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标题: Pb与氨基酸结构优化求救 [打印本页]

作者
Author: haibin369 时间: 2017-7-31 12:42
标题: Pb与氨基酸结构优化求救
不知道为啥，Pb2+和氨基酸配位优化后总是与Pb配位的水跑散。。。基组用的b3lyp、6-311+g（d），Pb用的lanl2dz

求救各位大神

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-7-31 15:25
把优化好的结果贴出来看看

作者
Author: haibin369 时间: 2017-7-31 16:15

jiangning198511 发表于 2017-7-31 15:25
把优化好的结果贴出来看看

这个是输出文件

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-7-31 18:30
看了结果，有几个问题：
1.模型体系不是中性是否合理？
2.是否尝试了其他的初始构型猜测
3.如何确定水全部配位是合理的，实验结果？

作者
Author: haibin369 时间: 2017-8-1 12:26
是这样的：Pb2+与COO-配位，这样整体是+1价；其他初始构型也构建了，结果都差不多，水都跑散了；水配位是因为它是常见的配体，也尝试Pb四配位的，结果还是水跑掉了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-4 20:30
你的这个结构并不是氨基酸。
先不管氨基酸，只考虑水配体进行计算，看能否得到合理结构。
Pd的组态是3d10，2价Pd的话，对弱场配体自旋多重度设1貌似并不合理
lanl2DZ对Pd太烂了，档次明显低于配体。应当用SDD或lanl2TZ(f)

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