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标题: 画RDG等值面填色图，遇到一个奇怪问题 [打印本页]

作者
Author: beefly 时间: 2017-7-22 22:48
标题: 画RDG等值面填色图，遇到一个奇怪问题
已知，红色（或黄色）：位阻效应；绿色：范德华作用；蓝色：氢键作用。

问题：RDG等值面一面是黄色，一面是蓝色，中间夹杂着绿色，怎么解释？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-22 22:59
这算是比较challenging的情形，由于RDG等值面包围的空间有一定厚度，而电子密度在这个区域内又有可察觉的变化，导致两个面颜色不同。由于没法说哪个面更有意义，我看还是用对应的键临界点的属性来讨论为宜。

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2017-7-23 08:16

sobereva 发表于 2017-7-22 22:59
这算是比较challenging的情形，由于RDG等值面包围的空间有一定厚度，而电子密度在这个区域内又有可察觉的变 ...

可不可以这么理解，纯色的RDG更具有讨论意义？

作者
Author: beefly 时间: 2017-7-23 09:13

sobereva 发表于 2017-7-22 22:59
这算是比较challenging的情形，由于RDG等值面包围的空间有一定厚度，而电子密度在这个区域内又有可察觉的变 ...

谢谢提示！我发现黄色旁边有一个极强的位阻区域（位于苯环的中心），是不是由于该位阻太近，导致这一面的位阻效应略强一些出现黄色区域呢？

又：根据这篇文章的说法（http://sobereva.com/68）：“只靠范德华这种很弱作用力结合的复合物，在平衡状态下不会有位阻区域产生，除非是很强的范德华作用，如π-π堆叠”。既然存在位阻，只要AIM分析可以排除强范德华作用，就可以认为是氢键了吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-24 03:24

beefly 发表于 2017-7-23 09:13
谢谢提示！我发现黄色旁边有一个极强的位阻区域（位于苯环的中心），是不是由于该位阻太近，导致这一面的 ...

1 你的推测我认为有道理。

2 还是得结合具体结构讨论。如果通过几何关系能大致判断某个地方应该会有氢键，而且氢键作用区域的RDG等值面又是发青、偏蓝，就能当做是氢键。

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