计算化学公社

标题: 四维（x,y,z,e）的势能面怎么显示？ [打印本页]

作者
Author: agent99 时间: 2017-7-31 06:15
标题: 四维（x,y,z,e）的势能面怎么显示？
本帖最后由 agent99 于 2017-7-30 16:20 编辑

现有一个多孔材料的晶胞，想看一下甲烷分子（用的united atom力场，所以没有转动和振动）在该材料中的势能面。数据（四维：x,y,z,e）已经通过分子力学计算产生，现在想把数据可视化。先试了把数据转换成Gaussian cube文件然后放到VMD里，我只找到了显示等值面的方法，但我需要的是整个势能面而不是某个等值面，最好整个视角可以随着鼠标操作即时旋转。请问如何做到？请大神指点，谢谢！

另外，我知道四维的数据可视化matlab可以做，但我想把晶胞里的原子和势能面一起显示，所以试了VMD。不知道Multiwfn是否有类似功能？

作者
Author: meatball1982 时间: 2017-8-1 11:20
其它的软件是否可以实现，我暂不太清楚，不作说明。

"另外，我知道四维的数据可视化matlab可以做"
可以作，相对比较麻烦。
画3D的势能面（我的理解是画不同的等值面），可以参考
http://www.ilovematlab.cn/thread-495720-1-1.html
画分子的话，可以通过
molviewer
但这只能画分子，没法把等势面加在上面。
于是，画分子，需要一个
draw_protein
函数。然后，你自己调整原子的半径。
把对应的势能面加在分子周围。
因为出来的直接就是matlab的figure，可以作到
“最好整个视角可以随着鼠标操作即时旋转”

作者
Author: agent99 时间: 2017-8-1 23:48

meatball1982 发表于 2017-7-31 21:20
其它的软件是否可以实现，我暂不太清楚，不作说明。

"另外，我知道四维的数据可视化matlab可以做"

谢谢！我的分子还是挺复杂的，不是一个蛋白质而是一个好几百个原子的晶胞，我试试你说的那些函数。
另外，晶胞不是正交而是单斜的，对生成的图像有影响吗？我在VMD里看的等值面，有些数值都不对（可以从对称性看出来），我怀疑是因为非正交晶胞

作者
Author: meatball1982 时间: 2017-8-2 08:14
本帖最后由 meatball1982 于 2017-8-2 08:25 编辑

agent99 发表于 2017-8-1 23:48
谢谢！我的分子还是挺复杂的，不是一个蛋白质而是一个好几百个原子的晶胞，我试试你说的那些函数。
另外 ...

“谢谢！我的分子还是挺复杂的，不是一个蛋白质而是一个好几百个原子的晶胞。”
可能我没说清楚，只是调节一类原子的半径，比如O你用1.2，N你用1.1之类。设置好了。多少个原子无所谓。
好像随便一个蛋白质原子就不少。这，应该不是问题。

“另外，晶胞不是正交而是单斜的，对生成的图像有影响吗？”
应该是没有的，画不同等值面的那小段程序，对数据没有要求，是根据值来的。

“我在VMD里看的等值面，有些数值都不对（可以从对称性看出来），我怀疑是因为非正交晶胞”
这个多不太懂，具体的，可能要你根据你自己的经验and论坛里的大神们去判断。

一个不相关的问题，晶胞长啥样?

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-4 20:03
可以绘制这样的图：三维空间中均匀分布散点（或者只在感兴趣的区域分布散点），每个点的颜色体现不同e值。在VMD里可以写tcl脚本，利用VMD自带的绘制圆球的命令实现，并且材质设成透明。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)