公社群聊Q&A整理：2017.06.28 18 ~ 2017.07.04 10 Concate - 计算化学公社

2017.06.28 18:38:15
Q:
SOB, CASSCF只能得到空间自然轨道是因为用的是组态函数而不是slater行列式的过吗?
不太准确，但实用角度还是合理的
A:
是因为基于单套轨道做的
Q:
那有程序能基于UHF来完成CASSCF吗？
A:
不能，而且也没法这么说
Q:
我理解CASSCF里本来就“包含”了unrestricted？
我记得有基于UHF的MP2，CCSD，那么基于UHF应该可以构造激发组态。应该不是原理上不行的问题吧。
A:
CASSCF用的就是一套赝正则轨道产生激发组态/行列式，不像UHF那样alpha和beta有两套
Q:
目前流行的CASSCF就是这么做的。
如果要基于UHF轨道那样来做也不违反量子化学原理的吧。
A:
CASSCF本来就不是基于HF轨道来做的，本身轨道在CASSCF过程中就会被优化
Q:
CASSCF在轨道迭代优化过程中原则上就不能分开alpha,beta两套进行迭代优化吗？
通过UHF提供参考态来对alpha,beta分别激发产生激发组态，然后分别迭代优化
开壳层体系怎么办。。
这种体系现行的CASSCF就是用ROHF提供计算的轨道迭代优化初猜
就是一套轨道，不区分alpha, beta
A:
没有那种做法，也没什么意义。
Q:
sob,为何如果分开alpha和beta两套轨道，分别激发产生激发组态然后进行自洽场计算这样的casscf手续是没有意义的呢？
uhf和rohf虽然都完成了自洽场计算，但结果明显不同
区分还是有意义的。但对于casscf就没意义了呢
A:
这样的CASSCF没有任何意义，只会更麻烦，而不会带来任何好处
Q:
这么做没意义原因是什么呢？
结果会是一样的？
A:
因为CASSCF直接就优化轨道了
CASSCF等于基于这套轨道做CASCI，这对活性空间内的电子相关已经理想地描述了，再搞出两套自旋轨道来没任何意义
Q:
如果活性空间内基于优化的轨道做的不是fci而是截断的ci，那就没法理想得描述电子相关了吧
A:
对
Q:
CAS不就是活性空间内的FCI么？
不是啊活性空间里的CI
A:
就是活性空间内的FCI
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2017.06.29 09:24:49
Q:
各位老师，这种分子轨道能级图[图片]，在哪个网站或者图书中可以查到呢？
A:
你就直接根据原子轨道和分子轨道能量用origin画就完了
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2017.06.29 10:04:05
Q:
请问哪位用dmol3
请问谁用dmol3搜索过过渡态
A:
字号不得超过12，这是第二遍提醒。
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2017.06.29 10:12:44
Q:
老师，请问一下，CentOS可以安装compliance吗？该怎么安装？
A:
得自己折腾，很困难。ubuntu就按我的博文搞就行了，很简单，建议你装个ubuntu虚拟机
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2017.06.29 10:21:41
Q:
[图片][图片]如图，请问一下，gaussian l718错误怎么解决？
我就是算了一下振动分辨光谱，输入文件如上图，错误提示信息就是那个，然后不知道怎么解决
我也很无奈，请问大家遇到这种问题有什么建议？
A:
[图片]
体系太大，如果不能简化体系，基组改小点。6-31G*或6-311G*已完全足够
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2017.06.29 10:27:12
Q:
[图片]请问这个图的横纵坐标是什么意义呢？
A:
对于XY/XZ/YZ的图，对应实际空间坐标
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2017.06.29 10:59:04
Q:
请问各位老师，做激发态计算的时候是不是不能用赝势基组呢？
A:
显然能用
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2017.06.29 12:53:56
Q:
请问如何计算芳环体系的离域能
如何算芳香性啊
A:
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
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2017.06.29 15:01:22
Q:
[图片]请教各位老师一个问题，优化的时候得到了这样的优化过程，结果是normal end并且没有虚频，这样的结果可以用么？
A:
magic 没有更细节信息，没法说能不能用，但8成可能不能用。
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2017.06.29 15:01:22
Q:
这个是关键词# opt freq genecp m062x int=ultrafine SCF=NoVarAcc SCF=noincfock
那是取第15步的能量么？总感觉为什么优化到第10步的时候能量会走上去了。。。。。
OA:
刚刚算了一下，差的很少，[图片]单位是a.u.。。。。。
Q:
我想问下为什么gaussian有的时候优化过程能量反而会升上去呢
A:
在最低点用calcall继续优化，或者减小步长上限再观察
magic 优化算法本来从原理上就不保证每一步都能量降低（哪怕是最陡下降法。除非结合合适的线搜索方式）
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2017.06.29 15:20:49
Q:
[图片]
老师，我想问一下这种图怎么改变颜色，我尝试了把数据通过txt拷贝出来，但是有5列数据，不太懂是什么意思，该怎么设置坐标轴作图？谢谢
是选择-1 Draw scatter graph后还可以操作？
[图片]
好像是没有还是我找的不对？
不是，是我画好几个结构，用不同颜色来区分
A:
每一列数据什么含义，在origin里绘制该用哪两列数据在屏幕上有超级详细的提示
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2017.06.29 15:29:05
Q:
各位老师，GV画单个分子会有多种画法，opt后比较能量最低就是最优的吗？那如何保证这已经是最优的了？
全局最优
那就一个个画不同的吗
那如果在我画的多种中找出一个最优，但是可能还存在最优，我自己并未找出，那我的会算是错的吗？
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
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2017.06.29 15:48:55
Q:
想问下，ssh中cd是打开文件夹，退出当前文件夹又是哪个命令
[图片]GV中保存输入文件gjf出现这样的错误，请教下为什么
A:
自己装上dos2unix，这并非是所有系统默认会安装的
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2017.06.29 16:03:00
Q:
请教老师，我用GROMACS做不同粘度下多肽的成品MD之后，想看下粘度对多肽回转半径的影响，用了gmx gyrate命令。得到的gyrate.xvg文件是多肽Rg随时间t的变化，多个不同粘度下的Rg-t曲线几乎没有太大的差异，不像有些文献能够看见不同体系Rg值在相同时间序列上有高有低，这是否意味着我不能用Rg去考察粘度对多肽紧密性的影响呢?但是理论上来说粘度应该是会对Rg产生影响的。这样的结果让我很困惑，请老师指导，非常感谢！
A:
不同粘度是指用了不同粘度的溶剂？没有必然性会产生明显影响，毕竟粘度主要影响的是溶质的运动行为，比如扩散系数之类，而不是多肽自身的紧凑程度（溶剂的介电常数从原理上说才会对这个影响大）。
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2017.06.29 16:12:11
Q:
老师好，我按照sob的帖子计算振动分辨的电子光谱，已经用# cis(root=1)/6-31G* opt freq=saveNM计算完毕，可是下面的看不懂了[图片]，是什么意思呢？
A:
看不懂原理的话再仔细揣摩文中之前的部分
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2017.06.29 17:39:02
Q:
频率计算出现了四个虚频
能看到虚频的震动，不会调节结构
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
博士，C3v的对称性算不算高呀，我的结构出现了四个虚频，是限制收敛限还是调结构？
A:
对称性高低是相对于实际极小点而言的，光说是C3v没用。仔细组频模式，看是否倾向于破坏当前对称性，从而弄清楚到底是不是因为对称性约束所致的虚频
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2017.06.29 17:55:17
Q:
老师，我现在做一个生物分子的热分解机理，它有一个正电荷，我看VMD看产物，那我怎么看出来，它的正电荷最后在那个产物上~这个可以分析么？
A:
算原子电荷
Q:
把产物优化么？然后电荷分析？
但是我怕，优化后和原来的产物不一样~其次，优化后怎么看这个原子上是否有正电荷呢？
A:
各种带电方式都算算，看电荷在哪个产物上，会令最终解离的产物总能量和是最低的
Q:
哦~懂了，人为找下最稳定的，产物组合，每个产物原子数，和vmd的对上就行，是么？
A:
你是已经都确定了解离成什么片段了，只是看电荷最终在哪个上，还是连这都没确定？
Q:
嗯嗯~确定片断了
就是电荷不知道在那里
电荷不晓得在哪里~
A:
“每个产物原子数，和vmd的对上就行”这个完全意义不明
既然都知道解离成什么了，怎么还需要去对原子数
解离前后总原子数又不会变
Q:
嗯嗯，那就忽略我那句话，就是我知道分解产物，但是，vmd看不见，正电荷在哪个产物上~这个问题想找老师您帮我解决下~
A:
从VMD怎么可能看出来
各种带电方式都算算，看电荷在哪个产物上，会令最终解离的产物总能量和是最低的
Q:
我看一篇文献，和我的相似，就是有氢原子迁移，但是有些路径，氢原子带正电荷迁移，有些路径，仅仅氢原子自己迁移~凑巧我现在的路径也有氢迁移，那我就不知道正电荷跟不跟氢原子一起走了
A:
这就看原子电荷就完了
Q:
原子电荷的数值是怎样的才能说明，正电荷在呢？
A:
你要考察最后正电荷应该在哪里，就是
各种带电方式都算算，看电荷在哪个产物上，会令最终解离的产物总能量和是最低的
你要考察氢转移到底转移原子还是质子，对TS计算原子电荷，氢要是带显著正电，算是质子转移，如果正电荷没那么大，算转移氢原子
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2017.06.29 18:10:48
Q:
请问，用高斯，优化分子吸附到一个无机化合物的体系，得到的结合能始终为正值，可能的原因是什么呢？
A:
8成计算方式不合理，2成计算级别有问题
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2017.06.29 18:51:58
Q:
[图片]老师你好，我的IRC计算只进行了九步，最后的错误信息是[图片]
我的关键字是irc=(calcfc,stepsize=20,maxpoints=30)，这样的结果能说明这个过渡态不正确吗
A:
IRC加LQA
Q:
irc=(calcfc,LQA,stepsize=20,maxpoints=30)对吗
因为总是进行两三步就停止了
这次才进行9步
A:
对
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2017.06.29 19:32:43
Q:
各位老师，电子donation和back donation作用中文怎么说呢？
A:
贡献
反馈
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2017.06.29 19:32:43
Q:
sob老师，对于CO配体，静电势的极小值在C原子这端怎么解释呢？[图片]
A:
本来CO体系C就带负电荷，这很正常
[图片]
ELF图，明显看到C末端有显著的孤对电子，由此造成分子表面静电势极小点
[图片]
类似地，氧那边也有表面极小点，只不过C这边更负
Q:
是的，C这端更负
A:
变形密度图，同样展现这一点
[图片]
Q:
但是如果解释的话，怎么解释好呢？为什么是这种现象呢
A:
[图片]静电势截面图，蓝色是范德华表面
Multiwfn绘制的这些图都清楚地说明C那头孤对电子更多，直接就解释了
Q:
sob老师，那对于CO来说，O原子的吸电子能力更强，是不是按理说C原子外侧的静电势应该小于O原子外侧的，那这怎么解释呢@Sobereva
A:
https://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide#Bonding_and_dipole_moment
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2017.06.29 19:43:41
Q:
[图片]
正版16也按大博士给的方法安装吗？
A:
安装还分正版盗版？
Q:
电脑主机没有光驱呀
这个光盘有用吗
A:
别的机子读取，拷优盘里
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2017.06.29 20:10:19
Q:
老师请问一下绝热能和绝热激发能是指的是？
A:
没有“绝热能”一说
除非你是指的绝热态、透热态的概念里的绝热态能量
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2017.06.29 20:19:11
Q:
[图片]社长这个选项是可以直接用来做跃迁密度矩阵图吗
A:
这是生成、导出密度矩阵，不是作图
导出来的数据，可以再用Multiwfn的绘制TDM的功能作TDM图
Q:
明白了，我试试
那这个要求输入文件写density=transition吗
A:
不用
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2017.06.29 20:52:07
Q:
sob老师，我在看http://sobereva.com/223，真的是有些没看懂。
下面以苯甲醚为例进行说明如何计算S0->S1的振动分辨的电子光谱。
（此处省略大段文字）
A:
别贴大段文字，严重刷屏
Q:
嗯嗯，对不起
我只是想请教下，已经用# cis(root=1)/6-31G* opt freq=saveNM计算完毕，下面优化基态时，是咋弄的？
A:
输入文件不都给了么
Q:
对于我自己的体系，怎么找这个输入文件呢
[图片]最后一行的目的是啥呢
A:
[图片]
Q:
我真没看懂
A:
我的博文已经尽到我语言表达能力的极限了
Q:
真心看了好几天了，也在试，哎
下个月我去课堂上问你吧.........
我不是学量化的，自知起点低，但我真的很想学会这一点
还有双光子吸收的计算，对我的实验都很有用，希望sob老师和大家理解
没关系，只要我能学会就行
请问为什么这句话加在这呢？是不是要在基态优化的输入文件里加什么？[图片]
A:
高斯要求的格式
该加什么博文里都写了，没说的不要多想
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2017.06.29 21:07:21
Q:
在计算核磁中，关于评价哪个候选结构才是正确的几个评价指标值中，MEAN值，CP3, CP4, ANN-PRA. 哪几个值最具有参考性，如何评价？
A:
可以看看DOI: 10.1039/c6ob00015k
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2017.06.29 21:07:36
Q:
sob老师您好，你那里有关于如何分析ELF的帖子或者相关资料吗，麻烦您能给我看一下吗，非常感谢。@Sobereva
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2100
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2017.06.29 21:15:40
Q:
请问老师，跃迁偶极矩密度的正负有什么意义
A:
各个位置对跃迁偶极矩的贡献量是正还是负
Q:
老师，那总和必须是大于等于0么？
A:
总和原理上等于量化程序直接给出的跃迁偶极矩值
实际会有偏差，是因为计算hole,electron的格点精度、范围有限
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2017.06.29 21:54:33
Q:
Lu T and Chen F. A multifunctional wavefunction analyzer [J]. J. Comput.Chem. 2012, 33: 580-592.
Lu T. Multiwfn, Revision 3.4 [Z]. University of Science and Technology
Beijing, Beijing, China, 2011.
请问老师这样引用multiwfn是对的吗？3.4版本是不是要写win64，后面的时间需要改动吗？
Lu T and Chen F. A multifunctional wavefunction analyzer [J]. J. Comput.Chem. 2012, 33: 580-592.
A:
早就不是University of Science and Technology Beijing了
引JCC文献，版本号直接在正文里写
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2017.06.29 22:03:05
Q:
泛函开发的原文？
A:
看原文
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2017.06.29 22:06:18
Q:
老师，您举办的这届培训班我没有机会去，可不可以购买培训班教学录制的视频
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
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2017.06.29 22:11:07
Q:
请问下各位，电场加的太大了是不是就会报错，这个是输出结果
�� sr 'com.tencent.mobileqq.data.TroopFileData I bisIDI durationJ entitySessionIdI heightJ lastTimeJ lfileSizeI widthL FromUint Ljava/lang/String;L
dspFileNameq ~ L
dspFileSizeq ~ L fileNameq ~ L fileUrlq ~ L sha1q ~ L uuidq ~ xp f �� pt 550.LOGt
168374Bytet 550.LOGt %/2033dd5b-b36f-4552-82b1-02e85a6f07a9t t $ce4c9d34-f302-37ed-89aa-cafa303f5e06
OA:
这啥玩意儿
先换基组算再说
Q:
换其他基组可以解决这个问题吗？
OA:
这么小的分子可以考虑用def-TZVP看看
因为包含了碘原子要加个赝势基组
懒人就用def2-TZVP
Q:
Unrestricted方法该怎么操作呢
有文献可以借鉴吗
OA:
发错了吧帖子
加了0.05 au的电场。。
A:
没准已经解离成了CH3+和I-，很强电场下体系崩溃是正常的
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2017.06.29 23:33:23
Q:
各位老师，请教casscf计算输入文件的问题，多谢
[图片]
此输入文件结果一直出现l104错误。第一次做casscf计算。谢谢老师
[图片]
A:
写了geom=check就不要再写坐标
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2017.06.30 07:19:10
Q:
早上好老师
问下老师，导师让算对映异构体的各种性质，除了ECD还需要算哪些方面
A:
ORD、VCD都可以算
Q:
也可以确定绝对构型吗
A:
ECD或VCD是最常用的
Q:
老师，我觉得算ecd就可以吧，ecd和vcd基本类似吧
A:
什么叫基本类似，本质明显不同
一个是电子跃迁，一个是分子振动
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2017.06.30 07:36:02
Q:
老师，这上面的康顿效应就是cotton科顿效应吧
哪位老师知道，请问使用td-dft计算紫外光谱，高斯中采用什么关键词啊？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
发现点击量都2w2了，几乎是阅读量最高的博文
Q:
因为光谱是最常用的实验表征现在做实验最喜欢结合理论算算光谱
正在点击。
A:
谈谈量子化学中基组的选择 1w1
乱谈激发态的计算方法 1w2
Q:
top3帖子
这要是写成论文，岂不是最高引用量的
可以排个博文top10
有些博文可以写成mini-review或者tutorial review了
A:
要是自己建个期刊，我发一堆review、perspective、tutorial
Q:
刊名<Sobereva's Quantum Chemistry>
A:
但是发review之类，往往需要作者自己曾经有许多前期工作，要不然无论文章质量，也过不了审稿人或编辑这一关
Q:
说白了也就是自己要有相关领域的工作，不能光光review别人的工作咯
A:
想来前几天看的物化学报的一个团簇催化的review，把别人的JPCC的一堆图直接就拷过来，居然原图上原先明显的错误（碘被标成了氧）也没改，就讲讲别人文章的梗概。这种review太劣质了
其实关键要看文章质量，有没有前期工作本应是无所谓的。不如说有很多前期工作，往往会在review里误导读者。比如truhlar写DFT review就鼓吹M系列，head-Gordon写DFT review就鼓吹wB97系列，perdew写DFT review必然就鼓吹PBE、PBEsol、SCAN等，adamo写DFT review就鼓吹PBE0、PBE0-QIDH等，**写DFT review就鼓吹X3LYP、XYG3等
Q:
**，哈哈
A:
我就想看看DSD-PBEP86-D3(BJ)和XYG3来个公开PK
得是第三方来测试，martin和**不得参与
Q:
这个不错
大部分泛函都是作者自己玩的很high
A:
DSD-PBEP86-D3(BJ)胜率>9成
Q:
我也不看好XYG3
和b2plyp差不了很多
A:
可以搞一套新的测试集，来个popular泛函测试，大家可以下注
Q:
感觉
为什么我瞬间就明白了** 是谁
A:
圈里人都懂
Q:
哈哈有些review写到后面就是个AD
A:
Head-Gordon前一阵子在mol phys发了58页的AD
Q:
瞬间出来的文章
[图片]
开始互撕
泛函benchmark review 有没有不偏袒的
我越来越想设计范围分离双杂化泛函了
double-hybrid RSE 大师快来填坑
A:
现在的量化界的泛函格局大概是这样
Becke（算上B3LYP） 30%
Perdew 5%
truhlar 45%
head-Gordon 10%
Grimme、Adamo、Martin等 10%
Q:
Grimme有些很实用的小软件很好玩
A:
至于**的，<0.5%
Q:
大博士，这群里可是有**的学生的
A:
**我指的是Handy
[图片]
Q:
我还以为是XX呢
A:
是
Q:
社长爱讲大实话
[图片]
A:
好泛函不靠吹
M11那个破泛函，发JPCL，沾着Truhlar的仙气也是烂泥不上墙
不怎么样的泛函，老在那里自吹只会令人觉得丢人
Q:
可以把最好的双杂化泛函和最好的范围分离泛函结合在一起
A:
[图片]
没准以后加一条
***：娃娃等人弄出来的，无聊得很，比**也没改进。把**双杂化用的轨道换成了LC-***的
Q:
没想到你是这样的大博士
A:
当高难度填空题了
Q:
恩谢谢
xDH-PBE0的作者；XYG3；XYG3？
A:
[图片]
Q:
大博士开启技能：嘲讽
A:
笑而不语
Q:
今天我可能遇到了一个假的大博士
[表情]
[图片]
这“等人”里说不定有大博士
A:
木有
以后有机会，开发个专门用于特殊属性计算的泛函
Q:
特殊属性？
A:
普适型泛函不太可能做过truhlar、head-Gordon他们
Q:
像KT2那样？
A:
算某些问题的
比如伊朗有人专门搞了个算超极化率的双杂化
Q:
伊朗的那个双杂化的原文地址是什么？亲耐滴大博士
A:
KT2其实有点歪了，KT1是最纯正的专算NMR的
KT3更歪了
PBEDH-P
Q:
KT2是不是只有Q-chem支持啊
A:
[图片]
dalton支持
Q:
PBEDH-P是不是要问作者要程序？
哦哦
A:
靠IOp可能能等效实现
Q:
得空研究一下dalton
A:
这个作者有篇JCP还落到我手里了，鉴于用了Multiwfn解析高斯输出的超极化率数据，虽然文章写得很烂，数据很少，还是没拒
Q:
[图片]一个人就能研究泛函了
A:
不过貌似被其它审稿人拒了，我就知道我不拒也得被其它审稿人拒
调调IOp就是个新泛函
Q:
如果引入新的参数，可能不太好加入
A:
改纯泛函定义就得改代码了
Q:
比如说B2PLYP就得修改代码了
？
A:
当年B2PLYP就是Grimme一人泛函
Q:
不错不错，看来又找到了高水平灌水的新途径……
A:
Grimme无论是理论知识还是代码的积累实在太厉害
有的泛函，一大批人发个PNAS，引用还不及JCP上Grimme一人泛函的一个零头
----------------------------------------------------
2017.06.30 08:38:10
Q:
请问力场的势函数一般在什么文件里面
A:
看程序，相差很大
手册里都会说
----------------------------------------------------
2017.06.30 09:14:32
Q:
用gaussian计算铱配合物的三重态发射，每次得到的振子强度都是0，这是因为没有考虑旋轨耦合吗？如果考虑的话输入文件应该怎样设置呢？
A:
自旋多重度改变时不考虑旋轨耦合必然是0
高斯没法考虑
Q:
其他量化软件呢？
A:
ADF, dalton, Dirac, etc.
----------------------------------------------------
2017.06.30 09:17:17
Q:
请问用vaspmo算CO2分的的HOMO-LUMO轨道，有什么小白可以用的查看软件吗?
A:
高斯算，Multiwfn看
没高斯就用ORCA
Q:
高斯不太会
A:
VASP那种东西算分子恶心死
----------------------------------------------------
2017.06.30 09:23:01
Q:
[图片]老师你好，这种IRC图像能证明是过渡态吗
因为跟我以前看到的不太一样
A:
看轨迹，合理就能
----------------------------------------------------
2017.06.30 09:33:25
Q:
[图片]
高斯计算
Write error in NtrEx1是什么意思？
A:
bug或硬盘不足
----------------------------------------------------
2017.06.30 09:39:56
Q:
各位老师能问一下，
Perdew
head-Gordon 各推出什么流行的泛函？
A:
SPW92, PBE, PW91, TPSS, PBEsol, SCAN...
wB97X、wB97XD、wB97X-V、wB97M-V...
----------------------------------------------------
2017.06.30 09:40:01
Q:
请问大家，irc超过默认的scf循环次数也没收敛，怎么办？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.06.30 09:43:30
Q:
[图片]
老师们，请问一样的数据为什么origin跟Multiwfn做的图不一样呢
A:
如果origin用了speed mode，关之
Q:
老师，我是关了speed mode 的
A:
把数据点的尺寸改大点，或者先到出成图片再对比
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2017.06.30 09:48:13
Q:
请各位老师帮忙看一下，截图里面这个人是真的大神还是大忽悠，尤其是黄标部分的内容。
[图片]
如果是大忽悠那我听讲座就不带脑子去了。因为全要考勤所以身体还是要去的
……
A:
感觉就是个显式溶剂模型而已，哪是他提出来的
Q:
神级大忽悠
有个群，拉我进去，也是碰见了牛吹上天的。
谢谢老师大概知道讲座人啥样的水平了
A:
想起来硬盘上倒有他的文章
[图片]
但键函数这个思路没普适性，基本没人用
至于溶剂方面，我倒没听说过他的工作
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2017.06.30 10:26:30
Q:
社长 multiwfn的 setting文件里有个nthreads是来控制并行数的嘛
可以改大不
我改成了28，飞起来了
A:
是。不要超过物理核心数
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2017.06.30 11:40:54
Q:
有没有书对半经验方法有比较详细的介绍？
A:
比较新的全面介绍半经验的书目前没有，老的比较经典的是pople的分子轨道近似方法理论那本，里面有代码，但都是很老的半经验
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2017.06.30 14:12:34
Q:
请教群里有用过amber的大神么？是不是amber里面跑任务必须得用inpcrd格式，不能用pdb?
A:
pdb不能代替inpcrd
Q:
好的谢谢您的回答
那如果生成inpcrd与prmtop，怎样修改溶质的相对位置，我是用vmd改的，改完后只能保存成pdb,这时候怎样再次保存为inpcrd?
老的inpcrd和prmtop需要给出各个片段的mol2和frcmod,改变位置后，如果用pdb生成新的inpcrd和prmtop，那么需要载入复合物的pdb和prmtop，其他的我都知道怎么载入，至于prmtop我不知道怎么载入，所以用了loadamberparams all-1.prmtop 但是这个是我自己猜的，不过结果也总是出错，证明我载入prmtop的命令有问题
A:
在VMD里保存成rst7格式，改成inpcrd后缀看能否用
Q:
好的
谢谢您
我试试
OA:
VMD好像只能保存成pdb的格式
A:
[图片]
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2017.06.30 14:23:18
Q:
[图片]我是一个新手，请问我这个qst2格式上有问题吗？/疑问
A:
不放心的话直接用gview产生QST2的输入文件，免得手写写错
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2017.06.30 14:25:17
Q:
sob老师，请问做npa分析，您写过相关的博文嘛？我找了半天没找到
A:
pop=NPA
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2017.06.30 14:25:32
Q:
也可以。考虑是为了它3W这个数，要“更好”的当然有的是了
这种电脑是普通的电脑还是那种立着的…
我们招标，每次中标的公司不同。
价格合理，送来之后自己看着是新的、充分测一测好用就行了。
用什么壳子自己选咯
哦是塔式服务器呀
想机架式也没什么阻碍吧
那种机房里的像空调一样的那种电脑叫什么呀
那种电脑一般都不外加独立显卡的吧好像都没有显示器
[图片]
机架式壳子多大不是自己选的么，多少GPU都能装上去
谁说没有显示器就不能用显卡了[图片]显卡只能玩游戏么
空调一样的壳子就是个机柜，那里面都放些什么呀？一个柜子里有可能放好几个主机机箱吗……？
比如42U的机柜能放10个上面4U的机器
明白了我以前一直以为那么大一个空调是一个机箱
...刀片
机柜加刀片，
A:
4U机架式能放常规尺寸GPU，即便是2U的也有专门的low-profile板型的显卡
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2017.06.30 14:31:32
Q:
老师，
optDFTw 这个软件计算的时候，template.gjf 里面的基组是不是必须要弥散？
好的，谢谢老师
A:
显然看你算的体系。不带负电荷的就没必要加弥散
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2017.06.30 14:32:31
Q:
师兄，主要跑DS，做药物构效关系的，GPU作用大不大？
A:
此用途GPU没用
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2017.06.30 15:09:46
Q:
[图片]请问一下如果如果用这个优化连接了二氧化钛的染料的结构可以吗
[图片]看别的文献说Ti要采用赝势基组
A:
可以
不要看乱七八糟文章的说法，以此文为准
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
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2017.06.30 15:48:32
Q:
老师，您好！我在做一个六配复合物的AIM分析，得出六个配位键的电子密度的拉普拉斯值都是正值但是数值不等。我想请问这几个电子密度的拉普拉斯值的相对大小有什么意义呢？临界点电子密度在哪里可以读取呢？
[图片]
老师，临界点电子密度是哪个呀，那个总电子密度吗？
A:
电子密度显然就是第一项。显然Laplacian of electron density就是电子密度拉普拉斯值，看不懂英文的话看手册2.6对实空间函数的介绍
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2017.06.30 16:51:45
Q:
[图片]Sob老师，电荷转移键您有没有再写其他文章或者帖子谢谢老师求地址
A:
DOI: 10.1002/chem.200500265、doi: 10.1038/nchem.327
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2017.06.30 20:16:13
Q:
[图片]在学习画这类图形时，把图形数据输出是4列。想知道用什么软件可以画出这种图形，4列中把那个设为X Y ？
每一列是什么含义在程序输出时已经说明了
哪里哪里？没看到呢。
A:
屏幕上有提示
Multiwfn超级贴心，输出的所有文件的含义在屏幕上有*超级*详细的说明
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2017.06.30 21:28:02
Q:
老师，想问下共轭程度能否说明化合物稳定性
A:
这话太粗糙，没法回答
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2017.06.30 21:37:12
Q:
问一下大家，这个全电子基组6-311g(d)和cc-pvtzpp基组级别相差大吗？准备算一个掺杂过渡金属的团簇，不知道这样组合是否合适。谢谢大家了
A:
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
交代算多大体系、什么理论方法
没特殊情况，而且后HF计算，明显应当cc-pVTZ-PP配cc-pVTZ
配个pople基组不像话
Q:
打算用bpw91方法，20个原子左右
A:
那用什么dunning系列，完全瞎糟蹋基组
Q:
嗯。明白了
OAl
def2-SVP
+1
def2-TZVP
20个原子用def2-TZVP 很好了
实际计算我已经抛弃pople基组了。
A:
普通泛函用比def2-TZVP更高的几乎没任何意义
OA:
恭喜你不会被“6-311G”吐槽了
而且自带赝势
为何一般程序都还能支持“6-311G”这种裸奔 pople基组。。应该禁掉直接报错
设置个“新手保护模式”
A:
而且用不着被6-311(3df,3pd)这种东西污染眼睛
保护模式不允许用5/13=1之流
Q:
pople 基组加弥散的效果用在带负电的体系还是很好的..
非常好。。
比ma强
A:
需要详细前提，总不能用6-311++G(2df,2p)和ma-SVP比，而且需要统计性结论
Q:
就是def2-tzvp的级别的比，加了ma效果改善不明显..
虽然我也用过QZVP级别的，遇到负电的体系还会用pople基组来比比
[图片]CASPT2/SOC/QZVP的镧系荧光模拟
A:
作为参考来对比，起码得用jul-cc-pVTZ
Q:
还是用了6-311+g*的基组来比较了一下..
其实也没那么差..
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2017.06.30 21:59:30
Q:
考察体系单电子的分布情况，有时候光看自旋布局不一定看的很清楚，特别是高自旋的时候，还有没有什么别的办法
A:
自旋布居
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2017.06.30 22:10:10
Q:
想问下各位老师，A+B-C+D的反应，用高基组算单点，是分别算A,B,C,D,还是直接算irc连接两端的opt后的A...B复合物结构的单点？
我问的问题太low了吗？麻烦哪位大师能帮忙一下？拜托了。因为高精度实在太耗时
OA:
计算自由能垒
A:
取决于你研究什么。要和实验热数据对比应当分别算每个单体。
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2017.06.30 22:10:10
Q:
老师，实验数据的得到的活化能，是相当于ZPE+电子能量的能差吗？
和实验热数据对比的焓变就应该用每个单体的单点能吗？假设研究目的是比较自由能垒和反应速率，是否自由能谁低用谁？
A:
干嘛老想着用“ZPE+电子能量”。0K下的算它有什么意义
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
Q:
主要是想和实验的活化能对比
那实验得到的活化能不是与温度无关吗？所以不知道用哪个。 (整理Q&A)
我看很多文献列的表格都是列E0k，G298k，是不是E0k没有什么意义？
A:
实验得到的活化能是阿仑尼乌斯公式拟合的，这根过渡态理论的活化能是两个概念
Q:
那过渡态理论的活化能，我看书上写的是势能，是对应的哪个热力学数据？
A:
“势能”根本就是意义不明，什么也没说清楚
热力学形式的TST用自由能垒，配分函数形式的TST用电子能垒或者U(0)能垒，看配分函数是Q_bot还是Q_v=0
我给的计算TST的excel表格里的注释当中已经说明了该用哪种
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2017.06.30 23:52:38
Q:
卢老师，您好。
请问我在基态时使用的是m062x/6-311G(d,p)优化的结果，有机小分子，计算吸收光谱时采用什么基组与泛函比较合适啊？
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
老师，这个体系特征怎么看啊？
A:
看博文，说了
Q:
这篇文章我看了，但是最后有点不太懂，对于几十个原子的处理，预判计算的态，sTDA，采用高斯能做吗？
A:
几十个用什么sTDA，多此一举
Q:
大概有七八十个原子
A:
算>200个才有必要用到sTDA
Q:
那我算多少个态合适呢？确实第一次接触算激发态，有点蒙
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
写了
Q:
您在文中提到这句话，有点难以理解，所以才来请教计算多少个态合适。
然而态数越多TDDFT的耗时也越长，所以也不能一次算得过多。算多少态需要经验，和原子数关系密切。原子数很少时，可能算10个态时最高激发能就已经够高了，但是原子数多时，比如50个原子的有机分子，可能得算近100个态才够充分覆盖吸收光谱感兴趣的区域。
A:
取决于你要算什么、体系特征、波长范围等等，没有足够信息我哪知道
博文已经尽量列举了可能的情况
试着算算电脑又不会爆炸
就算算少了之后还可以再加
在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态
http://sobereva.com/348
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2017.07.01 01:55:26
Q:
[图片]请问老师做AIM分析的时候bond critical point连接了两个原子中间，那分析的时候，是怎么分析呢，71号，是F27...H13还是F27...C5呢，谢谢老师
A:
哪个都不算，没必要过度讨论
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2017.07.01 07:17:44
Q:
老师您好我已经找到了气相下的反应路径，现在想考察隐性溶剂的影响。采用SCRF=SMD做了单点能进行比较，但担心添加隐性溶剂会对过渡态结构有影响，是不是需要在SCRF=SMD条件下对反应物过渡态进行重新优化，然后再比较呢？
A:
你要想严格一些就这样做
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2017.07.01 07:54:00
A:
Q-Chem引用好惨啊
[图片]
Q:
不给盗版怎么推广
A:
[图片]
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2017.07.01 08:55:40
Q:
[图片]找过渡态提示收敛失败，但是我看log里面一共只跑了11个点。大家知道这是啥原因吗？/流泪
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.07.01 08:56:38
Q:
老师，calcall也用了几何优化也收敛了，但是频率分析时还是有两个No,最后有两个虚频。您的文章我看了，我是直接写的opt freq 所以计算级别都一样也不存在gview保存的问题。我这种情况您有什么建议吗
[图片]
差这么多的样子
A:
上传用了calcall的输出文件
Q:
ok 马上
A:
文中还强调了，注意是否对称性过高导致的虚频
Q:
没有我不确定最后什么样所以对称直接c1
老师传好了麻烦您啦
A:
就是甲基旋转的虚频，可以忽略。要么按照虚频模式微调结构继续优化
Q:
哦原来可以忽略的呀！那如果微调继续优化应该也得加calcall对吗老师？我这个挺难收敛的
A:
能算得动就加
ultrafine已经够了
那个帖子说wb97xd用superfine才没那个虚频，但实际上我测试时ultrafine已经没了
Q:
老师我这个分子好像没有对称性吧
A:
而且当前问题和那个情况没直接关系
不是对称型的事
Q:
老师是因为那个虚频对应的势能面升高的曲率很缓很缓所以可以忽略是嘛？
A:
甲基本来就不是你关注的，有虚频没事
Q:
谢谢sob老师了谢谢川师兄
A:
虚频和计算级别没直接关系，有虚频恰当解决
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2017.07.01 09:07:38
Q:
[图片]请问老师，主页上关于轨道的DOS图是什么地方的（手册上并没有讲解关于轨道类PDOS）
A:
手册4.10节一堆DOS的例子
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2017.07.01 09:11:41
Q:
前辈们，请问A,B,C三个单质形成复合体的能量一定比三个单质的能量之和低吗？
有没有高的情况？
A:
在某个级别下，只要能自发结合（诸如摆远了然后优化能跑到一起），就一定会更低
能量不降低显然不会自发跑到一起
这里说的是电子能量，热力学量另谈
Q:
热力学另谈指的是？
A:
自由能之类
Q:
自由能意思可高可低吗？高的原因可能会是什么？
A:
[图片]
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2017.07.01 09:16:58
Q:
老师，http://sobereva.com/223 振动吸收谱计算中第一个cis，第二步用的hf，这个hf 如果用dft是不是不好？我这里换成了dft，没成功，2个虚频
A:
用DFT搞基态就得TDDFT算激发态频率，耗时得很
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2017.07.01 09:52:59
Q:
[图片]
为什么下拉菜单中new cube是灰色的呢
看不了自旋密度
OA:
用Multiwfn看多好
Q:
没找到cubegen
[图片]
OA:
现在没有那个软件啊
Q:
但这个是什么问题呢
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
OA:
你没产生cube文件当然没法看
Q:
怎么生成cube文件啊
A:
看个博文就那么难
Q:
是不是做电荷分析也是用Multiwfn？
A:
是
Q:
提供一个软件的安装地址啊
A:
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
多谢sob老师
A:
我很难理解求免费软件下载地址的问题
ORCA这种google一搜蹦出来的第一条不是主页地址的也就罢了
OA:
我一直以为加入公社群的研友们应该都用过，或者听说过Multiwfn
A:
Multiwfn每年引用次数差不多也是Q-Chem的三倍了
OA:
qchem太封闭了
要是放出盗版，应该会好点。
再求个引用的文章的，写文章用
软件界面就有
A:
tips文章里、刚启动的时候、手册里、程序主页download界面里全都非常清楚地写着该怎么引用
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2017.07.01 10:20:57
Q:
DFT基本被Gaussian和VASP霸权
两个行业的第一
[图片]
他们引用的统计方法
A:
[图片]
gmx也准霸权了
Q:
VMD也能做动力学？
LAMMPS升的很快啊
gmx不支持reaxff[表情]
A:
做不了
Q:
NOMAD，欧洲的一个计算材料项目
https://www.nomad-coe.eu/index.php?page=codes
vmd不是用来显示的吗？怎么也放到里面去了？
gmx确实好用
ADF也支持reaxff，就是价格不菲
A:
reaxff原作者那里也能申请免费的reaxff程序
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2017.07.01 10:22:42
Q:
老师好，计算ord旋光光谱的介绍在哪有
A:
输出文件里不都写这么
Q:
[图片]老师好，这里面的频率具体是什么？
A:
[图片]
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2017.07.01 10:39:27
Q:
思想家公社目前有微信公众号吗？
社长不喜欢微信
A:
对于公众号，我永远是拒绝的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5957
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2017.07.01 10:48:59
Q:
7月29的量化班真的没办法再补报名了吗？之前太忙错过了报名....
A:
不能
Q:
我也想报
通知出来没多长时间就爆满了
A:
不到一天半就报了100人
Q:
嗯，希望跟这次一样都是满满干货~接近中级班，我有点不太确定自己应该是去初级班还是中级班...对了，社长大人的书出了吗？我已经从读博等到毕业了....
A:
基础版就是中级班，不是“接近”
判断水平在通知一开始提到了，做自测题
关于书的事这里说了
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
自测题在群文件里有冰释之川做的ppt版
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2017.07.01 10:55:39
Q:
如果让从头算程序提供能量和能量剃度，把他传到经典分子力学程序里，利用该程序根据能量和剃度来判断轨迹走向，也是一种合理的从头算动力学方案吧
A:
没必要这样，只要能算受力，加个MD代码是小儿科的事。所以几乎所有最主流量化程序都支持BOMD
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2017.07.01 10:56:26
Q:
请问在高斯中采用ONIOM方法，高层使用DSD-PBEP86-D3(BJ)，底层使用am1，然后我用这样的关键词oniom(B2PLYP/6-31g(d,p) empiricaldispersion=GD3BJ:am1) geom=connectivity IOp(3/125=0220005200,3/76=1000006900,3/77=0310003100,3/78=0440004400,3/74=1004)去运行没有报错，是不是设置无误
A:
不报错不代表合理。最好找个人用G16对照测试一下（记得用int=fine，因为16默认ultrafine），单点一样的话就能放心用
单纯算单点，g09这么靠IOp用和g16写DSDPBEP86 int=fine结果精确一样
Q:
g16对这个泛函已经内置了吗
A:
内置了
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2017.07.01 11:02:19
Q:
卢老师，我使用Multiwfn3.4.1导入.wfn，TDDFT计算的wfn文件，选择11，在选择3，出现闪退，请问是怎么回事啊？
A:
wfn怎么能用来绘制光谱
该用什么文件这里写了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Multiwfn的各个功能该用什么文件这里也说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
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2017.07.01 11:02:19
Q:
看了社长关于过渡态理论的博客，请问作分子动力学模拟时NEB为什么不能应用于有外应力以及有限温度条件，谢谢？
A:
本来NEB就是得到PES上的能量极小路径的，MEP根本不受温度影响
自由能面或PMF才依赖于温度，但NEB也没法用来找这上面的MEP
除非真是通过恰当的采样和插值方法，构建了平滑的自由能面，之后才能用NEB在上面找能量极小路径
Q:
哦，那如果有外加应力，对NEB方法有影响吗？还有NEB是不是在搜索亚稳态结构不稳定？谢谢老师
A:
方法是固定的，何谓对方法有无影响
外加势会影响势能面，会影响NEB的结果
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2017.07.01 11:10:49
Q:
老师，我算了几个分子发现：如果分子紫外吸收有x方向的偏振，那么x方向的t的负值就会很大，t在手册中说是空穴和电子分布的距离，请问和跃迁偶极矩有什么关系？谢谢老师
A:
某方向电荷质心转移的距离和相应方向跃迁偶极矩分量的大小没必然关系。
通过跃迁偶极矩密度图形，或者对比两个NTO轨道图形来考察
结合具体问题分析，空说没法说
Q:
老师，如果电子的激发类型是局域激发，t的负值大会不会造成相应地方向跃迁偶极矩大呢？谢谢老师
A:
没必然关系，注意跃迁偶极矩的定义
不能
Q:
老师，最后一个问题，跃迁偶极矩密度的图形我一直不知道怎么分析，有没有更多的示例和文献呢？除了手册里的。谢谢老师
老师，请问可不可以将两态的波函数导出，求出它们的相位差，然后用相位差的大小来讨论不同跃迁的跃迁偶极距大小的差异？
A:
什么叫相位差，用也是用乘积
跃迁偶极矩表达式里明显是在做乘积
Q:
自旋允许轨道允许的跃迁，分解成主要的轨道对它们的重叠积分也不小，但跃迁偶极距极小，您说是因为相位差，请问我怎样量化表示它？
A:
我根本没用过“相位差”这个词
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2017.07.01 11:12:56
Q:
抓住一个全程用ChemDraw画能量图的教授
很正常
不但用ChemDraw，而且标尺乱的一塌糊涂
本来使用什么画合适？
A:
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
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2017.07.01 11:27:49
Q:
卢老师，请问我使用PEB1PBE/TZVP计算的吸收光谱，比实验值蓝移50 nm左右，有没有其他更好的方法推荐啊？谢谢
A:
用什么泛函看体系啊，博文里都说了
----------------------------------------------------
2017.07.01 13:37:47
Q:
[图片]
sob老师，做NPA分析，发现Am配合物中Am的6d，7s，7p居然还有电子，是不是不合理？还是可以理解成配体向Am的6d，7s，7p转移的电子？
A:
[图片]
Q:
上面的结果，可以理解成配合物中Am的7s有0.35个，5f有6.24个，6d有1.35个电子嘛？
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.07.01 14:06:40
Q:
同问对于过渡金属配合物来说是用chemdraw3D MM2优化结构不易出错还是Gview直接画好？
A:
MM2显然不能用于过渡金属
Q:
[图片]那在3D里画完如何初步优化那[表情]？
A:
没办法
最次也得拿半经验预优化
----------------------------------------------------
2017.07.01 14:35:12
Q:
不好意思。我这边刚显示通过啦。谢谢。
我想问问大家用b3lyp/6-31g*方法找到的过渡态在换了cam-b3lyp方法后怎么也找不到过渡态的原因是什么呢？
A:
操作问题或后者势能面下本来就没有
Q:
分子构型总是偏离能说明就是势能面下本来就没有吗？
A:
你先确保能排除前一种可能性
Q:
操作确实没发现有什么不对
之前还换过b2plyd-d 是没问题的
A:
除非是激发态，否则甭用CAM-B3LYP算过渡态之类，根本不适合干这个
Q:
啊？
A:
双杂化都算了，还用CAM-B3LYP干嘛，完全多余
Q:
双杂化只算过单点
A:
完全意义不明
Q:
之前还换过b2plyd-d 是没问题的
这是回复您说的操作问题
A:
而且根本就没叫做b2plyd-d的泛函
我说的就是找过渡态
你却说算单点
既然你没有用B2PLYPD找过过渡态刚才就不应该提
Q:
b2plyd-d/aug-cc-pvt2
A:
好好打字
Q:
不好意思是我没说清楚
A:
你输这个高斯不报错才怪
反正你就甭用CAM-B3LYP就完了
仔细读
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2017.07.01 15:21:46
Q:
有没有人记得sob写过一个关于如何做电子云密度分布图的详细步骤的博文呢？找了半天也没找到
A:
手册4.4节
一堆平面图的例子
4.5节一堆绘制等值面图的例子
要搞清楚绘制这个到底要干嘛，大多数情况根本没意义
Q:
看哪里“电子云密度高”
A:
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
这里讲原理一开始就批直接绘制总电子密度图基本无意义
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2017.07.01 15:31:05
Q:
老师Multiwfn现在可以计算电荷转移积分了吗?
A:
不能。以后会单独写个程序实现
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2017.07.01 15:42:31
Q:
求教：[图片]文献中针对过渡金属的Ru Ir是用的Stuttgart–Dresden pseudo-potential基组和常用[图片]赝势区别是不是很大我用[图片]算出的HOMO LUMO和文献中差得很多
A:
你就用SDD就完了，lanl2DZ太渣，看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
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2017.07.01 17:02:55
Q:
[图片]高斯CC这两个能量有什么区别呢..
A:
后面输出的是带了(T)贡献的
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2017.07.01 17:39:39
Q:
[图片]
某企业管理公司又发垃圾邮件了。用图片发通知都不能发个分辨率足够的，还用bmp。
A:
那种培训也敢去的可以用制杖来形容，但无奈现在制杖太多
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2017.07.01 20:32:28
Q:
g03中scrf=pcm和scrf=iefpcm表示同一种设置？谢谢！
A:
你一测试不就知道了
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2017.07.01 21:04:51
Q:
老师好，想请教一下寻找过渡态冻结片段是什么关键词，可以opt（ts,noeigen,modredundant）
就是我的过渡态总是有一个甲基旋转的虚频，想固定住优化下试试看
B3LYP/lanl2dz,6-31g** 过渡金属Cu配合物催化反应
A:
冻结有什么用，冻结就没虚频了？越冻结才越有虚频！
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2017.07.01 21:34:05
Q:
请问下9月份的班是中文授课吗
A:
又没外国人来，显然不可能讲英语
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2017.07.01 22:38:23
Q:
AlAXAO: NMat= 180 NPMax= 12 NPMax1= 0 MaxMat= 0 Max3X=F.
262131608 words are not enough for AlAXAO.
老师这个是不是说的是按照内存不够或者核心数去修改
A:
没报错就不用管，报错停止的话增加%mem
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2017.07.01 23:16:53
Q:
[图片]用KiSThelP计算k时，计算表中的G能垒是7.41，我用out文件输出的热力学量直接计算的能垒为6.75，请问一下为什么会有这样的差异
A:
哪里弄错了所致，比如是否输入了频率校正因子，数值是否取对，温度设定是否一样等
----------------------------------------------------
2017.07.02 00:43:54
Q:
不过sob，按照他那个做法，冻结消虚频……电子能的势能面没变吧？
A:
这些设定不会改变势能面，只是搜索时加了额外约束
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2017.07.02 00:48:48
A:
传统封建迷信的东西蒙不了现在人了，就开始滥用量子论了
以后一些坑人的保健品什么的没准都打上量子化学、分子动力学方法研制的标语了
Q:
反正量子这玩意挺玄乎。用来蒙人挺好
A:
别人给的
[图片]
Q:
就跟纳米一样，听着高大上，不管什么都要往上靠
那个女的还研究弦论的呢[表情]
A:
玄论
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2017.07.02 08:16:55
Q:
分子的范德华半径是怎么定义的呢？这个可以计算出来吗？谢谢老师，请指教。
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2017.07.02 08:59:41
Q:
问下老师，Multiwfn和gaussview中显示的紫外图差别好大？都是相同的半峰宽呀[图片]
A:
gview设的是HWHM，Multiwfn设的是FWHM
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2017.07.02 09:08:19
Q:
请问大家一下，我想把chk文件转换为fchk，但是在服务器上显示formchk: command not found。是怎么回事呢？还有什么办法来转换呢？版本是G09
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
看里面相关内容
3.3节
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2017.07.02 10:19:56
Q:
请问大神，ωB97X在关键词里怎么写啊？没有使用过啊
A:
RTFM
Q:
就是你写的wB97X。
直接写w还是ω啊？另外那个ω=0.3怎么设置啊？
A:
RTFM
http://sobereva.com/g09/k_dft.htm
Q:
怎么设置w值，查看《Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法》http://sobereva.com/344
A:
wB97X默认就是
Q:
谢谢你们的解答
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2017.07.02 10:33:25
Q:
老师，有个问题下请教一下。
我使用m062x计算了td单重激发态的吸收光谱，最大吸收在270 nm左右;
PBE1PBE， 288 nm;
b3lyp， 300 nm；
都是使用6-311G（d，p)基组计算的，原子68个。
实验值在350 nm左右。
有什么更好的方法和基组搭配推荐吗？
OA:
光谱一般PBE0和B3LYP可以了。。你总不见得为了要和实验对得上，用“纯泛函”吧。。
A:
基组就这样了
用HF成份更低的泛函，看
不同DFT泛函的HF成份一览
http://sobereva.com/282
非要和实验去凑一点意思也没有
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2017.07.02 10:33:25
Q:
请问一个分子的紫外可见吸收峰如何判断是哪个基团产生的呢？只能根据经验判断吗？
做NTO,电子空穴分析啥的
做EDD不行对吗？
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
Multiwfn手册4.18节的一堆例子
密度差当然也可以
此方法也有用
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
Q:
TDM也很棒
我已经做了密度差，手册有分析的例子吗？
A:
4.18节
Q:
我已经做了密度差，但不知道怎么归属到哪个基团[图片][图片]的跃迁
这种还是得NTO吧
A:
对
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2017.07.02 10:35:55
Q:
老师，用高斯优化过渡态，试过六种常用泛函，就tpssh优化后，做irc分析，怎么输出文件就把input orientation这部分丢失了，放到gaussview里就显示incomplete structures were deleted may be a restarted or incomplete job。那我怎么通过out文件里的距离矩阵判断我找到的过渡态是不链接反应物和产物。或者说通过距离矩阵怎么转化为坐标？
A:
距离矩阵没法通过简单方式转化为坐标。虽然也有某些程序能做，诸如根据NMR解三维结构的程序就是那么干的，详情可以看leach的书，自己写个程序或者网上找相应程序
与其这么折腾还不如重算一遍
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2017.07.02 10:36:46
Q:
请教一下大家我计算k时主要想考虑Eckart隧道校正因子，这个是基于什么计算的，比如Wigner方法是基于过渡态虚频就可以得到
A:
基于IRC上的势能信息
Q:
如果是TST是不是就是过渡态这个结构的势能信息
A:
eckart和wigner是并列的，和TST不是一类东西
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:44:28
Q:
好的，老师。距离矩阵和坐标转化起来是比较麻烦，不过优化了20个过渡态分别用六种泛函优化，得到的都是tpssh泛函丢失坐标，但最后正常结束的。这是怎么回事
A:
没听说过有这种情况
重算，还不行换版本，还不行问高斯客服
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:57:27
Q:
老师是不是大体系优化时候经常会碰到甲基旋转的虚频…
A:
是
Q:
请问老师这种解决的办法一般就是按照虚频模式微调吧？
A:
tight、ultrafine先用了再说
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2017.07.02 13:25:23
Q:
opt=tight已经收敛了，计算的频率为什么还有四个虚频，该怎么办？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2017.07.02 14:22:42
Q:
求私发一份高斯16和gv的下载地址，前段时间没下载，现在网上找不到地址了
A:
这是违法的
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2017.07.02 14:28:10
Q:
SARC-ZORA-TZVPP
这个系列的基组出处是哪儿呢.. 请教一下..
A:
SARC-ZORA-TZVPP这种写法含义不清
既可能指SARC-ZORA，也可能指def2-TZVPP对ZORA计算的重收缩版，也可能指ZORA版的SARC和def2-TZVPP混合使用
Q:
全电子基组，社长.. 出处也是和def2-tzvp一个网站吗
A:
不是
SARC以及重收缩版的def2是Neese那伙人搞的
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2017.07.02 14:40:33
Q:
请问，群里有人近期投过JCC期刊吗？有问题请教。谢谢
请问JCC投稿一定要按照给的模板吗?还是说只要格式符号要求就行啊？谢谢啦
A:
根本不用模板
Q:
我现在的问题是，我投JPCA编辑没有送审，说不适合，就想着改投JCC。现在就想着把参考文献的格式改一下
A:
不用改
Q:
没必要用他们建议使用的模板吗
格式也不用改吗
A:
根本不用模板
Q:
格式要改改吧？
A:
不用改
----------------------------------------------------
2017.07.02 15:15:55
Q:
想请教个问题，就是加显性溶剂，比如说分子，想看看是否会有氢键产生，怎么放水分子的位置呢，还是只要靠近可以形成氢键的位置就可以了
比如加一个水分子
老板只是想让加一个甲醇分子，先试试
A:
怎么摆要从具体研究的问题出发去考虑，没前提没法说
要考虑溶剂到底能产生什么样的影响
Q:
[图片]
越优化甲醇分子跑的越远
A:
两个氧都带负电，显然越跑越远
甲醛改个朝向就完了
Q:
怎么改朝向呢
A:
gv里旋转啊
Q:
这样吗
[图片]
A:
y
摆远点
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2017.07.02 15:25:13
Q:
老师，请教下算完激发态后，直接在（1） Xsell上读取（2）把log文件下载后用写字板打开（3）用Uedit，3种方法打开，波长、能量、振子强度会有出入，这影响大不？[图片][图片][图片]
A:
那是你在对照时根本没定位到相同位置
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2017.07.02 15:49:23
Q:
想请教一下：由于晶体结构中分子紧密堆积，分子构型几乎不会改变。在做激发态计算的时候还要做激发态构型优化嘛？能不能用垂直激发直接近似？如果不行的话，是不是可以通过固定分子中的某些原子后再做激发态的优化？
A:
看你具体算什么
算吸收显然不用优化
Q:
算荧光
A:
优化
----------------------------------------------------
2017.07.02 15:58:11
Q:
大家好，请教大家一个问题。下面这个咔唑分子，其中的N是什么类型的杂化呢？能否通过量子计算的方法计算某个原子是什么类型的杂化呢？
A:
优化，看是不是平面的，是的话就sp2，H往平面外翘的话就sp3，此时可以再作个ELF图来进一步展现孤对电子位置
----------------------------------------------------
2017.07.02 16:40:30
Q:
听说可以升级五千人大群了，群主是否考虑两个群合二为一
A:
不考虑
----------------------------------------------------
2017.07.02 16:48:38
Q:
老师请教一下，单键跟双键在键长方面有什么条件么，对于下面这个分子，存在两个单键和一个孤电子对，这样理解没问题把
[图片]
谢谢
A:
成几重键算Mayer键级
孤对电子在哪绘制ELF图考察
都用multiwfn来做
Q:
高斯优化出来是单键，并不一定准确对么
A:
[图片]
Q:
[图片]
[图片]
已经按照老师的做了ELF图
A:
作等值面图
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2017.07.02 17:50:17
Q:
sob老师您刚才说的做个ELF图看孤对电子，其中的ELF是指“ELF拓扑分析”图吧，不是这个彩色的吧
[图片]
A:
看等值面图就够了。平面图不好展现三维分布，除非体系就是平面的
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2017.07.02 18:07:03
Q:
请教大家一个问题，如果SCF收敛了，但是TD不收敛应该如何解决呢？
A:
尝试换基组，如果能收敛，之后TD里写read读取之前的组态系数；或者随便改下nstates再试
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2017.07.02 21:31:01
Q:
[图片]到[图片]这是一个什么类型的跃迁呢，请大家帮忙解答一下，谢谢
如果我想判断是n,Pi或者Pi*轨道，如何判断？或者去哪看什么文件能学会，请大家赐教，谢谢
A:
sigma->pi*
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2017.07.02 22:38:22
Q:
请问20核56G内存装win7,做计算有什么问题吗？
[图片]
OA:
现在就是废铁
Q:
所以请教各位，这样装起来做计算会怎么样？
不会Linux系统
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
----------------------------------------------------
2017.07.03 00:37:45
A:
不要在群里引战
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2017.07.03 07:28:28
A:
公告：本群已对15个月内未发言，且加入时间已满15个月的群成员进行了清理
因长期不发言而被踢者，想再次加入的可以重新申请
----------------------------------------------------
2017.07.03 07:31:36
A:
公告：已对本群内长期未发言者进行了集中清理，踢掉了230余人。
因长期未发言而被踢者，可以重新申请加入
还清理了一大批擅自同时加了两个群的
Q:
大博士明察秋毫
遣返了一批
A:
[图片]
Q:
偷渡者
A:
疏而不漏
----------------------------------------------------
2017.07.03 08:22:38
Q:
sob老师好像是觉很少的人啊
sob时间线和我们不一样
难道是美国时间…
赴美访问了。
sob时间好不好，什么美国时间
it is sob time
sober time
哭的时间？
错了。。。。sober是冷静的意思
我怀疑你会把 cook 和 cooker 搞混
A:
原意是清醒
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2017.07.03 10:06:01
Q:
# opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity nosymm empiricaldispersion=gd3
nosymm这样写起没起作用呢？
A:
起
Q:
不可能关键词写了不起作用吧？
总认为geom=connectivity没用
那么geom = connectivity到底对量化计算起什么作用啊
A:
毫无用处
仅对分子力学有用
Q:
用了nosymm可以一定程度上改变有虚频的情况吗？
A:
没用
Q:
那得到的结果就对了，仍然还有虚频
直接拿一个晶胞作为输入用高斯计算，优化后的机构会发生很大的变化，这对后面的频率分析以及分子间作用力分析有没有影响呢？
是把一个晶胞内的分子保存为mol2文件，然后拿高斯计算
A:
你要分析晶体状态下的相互作用就只优化氢原子甭优化重原子
Q:
有没有帖子可以参考一下
A:
[图片]
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2017.07.03 10:38:18
Q:
咨询一下，投稿CPB，要求输入这个[图片]是什么意思？打开连接[图片]。谢谢指点
A:
[图片]
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2017.07.03 11:28:03
Q:
有人说价键理论本身解释分子轨道就是错误的
，我们能不能就不归属这个跃迁是什么价键，我们就把分子轨道贴出来，说从这个轨道到这个轨道跃迁产生的行吗？
外国人都这样，说简单幼稚词汇更被接受？
A:
通常讨论电子激发问题根本牵扯不到价键理论
Q:
不能叫幼稚。。用词不当。。应叫做【通俗】
考研的时候老师灌输的思想……
A:
来个文章《XXX泛函就是好》
Q:
这标题一看就是AD
[图片]这不就用到价键的概念了吗？我们不这样说，就把分子轨道贴出来，说从这个轨道到这个轨道跃迁产生的行吗？
然后就没人看了
A:
《为什么XXX泛函是最好的？》
Q:
看着跟大-字-报似的
----------------------------------------------------
2017.07.03 11:59:10
Q:
各位老师好！能不能请教一个问题：有的反应过程找不到过渡态，如何定量估算这个step的反应位垒？有没有参考文献？
A:
若连自由能垒也没有，那本来就是没有了
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2017.07.03 12:01:03
Q:
请问脂溶性条件用SMD计算溶解自由能，选什么溶剂较好？环己烷？正辛醇？谢谢
A:
后者吧
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2017.07.03 16:04:14
Q:
老师，Gaussian在计算热力学量时是将分子当成理想气体。那么，请问我使用Gaussian等计算ZIF、石墨烯等对气体的吸附得到的吉布斯自由能等数据可靠吗？
[图片]老师，我搜索完过渡态后走IRC后出现这一现象。过渡态的虚频是自己想要的，两侧的产物也基本是预期的。请问，我这是过渡态赵错了吗？
输出文件是
A:
过渡态没定位精确，或者走IRC和过渡态没用严格相同的级别，否则不可能TS位置那么尖
可靠
Q:
老师，我使用M062X泛函搜索过渡态，我的格点积分精度是int=ultrafine，过渡态和IRC用的是相同的级别。我过渡态的输出文件是：
我的irc输出文件是：
A:
你的IRC的初始结构根本不是TS任务最后的结构
Q:
老师，我看了一下，IRC初始结构感觉是TS最后结构，但IRC的初始结构并不是IRC中尖点对应的结构。我不太清楚出了什么问题
A:
stepsize=18,lqa去掉
----------------------------------------------------
2017.07.03 16:29:49
Q:
老师动力学可以计算两类分子之间的电荷转移吗
A:
不能
Q:
老师如果想计算液体环境中两类有机分子（约400个分子，不含离子，只有物理作用）之间的电荷转移情况，用什么方法比较好
A:
400个你只能用半经验
Q:
老师可以说的详细点吗？或者有什么帖子资料吗？
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
用MOPAC做半经验计算，然后看输出的原子电荷
高斯做半经验也可以，但几千个原子的话会超级吃力
Q:
老师，我所研究的体系是液体环境三类有机分子之间的相互作用，那么我可以用Dmol3通过DFT方法计算三个分子（每一类分子选一个）之间的电荷转移吗？我这种情况适合计算哪类电荷？bader或者密立根电荷？
A:
没有密立根电荷
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
甭用AIM（bader）电荷，看群文件里《原子电荷计算方法的对比》
甭用Dmol3，用高斯，这样才能通过Multiwfn做各种方式的波函数分析，诸如绘制密度差图、计算原子电荷等
推荐用ADCH电荷
Q:
不好意思老师因为忘记了Mulliken电荷怎么拼写，所以就用中文代替了
老师，我用“三个分子”的计算结果来说明真实体系的相互作用情况，这样是可以的吧？
现在知道了，谢谢你
A:
可以
Q:
老师我现在用MD计算该体系的相互作用。对于我这种体系老师建议用什么方法计算最好
A:
看你研究什么啊
Q:
我主要是想计算溶质A分子、B分子与溶剂C分子之间的相互作用
A:
精确相互作用分析用多聚体模型算
MD只用来考察动态环境、凝聚相、有限温度的情况
量化与MD相结合
相互作用分析看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
多聚体模型？老师是指在gaussian中计算5个A分子、5个B分子与5个C分子（假定为5个）之间的相互作用情况，计算结果就可以代表真是体系得作用情况？
A:
看具体分子结构而定，没法一概而论
不考虑协同作用时，二聚体也可以
Q:
老师，我可以用MD计算相互作用和RDF，然后用gaussian计算电荷转移，这样可以吗
A:
可
还必须得用Gaussian计算相互作用能
Q:
老师是指结合能？
A:
我博文里各种分析方式都考虑去用，以更全面考察相互作用
特别是分子表面静电势分析很有用
Q:
表面静电势我计算过，但是不会分析
A:
仔细看
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
RDG分析必须做
静电势与平均局部离子化能综述合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
光靠高斯算算作用能，不借助Multiwfn没法在分析上深入、上档次
Multiwfn对于分析动力学中相互作用也很有用
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
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2017.07.03 18:04:21
Q:
请问各位 HOMO+1轨道是什么意思呢
对是LUMO+1 这是什么轨道呢
OA:
homo下一轨道
Q:
是什么意思啊
OA:
哦哦懂啦相当于第二个最低的未被占据的轨道是吗
A:
[图片]
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2017.07.03 21:13:01
Q:
老师好，优化完之后可以同时计算旋光和激发态吗？
OA:
20个激发态是不是有点儿多？你明显优化第一激发态，5个就足够了
Q:
[图片]老师这是我算旋光和激发态的关键词，可以吗
我想将旋光度和激发态放一起算
C15H24N2O
OA:
弥散可以去了，用6-311G*更合适
Q:
[图片]算旋光不是要加弥散吗
不应当去除弥散
为什么不能放一起算
OA:
说不定你这么算得到的是激发态的旋光呢[图片]
先分开搞清楚了、再掺和；并且验证掺合在一起确实没问题再说
不能搞清楚的一概不要搀和在一起
Q:
[图片]好的，老师我算旋光的关键词可以吗？
OA:
你优化的是激发态？
Q:
不是
基态
OA:
基组够烂
至少6-311+G*
Q:
好的
OA:
没事不用*
算不动就减，aug-cc-pVTZ -d -f
Q:
好的老师
-d-f是？
OA:
高角动量的极化函数砍掉
去掉d和f角动量的弥散
如果不想这么麻烦用def2-TZVPD
Q:
好的老师，我记得有个关于基组的帖子可以发下吗
OA:
左边是基组，右边是元素周期表那个
https://bse.pnl.gov/bse/portal
Q:
谢谢老师
OA:
def2-tzvpd 好鸡
足够了
Q:
[图片]老师，刚才算了下出现了错误是什么原因，需要引定义吗
OA:
这个基组不是内置的
自己去拷贝
好的
Q:
老师拷了定义还是有错误[图片]
这是输入文件
[图片]
[图片]
OA:
最后一行****去掉
Q:
去了还是这问题
OA:
我用6-311+g(d)试了下是好的
估计是基组问题
A:
把入射光频率写到基组定义前头再试
去sobereva.com博文列表上搜“基组”
----------------------------------------------------
2017.07.03 22:38:39
Q:
老师可以帮我看一下吗
为什么老是不能正常结束
求解
OA:
关键词
Q:
是因为之前没加这么多关键词试了好几遍都没能正常结束
我觉得构建结构有问题，但是不知道怎么修改
谢谢帮助
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
----------------------------------------------------
2017.07.03 23:47:34
Q:
老师非常感谢你如此详细的讲解
老师用gaussian也可以计算ADCH电荷吧？
A:
不能
必须用multiwfn
Multiwfn使用超简单，仔细看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2017.07.04 10:33:25
A:
你根本没搞懂价键理论是什么
这哪来的价键
Q:
[图片]
我还真对化学懂得很少，不是学化学的，半路老板让算量化，开始接触
A:
MO难以指认对应于哪两个原子间的成键，这里说了
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
但不代表没法指认sigma和pi。稍微有点结构化学常识的，对于平面/准平面/局部平面的体系，一看轨道图形就能大致判断
你发的那个截图表述根本不确切
仔细看此文，别看别的
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
Q:
看了，您都是小分子，大的分子还是不好判断啊
A:
怎么不好判断
看懂了文中N-苯基吡咯，难道就不会判断卟啉了？
Q:
[图片]到[图片]这是一个什么类型的跃迁呢
A:
明显是pi
看不清楚就把等值面数值调大点，突出主体区域
非严格平面的结构，没有严格的pi和严格的sigma
必须看主体分布部分在分子局部平面上有没有节面
Q:
所以说，您那博文里最好增加点大分子的例子
A:
没必要
稍微举一反三就完了
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