公社群聊Q&A整理：2017.04.16 02 ~ 2017.04.28 05 Concate - 计算化学公社

2017.04.16 02:12:39
Q:
[图片]
老师，想问下这步的具体操作
A:
写成讲义上这样就完了，对应的文件在培训给的文件包里也直接提供了
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2017.04.16 03:03:15
Q:
[图片]各位老师，麻烦问下，这里可能是什么问题
A:
atomtypes出现位置不对
Q:
老师，我换了位置之后，变成这样，是哪里又错了？
number of coordinates in coordinate file (protein_SOL.gro, 530925)
does not match topology (topol.top, 530850)
A:
没改对
原子数对不上
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2017.04.16 03:21:20
Q:
[图片] 高斯支持这样写吗?
A:
支持
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2017.04.16 03:25:31
A:
新文章
写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题
http://sobereva.com/370
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2017.04.16 06:21:04
Q:
麻烦谁可以发一个免费google的镜像网站啊？谢谢~最近用的那个构图搜索经常上不去。
A:
http://dir.scmor.com/google/
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2017.04.16 06:41:39
Q:
请问，要用Opt=ModRedundant，同时也定义了赝势，这时识别错误，该怎么解决？谢谢！[图片] [图片]
A:
冗余内坐标设定后面甭空两行，空一行
Q:
空一行也是如此
A:
直接用6-31G*，还出错就是冗余内坐标写的不对
Q:
好的
冻结1-39号原子位置
A:
用opt=ReadOpt多好
之后末尾空一行写
[图片]
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2017.04.16 07:14:27
Q:
[图片]
老师，轨道图带着那么多很长的健，我看了下，是.fchk文件就带着长的键，是需要重新计算出.fchk吗
A:
调整fch里连接关系的工具rebondfchk
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2708
Q:
还是说在Gaussianview里面，做轨道图之前可以把这些长键去掉呢？
A:
不能
去了之后就没法作图了
Q:
还得重新计算出.fchk吗
A:
调整fch里连接关系的工具rebondfchk
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2708
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2017.04.16 10:10:29
A:
新文章
使用Multiwfn考察轨道间重叠程度和质心距离
http://sobereva.com/371
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2017.04.16 16:23:02
Q:
sob老师，用Multiwfn做开壳层的态密度时，只能做alpha或者beta的态密度吗？有个选项就是这两者转换的，没有输出总态密度的选项。
A:
目前版本没有选项直接算总的，你可以导出成文本文件后在origin里相加
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2017.04.16 16:42:27
Q:
请教高人们，质子的电子云密度大小有哪些计算可以判断？先谢谢您了！
谢谢大神们，我没说清楚，是有机化合物中氢原子的电子云密度
A:
字号不要超过12，见群文件里的群规。直接计算原子电荷就完了。
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2017.04.16 17:35:45
Q:
请问静态相关能和动态相关能是怎么回事？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4969
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2017.04.16 17:42:38
Q:
[图片] 各位老师好这个图是不是显示不存在弱相互作用
spike好像不明显刚参照老师的博文做的
这个能说明存在氢键吗？
[图片] (整理Q&A) 李老师这个是不是可以说明了谢谢您
蓝色部分显示是氢键作用的区域吗？
A:
用Multiwfn+VMD绘制填色等值面图
这里强调了，绝对不要光看散点图
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2017.04.16 19:06:05
Q:
请问老师，在用过渡态做irc任务时，如果stepsize设置过大，会不会导致不能连接产物和反应物
A:
没必然关系，只不过步长太大IRC粗糙，容易中途出错
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2017.04.16 20:23:07
Q:
http://tp.sojump.cn/m/13303364.aspx?state=sojump&code=0D98938FCFE491BF0FBABE3E2B7D0B05 投票啦，最后一个，谢谢支持，谢湖均
这个群人多
打不开吗？
要点击获取验证码
A:
不要利用本群给自己拉票。记严重违规一次，下次再发就要踢了
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2017.04.16 20:29:47
Q:
NPA Charges 从哪里得出来的是优化后的文件么
A:
pop=NPA
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2017.04.16 20:47:19
Q:
请问下老师，使用SMD做溶剂化效应，重新定义一个新的溶剂SCRF=(SMD,Solvent=generic,read)，做基态计算，只给出eps=45.36，而不定义epsinf正确吗?
A:
SMD没法自定义溶剂，这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2017.04.16 21:06:58
Q:
我想问下老师们，在做量化结构的时候，输入文件需要什么格式？我是用gmx做的模拟。我使用了gro文件不能输出图像
在sob老师博客中使用的是WFN格式文件，是不是我需要转换文件呢？
A:
意义不明。
完全不知道你想用什么程序干什么
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2017.04.16 21:23:25
Q:
请问各位，IRC报错提示超过校正步数，接下来我想用geom=check读取chk文件进行续算，这时check我是应该写过渡态的chk(HT-TS1.chk)还是走IRC时报错的chk(HT-TS1-IRC.chk)？(注：论坛也有相关帖子，但还是不太确定自己的理解对不对)[图片]这是我的关键词，麻烦大伙帮忙看下，谢谢。
A:
过渡态的，甭写restart
Q:
老师，我是想接着之前的IRC任务算呢，因为已经走了40个点了，不过最后报错了。您的意思是我不能续算吗？
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2017.04.16 22:05:09
Q:
卢老师，做量化结构的时候，需要输入是什么坐标文件，我用gmx输出的gro文件
用multiwfn来绘制[图片]这个图
A:
VMD载入gro文件，转换成.xyz格式，然后改写成高斯的优化任务的输入文件，优化完了用产生的.wfn或.fch用Multiwfn产生RDG+sign(lambda2)rho格点数据，然后用VMD绘制填色等值面图就完了
一切步骤都是这里说的
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2017.04.16 22:10:09
Q:
我是用的gromacs来模拟。难道还要用高斯来重新生成波函数文件？
A:
显然需要，除非你用promolecular近似，直接给Multiwfn提供结构文件（xyz、pdb）就完了，博文里也说了
但这么小的体系还用promolecular近似明显不合适，明明量化很容易算得动
Q:
我使用参生的xyz文件在multiwfn运行，但是不能到达你博文指定的数字界面。不知道哪里出错了
[图片]
A:
好多错字
绘制填色等值面图啊，用主功能100，干嘛只绘制RDG图
Q:
不好意思卢老师，心太急了。我使用产的xyz文件在multiwfn运行，但是不能到达你博文里指定的数字界面。不知道哪里出错了
A:
屏幕上全都是主功能啊，选就完了
[图片]
Q:
也尝试了这个。输出没图像
A:
仔细重复手册4.100.1节的例子
没出来就是你操作不对，没有100%按照手册里说的操作
Q:
好的，谢谢卢老师
[图片]散点图，没数据。
[图片]按照这个来输入的。使用的xyz文件
A:
这里用的是波函数文件，你用xyz文件当然不行
用xyz文件必须基于promolecular近似，看文中的说明
不要急着算，先把整个博文读完整
Q:
好的。谢谢卢老师。我明白了。
[图片]有知道怎么去掉这些不感兴趣的区域吗？
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
[图片]
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2017.04.17 04:28:35
Q:
各位老师我想问问配位键是不是也可以理解为是由于电荷转移引起的
OA:
配位键和电荷转移键好像没什么区别
A:
配位键是轨道相互作用所致，伴随电荷转移
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2017.04.17 04:56:32
Q:
老师，我想请教一个问题，苯环的静电势输出值范围都是正的这个正常吗谢谢了
A:
不合理
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2017.04.17 05:08:14
Q:
大博士，配位键的键能和离子键共价键比起来，谁更强呢？
讲义上只是笼统地说化学键
A:
数量级上都是相仿佛的
Q:
与体系有依赖是吗？
A:
关系很大，诸如H2和Li2和F2，一查表就知道差异多大
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2017.04.17 05:10:35
Q:
老师那电荷转移键和配位键的区别是什么丫
[图片]
A:
看这些
J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 7861-7866
Chem. Eur. J. 2005, 11, 6358 – 6371
doi: 10.1038/nchem.327
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2017.04.17 05:22:45
Q:
请指教一下，在做能量极小化时候，提示到[图片]，而我的em.mdp文件是[图片]，遇到这种情况该做何处理？求指教一下，谢谢啦
A:
检查结构和拓扑文件的合理性，确信绝对没问题的话，用双精度版本优化试试
Q:
对了，基于双精度优化，先做完最速下降，然后在做共轭梯度吗？
A:
没必要两个都做，一个能收敛或者接近收敛就够了
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2017.04.17 05:25:33
Q:
大博士，一个同学做动力学的时候先用量化精确优化了结构然后跑动力学，这样做不知道可以不可以
A:
完全浪费时间
只有不真正懂得做MD前为什么要做EM的人才会干出这种事
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2017.04.17 05:32:44
Q:
老师我想请问我刚刚检查了我高斯输出C6H6.wfn的文件这个是成功的然后我用multiwfn计算静电势的步骤也是对的输出的文件拖入VMD中发现C6H6的静电势很大全是正数这个导致的原因有可能是什么啊谢谢了
A:
写出具体操作步骤，什么功能怎么计算的，看的哪些输出
Q:
好的
我先把C6H6.wfn导入multiwfn,进入主目录12，然后0选项开始计算，计算完成后，选项2导出文件，选项6导出文件，选项5导出文件。将这几个文件导入VMD，在Trajectory这显示的是419到816
[图片]
A:
根本都没导入
Q:
我现在导入[图片]
A:
表面极值点的静电势数值在Multiwfn输出信息里就有，绝对有负的
Q:
好的谢谢老师我再去看看
但是画图这显示的是极大值点与极小值点范围
应该就是静电势的范围吧
A:
一看multiwfn输出就不能确认了
若全是正的绝对操作有误
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2017.04.17 05:48:05
Q:
老师，请问量子化学基础班会讲量子化学相关的基础知识吗？比如，gaussian是使用哪些公式计算出热力学量的，过渡态理论等
A:
当然讲，超详细
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2017.04.17 06:14:49
Q:
老师晚上好，我想请教一下，pop＝full是什么意思呢？有哪些作用呢？谢谢老师~
A:
RTFM
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2017.04.17 06:40:05
Q:
[图片]
[图片]
老师，您好，请问这个问题怎么解决呢？谢谢
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.17 16:49:22
Q:
各位老师：分子中每个原子的静电势数值是怎么计算的？
谢谢老师
A:
原子没法说静电势
要么说原子的拟合静电势电荷，要么说原子附近范德华表面上的极值点(if any)，要么说分子表面上原子所属的局部区域上的静电势平均值等等
Q:
[图片]原子附近的分子表面静电势平均值，这样描述吗
A:
可
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2017.04.17 17:03:34
Q:
[图片]
[图片]
老师，我用CCSD(T)优化结构，总是这样，如何解决呢？谢谢！
A:
没万能办法
换基组再试，或者换其它程序再试
这基组也是糟蹋CCSD(T)
Q:
老师，给推荐一个吧
A:
cc-pVTZ with def2-TZVP
或者全都def2-TZVPP
Q:
好的，我试试，谢谢老师！
上面一个组合是不是F,B用cc-pvtz,后面Ce用 def2-tzvp?
A:
[图片]
肯定算不动
撑死了用CCSD
最后CCSD(T)来个单点
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2017.04.17 18:12:07
Q:
老师：gaussian怎么计算electrostatic potential charge，谢谢
A:
[图片]
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2017.04.17 22:27:30
Q:
请问群里各位老师哪个有论坛中这位大神关于量化编程系列的云盘资料，因为他都是用的360云盘，已经全部失效了，谢谢了！[图片]
发了消息，不在线
A:
你真要量化编程，还不如研究一下怎么在你的程序里调用libint、libcint，搞明白怎么调用电子积分库，比你自己写双电子积分容易10倍以上，速度还能快10倍
Q:
谢谢sob老师，你说的这些确实不是很懂，有相关的网站和资料去学习吗
A:
先把szabo书末的HeH+计算代码看明白再说
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2017.04.17 23:15:19
Q:
[图片]这个彩色标度，怎么制作
PS？
isosurface is 0.5, and color range is -0.035 to 0.02
这组值不同，做出来的RDG图的颜色应该就是不同了，对应的彩色刻度应该也就不一样了。所以，做出rdg图后，需要一个对应的彩色刻度
A:
把这部分放ps里拉伸一下就完了
[图片]
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2017.04.18 00:06:47
Q:
[图片]老师，像这种ELF图怎么让元素符号显示出来呢？
A:
后处理菜单上有选项
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2017.04.18 01:14:34
Q:
sob我想请教一个问题，为了不刷屏我就截个图阐释我的问题，还请指正一下
[图片]
改后面还是前面啊？
A:
根本就不收缩
因此三个f基函数壳层收缩系数都是1（不设一也会被程序自动归一化）
Q:
[图片]这样么？
A:
随便参照一个带f极化的基组就知道了，比如lanl2TZ(f)
都说了，极化函数是非收缩的
怎么额外加极化函数这里也说了
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.04.18 01:28:16
Q:
请问一下，优化长程校正泛函w参数的方法，可以用在算不同电场强度下分子的电离能吗？@Sobereva
A:
可以，不过用w调控泛函对此目的未必会有什么优势 @加勒比海盗
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2017.04.18 01:31:08
Q:
[图片]请问这里为啥它只写一个1.05啊？是在弥散里只用了这一个指数么
A:
明显是极化函数的指数
Q:
喔对我说错了，极化
文章只说了1.05这个指数，是不是其他两个指数都没用啊。就改成[图片]这样对么？
A:
对
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2017.04.18 01:44:50
Q:
[图片]
老师，文件导入后键是断的，为什么啊？
A:
用point方式显示，如果看到本来原子间就有很远距离的情况，说明输入文件有问题。
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2017.04.18 01:45:45
Q:
继续请教各位，还是计算激发态过渡态时，任务停止在link 801的问题。log文件没有报错信息，尝试着用了帖子里面说的关键词后加Full，但没作用。请问这问题还有什么解决办法吗？关键词[图片]
A:
贴报错
Q:
[图片]这就是log文件最后部分，没有提示为什么出错。
A:
如果还在算，继续等，如果没在算，重算一遍
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2017.04.18 01:54:21
Q:
请教老师键解离能量要怎么算看手册上写的可以直接用关键词 ADMP就能进行我要在opt+freq的基础上怎么做呢
freq后面有热化学分析的那一部分跟做键解离能量有什么关系呢
A:
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
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2017.04.18 02:06:10
Q:
[图片]卢老师，您好。这种范德华力有办法去掉吗？
A:
按里面说的，把距离不感兴趣原子较远区域的地方给屏蔽掉，或者只保留某些原子重叠区域的部分
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2017.04.18 02:20:35
Q:
老师您好，我在沿着反应路径寻找反应物井的时候，发现优化出的势井比反应物能量高，这个正常吗？谢谢老师
A:
如果你是指对IRC的始端进行了优化，结果能量比反应物高，说明这个过渡态不是直接连通你的反应物，中间还有过渡态
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2017.04.18 02:40:48
Q:
同一个结构，同一个方法，基组越大，SCF能量会算出来越低？
A:
是
Q:
那是不是有个极限值，在CBS下？
A:
是
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2017.04.18 02:43:08
A:
新文章
Molcas的计算双原子分子光谱常数的模块vibrot使用简介
http://sobereva.com/372
Q:
最近sob老师怎么这么高产/惊恐
A:
一阵一阵
过一阵子暂时停笔
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2017.04.18 02:46:34
Q:
[图片] 老师，这种做出来的电荷是叫自然原子电荷Natural atomic charges吧？
A:
看你用什么关键词
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2017.04.18 03:01:42
Q:
[图片]
Er 0
MWB57
****
2-52 0
6-31G(d,p)
****
Er 0
MWB57
这个还要加其他的东西么？
请教老师一下
A:
不用
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2017.04.18 03:17:26
Q:
老师后处理菜单是那个settings吗?
A:
屏幕上看到的菜单，显然不是settings.ini
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2017.04.18 04:29:44
Q:
请问老师，在高斯优化过程中，某个键角出现了180，刚开始并没有设置为180，然后计算就跳出来了，怎么避免这种报错呢？
A:
high opt=cartesian
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2017.04.18 04:42:47
Q:
请问老师，计算耦合常数好了，怎么读取具体的J啊？
[图片]
0.536238D+01 0.421142D+00 0.424059D-03 请问这样的数据怎么转换为常规的数字？
A:
D就是科学计数法的E。读相应的矩阵元就是相应原子间的J
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2017.04.18 04:55:36
Q:
[图片]老师，请问 CHelpG scheme 是什么啊？
A:
这里有详细介绍http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
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2017.04.18 06:52:19
A:
单纯的氢原子掉下来没有过渡态，这类普通共价键断裂都这样
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2017.04.18 06:56:47
Q:
老师请问您在博文中提到的这个网站http://comp.chem.umn.edu/basissets/basis.cgi中的ma-def2系列基组是对某些元素如C的定义没有列出来吗？
[图片]
[图片]
OA:
没有问题
即使没有列出，自己用ma的定义基于def2也写出来了
Q:
明白，老师您这是用的哪个网址？
谢谢老师，我找到了明尼苏达系列基组库
OA:
你贴的网址
A:
[图片]
选ma-TZVP，然后
[图片]
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2017.04.18 07:06:57
Q:
请教sob老师高斯如何使用pm6-dh+
pm6-d3h4
A:
高斯里只能用PM6D3
PM6-D3H4必须用MOPAC
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2017.04.18 07:06:57
Q:
谢谢老师，我找到了。但是QZVP好像真没列出C的定义
A:
自行在EMSL的def2-QZVP上稍微一改就有了
Q:
明白，谢谢老师耐心解答
OA:
明早组会
我ppt大概做了一半
药丸药丸
A:
时间还很充裕
OA:
+1
A:
还七八个小时呢
OA:
一般这时刚定题
Q:
啊
OA:
还有24小时233
那我一般在干一些毫不相干的事
是厉害
A:
我总是在临出门的一刻才把ppt最终搞完
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2017.04.18 07:06:57
Q:
老师，b3lyp低估激发能比较严重，所以计算激发态td时通常跟cam-b3lyp对比一下，请问激发能低估在多少范围合适呢，另外振子强度相差多少可以接受
A:
没有说必然低估的。低不低估显然看体系
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2017.04.18 07:08:02
Q:
老师，我的意思是我的反正类型是h原子脱去烯烃上的氢，为双原子反应，应该只有一个过渡态，那么势井为啥会高于反应物，势井和反应物之间应该不存在过渡态吧？谢谢老师
A:
如果你那个势阱是直接连接反应物的，能量又比它高，显然说明是吸热反应（粗略来说）
Q:
但是我找不到势井和反应物的过渡态。好奇怪，可能反应物和氢原子吸热生成中间产物再通过过渡态，脱去氢原子，是这样吗？谢谢老师
A:
我不知道你那个具体是什么反应，抽氢的话绝对有过渡态
或者既然有俩极小点结构了，用QST2搞一下
Q:
有过渡态，但是沿着过渡态扫描端点优化出来的反应物势井的能量竟然高于反应物。难道反应物和势井之间还有过渡态？脱氢反应还没见过这种情况谢谢老师
A:
势阱就是极小点附近的区域，极小点之间没过渡态怎么相连
Q:
请问老师，用qst2和qst3找到的过渡态虽然只有一个虚频，但做irc发现连接的产物虽然构形相似，但不是我qst2,3预设的产物，我应该怎么办
A:
把IRC两端进一步优化，看是否能得到预设的极小点结构
Q:
老师，我已经这样做了得不到预设的产物
A:
那就说明过渡态不是直接连接这俩的，还另有过渡态和极小点
另外优化时候步长上限设小点，免得容易跑到其它极小点去
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2017.04.18 08:09:34
Q:
请问各位大神，分子柔性扫描势能面过程中出现 Unable to match L and R vectors in BiOrth. 错误是什么原因？
#p opt=modredundant td=(singlets,nstates=20) rb3lyp/6-311g(d,p) geom=c
onnectivity
A:
bug
尝试最新版本
或者尝试基组减小到6-31G*再试
或者尝试改用TDA而不用TD
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2017.04.18 16:02:09
Q:
求问ORCA里用M062X加上%geom Recalc_Hess 1 之后，还能不能求解析Hessian
数值Hessian速度真心慢
按照sob老师那篇加速几何优化收敛的文章中使用更精确Hessian的方法，对于这些不能计算解析Hessian的泛函，一般多少轮重算一次Hessian比较合适？
A:
3~5
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2017.04.18 16:19:22
Q:
[图片]
谁帮我看一下，之前画的都没事。这次结构旁边出现了一条线是怎么回事？
A:
表面极值点距离太近，被认为成键了
Q:
那老师我继续做下一步就可以是吗？
A:
y
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2017.04.18 16:38:34
Q:
老师，irc没跑到反应物和产物，还差几部，能继续么
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.18 17:17:19
Q:
大家有人用过VariFlex这个程序吗？一直没有找到这个程序
A:
variflex得找作者要，很大程度已经被开源的MESMER取代了
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2017.04.18 17:17:41
Q:
在计算激发吸收和发射光谱时，一般都是用PCM溶剂模型，为啥sob老师的帖子没有推荐SMD溶剂模型？
A:
只有极性部分会影响TDDFT计算，SMD的极性部分就是IEFPCM
用SMD也完全可以，但对于此问题没有额外的好处
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2017.04.18 17:27:02
Q:
sob老师，麻烦问下为什么计算的红外谱中明显棒强度高，但是展宽成曲线的时候，就低了呢，这个有没有什么办法处理呢。如下图带标记的峰：
[图片]
A:
因为其它的一些跃迁有简并的存在，一起产生贡献，哪怕spike没这个高，展宽出的峰也能比这个高
Q:
如果有简并峰存在，峰高也很正常，但是这个棒强度高，展宽后低了，不知道该咋理解了。
A:
非要弄清楚细节，用Multiwfn输出各个跃迁对总曲线的独立贡献，一看就明白了
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2017.04.18 17:29:27
A:
因为其它的一些跃迁有简并的存在，一起产生贡献，哪怕spike没这个高，展宽出的峰也能比这个高
左右根本不是一个坐标轴，展宽完了图中曲线当然可以比spike低
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2017.04.18 17:39:47
Q:
老师，IRC作业中断续算的时候，只在IRC里添加restart，如何读取之前的chk文件
A:
restart自然而然从%chk定义的chk里读取数据
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2017.04.18 17:40:03
Q:
老师，我想建一个石墨烯片层结构，然后在石墨烯上吸附一个团簇，请问怎么可以实现？我现在已经用MS建了一个石墨烯结构，可是我不知道通过何种办法在上面吸附一个团簇。谢谢老师。
A:
建个团簇，手动挪到石墨烯上方就完了
Q:
老师，手动挪是通过MS来操作吗？
A:
是
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2017.04.18 17:42:32
Q:
老师，有关于判断自旋多重度的博文吗？
好的，谢谢老师
A:
[图片]
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2017.04.18 18:06:34
Q:
老师，请问我对一个含有15-30个C、H、O原子体系中发生的化学反应进行计算。使用B3LYP/6-311G**搜索过渡态并计算热力学校正量，使用M06-2X/ma-def2-QZVPP计算高精度单点来计算活化自由能和焓变。这个计算级别合理吗？
A:
合理
但单点用双杂化更好
如果就要用M06-2X，对QZ级别没必要加弥散
或者ma-TZVP也已经足够
Q:
明白，谢谢老师回复。
谢谢老师回复。请问B2PLYP效果会比M06-2X更好吗？我是提交到超算中心上算，改环境变量什么的比较困难
A:
不一定
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2017.04.18 18:10:29
Q:
老师我在用ADMP跑一个分子的断键过程的时候出现SCF不收敛的情况
这个里面是输入和输出的文件能不能麻烦看看是什么原因呢
A:
正交化失败。原因不好说，不排除是bug，换个基组，改改各种设定试试@Sophia
Q:
对于找过渡态，就需要初猜点在它附近含有且仅含有一个负本征值的范围内。并且这个范围内不能有其它同类驻点比目标结构距离初猜结构更近。－－－－　请问，这里的同类驻点，指的仅仅是鞍点吗？　还是也包括极小点和极大点？
A:
根本就不是SCF不收敛
按照最后报错看这个解决
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.18 18:18:55
Q:
请问各位老师，下图中的电子密度和径向分布函数在Gaussian输出文件的那一块可以找到，谢谢！[图片]
A:
使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
http://sobereva.com/152
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2017.04.18 18:54:08
Q:
老师好，请教个问题，过渡金属做NBO分析时，需要加贋势吗
A:
皆可
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2017.04.18 23:09:09
Q:
老师，部分共价键相互作用算是共价键的一种吗？还是属于非共价键相互作用？
A:
一般算共价键，除非共价成份极低的情况
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2017.04.18 23:24:54
Q:
各位老师好。高斯计算分子后，怎么看从数据中看分子的发射峰
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2017.04.18 23:35:48
Q:
请问在lunux下安装MOPAC，MOPAC2016.exe [license]成功后，再运行算例时提示如下：[图片]
这是什么问题呢？谢谢
A:
MOPAC2012安装方法
http://sobereva.com/262
屏幕提示里写了，设MOPAC_LICENSE
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2017.04.19 00:17:05
Q:
请问在Gamess中想输入6-311++G(3df,3pd)基组，对于轻原子的d极化如何输入？通过手册[图片]能写出这些：GBASIS=N311 NGAUSS=6 NDFUNC=3 NFFUNC=1 NPFUNC=3 DIFFSP=.T. DIFFS=.T.，但轻原子的d极化不知道该如何填入[表情]
高斯最高到3df，3pd呢
A:
氢原子没法在GAMESS里直接定义d极化
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2017.04.19 00:32:39
Q:
师兄问你个问题，我考虑分子间氢键，用的方法是m06-2x，优化结构用的6-311g**，按考虑说分子间氢键能量的计算需要考虑弥散，无奈扫面没加，是不是应该扫完面再把能量单独算一下呢
OA:
描述的不太清楚，意思是对于体系单点的计算有没有必要将弥散加上
Q:
考虑分子间氢键，加弥散体系单电能不是应该更准确么
谢谢老师，明白了，那我就先不加了，一百六十多个点在单独算单点太麻烦，只要不加弥散单点合理就好
OA:
如果chk文件不大，可以通过winG09将chk转换成fchk，大了就转化不动了
Q:
这样啊怪不得给别人转不了
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2017.04.19 01:08:13
Q:
求助，买高斯找哪家代理比较优惠？
A:
两家代理价格差不多
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2017.04.19 01:09:28
Q:
[图片]请问有人用gamess做单三重的交点吗？能帮忙看看这个文件哪里错了吗？
A:
用sobmecp方便得多
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
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2017.04.19 01:54:26
Q:
大家好，请教个问题：扭转角的能垒在多少KCAL/MOL的范围是可以认为比较容易发生扭转的？
A:
几kcal/mol
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2017.04.19 02:51:15
Q:
有没有同学做过平均局部离子化能？
A:
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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2017.04.19 03:14:18
Q:
老师，那若有紫外光激发，和紫外光激发能是否有关？之前问题是：扭转角的能垒在多少KCAL/MOL的范围是可以认为比较容易发生扭转的？
A:
当然有关系，入射光的激发能和吸收位置不匹配显然就没有吸收
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2017.04.19 03:20:42
Q:
老师，自由基取代反应，同一个分子上的不同位点，一个位点速率常数是另一个位点的三倍，能说明取代反应优先选择吗？
A:
确保计算的级别足够高就行，否则算不准几倍速率常数的差异
Q:
基组是6-31g+(d，p)，这个精度下可以吗？老师
因为分子比较大，提高精度会计算的特别慢
A:
甭指望这种基组算的势垒精度能达到<3 kcal/mol级别
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2017.04.19 03:22:30
Q:
老师您好，我想问一下我用的MP2/6-311++G**计算的一个分子体系，关键词opt=z-mat,但是结果里的eigenvalue没有能量值，是什么原因呢[图片]
A:
程序太傻，给能量部分留的输出位置太小
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2017.04.19 03:25:03
Q:
各位大神，您们好。请教一下怎么计算分子的自由体积。可以通过gaussian计算出来吗？/可爱
A:
单个分子没有自由体积一说，算自由体积得先定义盒子
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
Q:
我想计算聚合物的自由体积分数，看了一下定义是分子的实际体积减去范德华体积。我想以一个分子为模型，想通过gaussian算出单子分子的体积和范德华体积。请问有这么计算的吗？怎么计算的，有相关的计算方法吗？麻烦老师了
A:
“分子的实际体积”根本就没有明确定义
怎么算体积博文里已经写得超详细了，仔细读了再问
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2017.04.19 03:30:02
Q:
[图片]
老师，这两个N之间可以认为有孤对电子排斥作用么？
A:
绘制RDG图考察
Q:
[图片]
这是我之前做的填色图，这样看这两个N之间是吸引了么[表情]
A:
至少没有直接的互斥
Q:
那可以用什么图定量表示eda中的repulsion么？
A:
没有直接对应EDA的互斥的图形表示方式
NBO有steric分析，倒是可以用Multiwfn绘制出steric分析给出的有互斥的NLMO的交叠图试图展现
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2017.04.19 03:39:31
Q:
那sob老师，那gamess是有间接方法可以在H原子上定义d极化？
A:
去EMSL上拷定义，自定义基组方式输入
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2017.04.19 03:43:10
Q:
请教各位
[图片]
这个报错是不是分子太多的原因？
A:
否
Q:
那是什么原因，sob老师
A:
初始结构不合理，或拓扑文件有问题，或模拟参数不合理
----------------------------------------------------
2017.04.19 03:45:10
Q:
sob老师，荧光强度和荧光速率系数的大小是正相关吗，写文章时可以直接说荧光强度变弱，其速率系数变小吗？
A:
是。怎么根据振子强度算发射速率这里提了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.04.19 03:58:35
Q:
谢谢老师@Sobereva
[图片][图片]请问老师这里Excited State 1 2 3 4是什么意思
请问老师，统计发射的时候用哪组数据呢
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.04.19 04:03:31
Q:
[图片] 用脚本模型运行multiwfn 出现这样的警告，让按enter确定。请问怎么避免这个问题
A:
用molden2aim把你的.molden文件转换成标准的，否则multiwfn分析结果也不对
orca产生的molden文件，当含有g角动量时，给出的系数有问题，不规矩
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2017.04.19 04:20:57
Q:
请问一下算施加电场下分子的激发态，需不需要将该分子在相应电场下优化后再算激发态呢?@Sobereva
A:
需要
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2017.04.19 04:37:22
Q:
[图片]
老师，跃迁组分中为什么会出现负值，什么意义
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
考虑LCAO的相位正负
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2017.04.19 04:43:27
Q:
麻烦问下，高斯里scan可以用笛卡尔坐标吗
A:
可
Q:
有输入文件吗，能不能发我一份？非常感谢
您发的这个说明只能用z坐标，不能用笛卡尔坐标
A:
[图片]
Q:
非常感谢
老师，我选择x坐标，就用x1,x2，是这样吗
[图片]
老师，用上面的方法计算出来有这种错误是什么原因
A:
格式不对
Q:
[图片]
我是这样写的
[图片]
就是不能用笛卡尔坐标做扫描吗
A:
能啊
我截图里不都有例子
Q:
老师，那我的出错是什么原因？
A:
上传输入文件
[图片]
元素符号后头写上0，免得程序把这和虚原子混淆
----------------------------------------------------
2017.04.19 04:48:03
Q:
刚性扫描感觉用的地方没有柔性扫描多啊。。一般什么问题可以用刚性扫描一下？
A:
1 构造势能面
2 结构弛豫可以忽略时
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2017.04.19 04:53:44
Q:
老师，有没有双描述符和福井函数的实例教程？麻烦您了。
A:
multiwfn手册4.5.4节
----------------------------------------------------
2017.04.19 05:00:32
Q:
[图片]请教一下，老师，这种图是用什么软件做的
A:
能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法
http://sobereva.com/151
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2017.04.19 05:21:23
Q:
[图片]我看文献图中1A1不知道他们分别代表什么意思，希望老师和各位大神能够指点我一下，多谢了[表情]
2A1
A:
电子态不可约表示
Q:
那个A有什么意思吗
还是就是一种符号
A:
看群论的书，搞懂特征表标
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2017.04.19 05:25:47
Q:
请教一个问题，ErQ3, C27H18N3O3Er,其中Er用的是MWB57赝势，计算时候显示Er有11个价电子。自旋度设置 0 1可以正常计算，但是HOMO有一个孤立电子，设置0 2出现错误，提示自旋度设置错误。请问这个赝势对自旋度的计算有影响么？
[图片]
这是设置　O1　的结果
A:
MWB后面的数决定了多少内层电子被赝化，直接影响价层还剩多少电子
如果你懒得琢磨，直接用小核版本MWB赝势
----------------------------------------------------
2017.04.19 05:35:04
Q:
mwb57是个什么基组？
[表情]估计没SDD好
A:
MWB57就是stuttgart赝势的一种具体版本
这里说了
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.04.19 05:44:09
Q:
请问利用Multiwfn计算得到的分子间轨道重叠积分的数值单位是eV还是a.u.?
A:
eV是能量单位，显然不可能
凡是没注明单位的一律是a.u.
----------------------------------------------------
2017.04.19 05:46:54
Q:
[图片]这网址是不是的要改一下了http://www.nwchem-sw.org/index.php/Software_supporting_NWChem#User_interface_software
A:
是的
----------------------------------------------------
2017.04.19 06:00:35
A:
新文章
谈谈赝势基组的选用
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5625
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2017.04.19 06:33:35
Q:
[图片]老师好，请教一个问题，我在用高斯做密度分析时，出现了这个错误，查了一下，说的是The user does not have write permission for $GAUSS_SCRDIR.，我更改了tmp文件的权限，仍然是这个错误，恳请各位老师给些建议，谢谢~
A:
输出到有读写全写的路径。
或者直接用.fch文件作为multiwfn的输入
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2017.04.19 15:08:34
Q:
浙江工商大学，商李芳华投票啦，麻烦各位老师帮帮忙-投最后一个谢湖均 http://url.cn/47ZnW0x
A:
已踢。前几天就发过一次，警告了，现在又发
借本群人气让群友无缘无故给自己投票
----------------------------------------------------
2017.04.19 16:39:41
Q:
[图片]请问老师这个分子图是用什么软件做出来的？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2017.04.19 16:40:38
Q:
AIM2000?
哦哦，那请问您有aimall的使用手册吗？我想知道这个图具体是怎么做出来的@destiny&samsara
A:
multiwfn直接就能给出来，也可以结合VMD绘制
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
AIMALL那东西还收费，还没Multiwfn灵活
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2017.04.19 16:58:37
Q:
[图片]老师，请问这个势能面扫描的图看上去是不是只有两个能量极小点
A:
是
Q:
谢谢，是看中间两个间隔比较宽的等值面，边上的不用考虑吗
A:
不是不用考虑，而是只在你当前的图上只能这么判断
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2017.04.19 17:05:59
Q:
请问，elsevier投稿，下面两种提交方式选哪个呢？[图片]
A:
前者
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2017.04.19 17:13:04
Q:
请教，对一个结构，为什么用b3lyp/6-311++g(d,p)可以优化，而用pcm(pauling)/m06-2x/6-311++g(d,p)就出现A syntax error was detected in the input line。
A:
没那么写的
Q:
sob老师，那要怎样写呢
m06-2x/6-311++g(d,p)也不行
A:
m062x
看手册
Q:
Gaussian手册吗？谢谢
A:
写高斯的关键词能不看高斯手册？
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2017.04.19 17:13:56
Q:
老师，请问我在B3LYP/6-311G(d,p)上对一个体系进行优化，即使使用opt=calcall也不收敛，最后优化过程出现震荡。我打算尝试int=ultrafine，我看了博文，打算尝试int=ultrafine结合opt=calcall进行优化，是否对收敛有帮助？
A:
先尝试减小步长上限
Q:
老师，您博文中说如果用了opt=calcall，减小步长上限有可能阻碍收敛
A:
这只是可能
当前你都不收敛，当然要试一下
Q:
明白，谢谢老师
老师，这个结构我后续要进行过渡态搜索，那我后续过渡态搜索是否可以不减少步长上限？
A:
可
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2017.04.19 17:19:37
Q:
谢谢老师回复
请问HOMO与LUMO差值代表什么含义?
有文献说差值小，更稳定。
[图片]
与我理解的不一样。请问该文献的说法对吗？
[图片]
OA:
这个问题又出现了
万能的H-L gap
真的有必要叫大牛写一篇文章题目：
"Please Let Me off" Said by HOMO-LUMO Gap
咦，物化学报不是有个计算特刊嘛
感觉真可以把H-L gap写过去投稿
感觉这个专题不太好写，毕竟能用或者滥用H-L gap的领域太多了，坑很深。有的时候用H-L gap还是模棱两可
A:
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
----------------------------------------------------
2017.04.19 17:49:16
Q:
大博士，有没有一种办法能够计算团簇内或者纳米管内的空间体积？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.19 18:07:43
Q:
两个团簇里面分别有Au-Ce和Au-V，为了比较两个键的强弱。前面有老师、同学建议做分子内的键拉伸，是个好主意。还有什么分析适合吗？做了ELF，看上去像离子键，例外AIM得到的BCP处的电子密度也很小，也证明是离子键。计算了Bond metallicity(键金属性)
ξ（r）=ρ/Laplace(ρ)，证实都是金属键。不过这些分析都不能说明键的强弱。欢迎讨论。
A:
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
Q:
对，我刚说的“分子内的键拉伸”就是指的这个。
看了sob的帖子，看来不需要做软扫描，直接用软件就可以做。我们试试看。
做这个windows的机子得装一个虚拟机吧？不然没有图形界面。
A:
是
----------------------------------------------------
2017.04.19 18:17:34
Q:
sob老师，我用高斯算25原子体系的时候cpu能一直满载计算；但是算35个原子体系时，mem一直接近100%，cpu一阵用一阵闲的。这是哪个硬件不足造成的呢？
A:
看是否经常读写硬盘
当I/O成为瓶颈时CPU就会没事干
Q:
这是硬盘不足还是内存的问题呢？
A:
内存
Q:
sob老师，我对电脑硬件这块不太懂。35个比较轻的原子用32G的内存算不动吗？
A:
算得动
----------------------------------------------------
2017.04.19 18:19:31
Q:
请问老师为什么限制性优化得到的不是最稳定的点如何判断限制性优化得到的是不是稳定的点限制性优化怎么才能得到最稳定点我查了手册没有查到谢谢
A:
除非你限制的那个变量所处的值恰好正好是极小点对应的数值，否则显然不可能优化到极小点
所以没事别乱限制
----------------------------------------------------
2017.04.19 18:40:35
Q:
老师，使用opt=calcall结合减小步长，使结构收敛，但是存在-7左右的小的虚频。您在博文中说opt=calcall在多数情况下可以确保无虚频。此时，我是否应安装博文中说的使用opt=tight，结合int=ultrafine？
A:
可尝试
----------------------------------------------------
2017.04.19 18:51:18
Q:
sob老师您好，我把 .fchk文件导入GaussianView，选择Results下面charge distribution，在Type里面选择Mulliken ,[图片]做出来的这种电荷是叫 Mulliken charge 吧？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.04.19 18:53:53
Q:
老师，看您的基组选择博文说，做振动分析没必要大基组，甚至6-31G*（结合校正因子）就足够了，但对于只有用更大的基组才能获较合理的几何结构的体系（如色散作用体系），该体系的振动分析和振动光谱计算就无法用6-31G*了吧，而只能用几何优化同样级别的基组（如6-311+G**）了吧？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.04.19 18:55:03
Q:
请问，四极矩的方向xx,yy,zz是不是跟分子坐标轴x,y,z方向一样？
A:
没直接关系
Q:
我看到并五苯的xx,yy,zz与x,y,z好像对应上了
A:
巧合
Q:
那怎样知道四极矩xx,yy，zz的方向
[图片]
文献也是这样
[图片]
A:
刚才写错了。一样
只不过四极矩张量的主轴不一定是x,y,z
Q:
不过想我这种特殊的平面分子应该是相同的吧？
A:
对
Q:
非平面分子是不是另说了？
哦，好的，谢谢sob老师
A:
对
----------------------------------------------------
2017.04.19 19:12:46
Q:
各位大佬，萌新在瑟瑟发抖，请教一下gromacs非平衡动力学测定粘度的mdp 写法，以及如何处理的
A:
[图片]
define =
integrator = md
dt = 0.002
nsteps = 100000
comm-grps = system
energygrps =
cos-acceleration = 0.05
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog = 500
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb = 0.9
vdwtype = cut-off
rvdw = 0.9
DispCorr = EnerPres
;
Tcoupl = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps =
freezedim =
constraints = hbonds
Q:
跪谢，看了两天资料了
老师一事不解为什么在npt 系宗测粘度呢？
A:
没有特殊情况，一律默认在NPT下做
Q:
npt 下盒子体积在微变，不会对离子液体的黏度测量有影响吗，大部分人在nvt下测这个体系的黏度
A:
不会
事先平衡好了就完了
液体的可压缩系数那么低，预平衡好后盒子根本就不会怎么变
没特殊情况一律不要用NVT
Q:
如果已经平衡好的体系，接着做没什么问题吧
A:
诸如模拟带真空区的体系，NPT一下子就塌了
[图片]
Q:
谢谢老师，开始第二次尝试
老师cpt,可不可以用trr代替
A:
看具体干什么
必须用cpt的时候不能用trr，没有cpt里的信息充分
Q:
那要重新输出cpt了
O(∩_∩)O谢谢
那我把edr,和trr同时输入，是不是不用可以不用从头开始了吧，老师
[图片]
A:
否
cpt里有些内容是edr和trr里根本没有的
只有靠cpt才能精确续跑。
如果要求不那么精确，靠trr也够
Q:
我要精确，那cpt如何输出呢
A:
MD时候自动每隔一阵子就输出
Q:
我找找
比trr大小小很多啊
这个是最后的吗
A:
显然，又不是每一帧都记录，只记录最后状态
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2017.04.19 19:19:07
Q:
老师，看到一些文章里面通过计算PED势能分布来对耦合的振动模式定量归属，请问Gaussian能不能计算，或者能否自己通过Gaussian的输出文件来进一步获得类似的结果？
[图片]
A:
Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
http://sobereva.com/106
PED分析软件VEDA4简介
http://sobereva.com/183
Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介
http://sobereva.com/75
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2017.04.19 20:00:26
Q:
好奇一个问题..有多线程计算的条件的话数值梯度会不会比解析梯度快
A:
除非解析梯度的代码没做并行化，而且被优化的变量少
----------------------------------------------------
2017.04.19 21:41:49
Q:
老师，我的体系中尝试了opt=calcall，opt=tight，int=ultrafine，尝试了缩小步长。均无法消掉虚频。沿着虚频方向移动，优化后又回到初始结构。我打算移动完后再使用nosymm关键词优化。但如果带着nosymm优化，博文中说热力学量会算不准。我是否可以优化时使用nosymm关键词，频率分析时不使用nosymm关键词?
OA:
没有，B3LYP/6-311G(d,p)
Q:
老师，那可以优化用nosymm，频率分析不用nosymm吗？
谢谢老师，我知道优化不开对称性不好。我只是想问一下，如果优化没开对称性，频率分析是否可以不用nosymm关键词？
好的，谢谢老师
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2017.04.19 21:41:49
Q:
老师，请问使用M06-2X搜过渡态，是否会比B3LYP更好？
OA:
MS中的CASTEP好像也可以计算周期性体系
谢谢老师。我打算如果计算资源够的话，把B3LYP搜到的作为初猜，用M06-2X搜索。只是，M06-2X各热力学量的校正因子不全
老师，请问您知道BB1K泛函和G3大基组吗？我在文献中看到的[图片][图片]
老师，请问在搜索过渡态时，如果反应物、产物、过渡态体系中的物质间存在氢键相互作用，那么搜索过渡态使用B3LYP泛函可以吗？是否需要使用M06-2X这类能很好描述非共价相互作用的泛函？
A:
不建议用B3LYP。不光氢键的事，就算没氢键M06-2X必然也会更好（除非是含过渡金属、电子结构古怪的体系）
不要用BB1K，没任何好处
G3Large也不推荐
这里没提到的都没必要用
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
此时本来就不用写nosymm
Q:
老师，您是指搜索过渡态应该使用M06-2X进行优化吗？
A:
对
Q:
谢谢老师回复。但是M06-2X相关的热力学校正量的校正因子并不全，如果不考虑校正，直接读取校正量，加到高精度单点上，是否误差也不大？
A:
M06-2X对于几个档次的基组都有校正因子，你就找相似档次的就行了。档次相似的基组校正因子也差不多
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2017.04.19 22:16:27
Q:
请问高斯能模拟除了CH以外的其他元素的NMR谱吗比如SiF和P的
A:
可以
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2017.04.19 23:26:00
Q:
老师，质子转移过程中，反应物、过渡态、产物用何种能量表示更实际，单电能、零点能校正后的能量还是吉布斯自由能呢
A:
自由能
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2017.04.19 23:59:17
Q:
[图片]
请问一下大家，我在用ptraj模块进行氢键分析的时候，为什么文件最后没有内容？
麻烦请教一下大家，如果对于动力学想要研究一下分子内氢键的相关问题，应该使用什么分析手段？tutorial中的教程计算的是残基之间的氢键，而对于残基内部的计算没有给方法
A:
残基间和残基内分析没有区别，仅在于怎么定义被考察的原子范围
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2017.04.20 00:20:58
Q:
local and non-local density functionals的比较
这个是不是可以通过BLYP 和B3LYP比较吧？
A:
可以
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2017.04.20 00:27:34
Q:
请问老师，出现 unable to orient dipole derivatives这种错误是为什么
A:
不是错误，不用管它
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2017.04.20 02:32:52
Q:
断电的话，要重新计算是不是要rwf文件？
rwf是自动生成的的？
嗯，谢谢老师
结构优化需要rwf文件吗
OA:
从网上看到的，只要在原来的gjf文件中可执行命令行加入geom=check guess=read，然后删除原子坐标就行了
Q:
[图片]不知道这样行不行
[图片]当前文件夹下就这三个文件，不换关键词，这样是不是可以了？
好的，谢谢啊[表情]
A:
明显不行。用了用赝势还不写genecp
density=checkpoint对你当前计算毫无意义
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2017.04.20 05:16:41
Q:
老师，Multiwfn这个软件可以处理出蛋白与药物作用力以及作用的大小嘛?
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2017.04.20 05:32:24
Q:
[图片]大家好，请问这为什么没有分子轨道啊，我查网说是要打开chk文件，这个文件在哪呢？我不懂。
[图片]为什么还是没有分子轨道啊？不好意思第一天学习，所以有好多不懂，请老师们帮帮忙
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
非要用gview看的话，本机必须装了高斯才行，而且gview能识别出其路径
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2017.04.20 06:01:47
Q:
请问HF和DFT方法本身是不是进行freezing core设定了？
A:
这俩根本就没有冻核的事
Q:
谢谢sob老师。那冻核都是后HF方法里才有的吗？
A:
是@coffee人生
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2017.04.20 06:06:09
Q:
请问，700个原子，在b3lyp/6-31g(d)下算单点，可行吗？
A:
根本算不动
Q:
400个原子，可行吗？
只算单点，4个核，2天内能算完吗？
A:
够呛
你可以先跑一轮迭代试试
----------------------------------------------------
2017.04.20 06:08:16
Q:
[图片]这个是电子密度环吗？
A:
那叫特定平面上电子密度等值线图
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
本群居然还有不知道Multiwfn的
Q:
我觉得不知道Multiwfn而入群的
不是更有意思么
说明这个群影响力大啊
A:
Multiwfn看轨道比gview方便得多快得多，稍微用过就不爱用gview了
----------------------------------------------------
2017.04.20 06:10:33
Q:
[图片]
老师，第一激发态质子转移过渡态的能量是看这个还是看单点
老师，激发态柔性扫描中的能量是指的单点能还是E(TD-HF)后面那个激发态能量
A:
单点是对于基态计算而言的，对激发态计算不要用单点这个词，要说就说激发态的能量
E(TD-HF后面那个就是激发态能量，用那个求差
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2017.04.20 06:13:46
Q:
请问下在gromacs中跑完非平衡的MD后，怎么提取水在z轴方向的平均速度分布函数曲线，谢谢
A:
Mo% 自带的命令里印象中没有能直接实现的，可以自己写程序或脚本实现
----------------------------------------------------
2017.04.20 06:24:15
Q:
sob老师麻烦问一下gaussian计算出现这个错误是什么原因[图片]谢谢sob老师
A:
你没在输入文件末尾空一行写上入射光频率
Q:
哦是在计算超极化率的时候必须加上频率吗？
A:
你关键词怎么写的
Q:
[图片]关键词是这样的
A:
polar=gamma默认CPHF=rdfreq，末尾要写入射光频率才能得到含频gamma，如果就要静态的就写0.0
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2017.04.20 06:36:56
Q:
Mulliken电荷不是默认的吗？为何log文件不能看电荷？
A:
高斯后期版本调整了输出格式，gview认不出来了
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2017.04.20 06:42:14
Q:
不过什么时候Mullikrn电荷比其它的更合适？
A:
看是什么其它电荷
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2017.04.20 06:45:56
Q:
老师，我打算用M06-2X/6-311G**，根据Li Yuanhe老师的表格，只有pc-n基组有完整的校正因子。我打算使用pc-2的校正因子，这合理吗？
A:
[图片]
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2017.04.20 06:47:14
Q:
能用的起这个基组，就可以用def2tzvp了
A:
然
----------------------------------------------------
2017.04.20 06:55:02
Q:
sob老师，用hirshfeld电荷评估不同体系间的亲电性可行吗？
A:
可
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2017.04.20 07:24:59
Q:
用multiwfn是不是可以分析cas算出来的每个分子轨道的原子轨道成分哦？（我用的是molcas）
A:
静是
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2017.04.20 08:31:01
Q:
请问老师，扫描激发态势能曲线，主要是S1和S2，关键词这么写#p opt=modredundant td=(singlets,nstates=6) rb3lyp/6-31g(d)
geom=connectivity是否合理？
A:
要用root指定要扫描的态
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2017.04.20 08:52:40
Q:
想问一下，应该看哪个输出文件？能不能发一个具体做法的链接？多谢
A:
用molcas输出molden文件，其效果和fch一样
Q:
哦，看来我应该看.rasscf.molden文件。多谢
A:
不过molcas的molden文件不标准，最好用molden2aim先转化成标准的
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2017.04.20 08:58:03
Q:
[图片]
老师，圈圈里提到的算不准是咋回事儿啊？
A:
博文根本没这么说过
Q:
不过我记得算了一些有C2对称性的过渡态分子，一样的结构，加不加nosymm，出来的自由能校正数值不同。
这个是咋回事儿呢，老师？
A:
8成是计算转动贡献时候因为转动对称数判断的不同所致
这和用不用nosymm没必然关系。即便用了nosymm，当结构和C2相符很好时，算热力学量时程序也会照样按照C2计算转动对称数
----------------------------------------------------
2017.04.20 21:34:55
Q:
[图片]老师，请问一下：这是在VMD做的图，Cu和C的原子颜色是一样的，请问怎么改这两个原子的颜色
A:
用element方式着色，如果还一样，到graphics-color里调节elements着色方式
----------------------------------------------------
2017.04.20 22:01:33
Q:
[图片]
这是优化正常结束后的S-C原子之间的距离,2.09(普通S-C键是1.85), 你说它们之间有没有成键啊?
还是只是静电相互作用使得彼此靠近?
OA:
oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst)
GVIEW上显示是不成键的.
Q:
请问,使用Multiwfn做mayer键级分析,需要使用什么特别的关键字?
请问,不做优化,只算单点,然后分析弱相互作用,采用PM6靠谱吗?
高斯里有PM6-D3方法吗?
这个软件我知道,不知道它能不能输出波函数文件供Multiwfn之用?
A:
不用任何特殊的关键词，提供普通的fch文件即可
高斯有PM6D3。Multiwfn不支持半经验的波函数
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2017.04.20 23:48:11
Q:
有bader电荷分析的博文吗？
A:
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
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2017.04.20 23:51:42
Q:
老师，请问gaussian能用Multiple-Reference Configuration Interaction方法来计算分子的激发态么？
A:
高斯不支持
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2017.04.21 00:14:59
Q:
[图片]计算溶剂效应下分子的NBO电荷，这样的输入文件对吗？
A:
去掉radii=UFF
TD里direct毫无意义
----------------------------------------------------
2017.04.21 00:21:04
Q:
话说ORCA能跨节点运行吗？
A:
可
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2017.04.21 00:26:19
Q:
卢老师你好，我想以后让我的学生参加您的以后的培训，现在我要拆分经费，请问1发票可以开成会议费吗？2可以开增值税发票吗？或者国税发票
A:
1 可
2 正常是开增值税普票。如果你是指开增值税专票，需要另行增加一定费用。
----------------------------------------------------
2017.04.21 00:54:12
Q:
S-C原子之间的 Fuzzy bond order 键级是 0.84375326, 这算成键吗?
A:
算成键
Q:
Laplacian bond order 是 0.12727315 算成键吗?
A:
算
Q:
哎
A:
因为你这是极性键，LBO的数值低是正常的，况且fuzzy bond order那么大
Q:
正常的S-C键,Laplacian bond order 是 0.60967534
即使算,应该算很弱的的键吧?
A:
相比来说当前的S-C可以这么说
Q:
真纠结哦
Laplacian bond order matrix 里,要么都是0.6以上的,要么都是0.001以下的. 唯独这个数值0.12727315 , ... 真不知该怎么说.
好纠结
把它定义为瞬时键,可以吗?
A:
没有叫瞬时键的
结合fuzzy bond order、ELF、键长等一起考察和讨论
这种数值很小的情况很大可能属于被外部元素削弱的键
----------------------------------------------------
2017.04.21 01:04:06
Q:
大家好，我想问一下怎么做mulliken spin density。做毕设需要~
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.04.21 01:11:50
Q:
老师，在VMD里，Cu和C默认的是一样的颜色，刚才按您说的方式改了一下，还是一样的颜色
A:
查看那两个原子的信息，看是否都被认成了同一种element
Q:
老师，在哪里看这两个原子的信息？谢谢老师
A:
按数字键0，点击原子，从命令行窗口查看序号index，然后用以下命令显示其element
[atomselect top "index 1"] get element
Q:
[图片][图片]
老师，后边的name里没有Cu的符号
A:
都说了，在这里面改element而不是name的设置
Q:
[图片]老师，这个还是改不了颜色
A:
coloring method用element
1 Cu和C的element被判断为不同
2 coloring method用了element
3 这个界面里Cu和C的色彩设定不同
则必然那两个原子颜色不同
----------------------------------------------------
2017.04.21 01:22:25
Q:
社长，有没有分析pπ共轭或者超共轭的波函数分析方法呢？李大博士昨天说NBO E2
A:
E2就可以
Q:
根据E2能量呗？
A:
y
Q:
E2 就是2rd perturbative没错吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.04.21 01:37:14
Q:
做了一个ELF分析.[图片][图片][图片]
显示,二个原子之间有电子分布.
看样子是成键了
A:
这种图看不清楚。直接用Multiwfn对H-C-S平面绘制ELF填色图好看得多
如果有BCP，而且中间又有一定定域性区域，说是成共价键没问题
Q:
嗯
怎么算BCP?
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
----------------------------------------------------
2017.04.21 01:52:55
Q:
咨询一个问题，Science Citations Index Expanded，也是SCI吧
A:
是
Q:
[图片]
这是成键吗?
A:
结合你前面的数据，可以算成键
Q:
算共价键?
非预期的结果,真纠结.
A:
看ELF填色图就知道了
----------------------------------------------------
2017.04.21 02:10:48
Q:
sob老师，计算A、B两分子之间的相互作用能在ORCA中能像在高斯中的那样使用关键词一次性计算，还是只能单独计算各体系之间的能量再相加减，如果不是这样的话该如何处理？
A:
自行相减
----------------------------------------------------
2017.04.21 02:18:49
A:
DOI: 10.1002/wcms.1131
这文章不错，批了QCI一通，充分说明QCI比CC毫无好处。
很多初学者老学其他人，其他人用QCI也跟着用，分明不知道CC总是更好的选择。如今一看提问的人的关键词里有QCI就不爽
Q:
大博士推荐的文献真是不错，看不久前发文做高精度计算还死死地抱着QCI不放，不明白为什么，这会总算可以有力有礼有节地反击了
A:
现在还用QCI的99%是理论外行，别人怎么用就跟着怎么用，不求甚解
QCI就应该彻底被遗忘、被抹杀，当年都不该提出来
Q:
大博士不必这么狠吧
A:
对不该存在的东西就该狠一点
一个向左弯的杆子要想掰直，掰的时候就不能仅仅掰到中间，必须再稍微往右掰点
Q:
QCI现在估计也就只能出现在G4这样的热力学组合法了了
A:
G4已经弃用QCI了，已经改成CC了，正说明QCI已经遭理论界唾弃
Q:
看讲义，好像G3还是
A:
G3是Gn系列最后一个用QCI的，都快20年前了
Q:
同样有波普尔参与，CC的价值比QCI高多了
A:
这段话很有意思
[图片]
Q:
[表情]真不懂这是夸啊还是在骂
Pople不是离开Gaussian了
A:
[图片]
Q:
之前
为他人做嫁衣了
也不见得，波普尔离开高斯后，高斯就像丢了魂儿一样
A:
没那么夸张。
不过从16开始有世风日下的感觉
Q:
而波普尔开发的Q-CHEM也没能普及，这算是两败俱伤
A:
pople估计也没怎么写Q-Chem代码，都是他学生Gill等人主要弄的
----------------------------------------------------
2017.04.21 02:41:13
Q:
请问一下LDOS图中的s,p轨道的峰，是原子中所有的s和p轨道的态密度，还是价电子的s,p轨道的态密度
A:
内层和价层原子轨道能量相差甚巨，你只看价层能量范围就自然不会体现内层的
----------------------------------------------------
2017.04.21 02:43:19
Q:
请问sob老师高斯中加溶剂的时候邻位二氯苯是写成1,2-Dichlorobenzene吗？
A:
看手册
Q:
好的
sob老师，m06方法有解析二阶导吗？
A:
有
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2017.04.21 02:48:56
Q:
我怎么才能知道LDOS图里哪个峰是s轨道，哪个是p轨道的？
A:
一种可行办法之一是利用Multiwfn的主功能6里的这个选项
25 Set coefficients of GTFs/basis functions that satisfied certain conditions
把比如S型GTF在所有轨道中的系数都清零，然后再绘制LDOS，此时表现的就都是p的贡献了。类似地，把P的清零剩下的就都是S的贡献了。
----------------------------------------------------
2017.04.21 03:05:19
Q:
老师，用m062x/def2tzvp算的单点能是不就是log文档中的HF的能量？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.04.21 03:15:40
Q:
我们用的是一个sumdos_的脚本处理了一下，但是得到的s,p不知道是指所有s,p轨道的线性组合还是价电子轨道上的？
[图片]
看了一本书上关于二氧化硅的LDOS图分析，不明白它的s,p是怎么区分的？
A:
显然看能量范围
你这不叫LDOS，而是PDOS
怎么设置看用什么程序
我从来不用sumdos。如果没那个功能你就自己改程序
Q:
那费米能力下的是指1s,1p，费米能力之上的为2s,2p吗？
A:
没有叫“费米能力”的概念
Q:
费米能级，发错了
设定球半径得到的DOS图，不就是LDOS图吗？
A:
主量子数为1的时候哪有p
整个PDOS图绘制出来，一看就知道1s和2s/2p的峰从能量上差着老远
牵扯不到费米能级的事
如果用了赝势，更是没1s
Q:
那PDOS图里的s,p都只是价电子喽
A:
你若用了赝势则必然如此
----------------------------------------------------
2017.04.21 03:35:28
A:
刚才算了下，算BeO，QCISD还真是大失败。cc-pVTZ下QCISD优化结果是1.3492，CCSD优化结果是1.3284，NIST上查到的实验平衡键长是1.3309
----------------------------------------------------
2017.04.21 03:55:20
Q:
Sob老师好，看了您的帖子《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》，想做弱相互作用示意图，先做了这样的一个分子，能够看出等值面的色块：
[图片]
然后用同样的方法和操作计算了另一个分子，却什么都不显示：
[图片]
这有什么可能的原因呢？
A:
操作不对，或者输入文件不对
Q:
请问相关一致性基组里的相关一致性是什么意思呢？
谢谢Sob老师！我的.wfn文件都是从gjf文件计算生成的，图1和图2 的.wfn文件格式都一样，只是在设置格点质量时候，图1的很顺畅的完成，图2的就卡住了。然后做出来的图就没有等值色块
A:
此类基组序数每增加一档，增加对相关能贡献相同的各个角动量的极化函数
Q:
谢谢！我以后注意
A:
能否算得动看你算自旋密度时候格点怎么设。格点数过多算不动，适当时算得动
如果图2是纯平面体系，恰在某个笛卡尔平面上，延展距离不要设0，否则垂直于分子平面方向盒子尺寸就为0了
Q:
图2还真是纯平面的，好哒，我改下看看，谢谢您
[图片]
A:
用14.74算
Q:
[图片]这个之间是共价键吗?
[图片]
A:
看ELF填色图多直观，这太抽象
Q:
不会生成填色图呀
A:
y
里面有例子
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
手册4.4节也有一大堆绘制平面图的例子
----------------------------------------------------
2017.04.21 04:14:07
Q:
[图片]为什么输入没效果~
A:
截图
如果是linux版，在最新的3.4(dev)版之前都没法选这个，除非三个方向格点数相同
Q:
确实是Linux版的呢，所以没法调开图形页面？
我只需要得到一个原子的自旋密度
A:
用最新的3.4(dev)版
Q:
好的
Summing up positive value and multiply differential element是0，是不是说没有自旋密度？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.04.21 04:55:00
Q:
[图片]
sob老师晚上好，请问这个费米黄金规则中的狄拉克左矢和右矢是分别代表初末态的波函数吗？那个ρ又代表什么呢？有没有量化软件可以直接计算初末态间的耦合强度模方和那个ρ呢？或者如果有量化软件计算得到的两个态的波函数能不能经过一定处理得到这些值呢？谢谢啦
A:
含义在wiki上都有解释
----------------------------------------------------
2017.04.21 04:58:40
Q:
老师请教一个问题有哪些方法可以对电荷分布进行分析谢谢
A:
群共享《原子电荷计算方法的对比》
----------------------------------------------------
2017.04.21 05:12:30
Q:
老师:您好，我现在在跑irc,出现如下错误，输入文件，输出文件，和那个图如下，
[图片]
[图片]
A:
没报错
去掉u、maxcyc、nosymm
----------------------------------------------------
2017.04.21 05:15:45
Q:
双路E5-2670洋垃圾+工包c602现在还有搞的价值吗？预算很低（5k以下）的情况下
A:
有
----------------------------------------------------
2017.04.21 05:19:29
Q:
4630 basis functions, 多吗?
A:
多
Q:
[表情]
[图片]
这是ELF函数的填色图,成共价键吗?
OA:
拉普拉斯填色图,又不象是成键.
A:
是共价键
----------------------------------------------------
2017.04.21 05:46:53
Q:
老师，分子对接中estimated free energy of binding 和吉布斯自由能一样吗？或者说有什么关系吗？
A:
通过一些经验方法计算的结合自由能
----------------------------------------------------
2017.04.21 08:47:09
Q:
请教各位老师为什么半经验方法的能量不是电子结构能量
A:
因为半经验方法拟合参数的时候用的就是生成焓
不过MOPAC也可以给出电子能量，但没什么物理意义
----------------------------------------------------
2017.04.21 15:15:44
Q:
请问有同学计算过CF3COO-（脱质子的TFA）的能量吗？用GD3,b3lyp+g(d)始终有一个-20左右的虚频。老师博文的方法已尝试。
A:
没正确和理解使用博文的做法
所有可能的处理方法博文里已经完全包括
这种问题加D3毫无用处
Q:
老师是说D3不用加吗也不影响能量？？
直接 empirical=G？
A:
这体系又不牵扯弱相互作用
当然影响绝对能量
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2017.04.21 16:29:41
Q:
依照群主的文章《通过柔性力常数考察键的强度》，Compliance程序源代码可以在http://www.oc.tu-bs.de/Grunenberg/compliance.html上免费下载。本文用的是最新的3.0.2版。。
我装了两天了。还没有成功。已经configure好了，到最后一步了出错了。
make的时候报错：
Molecule.f
Molecule.cpp(258): error: identifier "svd" is undefined
svd(*M,*U,*VT,*S);
这个svd函数不知道在那个h文件里面。svd函数在Molecule.cpp文件里面，编译会出错，把这一行注释掉就可以编译成功，所以也就这一个问题了。
我用的intel的BLAS和LAPACK库，不知道是不是这个问题。
A:
可能是
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2017.04.21 16:54:10
Q:
[图片]
老师好，这个是什么原因啊？
A:
去掉geom=connectivity
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2017.04.21 17:17:55
Q:
老师，激发态和基态的能量差越小，是否可以说明激发态寿命越长
反之亦然？
A:
显然不能，还得看跃迁偶极矩。靠振子强度来综合衡量
Q:
谢谢振子强度在输出文件的哪个模块啊
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.04.21 20:42:08
Q:
gaussain里面分子力场方法怎么分析弱相互作用呢?
难学吗?
输入文件可以通用?
[图片]
已知S1-C2是成键的,请问S-C1之间成键吗?
[图片]已知S1-C2是成键的,请问S-C1之间成键吗?
A:
对4.0版是这样，3.0.x版windows也能并行
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2017.04.21 22:24:47
Q:
求助一下Multiwfn再文章引用的话该怎么写呢？
A:
正确的引用方式主页download项目写明了，手册里也写明了。程序启动时、入门tips博文里也写了
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2017.04.21 23:32:06
Q:
[图片]请问，如果是产生由多种元素组成的原子团簇，那么每个原子的几何结构.xyz文件的坐标都是0,0,0 吗？
每种原子的几何结构.xyz文件
A:
是。但不是0 0 0也没关系，程序自动会平移
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2017.04.22 00:59:37
Q:
老师，您好。我想计算处于凝聚态的分子的范德华体积，看了您的博文需要把电子密度设为0.002的等值面，请问在gaussian输入文件里面怎么设置？谢谢老师
A:
是可视化程序的事，跟gaussian无关
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2017.04.22 03:53:23
Q:
mcscf分哪几种？casscf最常用吗？@冰释之川
都要用到活性电子数和轨道数吗？
A:
CASSCF、RASSCF
RASSCF用得较少
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2017.04.22 07:46:27
Q:
[图片]
请问，积分1跟积分2数学上等价么
A:
等价。因为那个算符不是微分算符，所以可以这么挪
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2017.04.22 17:15:49
Q:
老师，B与A不一样那么对称性不一样，那么跃迁不就不禁阻么？为什么不可以这样简单的说呢？
A:
看过科顿的群论在化学中的应用自然就懂了
[图片]
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2017.04.22 17:27:27
Q:
请问VMD选择两层晶体中一层的所有原子，使用atomselection命令如何实现呢，谢谢
A:
诸如z>20 and z<30
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2017.04.22 17:53:00
Q:
请问做荧光光谱图时 out文件中所有的S2、S3态的振子强度都设为0 对吗？谢谢
A:
对
前提是当前体系满足kasha规则
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2017.04.22 17:54:40
Q:
请问一下，一个带有过渡金属元素的化合物，激发态几何优化的时候，感觉它的S1的所对应的能量越跑越偏了（已经红移到了几千nm），这是设置上的问题还是说过渡金属的激发态优化有什么需要注意的地方？
A:
[图片]
注意自旋多重度设定的合理性
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2017.04.22 18:24:56
Q:
老师请问做NBO分析的时候是不是要和优化的时候用相同的泛函基组？
A:
不用
Q:
恩，谢谢sob老师！那含C,N,O,S,H这样的中性分子（67个原子左右）用什么基组比较好呢？我之前是用B3LYP/6-31G(d,p)优化的结构，M062X/def2TZVP做的单点，可否用M062X/def2TZVP做NBO？
A:
可
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2017.04.22 18:43:14
Q:
老师你好，最近用M06-2X/6-311G(D,P)优化了C、H、O、N体系（200原子左右），主要作用力为氢键和范德华力。现在一审稿人让考虑色散作用，重新优化体系不太可能，有没有什么更好的办法解决这个问题？
A:
M06-2X本身就能描述色散作用，不需要重算数据，直接反驳审稿人
Q:
M062X中添加了参数可以直接描述色散作用，这一点应该是审稿人故意的
Authors used the MO6-2X base for taking into account dispersion contribution. Nevertheless it was shown recently that the best base in the Minnesota Density Functionals approach, leading to the minimum of standard error , was the M08-HX or MN15 (JCTC, 12, 4303-4325 (2016). The reason of this choice should be added according to this article. The importance of the dispersion part in the calculations, compared to the time calculations, should also be discussed.
这是他的意见
M062X比另外两个泛函好不少
A:
M08-HX就是垃圾
MN15算主族比M06-2X根本没进步
Q:
而且另外两个泛函用高斯呈现有点儿困难
A:
[图片]
给他J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 4303−4325，一眼就看出来那两个比M06-2X根本没进步，M08-HX明显非主流，MN15在g09里还不支持
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2017.04.22 18:46:34
Q:
请教老师，高斯算出的单点能，后面的振子强度是怎么得出的？主要跟什么物理量有关？
A:
单点哪给出振子强度
Q:
说错了，是算出吸收光谱的跃迁能，后面会有一个振子强度
请问，200个左右C、H、O、N原子，可在什么级别做柔性扫描比较合适？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.04.22 19:02:29
Q:
各位大神好，想请教下问题：我想用高斯09进行CHON化合物的结构优化，利用的是B3LYP/6-311+G**基组。想计算片段的生成焓。高斯软件运行时出现2070#错误是怎么回事呀？
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.22 19:09:00
Q:
老师，你好。我最近在学习SAPT，重复了一下说明书里Ne-Ar和您那篇JMM2013氢气氮气二聚体的文章遇到了两个问题。如果计算（H2）2(L)结构下图中的这些参数需要修改吗？[图片]
A:
字号不要超过12
OA:
尝试ORCA
只要ORCA有一天能实现计算超极化率，我就舍弃高斯
Q:
恩恩，可是又不知道怎么回答他？
OA:
尝试ORCA
Q:
不是可以用sos算么，娃娃老师
现在已经没有时间重新用OCRA计算了
投的期刊影响因子很低，没想到审稿意见那么刁钻
A:
这是输入文件
Q:
第一，ORCA只支持TDA形式的TDDFT计算，第二，输出的文件内容较少，不足以精确得到超极化率，第三，没解析方法精准
2.3我理解，orca不是可以tda false么
A:
原先是杂化泛函只支持TDA。现在是所有泛函都支持TD
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2017.04.22 19:16:25
Q:
就是做高效能NLO材料设计
各位老师好！请问二面角柔性扫描
#p opt=modredundant td=(singlets,nstates=6) rb3lyp/6-31g(d)
geom=connectivity，出现Unable to match L and R vectors in BiOrth.该如何解决？
A:
不都问过一遍
换泛函再试
或者nstates用默认的
A:
做这个算六个态明显白浪费不少时间
Q:
四个到五个就足够了
A:
只考察S1时候默认就够
Q:
大博士，如果用ORCA计算得到的TD结果能否用Multiwfn计算超极化率？
A:
原理上可以，但Multiwfn还不直接支持其输出文件做SOS
稍微改改接口就行
Q:
可否拿出其中的主要的内容做成文本文档，然后用Multiwfn计算？
A:
可
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2017.04.22 19:22:59
Q:
老师，激发态失活中的物理失活中的辐射失活和无辐射失活是相互独立的失活过程吗？
A:
是
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2017.04.22 19:54:26
Q:
请问拉普拉斯密度的符号正负各表示什么呢
A:
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2017.04.22 20:31:02
Q:
老师，我用Multiwfn绘制RDG图时x轴方向为什么只显示X=0右边的图，而不显示左边的？
A:
8成可能是因为你选的是rho而不是sign(lambda2)rho
Q:
还真是
我按照您写的一个教程做的
怎么直接选择画sign(lambda2)rho VS RDG图呢
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
[图片]
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2017.04.22 21:08:22
Q:
请问各位，这个报错是什么原因？
[图片]
A:
每个原子都得定义控温方式
Q:
是mdp文件需要修改？
A:
y
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2017.04.22 22:33:24
Q:
对于多核配合物，做CDA分析时如何选片段？
同时存在多个金属多个配体
A:
看具体结构以及看具体想怎么分析，没唯一的标准
居然这群里还有直接用6-311G不加极化的
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2017.04.22 22:44:47
Q:
请问hylleraas 泛函是什么
A:
DOI: 10.1002/wcms.68
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2017.04.22 23:10:45
Q:
实际上是想看金属是否参与配合物前线轨道
A:
直接计算前线轨道的成份就行了
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2017.04.22 23:53:52
Q:
请教下老师拓扑分析用VMD画图键径按照老师的写的points 并参数改为1 不清晰如何调整
A:
tachyon渲染后看效果
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2017.04.23 00:03:17
Q:
[图片]老师,用STO基组行吗?
A:
不行
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2017.04.23 00:48:01
Q:
老师，有没有关于药物与蛋白相互作用的gromacs教程吗？就是那种很具体的。谢谢。
A:
最详细透彻的是科音的gromacs培训班上讲的。网上能找到的几个在刚上传的压缩包里，写得都比较糙和初级，但已经是网上的最详细的了
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2017.04.23 01:33:21
Q:
老师下午好，为什么我在gviewer里用框选模式选择原子的时候，被框选的原子不会变黄（标记），而只是这部分原子出现在剪贴板里了呢？这是bug还是本来就应该是这样的呢？谢谢老师~
A:
和系统兼容性问题
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2017.04.23 05:24:52
Q:
请问,6-31g(d)可以用哪个做RIJCOSX辅助基组?
A:
可以让orca自动产生辅助基组。用def2SVP的辅助基组也凑合。总之不建议在ORCA里用6-31G*
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2017.04.23 10:14:00
Q:
请问单自由基双自由基的 spin 怎么设置？
A:
双自由基：
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
single 还是 triplet
这里的spin
老师
您的帖子我看了没找到。。。
A:
什么spin，量化计算时设的是自旋多重度
要看懂文章，而不是在文章里找一些莫名其妙的东西
Q:
您好就是优化双自由基和单自由基的分子时如何设定[图片]
A:
不要用gview这个界面，否则永远无法脱菜
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2017.04.23 16:12:30
Q:
[图片]
请问大神，如上光谱图一般使用什么软件绘制比较好？我看Multiwfn也有绘制光谱图的功能，不知能不能使用？
数据散点图如下：
A:
没见过你这种数据，估计没法用
Q:
老板给的数据，让用高斯函数进行拟合，表示不太懂他的意图。
[图片]
加了竖线后的散点图是这样的，尖峰。
A:
把数据按照multiwfn的要求写成文本文件，看手册3.13.2节plain text部分的格式说明。然后用Multiwfn就能进行展宽
OA:
我看过大博士的博客上写的博文，有支持文本文件的格式。
但是要展宽城第一张图的光谱貌似不太行吧？那个展宽貌似太小了？
Q:
老板让搞成类似于第一张图那样的光谱图。
A:
FWHM随意设，展宽函数也随意设
用洛伦兹函数结合小FWHM展出来就是很尖的
Q:
但是老板让用高斯函数拟合....我跟他说用Multiwfn貌似也是可以的，好像他不知道Multiwfn....
A:
用高斯函数也成
Q:
用高斯函数的话，那说明这光谱是电子光谱图吧。但是不知道是什么电子光谱图....
OA:
大博士，依你之见，第一张图与什么类型的光谱图较为契合？
[表情]
Q:
你是说绘制总体轮廓嘛？
A:
第一张图看着就是洛伦兹
multiwfn里洛伦兹和高斯函数可以随意线性组合，想调成什么样都行
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2017.04.23 16:45:38
Q:
老师们，请问计算拉曼需要优化激发态吗
A:
拉曼跟激发态无关
得优化基态
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2017.04.23 16:51:35
Q:
咨询一下老师，我在我们集群上执行gromacs的能量最小化。出现这样的问题，是[图片]什么原因呢？谢谢指点
A:
不用MPI版再试
Q:
谢谢sob老师，我输入gmx出现这些[图片]。是不是都带着mpi？
A:
编译时候不带着MPI就完了
gmx单机并行用不着MPI，只会添乱
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2017.04.23 16:57:35
Q:
[图片]
FWHM值是程序根据数据点自动设定的还是有固定的默认值呢？
A:
有默认值
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2017.04.23 17:21:13
Q:
老师，请教一个问题，DFT计算高斯输出中，scf done 后面的能量是什么能量？和末尾的HF=xxx有什么关系？
A:
当前结构的DFT能量
一样
Q:
恩恩，谢谢sob老师
[图片]
老师，这里说的理论模型该怎么理解呢？
能举个小例子说明一下么？
A:
就是理论方法
翻译明显不准，那叫模型化学，不叫化学模型
你还是看原文吧
Q:
恩恩，谢谢老师
A:
看这书
[图片]
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2017.04.23 17:30:33
Q:
请教老师及群里各位老师
我在进行过渡态计算时opt(ts,calcfc,noeigen)，计算一直不收敛，能量在较大区间里振动。根据观察，产生过度态的部分结构稳定，而在其它部分一直有扭动。
这种情况下，有没有可以尝试的方法，让计算收敛？
A:
减小步长上限
Q:
大概减少到多少合适呢？
A:
5~10
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2017.04.23 18:27:33
Q:
[图片]请问老师，如果想装Linux系统作为高斯运行的系统，选择哪个比较好，是net净安装还是装那个everything,大的太大了，装小的又怕缺失一些高斯需要用到的东西
A:
第一个
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2017.04.23 18:33:41
Q:
大博士，怎么修改默认的FWHM？settings.ini里面好像没有这个参数。
A:
绘图界面里有，仔细一看就找到
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2017.04.23 18:36:40
Q:
请问老师，有没有可以证明M06-2X能直接描述色散作用的文章？
A:
文章起码有几百篇
Q:
恩，就是想找些特别具有代表性的
A:
2010年后的JCTC上到处都是
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2017.04.23 19:23:25
Q:
各位大神，请问高斯计算同位素的非谐性振动这样输入什么地方错了，计算出来的结果不对freq(readfc,readiso,anharm)
A:
照手册写，后头还得写额外信息
图省事就输入文件里原子名字后头直接写(iso=...)
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2017.04.23 19:31:03
Q:
咨询一下啊老师，安装gromacs5.1.4，按照您的第247帖子。
我自己下载了regressiontests-5.1.4。然后cmake的时候，提示我[图片]。所以我添加了 -DGMX_SIMD=AVX_256。还是出错[图片]。这个再如何整呢。谢谢老师
A:
下regressiontests干嘛，毫无意义
自行编译FFTW可能能避免
或者甭用DGMX_SIMD=AVX_256
Q:
因为，我看cmake的时候，按照他手册的这个cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON他就下载。所以我就自己下载了。自己照着您那个帖子的方式写了路径。
编译FFTW是啥意思呢？谢谢老师。就是换个编译器还是啥？
偶，那cmake这一步，就只写个cmake？[图片]
A:
既然看我博文就不要再看官方的说明
y
先把AVX_256去了再说
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2017.04.23 19:36:40
Q:
sob：请问你上面的“就输入文件里原子名字后头直接写(iso=...)” 可以这样写吗freq(readfc，anharm)
A:
可
Q:
这样写和freq(readfc,readiso,anharm)不是一样吗？
A:
你这么写麻烦
手册里已经明说了
Q:
这样写需要加anharm的额外信息吗？
A:
(iso)纯粹用来指定同位素，其它什么也不指定
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2017.04.23 19:44:42
Q:
老师，WBI键级只能基于nbo计算吗？
A:
Multiwfn也可以算
Q:
那如果要比较mayer和wiberg键级可否一个用分子轨道一个用nbo的结果
A:
完全意义不明，又不是基于分子轨道算的
Q:
好的，谢谢
[图片]老师，为什么mayer和fuzzy键级是直接这么描述，而wiberg键级后面要加in lowdin orthogonalized basis
好的，谢谢，NBO中是基于NAO轨道计算的wbi，multiwfn是基于分子轨道吗？
老师，我用nbo算出来的wbi键级为1.3332，用multiwfn算出来的wbi键级为2.435，请问结果是有问题吗？
[图片]老师，为什么58个电子，电子密度也为1？
A:
当你不用弥散函数的时候，multiwfn和NBO给出的wiberg键级一般不会差太多。用了弥散函数时multiwfn给出的wiberg键级无任何意义
Q:
老师，def2-tzvpp基组里面有弥散吗？
A:
无
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340
Q:
我用的就是这个基组算键级的，但是multiwfn得到的WBI和nbo的相差很大
A:
和模糊键级进行对比
Q:
mayer键级和NBO中吻合的较好
A:
本来用wiberg键级而不用mayer键级就没什么好处
wiberg键级本来就不是给从头算波函数用的
Q:
谢谢老师，模糊键级用multiwfn怎么计算啊
是fuzzy吗
A:
y
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2017.04.23 20:29:48
Q:
在mdp语句前加#的作用是不执行该命令的意思吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.04.23 21:54:49
Q:
请问刚性扫面scan的步长可以是负值么
A:
可以
Q:
谢谢老师我同时定义了两个变量一个原子间距一个角度角度也可以么@Sobereva
A:
可
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2017.04.23 23:45:09
Q:
我做的average atom displacement velocity 如果A的原子displacement velocity 大于B的，是不是就可说明A体系的原子波动越大？
A:
叠合后，计算RMSF
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2017.04.23 23:50:55
Q:
! wB97X def2-SV(P) def2/J RIJCOSX
这个关键字组合怎么样，对弱相互作用计算。
A:
完全不行
Q:
[图片]您是说这个关键字组合完全不行吗？
! wB97X def2-TZVP def2/J RIJCOSX 这个呢，可以吗？
A:
必须带色散校正
Q:
要用 wB97X-D3 这个？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.04.23 23:50:56
Q:
fukui函数只能用wfn格式的文件作为输入文件吗
你为啥不加色散了
A:
当然不是，凡是记录了波函数信息的都可以
----------------------------------------------------
2017.04.24 00:01:47
Q:
gaussian计算的fchk文件转换成pdb文件后导入到VMD中，有多余的成键，怎么去掉呢？
A:
mouse-add/remove bonds
----------------------------------------------------
2017.04.24 00:07:18
Q:
谢谢老师
还有比 wB97X-D3 花费要少一点的可算弱相互作用的泛函吗？
A:
那就用纯泛函+D3
----------------------------------------------------
2017.04.24 00:09:30
Q:
各位老师我想请问下这个泛函rwB97xd是什么类型的泛函呢
[图片]
A:
范围分离的杂化泛函
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2017.04.24 01:35:00
Q:
请问VMD中原子编号（0,1,2.....）和lammps data文件原子编号（1，2,3....）是什么对应关系呢，是加1吗，谢谢
A:
是
----------------------------------------------------
2017.04.24 01:35:53
Q:
请问有人计算过NMR嘛，怎样分析输出文件里的数据？求指教
A:
NICS看
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
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2017.04.24 02:36:11
Q:
老师，对于这种分子在计算的时候是只考虑配合物部分还是把外面的负离子也加上？[图片]
如果去掉负离子的话，剩下的那部分就带了一个正电荷，在计算的时候自旋多重度是不是要设成偶数？
A:
负离子可加可不加，不会怎么影响体系结构
带+1电荷的部分是奇数是偶数看原本那部分中性时候有多少电子
----------------------------------------------------
2017.04.24 04:00:09
Q:
我用fukui函数计算了一下这个分子的反应位点，考察的是亲核试剂攻击反应，[图片]如图，其中O10上怎么会出现正点呢谢谢老师 (整理Q&A) @米豆豆
[图片][图片]local electron attachment energy [E(r)], 考察的E（r）是什么呢？文中说和静电势差不多，但是我不是很理解DOI: 10.1021/acs.joc.7b00059
J. Org. Chem. 2017, 82, 3072−3083 等待大神解答谢谢啦
E（r）是平均局域离子化能
A:
8成是计算方式不对，正负号搞反了之类
----------------------------------------------------
2017.04.24 07:30:00
Q:
[图片]
请问这是MBO原文吗
Mayer键级
A:
是
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2017.04.24 13:47:54
A:
ALIE这里有充分介绍
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
群文件里《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》是必须看的，里面对此有充分介绍
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2017.04.24 15:46:28
Q:
老师，multiwfn预测反应位点的功能对我的研究体系很有用，暑假的基础培训班会详细讲multiwfn的使用吗
A:
不会
到10月份Multiwfn与波函数分析班才会专门讲Multiwfn
基础班内容极多，光是纯量化内容讲完都很吃紧
Q:
老师那我们这种外地学员很惨啊
A:
毕竟培训班不可能开到每个人的家门口
Q:
有博文介绍初级使用方法吗
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
手册400多页，相关博文估计近40万字
multiwfn主页上resource页面里就列了一堆
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2017.04.24 16:26:44
Q:
[图片]
请问这个警告是分子间距没调好还是mdp文件书写导致的？、
A:
都有可能
拓扑文件也可能有问题
Q:
我模拟的分子只有147个原子，怎么也会出现这种问题
top文件是通过pdb2gmx生成的
A:
跟大小无关
[图片]
[图片]
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2017.04.24 17:18:36
Q:
培训班什么时候有啊
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q:
哦这次名额满了？
A:
早满了
科音的培训人气极高
尤其是第一届gromacs培训班时候，通知才发布24小时不到就报满90人而停止报名了
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2017.04.24 17:29:57
Q:
[图片]
请教各位，我在root用户把gaussian09安装下root/soft路径下，出现这种错误提示
[图片]
按照论坛里sob老师的PPT配置的，不知道问题出哪了麻烦各位了
[图片]
是这么输入吗
[图片]
改好了谢谢不过尝试提交活之后，出现这种错误，
这是不是就是sob老师说的CPU不支持这版本的gaussian啊
我找找看实验室很多年前的工作站，没人用，我就捣鼓来试试装高斯
A:
跟CPU没关系。你没建scratch目录
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2017.04.24 17:31:45
Q:
请问老师，Gaussian计算不同的方法和不同的基组（如相关泛函杂交泛函）的计算结果不一样那最后的团簇基态结构一样吗
A:
显然不一样
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2017.04.24 18:04:06
Q:
[图片]
请问我用pdb2gmx命令的时候分子内部的H之间为什么会成键？？
A:
氢之间不会成键。除非rtp文件里那么设了，或者spcebond里定义了特殊的成键规则
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2017.04.24 18:25:11
Q:
请问谁可以分享一下Visualizing Results from Gaussian这本书？谢谢！
A:
根本就没有叫这个的书
Q:
木虫上有个问题：http://test.xmcimg.com/html/200811/1061495.html
说是Gaussian出版的白皮书/doge
是Exploring这本书吧其实。。。
A:
高斯没有出版过白皮书，所谓的白皮书只不过是高斯网站上的几篇开发者写的技术文章而已
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2017.04.24 18:42:15
Q:
老师，我用密度泛函理论做计算，涉及到开壳层，审稿人问我自旋污染怎么考察的，我给了Pople的文献说明考察KS-DFT的自旋污染是没有明确物理意义的，还需要用其他啥方式给他说自旋污染的问题么？谢谢了
A:
先这么回复，不同意到时候再说，实在不行届时再用一些所谓的修正自旋污染的办法（虽然未必能带来什么好处）
Q:
我想着要不还是附带告诉他自旋污染消除后的<S2>值，逻辑上是否会有矛盾呢？
A:
先不用这样
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2017.04.24 18:43:04
Q:
请问老师，有的文献过渡金属掺杂铝使用lanl2dz基组我想使用混合基组6-31+g（d）和lanl2dz 这样研究合适吗
A:
除非算不动，否则对Al用6-31G*别用lanl2DZ
用弥散的计算量还不如用于提升lanl2DZ
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2017.04.24 18:49:45
Q:
请问老师，如何分析分子中的某个原子对HOMO，LUMO轨道的贡献？
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2017.04.24 18:50:02
Q:
[图片]l9999不是最后一步了吗，为什么还有错？
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.24 18:55:43
Q:
请问，有人投过关于生物方面的理论模拟的期刊吗，影响因子较低的，谢谢
A:
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子（2016年公布）
http://sobereva.com/335
看里面“5 偏生物”部分
国内的就投物化学报
Q:
好的，谢谢sob老师
A:
生物模拟投JMGM是个不错选择
JMM也可以，更低
Q:
JMM是分子模拟吧
A:
y
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2017.04.24 18:56:46
Q:
[图片]想让这个作用变得更为饱满和密实写，我应该怎么操作呢
求助老师
A:
调节RDG的isovalue值，或者用更密的格点
Q:
现在默认的是0.05，我应该向大的方向调吗
之前调大了一些也不是很明显
A:
是
Q:
好的，那我再去试试
谢谢老师
A:
博文里有
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2017.04.24 19:04:10
Q:
[图片]老师，现在想改win下gauss占得配置（核数，内存）,请问从哪里弄@Sobereva
A:
改高斯目录下的scratch目录下的Default.Rou，里面可以设默认的内存和核数
Q:
[图片]用记事本打开里面是空的，老师，
A:
在里面填
[图片]
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2017.04.24 19:12:50
Q:
请问老师，在不考虑BSSE的情况下，两者的结合能为复合物总能量减去两个单体的能量，那要在相同基组下再分别单独优化这两个单体，然后算能量吗？还是可以直接拿复合物状态下单体的构型来算能量？
A:
取决于你考察什么。理论方式考察结合能不需要分别优化单体
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2017.04.24 19:14:06
Q:
[图片]请问各位大神这个2D指纹图中的压力是从哪来的？
A:
对不同压力下得到的晶体结构算的指纹图
可以试验测，也可以理论计算
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2017.04.24 19:17:20
Q:
[图片]我之前格点选的是默认的第一行，现在应该选3是否是老师你说的更密的格点？
A:
是
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2017.04.24 19:24:04
Q:
请问老师 Mutiwfn中显示表面静电势极值点的编号颜色可以更改么 [图片]这个荧光绿有点串色看不太清楚
A:
改不了
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2017.04.24 19:31:07
Q:
我也遇到这个问题，就是每次在PS上标记极值点的时候要对比Multiwfn下的图像才能找到对应点
A:
在VMD里按0，点击极值点，文本窗口上直接就显示了对应的序号（index+1就是Multiwfn里的序号）
如果同时把所有极值点的序号显示出来，看
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
Q:
/赞
A:
[图片]
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2017.04.24 19:45:59
Q:
请问各位老师，我想简单的判断下2个不同酸的酸性强弱，可否在pcm模型下通过高斯计算此反应的吉布斯自由能△G=G（A-，aq）+G（H+，aq）-G（HA，aq），然后比较谁的△G更负，就可以说明谁的酸性更强。
A:
可
Q:
那么，A-是要通HA中的结构保持一致，然后仅仅算下频率，还是A-要重新优化进而继续算频率，最终得到G
A:
重新优化
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2017.04.24 21:06:17
Q:
老师您好！我装的sob老师的g16w utilities确实不算
是不是gview6.0不识别g16w？
Yuanhe 老师您好！是不是公社里的东西不应该下载？
A:
1L已经明确说了utilities是什么
Q:
老师您好！学生愚钝，您能不能说的清楚些：1L已经明确说了utilities是什么
ultilities不能进行高斯计算吗？
A:
能就新鲜了
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2017.04.24 21:22:34
Q:
老师:您好！跑irc.出现的错误如下:输入
[图片]
[图片]
[图片]
请问这是什么原因呢？谢谢！
核数，不是越多越好吗？算的快
可是软件是32位的，如果我没看错的话，我不知道32位能用几个核，但是肯定不多。
[图片]
嗯是的
[图片]
但是windows底下是32位的，所以要注意限制了。
嗯，是的这个是在64位下算的
A:
%mem设得太大
1400MB保险
Q:
老师那windows底下gaussian的核数呢？
A:
[图片]
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2017.04.24 21:40:16
Q:
[图片]
A:
同一个图不要发N遍
Q:
老师，最近计算总是出现这种不是错误。而提示出错的问题，请问一般的原因事什么呢？刚刚有其他老师说，让我检查工作环境，请问是什么意思呢？
A:
[图片]
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2017.04.24 22:10:37
Q:
请问老师，在计算溶剂化效应对反应速率反应能垒的影响时，用pcm模型可以不考虑溶质与溶剂的反应吗？
A:
PCM模型本来就考虑不了这个
Q:
pcm就是把溶剂当成了一个环境是吗？
那用pcm模型研究溶剂化效应是有意义的吗？
A:
当然有意义
Q:
我用的就是pcm模型计算的溶剂化效应，这是审稿人给的意见，老师能帮忙看下吗？Solvent effects are much more than only the effects of a dielectric constant， In fact, for exploring such effects, direct solute-solvent interactions should also be considered.
A:
[图片]
[图片]
Q:
老师能具体说下吗？不太懂
A:
幻灯片不都举例得很清楚了
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2017.04.24 22:12:54
Q:
老师，算核磁时溶剂能用三氯甲烷吗
三氯甲烷对碳谱氢谱没有影响吗
A:
当然有
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354
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2017.04.24 22:15:08
Q:
构建氢键
显示水还需要加pcm么
A:
显然要
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2017.04.24 22:21:37
Q:
用VMD绘制AIM时，在拖paths.pdb文件时总是出现[图片]
这个应该怎么解决的
什么意思，不懂？
A:
确保文件内容正常
尝试其它版本、其它机子
尝试放在其它路径载入
Q:
好的
我去试试
老师再麻烦下您，怎么将右侧的图显示成左侧的那个样式呢[图片]
A:
设白背景
把分子结构用CPK显示
Q:
老师我再弱弱的问下[图片]这个选项是哪哪个？
找了半天没有找到
A:
graphics-representation，drawing method设CPK
载入分子结构，设的是分子结构的那个system
而不是对键径设成CPK
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2017.04.24 22:34:32
Q:
[图片]
[图片]
老师，这个是Exploring Chemistry with Electronic Structure Metods里的一个例子，请问，为什么Li+用3/2RT计算？这样不就用H+一样了么？
A:
单个原子/离子的平动部分的值都一样
Q:
老师，△H=H(H2OLi+)-H(H2O)-H(Li+)用这个公式计算焓变的话，为什么只算Li+的平动
A:
单个原子哪有转动和振动
Q:
哦哦，那就是说，不管是哪个单个的原子，能量都是一样的，全是平动贡献的这部分1.5RT，我这么理解对么？老师
A:
热力学校正量是一样的
能量显然不一样
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2017.04.24 22:52:29
Q:
请教下sob老师，做AIM这种东西一定要用全电子基组的对吧？否则的话在赝势附近会有一个弧线[图片]，这个是错误的对吧？
A:
否
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
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2017.04.24 22:56:12
Q:
不过计算量可以负担，且考虑了相对论效应的话，用全电子基组算AIM是否总是合理的？
A:
是
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2017.04.24 22:58:41
Q:
各位老师，我想请教一下过渡态虚频计算时出现三个虚频，是不是说明找的过渡态是不正确的
A:
不正确
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2017.04.25 00:19:40
Q:
老师，请问一下，在用molekel作ELF图时，做的ELF图与读进去的分子坐标是垂直方向的，怎么在molekel里把它们调成一致的
[图片]
可能是因为原子比较多的原因
A:
不建议用molekel，VMD或chimera足矣。
在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
http://sobereva.com/168
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2017.04.25 00:27:42
Q:
请问计算化学公社忘了密码，好像也忘了账户名怎么办，群主能帮忙吗@Sobereva
以前都是记住密码登录的，可是过段时间得重新登，所以没记住
A:
把你的论坛用户名、注册时的邮箱发给我，我给你重置密码
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2017.04.25 00:51:10
Q:
请教大家：TED（the total energy distributions）只能用PQS软件来做吗？这个软件的试用版只能用于不超过25个原子的体系，如果有替代的软件就好了
我的目的是用于振动光谱的指认
用了PED方法，VEDA软件是开源的，但是对低频范围振动的指认与GV看到的结果不符
A:
这有一堆PED程序
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=276
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2017.04.25 04:33:40
Q:
食品专业学高斯怎么入门
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2017.04.25 05:41:47
Q:
请问，如何改变multiwfn做的电子密度等值线图的分辨率呢？
A:
没有分辨率一说，修改像素大小用settings.ini里的graph2Dsize
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2017.04.25 16:55:15
Q:
各位老师好，请问一下，在gromacs中固定体系中部分原子，先用make_ndx进行分组，选中自己所想要固定的部分，得到index.ndx文件，然后在md.mdp中加入freezegrps和freezedim这个关键词，我按照这个方法做了，可是没有成功，希望得到老师的指点/呲牙
A:
无非就是group没设对
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2017.04.25 17:13:05
Q:
你是要做电子密度的cube文件？
直接fchk拖进Multiwfn里做cube 完事了
[图片]
A:
大fch文件拖进去闪退8成是因为你用的windows 32bit版Multiwfn，用最新的3.4(dev) 64bit版就能解决
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2017.04.25 17:20:12
Q:
请问老师，我molclus在linux下运行不了。提示
error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory 输入locate libgfortran.so.3没响应，应该是没有这个文件吧
在网上搜到Binary package: libgfortran3-6.3.1-alt2.i586.rpm是下这个版本吗？
然后linux下怎么安装和继续调试呢？
我有个70原子的体系想算构象，想着先把免费版linux下成功运行，然后就买付费版了。但是linux实在不太会搞
A:
系统里装个gcc就完了
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2017.04.25 17:24:39
Q:
公社专用sina邮箱1号用户名：lcpauling 密码：sxjgs1
公社专用sina邮箱2号用户名：lcpauling2 密码：sxjgs2
邮箱怎么登陆不上了呢？
A:
还老有人不看索引里的说明，反复试图通过网页登录aliyun邮箱，老导致我收到验证消息，很烦人
密码早就改了，看最新的群文件里的索引文件
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2017.04.25 17:31:24
Q:
老师，使用Multiwfn装换fchk文件为Gamess的输入文件，请问这个地方是不是有问题
[图片]
需不需要手工调节下？
A:
应该是超过GAMESS-US程序预留的格式宽度了，改也没法改。可以先算算试试看能不能行
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2017.04.25 17:53:15
A:
通知：本月26~29日群主由于要讲授第二届北京科音初级量子化学培训班的课程，没时间在群里回复问题，期间请勿at群主。有需要直接问群主的请5月1日之后再问。请相互转告。
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2017.04.25 17:58:27
A:
批数和给的内存应当有关，内存大所需的批数就少
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2017.04.25 17:58:35
Q:
卢老师，gaussian view建模中能画出D（氘）吗，来代替H（氢）？
A:
gview的atom list editor里面可以设同位素，输入文件里用(iso=...)也可以设
Q:
嗯嗯好的老师
A:
没看过群文件里的群规的人一定要看，以免不知不觉因违章积分超过12被踢
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2017.04.25 18:00:09
Q:
大博士，请问下振动光谱的温度参数呢？想作不同温度下的光谱…求赐教。
A:
量化程序里一般没法设温度，没法体现出来。
若严格去考虑，可以自行根据波尔兹曼分布计算出各个振动态的布居，然后根据把基带、热带等对应的光谱权重搞在一起，会比较麻烦。或者不同温度下做动力学，然后根据偶极自相关函数来获得光谱。
Q:
是经典动力学还是从头算动力学呢？
A:
都可以，算得动的话显然后者
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2017.04.25 18:03:46
Q:
试了，就是那个初猜轨道有问题
[图片]
我的意思是是否可以通过手动修改？
A:
可以改改试试
Q:
好的，我先试试
A:
[图片]
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2017.04.25 18:06:50
Q:
老师您好！请问高斯里面，可以加振动熵的热修正吗？
A:
freq给出的熵本来就体现了振动的贡献
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2017.04.25 18:09:13
Q:
请问老师，电子密度等值线图中的纵轴还需要标示 Length unit: Bohr 吗？
A:
需要。
PS：坐标轴单位可以在multiwfn里切换成埃
Q:
老师，如何切换成埃呢？
A:
[图片]
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2017.04.25 18:09:30
Q:
老师，我想计算β-cyclodextrin crystalline环糊精的空腔能不能让我的分子进入还有二者之间的作用力，应该用什么级别计算？
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2017.04.25 18:13:29
Q:
老师您好！，做理论计算时，一般情况要和实验数据接近才能说明计算正确。可是最近，看到一篇文献Computational design of benzo [1,2-b:4,5-b0] dithiophene based thermally activated delayed fluorescent materials，好像纯理论计算，没有实验数据。那他是怎么证明自己计算是正确的呢?
A:
纯理论研究文章极为多见，因为现在理论计算只要方法、级别合适，已经可以得到可靠结果。理论计算不是作为支持实验而存在的，也是一种很有效的预测的手段
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2017.04.25 18:16:33
Q:
老师您好。在用Multiwfn计算DORI之前把settings.ini文件里的iuserfunc改成了20，但是在计算时，Multiwfn界面还是出现“User defined real space function, iuserfunc= 0”，应该怎么解决？谢谢您。
A:
改完后要重启multiwfn
而且必须确保multiwfn已经找到了settings.ini，否则程序一启动就会提示找不到此文件
multiwfn会在当前目录下找settings.ini，什么叫当前目录看
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
也可以自行设定multiwfnpath环境变量来指定multiwfn在哪个目录下找settings.ini，在手册里搜multiwfnpath就知道用法了
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2017.04.25 18:20:25
Q:
不切换，导出来的平面数据点也是au的吗？
A:
[图片]
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2017.04.25 18:21:43
Q:
老师您好！请问一般用什么软件、方法去寻找30个原子左右的结构的激发态过渡态？谢谢
A:
高斯就行
Q:
高斯的casscf方法吗
老师有这方面的学习网址吗？
A:
TDDFT就行
Q:
我用gaussian09的tddft还不能计算。
A:
g09就能算
g16更能算
Q:
我设置这个关键词进行的计算# opt=(calcfc,ts,noeigen,rfo,notrust,maxstep=10) freq td=(nstates=1,root=1) b3lyp/tzvp scrf=(iefpcm,solvent=water) scf=(xqc,maxcycle=80) 它是提示No analytic 2nd derivatives for this method.
这应该是不能用td来算吧
额~那我应该怎么设置关键词呢
g16确实支持
A:
[图片]
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2017.04.25 18:25:59
Q:
请问我用gromacs优化结构之后出现断键怎么回事？？
[图片]
[图片]
A:
拓扑文件不合理，该有的bond项没有或者力场参数有问题之类
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2017.04.25 18:26:08
Q:
请问老师，我已经接到了要断电通知，我该如何保存dmol3的进度呢? linux。
A:
如果linux有睡眠功能，进入睡眠模式，把内存数据转写到硬盘里，等来电后再恢复
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2017.04.25 18:37:16
Q:
[图片]
请问老师，按照网上教程在linux下装高斯的时候提示这个，该怎么办
A:
[图片]
确保路径正确
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2017.04.25 18:54:14
Q:
老师请问用b3lyp/6-311个（d,p），M06-2X等方法计算几十个原子的有机分子的基态及激发态的能量等一般什么配置的服务器才够用
A:
不低于8核的机子
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2017.04.25 19:00:13
Q:
老师，再请问一下，我网上找到个安装gcc的教程，但是第四步的代码看不懂，没试出来[图片]
就是配置这一步
按照上面的写进去，机子提示没有configure文件，但里面是有这个的
A:
直接诸如yum install gcc就完了
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2017.04.25 19:08:47
Q:
[图片]请问一下有见过这个公式的吗？
文献说试计算平衡常数的
A:
就是算平衡常数的
deltaG=-RTLnK改写一下，并且把自由能写成配分函数形式而已
Q:
好的谢谢sob老师，如果是要用这个公式计算是用自由能算还是用总能量来算？
A:
直接把量化程序给的自由能代到deltaG=-RTLnK公式里算K就完了，最省事
如果用配分函数形式，E是电子能量还是用U(0)还得看是Q_bot还是Q_v=0
Q:
sob老师total V=0是不是就是用总能量来算？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
用Q_bot则E为电子能量
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2017.04.25 19:43:32
Q:
请教使用Multiwfn程序，写文章需引用哪些参考文献
A:
写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题
http://sobereva.com/370
[图片]
[图片]
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2017.04.25 19:50:58
Q:
[图片]
请问老师们，表中的数据如何算出来的呢？用gaussian可以吗？
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
按博文计算出各个壳层的自旋布居一换算就得到了
Q:
文中计算方法中只提到了所有的计算是用gaussian完成。
A:
那是他没写清楚
看了博文自然知道怎么回事
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2017.04.25 20:21:19
Q:
麻烦问下，Multiwfn显示的分子轨道顺序跟高斯计算NBO的log文件中的轨道顺序一样吗？
A:
一样
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2017.04.25 20:53:33
Q:
老师，想问下在Multifwn中[图片]的CP序号和VMD中的[图片]value号是对应的吗？
A:
index+1就是Multiwfn里的序号。
Q:
value值加1=Multiwfn里的序号？
A:
index value就是index
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2017.04.25 21:17:58
Q:
[图片]
用这个关键词，算一个70个原子的小分子，能正常运行结束。
但是算一个600个原子的大分子，却报错了。
[图片]
请问，这种错误如何解决？
A:
600原子哪算得动
def2SVP都够呛
Q:
那我该换什么方法和基组呀？
A:
DFT都没戏
或者试一把BLYP-D3 def2-SVP
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2017.04.25 21:18:09
Q:
老师。您好！做opt优化，出现这样的错误提示，里面含有的元素有C,H,Co..
%chk=F:\graphene\PG-Co.chk
%mem=1000MB
%nprocshared=4
#p opt B3LYP/LanL2DZ freq
Title Card Required
0 2
C -0.65630397 -0.19861831 0.00000000
C 0.56467603 0.53620469 -0.00014000
C 1.80333024 -0.17753305 0.01408190
C 1.80317203 -1.61143131 -0.00016800
C 0.56459103 -2.32508631 -0.00006600
C -0.65635197 -1.59019131 0.00002600
A:
lanl2DZ对C烂得无法接受，起码6-31G*
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
Q:
，因为现在是初期尝试，所以想试试，不是自由基计算 @Sobereva
A:
初期尝试也毫无意义
过烂的基组连定性正确的结果也得不到
Q:
这么小的分子直接def2 吧
A:
图省事就def2SV完事
Q:
不过对于Co 是全电子基组，是不是要考虑一下相对论效应
A:
不需要
这也正是为什么lanl赝势对于第四周期都不是相对论赝势
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2017.04.25 21:28:06
Q:
老师，您的意思是，出现这种错误，原因可能是基组太差了?好的，我马上用6-311+g*试试
A:
不是基组导致的问题。卡在那里多半是系统里流氓安全程序之类的作崇
Q:
老师，那我把电脑清理一下，请问一般怎样识别电脑的流氓程序呢？
A:
360、腾讯安全卫士之类的那些，都删了
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2017.04.25 21:29:34
Q:
老师好～
在存在pi-pi stacking的过渡态体系，做活化能定量计算。
其中单点能做BSSE矫正合适么？
A:
算活化能根本不需要考虑BSSE
Q:
与实验值比较做校正的稍微准确些
老师，为啥不需要考虑呢，是因为校正的数值影响不大，还是考虑了原理上不对呢？
A:
除了算弱相互作用能，其它都不需要考虑
很多人对BSSE敏感严重过头
Q:
过渡态结构中，我认为有弱相互作用。。。
A:
要搞清楚为什么要考虑BSSE，什么时候该考虑
当前是算势垒，又不是算pi-pi堆积相互作用能
Q:
两个苯环很接近，2.8-3.1A
主要是后面分析时候要研究两个片段变形能，与片段之间的相互作用能，类似morokuma分解活化能的模型
A:
过渡态牵扯的是化学键的形成和断裂，这是短程作用，根本没弱相互作用变化的事
Q:
[图片]
老师，那有什么波函分析适合考察相似体系间，原子转移过渡态的短程作用差异呢？
A:
各种分析化学键的方法，AIM、ELF、键级等，还有NBO的E2、steric都可能派上用场，以及柔性力常数等
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2017.04.25 21:36:19
Q:
! BLYP def2-SVP def2/J RIJCOSX pal3
用这个也报错了
是不是内存不够呢？
[图片]
老师，化学键的形成和断裂所经历的能垒，是不是比构象变化所经历的能垒要小得多？
A:
前者比后者大一个数量级
Q:
[表情]嗯，谢谢老师。
A:
以你当前的计算条件，要么半经验，要么ONIOM(DFT:半经验)，否则我看单点也没戏
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2017.04.25 21:52:30
Q:
老师， BLYP后面加D3，是不是要慢很多？
A:
D3对耗时无任何影响
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2017.04.25 22:10:48
Q:
[图片]
请问老师,这个是什么错误，该怎么解决，尝试了各种安装的方法，还是不知道自己有没有安装上，，，不过这样运行后出了一个log
A:
写明输入文件的后缀
----------------------------------------------------
2017.04.25 22:17:55
Q:
老师您好，关于校正因子的问题，我还有一点不太理解，它与partition functions有什么关系呢
A:
计算振动对配分函数的贡献需要用振动频率，校正因子是对频率校正的，因此会影响配分函数
Q:
那如果我没用校正因子进行计算
针对最后的结果该如何修正
[图片]请教一下，这是什么错误啊？
A:
不用管
用formchk载入chk文件，输入频率校正因子，重新计算配分函数和热力学量
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2017.04.25 22:38:43
Q:
freqchk？
A:
freqchk
----------------------------------------------------
2017.04.25 22:47:20
Q:
老师，您好。关于molpro算单点能的问题，基组加了弥散之后不收敛改怎么解决[图片][图片]
是没收敛，基组加了弥散后不收敛
换成cc-pvqz就行
A:
用不带弥散的算一遍，然后读取收敛的波函数当初猜。或者砍掉点高角动量的弥散函数再试
----------------------------------------------------
2017.04.25 23:12:20
Q:
老师，请问您有文章教怎么做这种自旋分布图吗？
[图片]
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.04.25 23:29:11
Q:
请问老师，这里gv不能定位到高斯的scr是权限问题吗
A:
确认GAUSS_SCRDIR设好了，并且相应目录存在
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2017.04.26 00:10:12
Q:
请问有人有这两本书吗？求分享，谢谢：Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)
Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)
A:
公社邮箱里有
Q:
好的，谢谢~
麻烦问一下，公社邮箱是什么嘛
A:
看群文件
并且仔细看群文件里的群规
不知道群邮箱的明显没看过群规
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2017.04.26 00:20:13
Q:
老师，您好，我想问一下电荷密度差图和电荷差分密度图是一回事吗？
A:
是
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2017.04.26 00:46:05
Q:
老师我想问下配位键和离子键在高斯中是同样优化吗？
A:
是
Q:
那怎么证明是哪个键呢？
A:
波函数分析
如ELF图
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
其它一些考察键的方法这里应用例子里提了
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
----------------------------------------------------
2017.04.26 00:50:12
Q:
请问社长，OH-和OH+的电荷和自旋多重度分别为-1 1，1 1吗
A:
前者是，后者基态应该是三重态
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2017.04.26 01:00:05
Q:
各位老师，哪位有explore那本书的第三版，可否分享一下？
A:
公社论坛里有
群专用邮箱里也有
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2017.04.26 01:28:55
Q:
给一个乙烷分子我怎么知道两个C原子之间距离多少时候乙烷变为了两个自由基呢？
A:
超过不稳定点时
Q:
就是这个不稳定点是怎么得到的？忘记当时老师怎么讲的了
A:
做键长扫描，用对称破缺初猜，看什么时候出现自旋极化单重态
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2017.04.26 01:34:41
Q:
请问计算时多重度是3的时候为什么要加 restrict
A:
不要加
Q:
我导师说必须加让我加上重算有帖子让我跟她讲讲道理的么?
说 1的时候不用加 3的时候得加 restrict
老师有帖子么? 我想和我导师讲讲道理
A:
这种最基本常识性的东西不会写帖子的
Q:
我导师说 0 2 0 3 都得加restrict 0 1 不用加....
sob 老师我说不出原因那就错误的发文章了....
就都得家 restrict了....
triple的时候
A:
[图片]
[图片]
看<S**2>
Q:
老师如果是双自由基，自旋多重度是3（2+1），那就需要用 restrict了？
A:
你把R和U完全搞反了
Q:
我参加过基础班
在北京。。。。
去年的
A:
好好复习"量子化学的理论基础"那部分
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2017.04.26 01:39:25
Q:
自旋极化单重态判定是用自旋密度图确认吗，有没有更加方便的参数大致估摸出出现自旋极化了？
A:
[图片]
[图片]
看<S**2>
>0就说明对称破缺了
Q:
也就是说自旋极化单重态的<S**2>并不是严格等于0的吗
A:
不等于
只要alpha和beta出现不匹配，就一定>0
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2017.04.26 01:45:21
Q:
弱弱的问，高斯计算分子能量的时候，是不是可以同时打印出每个原子共享的能量
贡献
A:
不能
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2017.04.26 01:58:52
Q:
[图片]
mpirun之前运行好好的，突然刚才出现了这个问题。谁知道如何解决？谢谢~
A:
后面接上要运行的命令
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2017.04.26 02:08:36
Q:
[图片]
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.04.26 03:00:45
Q:
Error: cannot run "/share/apps/amber/amber14/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit
A:
如果输出了sqm.out，仔细检查找线索
Q:
[图片]打开之后是这样的
A:
电荷或自旋多重度设定不合理
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2017.04.26 05:35:44
Q:
各位老师，请问有没有PRODRG 2.5软件没？
PRODRG 2.5
这是用GROMACS做蛋白与药物用到的
官网上下不下来
A:
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266
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2017.04.26 06:04:24
Q:
恩就是把它当成两个点电荷来算的
这种负电荷和阳离子之间的相互作用能该如何计算呢？谢谢
A:
没法施加。或许你应该用背景电荷
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2017.04.26 07:41:02
Q:
请问 autodock和dock做对接有什么区别呀?
A:
俩不同的对接程序。前者是目前用得最多的对接程序而且免费
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2017.04.26 15:20:26
Q:
请问老师，如果买的win32位的高斯，但实际上做计算用的linux的来计算的，对发文章不影响吧
A:
不影响
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2017.04.27 14:05:08
A:
单日入群23人，破纪录了
Q:
大家好，我来自南京的九乡河文理学院。研究方向是限域空间内有机污染物降解：产物预测和分析。很高兴能和大家认识。
A:
新加群的一定要阅读群文件里的本群规章制度
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2017.04.28 05:56:37
Q:
为什么我计算出来的自旋密度高斯可以载入打开，但是将wfn文件放到multiwfn后加载不出来呢？有人遇到过这个问题嘛
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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