怎么输
A:
没听说过
Q:
我再看看谢谢老师
MP2 level on counterpoise corrected surface
A:
用counterpoise关键词不就完了
写成cp-MP2会造成严重歧义
Q:
第一次接触，不懂，请问老师高斯怎么输入呢
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2017.04.13 22:13:05
Q:
卢老师，怎么在高斯优化的时候，冻住以改变的水分子的键角？
A:
[图片]
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2017.04.13 22:26:39
Q:
老师，localization index的序号对应的是盆中吸引子的序号啊
A:
盆的序号就是所含的吸引子的序号
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2017.04.13 22:28:09
Q:
以及orca 4.0.0在windows下应该用哪个版本的OpenMPI？
OA:
ORCA 4的windows版本是串行的，不能并行
Q:
居然干脆放弃了……好吧我试试Cygwin
cygwin下怎么配置openmpi？直接在安装的时候选上openmpi的package就行么？
OA:
不如用vmware虚拟机
Q:
cygwin比较小嘛……vm还得装一遍Linux，想着就麻烦
A:
vmware+Linux超简单
Q:
恩恩，知道了，谢谢老师
网速不好，下个镜像得下半天……
大博士我还有个问题,用ORCA优化结构的输出文件，按您的博文指导得到了molden和wfn文件，为什么Multiwfn只能打开molden，打开wfn就出错关闭了
A:
ORCA产生的.wfn不标准
手册里强调了，并不支持ORCA的wfn文件
Q:
先拿cygwin试试看，反正Cygwin的orca包已经下好了
cygwin用起来不更麻烦…
A:
是的
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2017.04.13 22:30:03
Q:
谢谢大博士，新建Rep后我选了Line以更清楚看相互作用，但不知道怎么通过调节颜色区分各种原子
[图片]
A:
用name或element着色方式
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2017.04.13 22:34:29
Q:
老师，同一个分子的单重激发态（s1）的能量有可能略低于三重激发态(T1)的能量吗？
A:
如果用的是相同的几何结构算这两个态能量，一般不会这样（虽然不排除找到个别反例的可能）
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2017.04.13 22:43:21
Q:
想问问大家偏材料计算类的软件国内有哪些有自主知识产权的软件呢？好像我们一般用的都是国外的软件啊
A:
pwmat是其一
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2017.04.13 22:45:30
Q:
卢老师，如果偶极方向与z轴方向不同，那么偶极矩在z轴方向的分量是不是没什么讨论的意义？
打错了
卢老师，如果偶极方向与z轴方向不同，那么超极化率在z轴方向的分量是不是没什么讨论的意义？
也就是说，只有沿偶极方向的超极化率分量才有意义，是这样吗
A:
其它分量有理论意义，计算总的超极化率也用到其它分量的
Q:
这个我知道
我的疑问是，为什么很多文献特意讨论平行和垂直于Z方向上的β的值？如果z和偶记方向相同，讨论偶极方向的就好了，如果z和偶极方向不同，那么平行和垂直于Z方向上的β的值的意义不大啊，或者说，这时候z轴和x,y完全同等地位，为什么不讨论平行或者垂直x或y轴的值？
请卢老师指教@Sobereva
A:
考察垂直于偶极矩和平行于偶极矩的，可以用于分析超极化率的各向异性
Q:
可能我没描述好，这样说吧，如果我的分子偶记方向不在Z方向，讨论z方向超极化率分量是不是没什么意义？我只需讨论偶极矩方向上分量就好了
A:
是的
Q:
那接下来的问题是如何保证偶极方向与z方向相同？用NOSYMM关键字只能保证分子坐标不变，但是计算超极化率单点的时候怎么能摆正分子的偶极与Z平行呢？
A:
你打算讨论垂直于偶极矩的分量？
Q:
不是，其实我最根本的疑问是：您的程序里都会给出[图片]，同时会给出[图片]，沿着偶极方向的分量没有问题，是有意义的，但是z轴方向包括垂直z轴的量有什么讨论意义呢？换句话说，想x,y和z完全同等地位啊，为什么不给x,或y轴的分量？
A:
你不打算讨论就不用管它
Q:
卢老师，还有个问题，为什么Beta ||(z)和Betaz差了一个3/5的系数？难道平行z轴的值不就是Betaz吗
A:
convention
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2017.04.13 22:51:40
Q:
[图片][图片]老师，我怎么感觉2和3的delocalization index给反了？
A:
输入文件传上来，完整操作过程贴出来
Q:
老师，我试了您给的H2O的例子，发现要在服务器上输出wfn文件是不需要写输出路径的，直接写out=wfn，末尾加上H2O.wfn就行[图片][图片]
操作是17,1,1,2,4
A:
本来就可以
又没说非要写绝对路径
Q:
哦哦
这样就省事多了[表情]
A:
是的
我这里的结果并无异常
[图片]
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2017.04.13 23:19:19
Q:
一个实验文献里面用到TDDFT算的数据。是否需要引用TDDFT这个方法，基组，泛函，以及用的软件？还是只用引用一部分？
A:
TDDFT不用引，后三者得引
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2017.04.13 23:20:52
Q:
用G09内置的NBO3.0算的NPA电荷，需要引什么？
A:
[图片]
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2017.04.14 00:09:01
Q:
老师您好 multiwfn可以查看键长吗谢谢老师。
A:
不能
非要量的话，倒是可以借用主功能2里的选项-9，然后可以测量指定两个原子间距离。不过没有直接在gview里量方便
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2017.04.14 00:40:31
Q:
[图片]各位大侠，请问一下为什么我用VMD做出来的图默认是灰色的，重装软件了还是不行
A:
换个带不同显卡的机子
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2017.04.14 01:32:36
Q:
老师，溶液中如PH=0，介电常数怎么设定呢
A:
隐式溶剂模型的介电常数没法体现PH
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2017.04.14 02:58:34
Q:
请教一下各位我在尝试用VMD做表面静电势分布图的时候发现用来表示分子表面的点每一个球边缘都有一圈白色的印记 [图片] 我用的vmd是1.9.3 请教各位老师这个问题要怎么解决
A:
如博文所说，驱动面板里改抗锯齿设置
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2017.04.14 03:38:55
Q:
老师，请问如果计算低温（低于100摄氏度）甚至是常温下的化学反应，计算反应速率是不使用VTST，而是使用TST，是否对反应速率的影响也不大？
A:
是
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2017.04.14 03:44:12
Q:
老师，看一篇文章里面【Am and Eu were modeled with the small-core Stuttgart relativistic effective core potential with its associated basis set (with the most diffuse functions removed)】，这在高斯里面怎么写输入文件啊？
A:
直接用SDD就完了，看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
Am 0
SDD
****
Am 0
SDD？
我先试一下~谢谢
[图片]
A:
格式不对，看博文
Q:
好的
博文里是这样写的
[图片]
我这样写不行么？
[图片]
A:
甭写多余的空行
认
Q:
要不我把gjf贴上来老师看一下？
A:
不都说了别写多余的空行
[图片]
博文里哪有这个
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2017.04.14 04:12:02
Q:
大博士，我安装了PGI编译器在虚拟机上，如果编译MRCC，该调用哪一种类型的呢？
[图片]
A:
PGF
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2017.04.14 04:20:08
Q:
老师，计算NPA电荷时，必须和结构优化时选取一样的泛函跟基组吗，用B3LYP进行的结构优化，计算NPA电荷时可以换成CAM-B3LYP吗？
A:
无需
可
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2017.04.14 04:22:04
Q:
/憨笑大博士分享的MRCC是不是编译好的……
A:
源代码也有
Q:
还是下载编译好的吧，折腾半天了
大博士，MRCC的环境变量是否可以和ORCA一样？
[图片]
A:
我还没来及鼓捣
Q:
因为MRCC也可以用openmpi加速
开并行
A:
手册里说能用OpenMP，能用OpenMP就不要用MPI
Q:
/憨笑难道还得装openmp？
A:
不用装
就跟Multiwfn一样，什么额外的都不用管就能并行
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2017.04.14 04:35:20
Q:
[图片]老师我在安装Multiwfn的时候没看到这个文件，是不是教程有问题？
那这个怎么装？
我在别人的mac装
[图片]
A:
看页面最下头，已经说了最新版本没这个
Q:
搜嘎我还按着维基的教程在弄呢
[图片]这个报错是因为什么呢？
A:
确保用的是3.3.9，确保用的安装步骤和手册里那个连接中的完全一致（除了网页中说的对最新版要跳过的几步）
我基本不怎么提供对MacOS版的技术支持，因为MacOS太恶心，而且越新版越恶心
Multiwfn用到的dislin库所用到的openmotif库也都早就放弃对MacOS的支持了
Q:
那Linux版的呢？
A:
OK
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2017.04.14 05:05:45
Q:
老师，看了个文献，作者将过渡态能垒拆分成两部分，即形变能贡献和作用能贡献(被描述为interaction energy)，这样的能量分解是否比较粗糙？gaussian能否分别输出这两个量？@Sobereva
A:
看文中具体怎么拆分的，并没有唯一定义
Q:
听起来很像EDA
Houk 07jacs弄的（貌似还有更早的人提过），就是把过渡态拆成反应物的两个片段，计算单点能，然后和反应物优化好的结构的单点能一减，就是所谓的distortion E，剩下的归结于 Ea -Ed认为是Interaction energy
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2017.04.14 05:07:34
Q:
老师，我想问一下对于分子NPA电荷计算的，计算NPA电荷时可以和结构优化时选取不一样的泛函跟基组，可是选取的方法不同，NPA值不同，那为什么还可以选取跟优化时不一样的泛函和基组计算NPA值呢？
A:
没法说哪个级别下NPA电荷一定更理想
如果没有特殊必要，说不清楚理由，没事儿就甭换级别
省得审稿人发难，解释不清，到时候还得重算
Q:
一般来说，是不是没有必要就不要换泛函和基组？
尤其是波函数分析部分的
A:
是的
其它情况也是，说不清理由就别瞎换
省得自找麻烦
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2017.04.14 05:19:16
Q:
sob老师，我想问下审稿人给了一条意见“The cutoff distance for calculating VDW potentials is too large for these cases and obviously violate the minimum image convention, therefore the results is totally not convictive for the readers”.我设置的为18.5埃，审稿人说截断半径太大，我在文献里找到cutoff distance 值一共有4种，9.5，12.5，15.5，18.5埃，但文献都没给出解释，我不太理解的是“the minimum image convention”是什么意思，还有就是cutoff distance设置具体依据是什么，谢谢@Sobereva
A:
1.2nm就足够让vdW作用衰减到可忽略程度了。1.85nm明显太大。the minimum image convention随便找本正经的MD的书在介绍PBC、非键作用计算的时候都会讲，比如leach的
Q:
谢谢老师，但我在MS帮助文件里看到这样一段话，“ in periodic crystalline systems, both van der Waals interactions and electrostatic interactions can be significant up to 15 Å, or more. For example, in a calculation of the energy as a function of cutoff distance in the hexapeptide crystal, [Ala-Pro-D-Phe]2, Kitson and Hagler showed that the non-bond energy accounted for changes from 63% to 97% of the asymptotic value as the cutoff distance was increased from 8 to 15 Å，而我计算的就是周期性晶体体系@Sobereva
A:
静电作用和范德华作用收敛速度明显不同，相差1/r5数量级，这段话根本没写清楚
随便找一些像样的MD文章，比如Amber、GROMOS力场原文，SPC/E、TIP4P-Ew水模型原文等，哪个模拟时候vdW截断半径也没有超过14埃的
----------------------------------------------------
2017.04.14 05:22:41
Q:
请教一下各位老师，高斯输出中Quadrupole moment和Traceless Quadrupole moment的区别是什么，我们一般说的四极矩是哪个？
A:
[图片]
第一个四极矩定义简单直接，第二个四极矩更容易讨论物理意义
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2017.04.14 05:34:24
Q:
sob老师，想请问下您像GAFF力场提到适用各种有机小分子，这里的有机小分子怎么区分呢？比如是定义原子数＜多少算是小分子，还是有其他方式定义呢
A:
不是按原子数区分的。这是相对于生物大分子而言的
生物大分子有专用的力场，所以用不着GAFF
Q:
sob老师，我是做有机小分子反应，先生成多聚体，最后到生成高聚物，所以是想确定下一般所说的小分子？像一个多聚体，包含几百个甚至上千个原子还可以用一般的力场吗
A:
这种周期性单元构建的体系，不要直接把聚合物交给程序产生拓扑文件，而是应当像蛋白质中的残基那样，先给出各个单元的定义，再让程序通过拼接来构建出聚合物的拓扑文件。
----------------------------------------------------
2017.04.14 05:40:45
Q:
[图片] [图片]老师，这是不加溴的分子优化出来算的三维静电势，全是蓝色，这样子合理吗
A:
正常现象
体系带正电，所以分子附近静电势全是正的
----------------------------------------------------
2017.04.14 05:42:11
Q:
太赫兹响应规律及探测器
/无奈/无奈
想问一下使用gaussview中的DFT理论，用B3LYP在6-31G基组的情况下，对单个有机分子进行仿真优化之后，怎样判断该有机分子是否存在分子内氢键？以及该氢键存在的稳定性和强弱？谢谢
仿真优化之后得到chk,gif,log三个结果文件
OA:
对，咋了
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
我看一下，谢谢群主
A:
你的数据完全白算了
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
Q:
没有没有，我本来需要光谱特征，就这样计算了。然后再分析吸收峰结果的过程中，发现要研究氢键，所以又查看了一些氢键分析的文章，然后看了好多还是看不懂
谢谢
氢键分析这方面看了好多文献还是没看明白
OA:
同是本科生，学电子的，看博文里边好多看不懂的。
Q:
[图片]是不是应该使用6-31+G。或者6-311+G？
A:
宁用6-31G*不用6-31+G
似乎，加号总比星号更能吸引初学者的注意力
Q:
哦，还有就是使用这些基组优化出来结构以后，怎么判断氢键的相关东西啊
A:
看我的回复
本科毕设层面，做个RDG填色图，做个AIM分析，就能毕业了
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2017.04.14 05:50:53
Q:
分享卢天老师新发表的一篇论文：
A Theoretical Investigation on Doping Superalkali forTriggering Considerable Nonlinear Optical Properties ofSi12C12Nanostructure
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.24796/epdf
A:
前几天丁老师贴过了，群共享里也有
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2017.04.14 06:00:40
Q:
老师，有一个问题想请教一下。之前，我的师兄说对于一些需要加弥散函数的情况，使用DFT-D3泛函结合def2系列基组就可以不用加弥散，因为这两者结合正好考虑了弥散。老师请问这种说法对吗？
不对
A:
完全是胡说
又以讹传讹
Q:
这些谣言都是哪儿来的
明白，谢谢老师
A:
估计连色散和弥散都没搞清楚
Q:
色散和弥散，名字都不一样，还能搞混
A:
前几天有人问我个审稿人的问题，那审稿人还管弥散函数叫发散函数，搞笑
diffuse和divergent都搞不清
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2017.04.14 06:04:06
Q:
[表情]我等愿与大博士一起改变量化格局
A:
现在在用nwchem的TCE，用CCSDTQ算含频极化率，还真能算，还是解析的，不错
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2017.04.14 06:07:45
Q:
本科生做毕业设计，如何入门gaussion/笑哭
A:
先把高斯拼对
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2017.04.14 06:26:07
Q:
sob老师，您的意思是类似分子对接docking吗，像autodock？之前是用高斯跑irc，到三聚体（50来个原子）就好多情况差不多跑不动了，然后三聚体用您的molclus程序设置不同角度再用高斯优化，想一个一个接往下接，但是到4聚体就真跑不动了，所以最近想换成动力学看怎么跑，您能给点建议吗@Sobereva
A:
你用半经验，几百个原子优化都相当easy
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
尝试用mopac优化，但是感觉和高斯偏差好大
A:
你当前这研究还没必要用力场。
如果用力场，只是作为粗略优化就够了，直接用高斯里UFF=QEq最省事
高斯里PM6D3就够用了，图快的话用MOPAC里PM6-D3H4。
以为偏差大是因为没正确理解问题
----------------------------------------------------
2017.04.14 06:29:08
Q:
[图片]
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.14 06:34:03
Q:
[图片]
A:
重算
基组换个好点的
6-31G*系列对于Cu结果烂
Q:
看文献也是用的这个基组
A:
所以那个文献作者看文献少
[图片]
Q:
不好意思，我没说清。这个cu只是我的化合物简称，不是指铜
不过也涨姿势啦谢谢@Sobereva
[图片]
A:
重算
接着之前最后一步的结构跑
Q:
我算了几遍都是这个问题
哦哦
这个是什么原因呢？
A:
Sobereva撤回了一条消息
程序bug或其它未知外部因素
[图片]
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2017.04.14 08:24:23
Q:
%mem=60GB
%nprocshared=36
%nosave
%chk=ts1freq.chk
nosave是放在chk前面还是后面，就是算完以后不保存chk
A:
[图片]
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2017.04.14 22:39:09
Q:
请教一个问题：使用Multiwfn的默认设置分子表面静电势的计算速度和用的基组和泛函的精度有关系吗？
A:
跟泛函没关系，跟基组有关系
----------------------------------------------------
2017.04.14 23:44:18
Q:
老师好，请问我们可以用multiwfn算出分子轨道中的孤对电子的含量么？
我的意思是，我们如何判定某一个态（例如S1）下分子轨道中孤对电子的含量呢？可不可以通过multiwfn来实现呢？ Yuanhe
我们可不可以通过S1态的NTO轨道中的杂原子含量来进行分析呢
就是mulfiwfn中的8→1功能
可能我的说法不太对，我说的杂原子是指N,P,O,S,F这一类原子。
因为这一类原子中含有孤对电子，我们将这一类原子的含量相加是不是就是等于孤对电子的含量了呢？
而n轨道是由孤对电子形成的
请问我这样理解是不是有问题呢？
A:
粗糙做法，就把杂原子的贡献当做孤对电子的贡献，这样来分析轨道成份。
严格一点，做NBO分析，可以得到杂原子的LP型NBO，查看分子轨道（或NTO）中这些LP型NBO的贡献来衡量孤对电子的贡献
Q:
谢谢sob老师，这里您所说的NBO分析是不是指nlmo的分析呢？@Sobereva
A:
NLMO分析是NBO分析框架中的一部分，而且是在NBO轨道产生之后做的。而NBO轨道里面就已经有LP了，用不着做NLMO
----------------------------------------------------
2017.04.15 00:48:53
Q:
老师，请问做ELF图时如何让元素符号也显示出来呢？
A:
哪种图？贴个图看看
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2017.04.15 00:50:58
Q:
sob老师，在做静电势分析的时候，如果某一个原子的natural charge为负值，但是mulliken电荷为正值，这种情况该如何考虑？
分子表面静电势填色图是跟natural charge一致还是mulliken电荷一致啊@Sobereva
老师晚上好，我用高斯优化分子预测的点群好像不对，请问该怎样做才能得到更准确的结果呢？
A:
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
看群文件里《原子电荷计算方法的对比》，只有对分子表面静电势重现性比较好的原子电荷，诸如ADCH、拟合静电势电荷、AM1-BCC等，基于原子电荷算出来的分子表面及外部的静电势才和实际（基于波函数计算的）比较一致
NPA和Mulliken电荷对静电势重现性都巨烂
Q:
一般来说Hirshfeld就不错
A:
Hirshfeld对静电势重现性巨烂
Q:
一般不都是推荐按照实空间函数划分的方法吗？
A:
没有这种“一般”
实空间划分的方法定义的不同原子电荷特征差异也甚巨，诸如Hirshfeld和AIM在原子电荷数量级上近乎两个极端
Q:
AIM对于实空间的划分符合物理规律，看上去数学形式也很好，为什么一到实际上就变得很不美妙
那么sob老师，用chk通过高斯view得到的ESP图是基于什么作的啊？
A:
波函数（确切来说是cubegen基于chk里的密度矩阵信息产生的）
数学意义!=化学意义
Q:
就是用的密度矩阵，
跟您说的基于波函数计算的有什么大的出入吗？
A:
什么意思？
基于密度矩阵即是多电子波函数的紧凑表达形式
Q:
DFT框架下，波函数和密度矩阵是一回事
A:
这和DFT无关
DFT原本连密度矩阵的概念都没引入，利用的相当于只是单电子密度矩阵的对角部分（单电子密度）
Q:
看来如果想要符合化学意义，引入参数，做后矫正是必要的，这一点Truhlar可以反驳Perdrew了
A:
不一码事。
应当说是，达到同样的精度，引入参数的形式相对便宜的泛函可以达到不引入参数的形式相对昂贵的泛函
----------------------------------------------------
2017.04.15 04:18:43
Q:
用materials studio|forcite|dynamic计算得到一个动力学轨迹文件怎么计算出RMSD？
A:
我不怎么用forcite，可以把轨迹导出成xyz，载入到VMD里，用自带的RMSD trajectory tool插件来计算
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
----------------------------------------------------
2017.04.15 04:25:21
Q:
请问老师对于Pt原子应该选用什么样的基组呢？
A:
一般用SDD就可以，要更好点就用def2TZVP
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2017.04.15 04:37:42
Q:
老师，做第一超极化率密度图的时候，[图片]，中间这一层怎么去掉
谢谢
A:
调节等值面数值
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2017.04.15 04:45:51
Q:
求文章标题为Synthesis and structural investigation of hydrazino-containing molecule by IR spectrometry and nuclear magnetic resonance techniques
A:
求文献的规矩看群文件里的群规
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2017.04.15 05:04:33
Q:
今天看到了一个从头算软件psi4
感觉不错的样子
A:
PSI4主要用处就是做SAPT。常用功能十分不完整
Q:
嗯啊，不过看起来似乎才出1.0
sob老师怎么评价pyscf这类软件呢？
A:
前景广阔。pyscf发展很迅猛，而且架构比较灵活，二次开发容易。虽说我没用过
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2017.04.15 05:07:28
Q:
[图片][图片]，老师，我在Multiwfn里面调好了，可是用gaussview打开还是这个
A:
删掉当前等值面，改density后面的值，重新产生等值面
Q:
老师，怎么删掉当前的这个等值面
A:
就那么几个选项，随便点点就知道了
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2017.04.15 05:10:12
Q:
请问各位老师，如果选计算化学方向研究生，这个方向对数学能力要求高吗？/小纠结
A:
不高。
纯操作工级别高中生都能干，稍微学一点理论的话，高数能及格就够。
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2017.04.15 05:11:17
Q:
sob老师，麻烦问下分析开壳层结构的AdNDP时，也可以选择混合密度分析，但是选择了之后，都是两电子的，不会出现一个电子的，可是开壳层分子轨道有单电子轨道，这矛盾吗？
A:
跟选轨道方式之类有关。如果对所有中心搜索轨道，结果理应等价于无自旋自然轨道，肯定会有占据数在一个电子左右的。
或者你用RO波函数试试
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2017.04.15 05:15:54
Q:
安装OPENMPI后export PATH=/home/soft/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/soft/openmpi/lib/
，但是which mpirun还是显示~/intel/compilers_and_libraries_2017.3.191/linux/mpi/intel64/bin/mpif90
，请问各位大神是什么原因。
A:
echo $PATH检查环境变量是否确实设对了，确定你那个路径里确实有mpirun
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2017.04.15 05:18:00
Q:
但是如果选择混合轨道，默认标准电子是1.7，不可能出现一个电子的轨道，除非选择alpha或者beta轨道。
A:
先用接近2.0的标准尽可能取，然后再降低标准取单个的
搜索时参考RO波函数里的单电子轨道的分布
我是说在gview里改
surface action里删掉当前的，重设density，然后再生成新的
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2017.04.15 05:46:13
Q:
请问PBE是没有参数的吧？感觉又便宜又好用啊
A:
是
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2017.04.15 06:38:19
Q:
高斯thermal correction 中的熵效应计算基于什么原理，算的准不准？老师
chemcraft做NBO分析时，打开时出现List index out of bounds (1)是什么原因呢？在文件名中有“-” 是因为这个吗？
A:
chemcraft没法做NBO分析，只能看轨道
改用Multiwfn看轨道
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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2017.04.15 07:12:32
Q:
用Multiwfn的时候先运行.31文件，再运行.37就会闪退，但是另外一个分子却不会出现这个问题，会不会是计算的问题
A:
用最新版本
如果还这样，把你高斯输入、输出文件和NBO plot文件都发给我
把弥散函数去掉再算一次单点产生NBO plot文件即可
Q:
好的谢谢
能请教下其中的原因吗？
A:
有弥散函数时经常会出现基函数线性依赖问题，NBO程序会适当砍掉一些，但这会导致输出信息不规矩，容易导致载入失败。
而弥散函数对NBO分析结果几乎没有任何影响。
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2017.04.15 18:07:35
Q:
[图片][图片]老师好，我按照http://sobereva.com/113博文，算密度差图出错了，哪位大神不吝赐教啊，而且保存输出文件的时候默认保存格式没有wfn，后缀直接写.wfn吗？谢谢啦
OA:
[图片]
Q:
谢谢米豆豆老师博文里有，您一说我想起来了，刚才没看懂。我试试，谢谢您
OA:
[图片]
Q:
豆豆老师，我在计算变形密度差图，出现了这样的错误，您知道是为什么吗
好的谢谢您我试试
您说的是路径的空格吗，我的gaussian安装目录是E:\Program Files\G09W，是不是multiwfn不认路径中空格
好的谢谢您豆豆老师
OA:
[图片]
Q:
就是这个
我的5.0.9
不知道跟6一样不
A:
对于有空格的情况，输入高斯路径的时候把路径前后用双引号扩上
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2017.04.15 18:37:39
Q:
已经得到了晶体结构，如何从晶体数据写Gauss输入文件
A:
one 把晶体各个方向的平移矢量用TV写在坐标后头就行了，自动就知道做PBC计算了
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2017.04.15 19:11:54
Q:
老师好，请问一下应用高斯软件算完数据发文章的话是不是必须要注明版权呢，课题组或者学校没有版权却发了文章会有什么后果？
也就是说以后就不能用这个软件发文章了吗
A:
实际上也没什么后果，据知情人士说高斯官方也没人去查每篇使用高斯的文章是否买了版权。
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2017.04.15 19:31:56
Q:
老师，表示一个SOMO轨道用multiwfn中的哪个工具比较好呢？谢谢！
A:
主功能0绘制SOMO轨道图形就完了
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2017.04.15 20:33:45
Q:
老师，对于一个初始模型比较松散的体系，如果直接用Amber CUDA去跑NPT通常比较容易跑散（blow up），但是用CPU先去跑一遍NPT把密度优化的差不多了，再用GPU去跑NPT产生相就一直都没有问题。这里我就不太理解了，CPU和GPU不都是单精度的运算吗，为什么两者会有这个差异？谢谢
A:
CPU跑amber是双精度。GPU跑可以单精度也可以单双精度混合以达到尽可能高的效率和尽可能小的精度损失
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2017.04.15 21:08:43
Q:
[图片]
orca运行这个错误怎么解决？
A:
先尝试这个输入文件用串行能否运算
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2017.04.15 21:41:36
Q:
(︶^︶)放了自己～ 💦加入本群
大家好，我是团簇化学初学者。
遗忘加入本群
OA:
/憨笑团簇化学爱好者
大博士是什么化学爱好者？
A:
理论化学爱好者
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2017.04.15 21:47:03
Q:
一个师姐和实验组的发了一篇，共同一作，居然在计数上是一半儿的作者
A:
理应如此
现在多个共同一作、一大票共同通讯作者太多了。
往往看到一个水平一般的文章，一个人足够搞定，却莫名其妙一大票作者，都不知道干嘛的，拉家带口
Q:
这个倒不是，一个一作是实验部分的，一个是理论部分的
A:
算一半是公平的
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2017.04.15 22:13:39
Q:
[图片]做出的这种图，为什么还有那种长长的线呢这是哪儿出问题了吗
[图片]
老师，这图看着不正常是吗？
A:
把成键取消掉就完了
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2017.04.15 22:32:57
Q:
[图片]各位大神，请问我计算的结果看到两个分子的电子云粘到一起去了，这个怎么理解呢，两个分子中间存在一个π-π作用
[表情]
A:
这种图什么也说明不了
考察pi-pi堆积用RDG图
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
距离近，自然电子密度和轨道波函数会有一定重叠
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2017.04.15 23:11:22
Q:
请教一下大家，我用Packmol建模完成后，用VMD打开没有出现任何提示，然而我在用Na离子替换一部分水之后，再用VMD打开.gro文件，提示好多[图片]，这种情况我该怎么处理，求指教一下，谢谢啦
A:
8成是Na与水离得太近。
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2017.04.16 00:03:21
Q:
老师，含碘的应该用哪种可以算啊？
A:
lanl08、lanl08(d)、SDD
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2017.04.16 00:31:00
Q:
Na与水太近，这种情况一般我需要怎么处理一下？
A:
你怎么替换的？
Q:
替换的SOL
A:
具体是用什么命令
怎么操作的
Q:
gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o C16-5OXS.gro -np 80
选择的 SOL
A:
跑完了MD再看
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2017.04.16 00:44:22
Q:
请教各位老师，一个分子中两原子比正常优化时键长增长多少可视为已经断键了
A:
没有什么确切标准，键强度随距离变化是均匀变化的
但一般至少也得大于1.4倍
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2017.04.16 00:47:03
Q:
sob老师，有关于溶剂化模型的帖子吗？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
http://sobereva.com/42
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2017.04.16 00:55:28
Q:
请问老师，您知道如果通过计算来预测单体能否发生聚合反应吗？@Sobereva
A:
计算聚合反应的势垒，再通过TST计算k
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2017.04.16 00:59:17
Q:
想问下老师，文件没问题，为什么会出现这种状况[root DHMCA]# ./acpype.py -i DMHCA.mol2 -n 1
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| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2017 AWSdS |
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WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
==> ... charge set to 1
==> Executing Antechamber...
A:
没报错
Q:
++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Antechamber failed
++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Cannot open file DMHCA_bcc_gaff.mol2 to read in rmol2(), exit
++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Parmchk failed
ERROR: Tleap failed
==> Removing temporary files...
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'DMHCA_AC.prmtop'
Total time of execution: less than a second
A:
直接用antechamber处理之，看会有什么提示
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2017.04.16 01:07:24
Q:
老师在请教一下，我在跑平衡相（1ns,前30s 升温至常温），提示好多的LINCS问题[图片]，这个与之前VMD打开时候报错有关联吗？
A:
没必然关系
[图片]
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