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标题: gromacs 错误提示cut-off盒子矢量的一半要长,如何解决? [打印本页]

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02130213aaa    时间: 2017-7-25 17:05
标题: gromacs 错误提示cut-off盒子矢量的一半要长,如何解决?
我构建了个含有2651个水分子,30个水杨酸,188个全氟磷酸三丁酯的100*100*100nm的盒子 cut-off是1.0nm,做能量最小化的时候出现这样的错误,我把盒子改成200*200*200,还是这样的错误。请问我该怎样改呢?谢谢

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wbn    时间: 2017-7-25 22:28
肯定哪里没做对。看一下gro文件最后一行盒子尺寸是不是正确。
作者
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02130213aaa    时间: 2017-7-25 23:07
wbn 发表于 2017-7-25 22:28
肯定哪里没做对。看一下gro文件最后一行盒子尺寸是不是正确。

非常感谢。我已经检查过了,的确是我在构建初始盒子的尺寸不对
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UPC-Ning    时间: 2021-7-14 17:33
02130213aaa 发表于 2017-7-25 23:07
非常感谢。我已经检查过了,的确是我在构建初始盒子的尺寸不对

我也遇到了同样的问题,提示错误出现在了.top文件中,如您上传的png图片,但是我手动创建的.top文件中并没有这一行,cutoff-scheme只在.mdp文件中设置了




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