公社群聊Q&A整理：2017.06.01 11 ~ 2017.06.09 18 Concate - 计算化学公社

2017.06.01 11:06:36
Q:
[图片] 老师，这个分子轨道能量显示不完，怎么办呀
已经滑到最上面了
A:
手册5.5节
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2017.06.01 12:36:31
Q:
我就是按照步骤装的。没设置并行的东西
[图片]
我第一次装的时候可以运行后来又装了一次就不行了。同样的步骤
A:
GAMESS-US 2013-May、2014-Dec版编译方法
http://sobereva.com/193
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2017.06.01 15:11:32
Q:
老师好，审稿人给的意见：(5) I would expect information on which atoms the excited state is primarily localised in the ground and relaxed excited state geometry. Such information could be obtained by performing a population analysis (e.g. Mulliken or NBO) on the ground and excited state density and comparing the ground state and excited state charges for each of the geometries。是要做基态和激发态电荷分析吗？我计算了基态的电荷以及基态结构激发过程中的电荷，不知道对不对
A:
做
Q:
老师，那我计算了基态的电荷Q(S0)以及基态结构激发过程中的电荷Q(S1)，做差得到电荷量变化最大的就是电子和空穴的局域态所在的原子吗
A:
那叫激发态的电荷，不叫激发过程中的
可以说明
Q:
哦哦谢谢老师~ 我原来以为激发态的电荷是激发态构型S1做NBO得到的电荷，我是使用基态结构S0用这些关键词计算得到的激发态电荷# TD(Root=1) pbe1pbe/SDD Density=Current Pop=NBO ，老师我这么做对吗？还是应该用S1的构型呢？谢谢老师，麻烦您了
A:
看你研究什么，是绝热激发过程电荷变化还是垂直激发过程电荷变化
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2017.06.01 16:07:57
Q:
请教一下啊，过渡态跑IRC老是跑一步就断了，怎么设置一下能多跑几步啊？
A:
[图片]
Q:
多谢，群主
群主，给个帖子的地址啊，收藏一下，多谢啊
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.06.01 17:05:07
Q:
哪里手册比较全
A:
【链接】Gaussian09HelpTableofContents
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2017.06.01 17:05:42
Q:
[图片]
[图片]
A:
[图片]
Q:
这两个的相减可以吗？
A:
什么相减
Q:
第一个图的减去第二个图里两个片段的能量和
A:
可
Q:
盐溶液是氯化钠，想计算它对键能的影响，盐溶液不设置，以氯离子代替
12号原子是氯离子
A:
根本就没法这么考虑
Q:
就是盐溶液必须要设置吗？老师能细说一下吗，该如何去计算
A:
隐式溶剂模型下，盐溶液和水是一码事
你那种模型是氯离子对键能的影响，和盐溶液的影响完全不一码事
一般的隐式溶剂模型没法体现离子强度，只能靠介电常数来体现溶剂环境
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2017.06.01 17:27:28
Q:
请问老师，为了说明一个分子受光照之后形成了双自由基，除了可以用原子电荷说明，还可以怎么说明形成的是自由基？
A:
原子电荷根本没法说明
看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
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2017.06.01 17:57:08
A:
新文章
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6020
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2017.06.01 18:10:06
Q:
老师我在优化的时候用6-311G（d,p）单电能时用6-311+G（d,p），这算的上是带弥散的中上等基组吗？
A:
只能算中等
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2017.06.01 19:00:17
Q:
老师们，有没有赖文的量子化学上中下册pdf版
之前看到卢老师在论坛发过，但是失效了
A:
群文件最底下就是
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2017.06.01 19:03:13
Q:
群里面有人做过计算吸附能的，有参考文献发给我看看吗
群里面有人做过计算吸附能的，有参考文献发给我看看吗
群里面有人做过计算吸附能的，有参考文献发给我看看吗
A:
一条信息不要连续发多遍
一搜一大把，求的功夫自己早找到一堆了
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2017.06.01 20:13:06
Q:
[图片] 老师，ELF图中，怎么标上原子label
A:
图上已经有label了
没显示出来的是因为距离平面太远，后处理菜单有选项设定多远以内的绘制在图上
Q:
[图片] 老师，这两个图是怎么放到一起的？
[图片]
画图是否美观，代表了作者对自己的工作理解程度多少
A:
Multiwfn绘制平面图的时候直接就可以选择地形图+投影图。看手册4.4节例子
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2017.06.01 20:54:04
Q:
sob老师，我计算的过渡态只有一个虚频，但是虚频大小只有-70多，跑IRC正确结束，对两边的物质优化分别得到反应物和产物，这个计算的是正确的过渡态吗，有没有虚频这么小的过渡态呢？@Sobereva
算了好多正确结束的都是这个虚频
A:
传个IRC输出文件一看就清楚了
一般化学反应的虚频不会这么小。这么小多半都是构象/构型转换的过渡态
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2017.06.01 21:16:35
Q:
[图片]老师，麻烦问一下您这是什么错误该怎么解决？谢谢老师。
也可以不做
A:
如果用了saveNBO去掉，如果没用也这样，换NBO6
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2017.06.01 21:31:41
Q:
[图片]
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1206
看了sob老师的讲解注意事项，不过，要是很强的氢键做成这样的RDG可以吗
对，我还没有填色
我是想这样的话也两个圆片呐，这样OK吗？
geom=connectivity 可以去掉
A:
你这图很诡异，即便是很强氢键也不该是这样。你可以把RDG_maxrho设成0，然后作图看看不做截断时等值面是什么样的
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2017.06.01 21:36:52
Q:
各位老师，我想请教一个问题：在gaussian 09中能按照Sob老师在博文《gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法》中提到的方法利用IOP手段使用XYG3双杂化泛函吗？
A:
不能。XYG3比起DSD-PBEP86-D3不会有任何优势，只有劣势，没有使用意义
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2017.06.01 21:43:53
Q:
买一个USB接口的固态硬盘，插在linux主机上，然后扩充linux的虚拟内存，虚拟内存文件放在固态硬盘上，这样做是不是相当于加大了linux主机的物理内存？其速度，与用内存条增加内存相比，慢很多，还是只慢一点点？
A:
比内存慢一个数量级甚至两个数量级以上
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2017.06.01 21:44:17
Q:
老师您好，请问如果要优化一个大的（大约150多个原子）有机金属配合物，其中只有4个Ni原子，不用赝势基组可以吗？用什么基组和泛函比较好呢？体系中有较多单键连接的芳环，谢谢老师啦~~
A:
可以不用
B3LYP
6-31G*结合SDD
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2017.06.01 22:27:23
Q:
[图片]之前mopacxyz产生0字符xyz文件的问题解决了。原来是我输入文件里的Cartesian的C写成了小写。@米豆豆
用mopac输出文件比较两个构型稳定性是比较生成晗还是总能量？生成晗越小越稳定，对吗？
A:
MOPAC输出的总能量没意义
严格比较应当比较自由能
用焓比较只是近似
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2017.06.01 23:44:18
Q:
文献有的APT charges（atomic polar tensor）如何计算，Multiwfn可以计算吗请问
A:
GAPT电荷的原理和性质
http://sobereva.com/208
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2017.06.02 06:26:34
Q:
老师您好，我想问一下，用Multiwfn做拉普拉斯电子分布的时候，我如何可以知道在BCP处的 ρ(rc) the electron density at the bond critical point, and Δ2ρ(rc) the Laplacian of the density at the bond critical point呢？谢谢
A:
手册4.2.1节的例子完整做一遍就知道怎么看某个CP的各种实空间函数值了
用拓扑分析功能里的选项7
这里也说了
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2017.06.02 07:25:37
Q:
请问gamess里面的vec是什么意思
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
这里说了。初猜波函数，一个轨道就是一个矢量
Q:
嗯嗯。vec里面每行有七个数字不知道分别是什么意思
A:
MO序号，记录此MO的行号，MO展开系数
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2017.06.02 08:46:16
OA:
先降低精度优化，几何优化对水平要求不高
已经是最低精度了
Q:
还有是低能构象怎么确定？直接搜索构象找能量最低的结构吗？
OA:
构象搜索
Q:
直接取能量最低的就是低能构象？
OA:
算自由能
先构象搜索搞一批低能构象结构，再精算求自由能，最后排序
Q:
取自由能最低的作为低能构象？
OA:
用自由能
Q:
好的
谢谢了
mopac会输出自由能吗
吸附能怎么计算呢
OA:
MOPAC输出生成焓
Q:
好的。那sob老师的意思是严格比较还是要用高斯输出的自由能比较是吗？
OA:
你就用庸人做法比较
Q:
也就是用mopac生成晗比较是吗
OA:
高精度电子能+优化结构level下的热力学校正量
Q:
老师，我想做的是大体系堆积计算。用mopac计算，能不能直接用不同堆积模式的生成晗来比较那种堆积更稳定？
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2017.06.02 09:25:25
Q:
老师您好，我是石油地质专业的，现在的研究方向是NaCl溶液中氯离子对烷烃和芳烃碳碳键键能的影响，希望通过高斯软件来实现分子模拟。我有些问题想请教一下老师：我想在溶剂模型SMD中计算烷烃碳碳键的键能，[图片]计算2号和6号碳原子的键能，氯离子是在原子分组中设置的-1价，氯离子直接这样放在烷烃分子旁边就可以了吗？
OA:
量化的热力学计算精度就不错了
A:
设几价毫无意义
Q:
请问下sob老师，如果要研究硝仿肼的不稳定原因，可否从静电势和电子密度差图叠加说明阴阳离子易于分离，从反应位点上说明其易发生某种亲电放应而从分子结构上说明其不稳定原因。
您是说直接放个氯原子就可以了是吗？
OA:
正常设初猜，正常优化就可以
A:
先明确是哪种不稳定
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
Q:
这个能量[图片]减去[图片]这两个片段各自的能量，就是2号和6号碳之间的键能了吗？我在计算单点能的时候用的这个基组# ub3lyp/6-311++g(2d,2p) scrf=(SMD,solvent=water)
A:
键级、键能、软度等诸多量都有可能对于解释此问题有用，从不稳定性的本质上决定怎么讨论
昨天有个人问过相同的问题
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2017.06.02 09:25:25
Q:
想请教一下如何改善Gaussview经常自动把键给改了这个问题，本来是双键的地方我保存后修改了输入文件的命令行之后，其他没改，结果再用GV打开就完全不对了，苯环上面经常少个键啥的，用gaussian算了结果就完全不正常了
请问有什么办法可以让gaussview不改变键吗
A:
键连关系根本不影响量化计算结果
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2017.06.02 09:30:23
Q:
[图片]想计算上图结构的NBO电荷分布情况，命令行是# opt b3lyp/6-311++g(2d,p), pop=nbo，然而log文件报错[图片]C5的p轨道的问题，请问老师如何解决啊
A:
那叫NPA电荷
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
把弥散去掉再试，还不行就用NBO5/6
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2017.06.02 10:22:09
Q:
请教一下各位老师，multiwfn如何显示图中的氢原子啊，调了好久调不出[图片]，请教一下各位老师
A:
氢原子离作图平面那么远，显然默认时不显示
[图片]
改这个
Q:
0
知道了，谢谢sob老师
知道，谢谢老师，如果这两图一个静电势极大值图[图片]和ALE[图片]上重叠的点是不是与碳负离子结合的点，这样寻找构型是否可行？如果将碳负离子加入后（加入1,5,6的各点附近产生不同构型），是否能量最低就是最稳定构型？
A:
此例讨论ALIE没有意义
阴离子结合到分子表面静电势极大点位置一般是最有利的，但有条件的话最好优化一下进一步验证
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2017.06.02 10:24:10
Q:
[图片][图片]第一个是输入文件，第二个是我用TD算的第一三重态，我是算TADF的，Ｄ－Ａ分子扭转角，但是明显Ａ片段的中间那个苯环的键都被改了，导致ＣＮ端的键角发生变化，而我想看的Ｄ－Ａ二面角没有变
OA:
不能光看GV里键的显示就说苯环的键被改了。。
优化 T1 建议用 UDFT
Q:
。。。我就是要变DA的二面角啊，我要做的就是改变分子扭转角来看能量变化哇
而且我试了UDFT算T1 但是S1怎么用udft呢，s1还用rdft的话算交换能会不会不准确？
是啊，这样算S1 T1交换能就很不准了啊
[图片]
OA:
优化结构和算激发态两码事呀……
A:
根本就没有S1 T1交换能这种说法
OA:
UDFT下结构制作做个TD三重态
Q:
就是算T1 到S1的转换能量啊
A:
算就算，那叫E_ST，干嘛提交换能
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2017.06.02 10:53:25
Q:
老师，我在找过渡态的时候没加水溶剂之前一下就找到了，但是加上水溶剂之后总是出现振荡，把步长设置成1一开始没振荡后来又振荡了，我的分析是77个原子的有机分子，用的方法基组是m062x/def2svp，对于这种情况我该怎么解决呢？
A:
如果用的SMD，换默认的IEFPCM再试
也尝试gdiis，博文里都说过
Q:
老师，如果溶剂模型由SMD换成IEFPCM，或者优化的时候换成gdiis，是不是同一体系其他的物质计算的关键词也要换成这个呀？
A:
优化时候IEFPCM和SMD基本没区别
用不用gdiis的结果有可比性
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2017.06.02 11:40:49
Q:
老师，如何停止gromacs在服务器上的运算呀？
A:
kill
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2017.06.02 11:43:53
Q:
我想确认一下，老师，CCSD(T)的话，用不用辅助基组没有什么大区别是吗@Sobereva
A:
对于ORCA，RI-CCSD(T)不会节约时间
Q:
老师，不太明白你说的意思/可以再解释一下吗
A:
你用辅助基组不就是要用RI-CCSD(T)
如果你是指对HF部分用RI，HF占CCSD(T)的总耗时微不足道，用RI也没太大意义
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2017.06.02 12:22:23
Q:
早上断网了，没看到信息，请问文献的APT charges（atomic polar tensor）如何计算，Multiwfn可以计算吗
A:
GAPT电荷的原理和性质
http://sobereva.com/208
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2017.06.02 12:40:33
Q:
老师，算偶极矩的话，APT和NPA电荷哪个更好一点？
A:
哪个都巨烂
用我提出的ADCH
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
Q:
好的
谢谢老师！
A:
唯有ADCH是能精确重现基于波函数计算的分子偶极矩的原子电荷
但如果你的目的只是计算偶极矩，完全没必要算原子电荷
Q:
老师，我不是计算偶极矩，我的主要目的是对比不同取代基对反应活化能和反应热的影响
A:
看手册4.7.2节的例子
一搜ADCH立马也能找到
Q:
算了，我想解释一下不同取代基之间活化能和反应热不同的原因，所以才想算一下不同取代基对所断裂的键的电荷的影响呀
成键偶级是不是用NBOread这个关键词算的那个呀？我就是想算这个呀
A:
NBO的dipole分析只是计算键偶极矩的方式之一，Multiwfn里至少支持5种以上方法能用来考察键偶极矩
Q:
老师，请问Multiwfn里考察键偶极矩这个有没有操作指南和怎么分析结果的示例呀？
A:
优先尝试第一种
(1)Multiwfn里做ELF、LOL盆分析，计算对应于成键的盆的电多极矩（包括偶极矩）。参考手册4.17.2节或《使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析》（http://sobereva.com/179）
(2)进入Multiwfn主功能200，选2 Calculate atomic and bond dipole moments in Hilbert space，原理在手册3.200.2节有详细介绍
(3)用Multiwfn的模糊空间分析功能，选8 Perform integration in fuzzy overlap region for a real space functions，被积函数选择自定义函数。在计算之前，应当通过settings.ini的iuserfunc将自定义函数切换至21~23，详见手册2.8节的相应介绍。
手册4.200.12节还演示了怎么计算键极性指数，也可以参考
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2017.06.02 13:09:14
Q:
老师，想再问您一下，用NBO做的dipole分析，log文档中的哪一部分才是这一部分的输出结果呀？
A:
仔细一看不就找到了
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2017.06.02 14:03:59
Q:
大家好，我是本科萌新，方向，，分子模拟
OA:
本科就做分子模拟……那就不只是萌新了
A:
计算化学要从娃娃抓起
Q:
萌新！
A:
刚发现，萌新和你撞头像了。已经不是poi了
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2017.06.02 14:23:53
Q:
[图片]老师您好，我想请教一下赝势基组的用法，按照博文给出的例子，是每一组用某种赝势的原子写完了以后最后都要跟一个‘0’吗？用来分隔的四个星号是要自己输进去的还是博文为了方便观看加上去的呢？为什么下面那个例子中La和Lu在写赝势基组定义的时候元素后面没写0呢？谢谢老师~~
A:
0可以省
星号必须写
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2017.06.02 14:40:38
Q:
给孩子买了套这个，计算从娃娃抓起
A:
那个量子物理学一看封面就知道是伪科学
Q:
233333
那个是奶嘴
A:
不能让孩子产生错误的观念
Q:
[图片]
中科大出版社呢
扎克博客给他女儿读的
A:
宁可不看也不能看那种东西
Q:
扎克伯格做网站可以，做物理老师给我提鞋都不够
那我不给宝宝读了，他对轨道跃迁很感兴趣
[图片] 这套书怎么样？
我一直收藏着
不错
A:
有的还行
我买过近10本
Q:
http://pan.baidu.com/s/1hsgh3Pq
等孩子长大了让他读费恩曼讲义吧
你们觉得高中参加数理化竞赛了有用？
A:
有用
说来liyuanhe也是竞赛出身
Q:
与其让孩子学那些高大上的学问，还不如好好学学古典的东西，好好读读论语，我发现论语里有很多至理名言，而好多人根本就做不到
A:
不知道该学什么的，一律去学点编程，总用得着
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2017.06.02 14:46:54
Q:
我想问一下，在高斯view里怎么直接画两个并环结构？
A:
gview里不好画，在chemdraw里画最方便
如果两个六元环，gview自带了萘
Q:
[图片]
没有自带的苯环并八元环
用chem3d画的pdb格式在gv里运行计算的时候产生的gif文件里坐标前面有(PDBName=C,ResName=,ResNum=1），，，如何避免？
[图片]
老师请给解答一下吧
A:
用pdb格式就没法避免
用其它格式便可
Q:
所以我想问老师如何直接在高斯view里直接画并环结构？
A:
说了，用chemdraw
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2017.06.02 14:52:50
Q:
S0的命令：#p opt b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
T1的命令：#p opt TD(triplet，root=1) b3lyp/6-31g(d)
对吗？
看老师帖文里说算激发态需要先优化再计算，但我暂时还不会
只能通过看源码才能看出来
所以我用#p opt b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity算出来的是基态的吗？
A:
问问题前多动动脑
根本没让程序算激发态，凭什么得到激发态的结果
此文已经写得详细得没法更详细了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
赶脚大博士现在喜欢用反问句了
好的，谢谢老师
A:
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
我对我管理的地方的平均讨论质量很敏感
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2017.06.02 14:55:11
Q:
请问下大家有用AUTODOCK 做蛋白跟小分子对接的吗？
想问下有没有遇到过在autodock里边设置docking参数时候macromolecule-set rigid filename 时候打开一直没东西
因为我做的是刚性对接所以并没有用flexible residues 里边的save flexible PDBQT-save rigid PDBQT
直接从 file-save PDBQT
会对后来docking 有影响吗？
拜托拜托，有懂我刚刚问的问题的童鞋嘛？帮忙解答下把
A:
说了，autodock
Q:
想问下有没有遇到过在autodock里边设置docking参数时候macromolecule-set rigid filename 时候打开一直没东西
A:
七八年前用，现在也忘得差不多了
截个图
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2017.06.02 15:07:45
Q:
请问下用gaussian09算DFT-D3这样算是命令不对还是我的09版本问题[图片]
A:
点了之后什么样？
Q:
但我下载的windows的DFT-D3程序打不开
A:
使用方式不对。仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2017.06.02 15:12:22
OA:
远离 6-31G
6-31有什么问题吗？
A:
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
OA:
好吧
A:
仔细看群文件里的群规
违规一次已记录
OA:
咋就违规了
我看看
A:
仔细看群文件里的群规
OA:
这个词是NG
A:
违规的会被优先踢
OA:
不要用那两个词
A:
入群第一件事是看群文件里的群规
OA:
2群不出3个月估计要满了
Q:
好的老师
A:
2个月内估计就会满，到时候踢300人
Q:
老师我问题比较多而且可能蠢，所以等我报完名上完课再踢啊
A:
平均每个月加入120人，应该再过一个月出头就满了
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2017.06.02 15:22:36
Q:
有人能下载百度文库的吗？https://wenku.baidu.com/view/71d4f05c52d380eb63946d08.html
A:
学术无关的不要在这里求助
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2017.06.02 15:30:20
Q:
[图片]
问个题外话，这个计算是怎么得到的？
忘记了
A:
还是看看szabo的现代量子化学吧，这些东西szabo那本书里讲得最好
Q:
好的，待会翻阅下，在实验室，没带那本书
A:
比如h(1)，只作用到(1)的波函数上，所以(2)、(3)间的积分就被提出去了
----------------------------------------------------
2017.06.02 15:32:06
Q:
求文献，http://www.worldscientific.com/doi/pdf/10.1142/S0217984992002106
看群规
A:
违规一次，已记录
Q:
不好意思，，
我在国外，
不能用 scihub
A:
没听说国外用不了scihub的
Q:
[图片]
OA:
好像美国就用不了，把sci-hub给禁止了
Q:
我加了sci-hub之后就是这样了。。。
OA:
在英国的时候用不了
A:
.cc去哪了
OA:
在某些运营商网络下
Q:
跳到Google显然是根本没按群规用
A:
把我图中的网址精确输入到你的浏览器栏
我开着美国的VPN照样能用sci-hub
Q:
走美国英国新加坡加拿大日本俄罗斯香港的VPN都没问题。
[图片]
还是不行。。
A:
[图片]
Q:
或者sci-hub.cc/10.1142/S0217984992002106
OA:
谢谢 Sob
Q:
[图片]
还是不行。。。
你没有专门的文献求助群吗
A:
恩，下次求的时候注意附上这种sci-hub使用无效的截图，以免误会
Q:
[图片]
这个也不行。。。
那就网络问题了
其实这个就是我的文献求助群，，
收到，感谢大家～～
这个是我们的学习群，
这不是文献求助群
OA:
35514315 文献群
Q:
[图片][图片]
感觉要被踢出去了。。。
国内没有同学？
sci-hub不行还是可以求的
好的，感谢
可以让关系不错的同学给你找
。。。。算了我的这种行为这就引发了讨论了？
。。。。
不管怎么样，还是感谢大家～～
A:
本群允许求sci-hub下不了，或者因为网络等原因求助者没法用sci-hub时求文献（但必须带上sci-hub正确使用但页面出不来的截图）
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2017.06.02 15:39:00
Q:
请问下：SCAN扫描时是否可以同时扫描键长和二面角？
A:
可
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2017.06.02 15:39:14
Q:
各位老师，请教一下，在进行密度泛函理论计算的过程中，解薛定谔方程时采用的是有限差分、有限元以及矩量法中的哪一种方法？
你好，谢谢你的解答刚刚听到你的回答，我把变分法复习了一遍。那么在量化计算的过程中，具体步骤是不是这样的。
1. 基于单电子近似等方法对波函数进行初猜，得到初猜波函数；
2.利用变分法得到一个能量；
3.将这个能量代入到薛定谔方程中，解得新的波函数，
4.重复前三步，知道能量收敛
A:
[图片]
每一次迭代，都相当于在上一步波函数产生的单电子外势下做变分
----------------------------------------------------
2017.06.02 15:39:33
Q:
,老师高斯计算用并行命令%nproclinda之后，出现[图片]该错误的原因是什么？
这个就是输出的最后，failed to open execfile
A:
你确信非得要用linda版？
Q:
?,意思是我用的版本不能并行？
A:
不跨节点就甭用linda
%nproc就完了，何故还写linda
Q:
要跨节点，因为单算节点一个作业十几天
A:
8成是没配置好，或者本身就不是linda版，找不到linda相关的可执行文件
----------------------------------------------------
2017.06.02 15:46:03
Q:
我追你，就是长程；你同学追你，就是短程。
OA:
能嘿嘿嘿的是短程，不能嘿嘿嘿的是长程
Q:
简直，太污了。
A:
短程、长程就是指交换-相关势里面r是比较小还是比较大的情况
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2017.06.02 15:48:12
Q:
sob老师，如果算一个离子，含有15个原子，单点计算的话用MP2/aug-cc-PVTZ这个基组I5的双核处理器能不能算的动？
A:
能，但是很耗时。如果用ORCA做RI-MP2则比较轻松
----------------------------------------------------
2017.06.02 15:49:45
Q:
请问这样也打不开是什么问题
OA:
不要用./
A:
DOS和linux不一码事
Q:
要算的文件要跟程序放一起不
OA:
我感觉他用的是LINUX版
Q:
[图片]
我的是windows
OA:
那是LINUX版
A:
MS-DOS就是windows的console界面
和以后的人说在DOS下运行程序，还得先科普下DOS
Q:
那wiindows应该怎么样输入程序命令
A:
不要用./
Q:
谢谢老师
OA:
[图片]发软件得跟所有人说明白蹦出黑窗口不是出错了
A:
看来微软有把黑窗口美化的必要
OA:
然而这年头真正的dos早就死绝了，连cmd这个界面也要被powershell取代了
Q:
[图片]这样还是打不开
A:
有的人一看在某人在黑窗口前敲键盘，还以为是黑客
OA:
[图片]我在实验室一用ssh就有人围上来看，还有人问我在黑谁
后来调成了白底黑字，就没人看了
A:
23333
OA:
你们实验室都是实验党啊
是
就我一个[图片]
这画面很有立体感
李大博士满脸黑客相
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2017.06.02 16:06:57
Q:
[图片] 老师您好，请问一下，我在做CDA分析时，取之前优化好的结构来做，怎么老是SCF不收敛呀？报l502错误
A:
不要用斜体，字号不要超过12，注意群规
Q:
好的，不好意思
A:
仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
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2017.06.02 16:09:36
Q:
contracted GTF 是不是就是指基函数？
A:
是
也有基函数是uncontracted
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2017.06.02 16:24:20
Q:
请问比较严谨的写法，与the frequency-dependent first hyperpolarizability相对应的就写static first hyperpolarizability吗
A:
对
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2017.06.02 17:41:44
OA:
昨天才换的头像，今天就有人撞哎
A:
说明和泉纱雾太火了
Q:
埃罗芒阿老师不会这么可爱
为什么日本的漫画可以在台湾地区出版，在大陆就不行
OA:
光腚总菊
和焚化部
[图片]有代理商就好办
Q:
台湾连射雕英雄传都禁过，现在开放是吃了封闭的亏
我怎么也开始有推妹的想法了？得去德国骨科看看了
准备日后画一幅《推妹图》，和古代的《推背图》遥相呼应
A:
你少看点伏见司的东西吧
Q:
被洗脑好几天了，一直忍着没法做，今天让大博士给勾出来了
A:
你把封皮上的闭环过渡态找出来，走IRC，冷静一下
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2017.06.02 18:00:10
Q:
请教大神，用B3LYP方法算氢原子单点能的时候，EE值（electron electron repulsion）不为0是因为DFT方法的SIE效应吗？
A:
是
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2017.06.02 18:14:48
Q:
请问老师，如反应 A+B->AB,（产物AB是通过氢键相互作用形成的团簇）计算产物AB的形成自由能 detal G时可以进行BSSE校正吗？可以认为A 和 B是片段吗？
请问老师，如果使用M06-2x/6-311++G(3df,3pd) 方法优化结构，CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12方法计算单点，那么如果计算反应 A+B->AB的（产物AB是通过氢键相互作用形成的团簇）产物AB的形成自由能 detal G时用BSSE校正，是用M06方法还是用CCSD进行BSSE校正呢？
A:
显然不能是M06-2X，又不是计算能量的级别
CCSD和CCSD(T)也差得远
Q:
嗯，写错了，是CCSD(T)
好的，多谢老师们，也就是说计算通过氢键结合的团簇的形成自由能需要考虑BSSE效应么？
A:
看你用的基组
aug-cc-pVTZ级别，对于氢键来说是否考虑BSSE问题无所谓
不带弥散则必须考虑BSSE
Q:
如果用的是cc-pVDZ-F12基组呢？
A:
也得考虑
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2017.06.02 19:26:23
Q:
B3PW91原文是哪篇呀
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.02 19:37:52
Q:
请问，lammps轨迹能否像Gromacs的trjconv一样修正轨迹
A:
lammps我不怎么用，不知道是否自带，没有的话可以试图用VMD的pbctools插件的相应功能修正
----------------------------------------------------
2017.06.02 19:39:51
Q:
[图片]out文件中出现这样的提示是什么意思
A:
这些原子没用赝势
----------------------------------------------------
2017.06.02 20:24:39
Q:
[图片]请教一下老师，中间这条实线类型的相互作用势是什么原因导致的？一般不都是达到最小值之后逐渐趋于0的么？这样的曲线是某个分子的特例还是很常见的类型呢？
A:
那图有问题，别信它，起码没有代表性
----------------------------------------------------
2017.06.02 20:53:06
Q:
lammps可以把轨迹dump成xtc格式吧，应该可以用trjconv处理
tpr文件里存的是初始结构吗？需要这个作reference来修正？好像pdb格式也认。（我已经好久没用GMX了
[图片]
A:
tpr里包含初始结构，还包含力场信息、模拟设定信息。trjconv你用gro或pdb也是可以的
----------------------------------------------------
2017.06.02 22:44:48
Q:
请问在计算磷光发射时考虑旋轨耦合该怎样设置输入文件？
A:
取决于你用什么程序，看手册
----------------------------------------------------
2017.06.03 07:47:05
Q:
老师，trjconv转换参数为-pbs mol时提示的是需要tpr文件，这个是不是还是有参数不对呢？@Sobereva
A:
能用的-s输入文件看你接的参数。-pbc mol是得需要tpr，因为里面含有分子信息，只有这样trjconv才能知道哪些原子算作一个分子来处理
----------------------------------------------------
2017.06.03 08:21:45
Q:
问个问题，
分子在体相中心，可以使用PCM模拟其周围环境作用；
但如果分子处在表面或界面上呢？这样是不是只有一半的PCM的环境作用
这个该怎样描述或计算？
A:
一般程序没法这么考虑在界面的情况，除非改程序，把分子不同表面区域以不同方式考虑
只能显式溶剂模型了
Q:
可以这样不，使用杂化溶剂模型，这样会不会高估了环境到中心分子的作用
A:
杂化溶剂模型也不好搞。周围包一圈，更外层的也只能用一种溶剂作为隐式考虑
----------------------------------------------------
2017.06.03 08:28:19
Q:
嗯，我算的两个2Σ+态的CaF分子之间的相互作用势，二聚体为3重态的时候，相互作用势曲线就是普通的类型，达到最小值之后逐渐趋于零，但是二聚体为1重态的时候，算出来的就是这个类型的了，所以有点懵@Sobereva
A:
根据相互作用本质讨论
不同朝向时势能曲线也会明显不同
----------------------------------------------------
2017.06.03 08:53:23
Q:
sorbereva老师早我有两个计算NICS的问题请教
1 我要计算的分子有多个环是不是所有想考察的环都要加上鬼原子呀
2 我看到老师的博文中写一个环加两个鬼原子的坐标第二个是不是在第一个的基础上z坐标加1即可
A:
1 是
2 环平行于XY平面时，且第一个Bq在环中心位置时才能这么做
Q:
[图片]
老师环在xz平面上
那我要在y轴上加1 对吗
A:
y
Q:
非常感谢老师的指教
再问一嘴老师如果环和平面并不是平行关系而是有一定的角度要怎么做呢
A:
利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ
http://sobereva.com/261
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2017.06.03 09:02:41
Q:
请问老师，b3lyp加上色散之后还能同时做bsse校正吗
A:
那叫加色散校正，不叫加色散
可
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2017.06.03 09:07:11
Q:
VMD是无法显示元素符号的么？
A:
用此文做法就行了
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
----------------------------------------------------
2017.06.03 09:12:00
Q:
[图片]请问老师一个问题，为什么团簇结构具有C2对称性，而HOMO轨道却没有对称性呢？是什么原因造成的呢？
A:
看HOMO的不可约表示，只要程序判断出了C2，则HOMO不可约表示应当属于C2点群下属的不可约表示之一。对照特征标表理解其特征
Q:
谢谢老师，我用的Dmol模块计算的轨道，如何看HOMO的不可约表示呀
A:
仔细看输出文件
----------------------------------------------------
2017.06.03 09:13:06
Q:
[图片]
老师添加第二个鬼原子总是出现在边上这是为什么呀
A:
显然坐标没设对
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2017.06.03 09:16:46
Q:
相互作用势能曲线有两个极小值的那个，是用UHF/def2-tzvp算的，用RHF的时候，算到距离很大的时，不趋于零，而是趋于一个-1000波数左右@Sobereva
A:
涉及到均裂的时候不能用RHF
参考
小谈几种量子化学方法对氢分子解离过程的描述
http://sobereva.com/59
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2017.06.03 09:38:13
Q:
老师，您好！我在优化一个Cu的配合物，配体中含N（吡啶和烷基氮）和O，因为我之前做的有单晶结构，现在我在单晶结构的基础上进行结构优化的计算时，当基组Lanl2TZ(f) for Cu, 6-311G(d) for the others,计算的Cu-N（烷基氮）为2.20362，而单晶的Cu-N(烷基氮)距离为2.093，相差了0.111埃，我应该如何减少这个差值呢？
A:
基组没什么可改的，虽然你想尝试更好的可以用def2-TZVP
误差更多来源应该是在于泛函的选择
Q:
def2-TZVP的基组我也在试，想问一下老师，出了B3lyp泛函之外，能否推荐几个泛函呢
A:
就是这里说的可以算配合物的
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2017.06.03 09:42:45
Q:
老师，请问用gdiis找出来的过渡态，跑IRC的时候是否也需要在关键里加上这个呀？
A:
IRC哪有GDIIS的事
Q:
过渡态的水溶剂模型用的是IEFPCM，跑IRC的时候这个需要在关键词写上吧？
A:
写
----------------------------------------------------
2017.06.03 09:44:48
Q:
各位老师我想问一下，sob老师最近让我看最新版的Multiwfn的教程中的4.200.13 算Pipek-mezey, 可我没看到教程中有这一节，只有4.200.12，接下来是 4.A
A:
下最新版手册
最新版，最新版，最新版
Q:
好的，谢谢老师，我下载的是 Manual_3.4(dev).pdf
OA:
3.4(dev)旗下还分各个日期的版本
而且最近 dev版更新很频繁
A:
[图片]
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2017.06.03 10:00:16
Q:
卢老师，想请教下你，我在mdp文件里面限制了质心平动和转动，为什么模拟时还是出现了这种情况呢？是力场选择有问题吗？[图片]
A:
看不清楚
跟力场无关
培训班的DNA的模拟例子就一点也没平动和旋转
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2017.06.03 10:02:45
Q:
6.1日的版本有啥新内容么
A:
相对于上个正式版本新增的功能在update history里都显示了
----------------------------------------------------
2017.06.03 10:15:46
Q:
请问老师，又没有写过关于nbo分析的博文啊，我想仔细看下这种分析方法
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
OA:
自从某人说了NBO电荷之后，我现在极端讨厌NBO这三个字母
A:
用NBO计算原子轨道杂化后的能量变化
http://sobereva.com/369
简谈NBO间的相对相位问题
http://sobereva.com/191
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级
http://sobereva.com/74
Q:
一种分析方法吧，不好的地方舍弃就是
我现在做原子电荷都使用ADCH
NPA电荷还是蛮常用的
不用了，以后再做体系不用NPA了
A:
NBO框架里NPA是好东西，但是其它很多东西，超过1/2都是糟粕，其产生的有价值的东西还没有其产生的误导性的东西多
诸如拿E2讨论氢键、拿NBO BD轨道讨论团簇电子结构什么的，完全就是胡来
OA:
也就一个NPA可以玩玩，但是其他的原子电荷可以替代，况且能计算NBO的都需要付费
Q:
我用npa去计算氮原子上的电荷，并不是我想要的，是因为我考虑的相互作用不对吗？
A:
有个JANPA程序是个免费的做NPA分析的
Q:
E2不就是拿来讨论共轭的么，还能描述氢键？
我现在也是用ADCH了，感觉电荷算得准，
A:
很多人就是滥用
以讹传讹
Q:
日本人写的软件？现在看见J开头的都以为是日本的
A:
NBO框架里根本没有能用来正确描述分子间相互作用的东西，于是有人就拿E2瞎讨论了
东欧的人写的
Q:
另外用了与结构优化不一样的方法计算电荷，审稿人不让怎么办？
NBO原理上感觉不如AIM严谨
A:
JANPA光是看着就觉得难用
Q:
我觉得nbo算得三中键级还是挺有用的
用一样的方法npa电荷就不对，不是我想要的
Sob老师在原子电荷的计算方法对比那篇文献中说用NPA电荷分析静电相互作用不合适，那么是不是也表明用借助NPA电荷讨论氢键不适合。
A:
AIM主要基于实空间函数，NBO基于轨道，各有长处，对同一问题可以从不同角度讨论
不过NBO里误导性的东西比AIM里要多得多得多
Q:
含弱相互作用的体系应该用基于实空间函数的原子电荷分析吧？
AIM的主要功能是不是Multiwfn都支持？
好的，谢谢老师！
盆分析，拓扑分析，AIM电荷，有用的就这些
A:
是。没支持的也都是基本没用的，什么应力张量分析之类
Q:
soga，因为之前看QTAIM的书，发现很多东西已经在Multiwfn见过了
A:
描述弱相互作用中静电作用的原子电荷，就用我那个原子电荷对比里，对静电势重现性好的就行了
不一定基于实空间函数的都适合，比如用Hirshfeld还不如Mulliken
QTAIM里有用的分析，Multiwfn都能做，而且最好最快
Q:
真好，好些体系都套用NPA电荷，不明就里地分析一大通，好像NPA万能似的
NBO框架下的NAO来分析原子轨道成份应该还是满靠谱的哈？
A:
很多人一点NBO不懂，什么分析都瞎往NBO那里靠
OA:
他们的波函数分析的知识也就停留在用NBO而已了
我感觉主要原因是NBO gaussian 内置
A:
这是二茂铁的Fe的原子电荷，不同基组居然NPA电荷差那么多，简直胡来
[图片]
Q:
Hirshfeld怎么出现了3.1版本？
A:
NPA对于过渡金属往往有明显问题，很早以前morokuma的CPL文章里就指出来了，后来NBO作者试图改进，但感觉也没怎么样，起码NBO5时候问题还挺大
3.1、5指的是NBO版本
Hirshfeld和3.1无关
Q:
还是Hirshfeld更好
A:
初学者很多都被NBO愚弄了
OA:
大博士的数据这么快就能算出来？
A:
之前算的
现在正在写《Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比》，其中也会对NBO搜索轨道方式进行一些批判
Q:
铁原子包含在两个五元环里，静电势方法是不是不太好描述？
ADCH是不是更稳妥？
A:
之前写这篇文章时候
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362
用的是NBO轨道，发现OsO4结果很烂，根本没法判断对Os氧化态。后来改用Multiwfn做Pipek-Mezey轨道定域化，再用LOBA，发现结果就合理了。问题完全是NBO导致的。昨天把这个博文重写了一半。
用拟合静电势电荷对于二茂铁，得到的铁的电荷难以描述实际铁在这个分子里的电子结构特征。
ADCH可以
OA:
大博士治学严谨，实乃我辈楷模
果然，ADCH对Hirshfeld的校正是必要的
A:
也看目的。对于预测反应位点，Hirshfeld比ADCH好一些
Q:
NPA电荷怎么 3.1 和5.0版本算出来的差这么多？
符号都有相反的？
正常，作者在修改计算方式？
A:
因为NPA电荷对于过渡金属的软肋被morokuma等人指出来，weinhold等人就在后来的版本中试图改进来补救
Q:
那内置的3.1模块算普通有机化合物（不含过渡金属）还靠谱不？
A:
不过NBO5里，不同基组结果差那么多，也可见NPA内在的问题还是没解决
有机可以
Q:
基组依赖性也夸张了
A:
[图片]
这是提出改进方案的那篇
----------------------------------------------------
2017.06.03 10:44:13
Q:
老师，是不是泛函所含HF成分越高，计算的势垒越高？
A:
往往如此，但不一定
----------------------------------------------------
2017.06.03 10:44:13
OA:
德国总理默克尔早年发表的一篇JACS
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00233a012
额，确实够早，30年前了。
好牛啊
Q:
哈哈哈
A:
10引用
OA:
同行啊看来
A:
有点拖了JACS后退
----------------------------------------------------
2017.06.03 11:20:19
Q:
大家好，请教个问题，现在算一个分子频率一直跑，可是跑不动，停在这都有3天啦，是缺少关键词吗？[图片][图片]
A:
继续等
如果体系太大，优化和振动分析都不要弥散
----------------------------------------------------
2017.06.03 11:30:54
Q:
[图片]老师我这个拓扑分析图临界点找不齐这个怎么解决啊谢谢了
A:
都是什么原子
用什么基组
Q:
mp2/aug-cc-pvtz C2H4HCCH
B3LYP/aug-cc-pvtz 也是这样
A:
输入文件发给我
Q:
好的老师
老师服务器现在登不上我下午给您发
A:
所有CP能找到啊。用最新的3.4(dev)版
[图片]
注意，你计算时候没用density关键词，而且用的又是C.01以前的版本，所以虽然你用了MP2，但是wfn里记录的是HF轨道，而不是MP2自然轨道。分析结果还不如B3LYP
这个问题这里强调了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
Q:
好像是380
379 打不开
A:
已修正
----------------------------------------------------
2017.06.03 11:43:40
Q:
老师您好，我想请问一下，高斯会自动判断分子对称性，意思是说，只要我不写nosymm，如果优化开始时分子的对称性点群是啥，直到优化完了分子还是会保持原来那个点群对吗？
A:
仔细看此文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
请问各位老师，英文版的高斯手册哪里有下载呢？谢谢啦~
A:
在线看sobereva.com/g09
高斯官网上也有g09手册的网页版的压缩包可以直接下
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2017.06.03 14:00:37
Q:
[图片] 请问用ZINDO算激发态这个错误是第5号原子有问题么
A:
没那个元素的参数
Q:
那是算不了么那高斯应该怎么改呢
A:
没法改
Q:
好吧明白了谢谢
A:
注意阅读群文件里的群规，不要用“好吧”做句子开头
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2017.06.03 14:05:11
Q:
请问，有会计算电荷跃迁积分的吗？
A:
[图片]
看是否是你要算的。Multiwfn可实现
如果不是，贴出具体定义
Q:
[图片]
[图片]
The Journal of Physical Chemistry C, 2013, 117, 16336-16342.
The Journal of Physical Chemistry C, 2013, 117, 16336-16342.
A:
看http://bbs.keinsci.com/thread-1732-1-1.html
----------------------------------------------------
2017.06.03 14:17:36
Q:
xtb的压缩包谁手里有？我向Grimme发邮件，但是还没有回复
先谢谢各位了
Multiwfn里有格式转换
OA:
谢谢老师们！
Q:
那个17年的新的半经验方法？
A:
按照Grimme的习性，如果那个程序已经搞得很stable了，肯定会挂在他网站上
没挂上去估计还不够成熟
Q:
看来还在beta测试
A:
很可能下个ORCA大版本就会直接支持
Q:
orca年末好像要出4.1
ORCA如果能把优化算法弄好点我就弃gaussian了
A:
ORCA没IRC很诡异
Q:
其实ORCA 加个配套可视化，一些小功能再完善一下，比如加电场，比如解析超极化率
那就好了
A:
三阶解析导数不算是小功能
IRC是必须加的
Q:
ORCA有可视化，优化搞好点谁还用gaussian，那么贵，不过说起来如果orca这么好用了估计就商业化了
现在不是有商业化趋势了么
只不过学术永久免费
A:
[图片]
[图片]
有1%的可能性明年开始开发"orcaview"
Q:
对的，之前我在说明书就看到，他们说对于超极化率这块不打算继续开发。
就算开发出了也不怎么好用吧，gaussianview也不是不能完全发挥gaussian的性能
但是不得不说，gv里有很多功能很实用，比如给分子划分片段
A:
但目前的支持orca的可视化程序连gview对Gaussian起到的1/3的功能都没有
Q:
这倒是，gv可是搞了很多年了
你做cda分析配合gv划分片段很爽的
A:
chemcraft还收费，虽然比gview便宜得多
gabedit丑得要死
avogadro容易崩溃，各种bug
Q:
chemcraft看个轨道慢的要死
别用它看轨道呗
chemcraft我觉得一些分子显示风格蛮好看的
比如热椭球风格
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2017.06.03 14:22:32
A:
经常在电影院看完耗资N亿的大片的ED名单时候想，如果这么多人、这么巨大的投资都用来开发一个量化程序多好
有个加勒比海盗5的投资，弄一个在80%方面超越Gaussian的程序不是难事
Q:
这就是艺人收入比救命的大夫高一样的
还是票房收益来的直接，做个软件还都是盗版
OA:
关注度高的东西来钱快。
A:
钱完全没花对地方
OA:
越是符合大众水平的东西，越容易赚钱。
Q:
Neese 在说明书里多次恳求引用不要只引那篇wires上的，要引他们组其他文章，这样才能得到更多基金支持。但我感觉ORCA发展到现在也不是很缺钱呢
A:
对他们而言多多益善
Q:
知名度不高还不收钱肯定很困难啊
OA:
没人嫌钱多吧。
钱越多对他们发展越有利
Q:
这倒是
A:
Neese要想引用增得快，DLPNO那些东西可以先放放，在两年内先把orcaview搞出来，IRC加上，计算Hessian等常用代码稳定度再高一些。争取TDDFT解析Hessian加上，就能啃掉Gaussian一大块市场
Q:
DLPNO虽然很好玩但是感觉科技树点歪了
这算是他们的特色吧
A:
DLPNO这东西，结果受阈值设定太明显
阈值设得紧，结果好，耗时高
阈值设得松，结果烂（误差能到几kcal/mol），耗时低
其实还未必有借助MP2产生CCSD(T)/大基组的做法划算
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2017.06.03 14:22:32
Q:
老师们，请问高斯09W如何将已经优化的分子结构输出.xyz文件？
A:
用Multiwfn载入fch文件，用主功能100的子功能2转换成xyz格式，详见此文最后一节
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
OA:
哈哈电荷转移积分是很老的一个坑，sob老师还没填完
A:
打算电荷转移积分单独写个程序，不弄到Multiwfn里面
Q:
还有个怨念：Multiwfn不支持平面波。。。
OA:
qc里很少用平面波的吧
A:
其实第一届Multiwfn培训班之前就写了个半成品代码，后来一直也没填坑
去年又写了GMH的代码，但还有点坑没填
Q:
qc虽然用得少，但是现在平面波程序搞得很多分析都没办法做
A:
我只喜欢高斯函数
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2017.06.03 14:53:24
Q:
老师，麻烦问一下这种报错是为什么？[图片]
A:
贴关键词
Q:
[图片]
A:
去掉guess=huckel
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2017.06.03 15:05:20
Q:
老师下午好，请问判断三种激发类型的参数：D与S，它们的大小有什么比较标准么？比如0.2，当D与S小于0.2时便认为很可能是Rydberg激发
A:
没有确切标准。结合hole-electron图像判断
Q:
好的，谢谢老师
老师，我计算过第一激发态与基态的直积，结果是跃迁允许的，请问这个跃迁就一定是允许的了么？还有没有可能我没考虑的其他因素导致它跃迁禁阻呢？
A:
这只是说不会一定精确为0，但不是说实际就明显是个大于0的数
是否允许要看最终算出来的f是多少
Q:
好像您博文里说的，f大0.01可以算非禁阻，是么
A:
姑且可以这么说，没有严格标准
Q:
老师，请问怎么看激发时转移的电荷量呢？
A:
multiwfn手册4.18.3节的例子
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2017.06.03 15:12:38
Q:
请问老师，ccsd(t)和ccsd(t)-f12的区别大不大？
A:
显然差别大
Q:
差很多吗，明显感觉12要快
A:
说快慢要先有前提
Q:
奥
A:
对于大一点的体系，论耗时，CCSD(T)/cc-pVQZ耗时明显比同档次的CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12要高很多
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2017.06.03 15:19:21
Q:
[图片]请教一下，这里的Gb是不是就是multiwfn里输出的Lagrangian kinetic energy G(r)?[图片]
A:
是
Q:
好的，谢谢老师，那Multiwfn输出的是不是原子单位呀？
A:
没注明单位的一律是原子单位
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2017.06.03 15:41:16
Q:
mp2生成的wfn文件分析AIM和RDG以及静电势，没加关键词density，这样有问题吗？老师
我之前生成的wfn文件都没加density
A:
对于C.01以前的版本，结果是HF级别的
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2017.06.03 15:44:28
Q:
sob老师，你好！请教一个问题: 我有大概20万左右预算买服务器，做高斯和分子动力学计算，现在不知买单台还是集群？宝德的客服说这点钱最好单台，性能更好。我不知道该如何选择，之前不太懂。谢谢！
A:
单台根本花不掉20万，如果四路根本划不来
OA:
谢谢老师
Q:
那就是集群么？谢谢！
A:
y
Q:
老师，集群处理器最好能配单哪个级别？
A:
每台28~40核，动力学为主的话内存32G就够，量化为主的话建议128G。能买几台买几台。具体配置讨论看此板块的讨论
Q:
我想在里面单独配个GPU计算节点，这预算没问题吧？
哦！谢谢sob老师！
A:
一块GTX1080Ti也没多少钱，每台都装一个也到不了2万
千万别用tesla，服务器厂家喜欢忽悠
Q:
这样啊，看来我被客服忽悠了！
处理器最好用至强哪个级别的？
A:
2696v3性价比远超过其它的，但是是OEM货，正规厂家不一定给你用
Q:
客服给我的有E7_4850和E5-2600
A:
2680 v4这个很常用，性价比不错
4850是坑爹，四路很不划算
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2017.06.03 16:04:22
Q:
Grimme打算把xtb和sTDA合用？[图片]
A:
是
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2017.06.03 16:35:55
Q:
请问客服说配专门的GPU服务器，有必要么？
A:
别听客服的。他们自己都不搞科研，能给你提供什么有益的建议
Q:
sob老师，那就在一两台上加上老师说的GTX1080TI可以么？谢谢！
A:
有几台打算要跑MD的，就都加上
Q:
是把这些做成集群管理，还是单独的呢？
A:
取决于你们具体怎么用
他们也就是参加一些上游厂商的技术培训，道听途说点东西，网上看看杂七杂八的资料，就瞎建议
OA:
客服都是简单培训就上岗的，等懂几毛钱？
A:
中关村很多卖电脑的，还以为运算性能和内存频率成正比呢
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2017.06.03 16:50:55
Q:
想请教一下 amber软件产生的轨迹文件是什么格式的呢？
有在用amber做模拟的小伙伴吗？
A:
看轨迹，从轨迹上分析。很有可能是DNA跨过盒子，跑到盒子另一头去了
Q:
卢老师，是盒子小了吗？
A:
看轨迹，显示盒子边框
太小时容易造成此问题
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2017.06.03 17:11:28
Q:
请教一下老师，我用molpro在RCCSD(T)/def2-tzvp级别计算两个2sigma+态CaF分子间的相互作用势能V(R)，二聚体为单重态时候，最后的势能曲线不趋于零，而是-1000波数左右，用UHF计算的时候，势能曲线出现了两个极小值，第二个极小值远远小于第一个极小值，但是二聚体为三重态的时候没出现这样的情况，请问可能是哪里出现了问题呢？
A:
本来拉远了之后体系就成了对称破缺状态了，用RHF做CCSD(T)的参考态显然烂得一塌糊涂。用UCCSD(T)还好。最理想的是做多参考计算
三重态没这个问题
参考
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
好的，谢谢老师
A:
甲烷C-C键断裂柔性扫描
[图片]
写错了，是乙烷
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2017.06.03 17:11:59
Q:
请问老师，我想看分子轨道为啥不能generate
[图片]
OA:
甭用GV看轨道。。速度慢不灵活
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
这种大小体系显示一个轨道的功夫，Multiwfn都画出100个轨道了
Q:
好的谢谢我试试 Multiwfn可以用log文件吗
A:
fch
Q:
好的谢谢老师哈
A:
详见
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
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2017.06.03 17:52:23
Q:
请问老师，有关于CI展开的文献可以看看么
A:
随便找本像样的量化书都有
比较经典的比如szabo的
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2017.06.03 19:09:35
Q:
sober老师有个问题请教一下我在安装高斯09的时候出现了这样的问题[图片] 各方查询之后还是没能解决望sober老师解答一下谢谢！
A:
确认确实存在/home/hpli/gauss09目录并且有读写权限
Q:
谢谢sober老师！现在又出现一个新问题就高斯计算产生的中间文件不在当前文件夹下这样就会在某个文件夹下堆积大量的中间文件以前都是正常产生在当前目录下的而且环境变量和以前也一样麻烦sober老师解答感谢感谢！！
A:
一般都不是产生在当前目录的。你可以自己用%rwf、%chk等来指定产生位置，或者改环境变量$GAUSS_SCRDIR指定产生位置
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2017.06.03 19:52:20
Q:
老师，请问这两个词split valence 和valence double zeta中文该翻译成啥？
A:
分裂价价层2-zeta
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2017.06.03 19:59:32
Q:
请问老师，Multiwfn会不会支持vasp这类平面波方法的波函数文件啊？
A:
短期内不会
如果要支持的话，那也是开发个新的程序
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2017.06.03 22:11:02
Q:
请教一下老师，3sigma-基态NH分子之间相互作用能算出来井深大概-600波数，和文献吻合，同样再去算CaF的相互作用能时，算出来井深有-5000波数，老板说可能太深了，算的不对，这个数据是不是真的太大了？，换了不同的方法，算出来嗯都是-5000左右
A:
用个靠谱的方法，算出来是多少就是多少
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2017.06.03 22:29:02
Q:
老师您好，之前看了用multiwfn定性地从图形的角度直观地分析分子激发过程中电荷转移性质的强弱，现在想问一下multiwfn能不能从比较定量的角度分析这种强弱呢？就是能有个算出来的函数值能比大小这样的。。。我的基础功底不太好，问的问题可能比较无厘头，希望老师原谅~
OA:
算算电荷转移量和电荷转移距离
A:
D、S、delta_r等指标一大堆，把手册4.18节的例子都仔细看了
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2017.06.04 13:11:38
Q:
最近网络口风紧？我看论坛一些资源社主屏蔽了
A:
不要讨论敏感话题
OA:
闷声大发财
A:
不要误导他人
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2017.06.04 14:09:05
Q:
我在basis set exchange里，没有看到 6-311+G**
在选择H,C，N,Cl，Zn元素后
A:
Gaussian里能用
Q:
Zn不用单独用一个过渡金属的基组吗
A:
不用
Q:
哦，我怕审稿人说我模拟的不好，基组不对，拒我
A:
跟编辑投诉
Q:
您是否方便给我一篇相关文献，支持我的基组选择呢，我好引用一下，支持一下我的模拟。
或者说一下关键字，我自己搜
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
群文件“基组入门资料小合集”
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2017.06.04 14:10:53
Q:
Sobereva老师，在VMD中作图，您的博文里[图片]提到在控制台输入mol modstyle 0 1 VDW 0.06，“控制台”指的是哪里？@Sobereva
A:
黑色的命令行界面
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2017.06.04 14:35:09
Q:
请问，算核磁谱图要不要有频率修正啊？
A:
没振动频率的事
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354
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2017.06.04 14:36:29
Q:
老师下午好，请问怎样通过考察轨道图形，理解某些轨道之间的跃迁偶极矩大呢？
A:
根据跃迁偶极矩的计算公式想象
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2017.06.04 15:15:58
Q:
老师，请问在同一个体系中，对反应物、产物、过渡态来说，smd和IEFPCM这2种的水溶剂模型可不可以混用？混用之后得到的势垒和反应热还可不可信？
A:
不能
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2017.06.04 15:26:25
Q:
刚刚跑了激发态的irc，用的sob老师博文推荐的关键词，跑出来是曲曲折折的，可以用柔性扫描代替吗
A:
柔性扫描不能代替IRC，得到的轨迹不可能相同，但往往可以等价实现相同的研究目的。G16的话激发态IRC就妥妥的了
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2017.06.04 15:50:16
Q:
问一下，周期性结构计算的.cube差分电荷文件，可以用Multiwfn分析电荷转移曲线吗？
A:
可以。但前提是那个cube文件格式标准，否则可能载入时崩溃
另外，必须是矩形格子，如果比如是三斜就不行。程序要求三个平移矢量必须平行于x,y,z轴
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2017.06.04 16:21:57
Q:
老师，请问，为什么化学键结合方式不需要考虑BSSE问题呢？是因为化学键键能很强，做BSSE矫正没有太大意义吗？如果一定做BSSE矫正，A+B---AB（A+B-）, 这种情况下我应该如何分片段呢？2个片段分成两个中性分子A和B呢，还是分成A+，B-离子呢？
A:
已经说了，根本不需要考虑BSSE
不要想太多，什么都往BSSE那里靠
Q:
审稿人非让算
我也觉得不用算
A:
反驳就完了
Q:
还是想算一下，然后用数据回复审稿人
老师，这个图里的意思是，共价作用不涉及BSSE的问题吗？但是基组重叠误差不应该任何时候都存在吗？还是说共价相互作用中基组重叠误差也存在，但是影响很小呢？
A:
[图片]
上篇稿子的审稿人就被我给驳回去了
Q:
老师，您比较威武，我这种小人物……
A:
针对昨天群里谈及的关于计算化学键键能时BSSE的考虑问题，专门写了此文
计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6047
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2017.06.04 17:57:27
Q:
[图片] 请问老师，每个位点计算得到的福井函数值是用数值大小还是用绝对值的大小来描述更准确呢？比如有些位点算出来的数值带负号，但它的绝对值很大，这能不能也算容易被攻击的位点呢
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
直接比较数值，不要取绝对值
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2017.06.04 18:02:33
Q:
为何6d要配合10f,5d要配合7f
A:
不是非得配合。高斯甚至允许不同壳层有的用笛卡尔有的用球谐
Q:
嗯嗯~
这个从技术上是可以的。
不过，是不是实际计算中要一致。
嗯嗯。
好像支持笛卡尔的程序并不多
大多数是球谐
A:
都支持笛卡尔
只不过角动量一高了，笛卡尔吃亏太多
稍微新一点的基组在定义当初也大多用的都是球谐型
----------------------------------------------------
2017.06.04 19:43:06
Q:
求教，Pymol 能出矢量图吗？
[图片]我用pymol出的png图，超大分辨率，虽然直接打开图片很清晰，但是在Ai中依然很不清晰。Pymol可以出矢量图吗？EPS格式呢
A:
这种图根本不可能矢量方式描述
就算程序支持，输出来的颜色变化也全是色阶
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2017.06.04 19:49:17
Q:
sob老师，您好！我优化小分子有机反应体系，用的CCSD(T)/aug-cc-pVTZ // M06-2x/6-311++G (d, p)水平，但是发现个别过渡态的CCSD(T)算的能垒比我估计的大太多，和M06-2x/6-311++G (d, p)结构优化时直接得到的能垒也相差好大，也对比了类似CCSD(T) // B3LYP下的文献，感觉自己算的能量明显不合理，我是不是可以改用M06-2x /def2-TZVPP// M06-2x/6-311++G (d, p)水平，还是用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ // B3LYP/6-311++G (d, p)呢？谢谢！
A:
还用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ // M06-2x/6-311++G (d, p)
看此文
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378
M06-2X对某些体系势垒误差也不小
Q:
谢谢！那怎么解决个别过渡态能垒不合理呢，是不是再重新优化看看？
A:
对有机反应，CCSD(T)/aug-cc-pVTZ算能量没有可质疑的
如果确实离谱，那也是别的因素，诸如过渡态没找对、模型不合理之类的
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2017.06.04 19:56:41
Q:
谢谢Sob老师，因为这个图是B图，我最好不要把B图导入进Ai中处理、然后重新生成png，对吧？我最好直接把pymol生成的png的形式展现在文章中？
A:
对
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2017.06.04 19:58:12
Q:
请问范德华作用能lj－sr是负值是什么意思呢？负号有具体的意义吗？
A:
产生吸引效果
Q:
谢谢sob老师，那正号意思是排斥作用咯？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.06.04 20:07:47
Q:
老师，想问下，离子中性复合物的几何优化与一般化合物的几何优化有不同吗？如果只是输入的分子结构中某个键的键长长点或者某两个原子不成键，而命令相同，那么opt计算后，岂不是离子中性复合物有很大几率便会原来的分子，毕竟原分子的能量就是最低，结构最稳定的啊，gaussian肯定会找到这个能量最低点啊
A:
相同
本来就该这样
Q:
那离子中性复合物的结构如何确定呢? 很多论文都给出了离子中性复合物的确切结构，一般是某个键比原分子长，不优化，如何定的结构呢？是猜的吗？
A:
可尝试做限制性优化
----------------------------------------------------
2017.06.04 20:12:46
Q:
老师，LUMO和LUMO+1两个轨道形状差不多，但HOMO到这两个轨道跃迁的强度相差较大，我看不出什么，可不可以我把三个轨道的图贴出来老师指导一下？
A:
尝试从multiwfn的hole-electron分析模块给出的跃迁偶极矩密度来考察
Q:
看起来就是整个分子上密度浓很多
老师我想问一下，对于原子电荷的计算，当分子上有不同取代基取代的时候，在基态上电荷的改变没什么规律，在激发态上就有了规律，这个是为什么呢？
A:
看看具体激发特征，比如如果激发是电子从取代基上跑到母体分子上，那肯定结果会直接受到取代基特征的影响
Q:
[图片]老师，从左至右依次是分子的HOMO，LUMO与LUMO+1，请问从轨道图是否能看出HOMO跃迁至LUMO很弱，但跃迁至LUMO+1很强的原因呢？谢谢老师
A:
跃迁密度全空间积分就是跃迁偶极矩
因此从跃迁密度图上可以考察各个位置对跃迁偶极矩的贡献，这是最直观的考查方式
如果两种跃迁还是不容易从跃迁密度图上考察区别，那么把两种跃迁的跃迁密度格点数据求差（分别导出成cube文件，然后用Multiwfn主功能13里的格点运算功能求差），之后再观看其等值面来讨论差异
Q:
[图片]互换yz是何用意？
A:
图是直接按照程序显示出来的笛卡尔轴的方向标记的，这和分子朝向有关
这和结构化学上说的d壳层有哪些轨道的符号不同，所以替换一下
Q:
老师，我做了两种跃迁的跃迁密度格点数据差图，发现的确在半圆内有较大差别，现在想请教下我该从哪方面来理解这种差别的成因呢？谢谢老师
A:
i,j轨道间的跃迁密度就是psi(i)*r*psi(2)，直接基于这个式子，结合轨道图形，去琢磨差异成因
对于x,y,z的跃迁偶极矩的分量，r对应x,y,z空间变量
----------------------------------------------------
2017.06.04 20:29:35
Q:
量子化学中的轨道：高阶非占据的MO是不是就是里德堡轨道？
A:
未必
要看轨道分布特征
很多里德堡轨道是低阶的，比如LUMO+1
Q:
我觉得大博士在讲义里最好提一提里德堡轨道
A:
提了啊
Q:
怪我不仔细咯？
A:
连初级班都提了并演示了里德堡轨道的观看
[图片]
Q:
这是激发的章节提到的，前面没有提及
A:
前面提这个没必要
Q:
大博士这么说，我竟然无言以对
正则轨道既不能像定域化轨道那样用来描述化学键，也不能像自然轨道那样表现电子相关，难道只能用来看跃迁吗？
A:
也能讨论电子结构，比如根据休克尔规则讨论芳香性
还可以用前线轨道理论讨论反应
对于分子间电荷转移，也可以基于MO讨论
----------------------------------------------------
2017.06.04 22:48:01
Q:
请教一下装双系统还是vm虚拟机好呢
虚拟机下计算效率怎么样，linux驱动容易安装么
有一部分资源会被win系统占用吧
但是真linux系统，后期文件格式导入win系统往往又打不开
穷人用不起服务器
A:
虚拟机
效率相差5%左右
----------------------------------------------------
2017.06.04 23:37:44
Q:
各位老师，询问一下，为什么关于MD的文献里面，很少有人展示氢键？一般需要多少ns的模拟，氢键的展示才有意义？
A:
展示氢键的文章很多
这和应当模拟时间长度没直接关系，看具体情况。本来有的氢键就是不稳定，断断续续出现的，而有的又很稳定，几乎一致保持
----------------------------------------------------
2017.06.05 08:43:13
Q:
请问M06-2X原文是哪篇？
A:
Theor Chem Account (2008) 120:215–241
----------------------------------------------------
2017.06.05 09:28:51
Q:
效率竟然只差5%，这么看win10还是挺有前途的？以及是hyper v还是vm呢？
A:
我指的是vmware
Q:
计算的话，hyper v跟vm大概差多少呢
A:
没试过hyper v
vmware已经很完美了，我不愿意用任何其它的
没有windows下虚拟linux舒服
Q:
无限嵌套WLWLWLW...
A:
vmware不允许嵌套
Q:
话说固态硬盘算非双杂化DFT有明显提升么？
我印象好早以前用G09随便试了下，两种盘几乎没差别，今天orca算了个任务发现ssd的快些。
A:
凡是要大量读写硬盘的，SSD速度肯定会更快
Q:
但是两个机器的openmpi不是一样方法编译的。我搞不清是硬盘还是mpi了
A:
单点、几何优化应该影响不大，Hessian的话对大体系往往会有影响
----------------------------------------------------
2017.06.05 09:37:02
Q:
sob老师，请问vasp如何判断赝势的好坏？我有一个硅酸钙晶体，是通过结构优化后看哪种赝势组合与晶胞参数的实验值更接近么？
A:
算是测试方式之一
但与理论方法之间有的时候会有误差抵消的巧合，所以也不能简单测试一个体系就下定论
----------------------------------------------------
2017.06.05 09:42:41
Q:
请问找过渡态的时候，看每步能量变化，能量升高，力场数降低，这个正常吗？[图片]
一般是都降低才对吧
A:
正常
找过渡态又不是找极小点
Q:
哦哦，现在构型看着还可以
嗯
我没有calcfc
没用这个
A:
早震荡了
----------------------------------------------------
2017.06.05 09:49:13
Q:
各位老师和大神，我现在计算一个含铝体系，想要计算一下色散校正D3：输入文件我是这样写的：%mem=4096MW
%nprocshared=16
#p TPSSh/6-31+g* EmpiricalDispersion=GD3bj ，但是出现以下错误
由于第一次计算这种校正，不太熟悉，求指导。错误是：
[图片]
A:
换泛函，或尝试GD3
Q:
老师，不同泛函对D3值有没有影响？
A:
参数显然是依赖于泛函的
某些小众向泛函没参数
Q:
换成B3LYP算成功了，怎么看D3值？在输出文件里看哪个关键词？
A:
看D3值干嘛，直接看最终能量不就完了
Q:
老师，也就是说加上关键词以后最终的能量已经自动加了校正值是吗？
A:
显然
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2017.06.05 10:06:08
Q:
请问，在《使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键》文章中提到的[图片]，能否在gaussview中画出？
A:
可以导出.molden，然后再用Multiwfn把.molden转化成.fch，就可以用gv看
Q:
好的，我试试，谢谢！！
A:
AdNDP界面里直接有导出.molden的选项
如果不知道怎么转换，看此文最后一节
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
----------------------------------------------------
2017.06.05 10:10:30
Q:
密度泛函理论进阶的书有哪些呢求推荐已经a practical introduction那本书了也用了一段时间VASP了
A:
Richard martin那本
Q:
好的 sob老师有题目吗
书名
A:
[图片]
Q:
好的
A:
市面上有影印版
Q:
请问电子结构这本英文书讲些什么
A:
理论知识和一些应用例子
网上有电子版
----------------------------------------------------
2017.06.05 10:38:55
Q:
请教一下各位老师，找过渡态时最终ts结果显示断裂的键长达到3A正常吗
A:
走IRC判断合理性
3埃时候已经断了
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2017.06.05 10:47:42
Q:
老师，我要比较几个复合物的相互作用能。我在优化时可以有的使用opt=tight，有的不使用opt=tight关键词；有的设定opt=maxstep=5，有的不设定吗？
A:
一般的复合物可以
如果是相互作用很弱的复合物，比如H2二聚体，opt起码得tight，否则优化不准
----------------------------------------------------
2017.06.05 10:56:00
Q:
老师，公社有没有“看过的帖子”这个功能呢
想找几天前看过的一个帖子，但忘记帖子名了
A:
没
善用首页上的google搜索框
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2017.06.05 10:56:18
Q:
我把cube文件导入到wfn软件里，选100>2>6保存molden文件，结果只出现了settings.ini文件。请问哪里出问题了？
A:
settings.ini是程序自带的，不是产生的
cube文件没法转换成wfn，根本没有波函数信息
cube文件没法转换成molden，根本没有波函数信息
Q:
那您说的AdNDP界面里直接有导出.molden的选项，请问
在哪里？是wfn软件里面的AdNDP界面么？
A:
没听说过“wfn软件”
对于Multiwfn是如此
Q:
对不起啊，我写错了。Multiwfn软件里面的AdNDP界面里直接有导出.molden的选项，在哪里，我没找到？
A:
[图片]
必须先挑出来adndp轨道才会出现
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2017.06.05 11:58:24
Q:
请教一下各位老师，我用高斯09算NBO电荷的时候出现这种问题，请问该如何改错呢？
[图片]
这是关键词
[图片]
这是出错的提示
A:
pop=NPA就够了
基组改小点
scf=tight完全多余
那叫NPA电荷不叫NBO电荷
Q:
老师，我是需要在M06/6-311++G(3df,3pd)水平下优化好结构后再算NPA电荷，我是已经优化好结构以后再这样子去算NPA电荷的，我这样子操作有问题吗？
A:
无
如果死活不愿意换基组，就用NBO5/6
Q:
我就是这样子去操作出现以上错误的，假如我把基组改小了，那得出来的电荷就不可靠了吧
A:
没这回事
群文件里《原子电荷计算方法的对比》里的测试已经充分说明从6-311G**这个档开始，NPA对基组依赖性就微乎其微了
Q:
我就是用NBO5来算的，先算出来一个.47文件，再算出来一个.nbo文件
A:
NBO5也不行就换NBO6
还不行就只能减小基组
你截图里分明是直接用NBO3.1算的
Q:
[图片]
A:
此文作者对于基组选择知识明显欠缺
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
以正视听
Q:
这是我参考的一篇文献，从优化结构开始，人家用的是MP2，我用的是M06，几乎都能重现他们的结果
A:
而且此人对于BSSE理解极为欠缺，此体系此基组下考虑BSSE完全没必要
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2017.06.05 12:09:04
Q:
老师，请问为什么溶剂模型用smd找不到的用IEFPCM就能找到啊？
A:
什么找的到找不到，能直接用的溶剂就是手册里scrf一节末尾列的那些
Q:
我描述错误
我是说，为什么溶剂模型用smd找不到的过渡态用IEFPCM就能找到？
A:
没有必然原因
99.9%的情况也不会这样
操作问题占主要可能性
SMD=IEFPCM+非极性部分
非极性部分对势能面影响很小
Q:
老师说的操作问题是指的什么呀？
A:
关键词、初始结构
Q:
发文章的时候是不是审稿人对smd的认可度要远大于IEFPCM？
A:
搞清楚SMD和IEFPCM的差异再谈这事
关键在于非极性部分对你的结果能产生多大影响
诸如你算中性体系溶解自由能，不考虑非极性部分那结果能要？
而你算激发能，非极性部分根本不影响结果，两种都一样
Q:
我算的是一个2性离子的有机分子，主要算势垒和反应热，在这一点上这2种模型会不会有差异？
A:
显然会
Q:
老师，那用哪种会更好一点呢？
A:
当然SMD
Q:
主要是我算的有时候用SMD会找不到过渡态，用IEFPCM一下子就找到了，请问老师，这样的话应该怎么解决一下呀？
A:
基于IEFPCM的过渡态作为初猜，用小步长上限，calcfc继续找
Q:
我就是这样做的，然后把步长减小到了3，还是跑到别的结构去了呀
A:
把IEFPCM的IRC的每个点用SMD跑一遍单点，考察势能面的差异
Q:
老师，算单点的时候也要加溶剂效应的关键词么？
A:
加啊
Q:
把IEFPCM的IRC的每个点用SMD跑一遍单点，考察势能面的差异，然后把最高点作为初始结构，再用smd去找它的过渡态，老师您是这个意思么？
A:
可以这么试
如果势能面差异明显，也不排除极端情况下SMD的势能面中此时就是没这个过渡态
Q:
老师，如果最后用SMD真没找到这个过渡态，我可不可以用IEFPCM找到的过渡态代替呀？
A:
可
Q:
用IEFPCM找到的过渡态，算其单点的时候能否用SMD算单点？
A:
IEFPCM计算单点的时候也考虑非极性部分就完了
改成SMD容易招致吐槽为什么找过渡态不用SMD
尽量统一
Q:
是啊
老师，用IEFPCM计算单点的时候怎么也考虑非极性部分？
能不能让IEFPCM找过渡态的时候也考虑上非极性部分？
A:
无所谓，不会有多大影响
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2017.06.05 13:11:55
Q:
converting unix format这样的错误怎么处理呢
dos2unix:converting unix format这样的错误怎么处理呢
就是那个英文的
A:
英语是体育老师教的
Q:
它显示的就那些了
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2017.06.05 14:22:39
Q:
[图片]
大家帮忙看一下这样的MESP有问题没？之前没有研究过MESP
是这个图中间显示的空洞
是正常的吗
A:
貌似正常
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2017.06.05 16:47:18
Q:
你好！麻烦问一下利用MP2-QZ 计算5.6 个重原子的时候一直提示硬盘读取错误，把计算方法加入semidirect 并且指定了最大硬盘内存还是出现错误所以请问有什么好的解决办法么
谢谢
A:
上传输出文件
根本没必要写semidirect。Fulldirect才是最省资源的
Q:
哦哦
A:
如果#p mp2(fulldirect)/cc-pvqz maxdisk=220GB依然不行，用ORCA的RI-MP2，或者把烷烃部分用小点的基组
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2017.06.05 17:07:36
Q:
各位老师，我想问一下，我这个在AIM2000里一运行就出错，我想看电荷密度，用什么可以计算，请老师给个建议
A:
用Multiwfn啊，谁还用AIM2000
[图片]
Multiwfn瞬间就分析完了
Q:
老师，不太会用Multiwfn啊，我应该在哪学一下啊
或者可以麻烦老师您简单粗暴的说明一下吗
A:
AIM分析例子和讨论
手册4.2.1节
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
入门必读：
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Multiwfn早就令AIM2000卖不出去了
Q:
我这刚开始接触计算，还不太清楚形式
OA:
AIM2000不会是2000年的东西吧没用过这玩意儿
A:
就是那会儿出来的
Q:
都这么多年了啊
A:
AIM2000最恶心之一就是速度超慢
[图片]
N多年也都没更新了
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2017.06.05 17:09:41
Q:
各位老师，如何从蛋白与配体在GROMACS计算中哪个文件找到吉布斯自由能？
A:
你是要结合自由能还是整个体系自由能？
Q:
就是蛋白与配体之间的
A:
用g_mmpbsa程序
详见J. Chem. Inf. Model. 2014, 54, 1951−1962
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2017.06.05 17:32:48
Q:
老师，我这个分子前沿轨道为什么显示不出来，怎么是灰色的？[图片]
A:
机子里没高斯，或者没识别出路径
推荐用Multiwfn看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2017.06.05 17:54:29
A:
新文章
计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6047
----------------------------------------------------
2017.06.05 18:27:37
Q:
对于弱相互作用体系，精确计算结合能BSSE很重要，考虑范德华力对稳定体系结构也很重要。基于平面波的从头算代码里可以考虑范德华修正，基于原子轨道基的G09或其他代码也能同样考虑范德华修正吗？
范德华修正指什么？
色散校正？
OA:
是啊
A:
本来DFT-D色散校正就是最先用于分子体系、量化程序里的
几乎没有哪个像样的量化程序不支持DFT-D
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2017.06.05 19:20:49
Q:
请教：我在NVT系综时温度设置为310，单结果只能升到300，是我哪里设置错了吗？
[图片]
A:
蛋白你才设了100K
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2017.06.05 20:33:26
Q:
[图片]请教一下老师们，在做大分子NPT时，体系的压强，体积，密度变化巨大，这个是什么原因呢？需要怎么处理呢？
A:
建模、mdp设定问题等都有可能导致，不好说
----------------------------------------------------
2017.06.05 21:13:47
Q:
请教一下群里面谁模拟过水分子在材料表面的铺展问题谢谢啦
OA:
水分子在?材料表面
Q:
是的
OA:
?材料
Q:
比如就石墨烯
OA:
怎么加水？
Q:
就是模拟这个体系啊
我想看看水分子怎么在材料表面舒展
看看接触角啥的
A:
你就用packmol建模就完了
Q:
我目前就会GROMACS
packmol我看看
了解一下谢谢群主
OA:
要看接触角的话得多少水分子啊
只能上纯分子动力学了吧
A:
很容易模拟
[图片]
[图片]
Q:
对对就这个
A:
水越多统计误差越小
Q:
这样
OA:
纯动力学的话，石墨烯的边缘就这样么？不用做什么处理么？
Q:
群主这个有具体过程或者文献吗
就是你发的这个图
A:
用PBC，没有边界的问题
Q:
pbc啊
嗯呢
A:
具体过程培训班里讲的
OA:
哦，我gromacs不熟悉
Q:
那有分享的ppt吗群主
A:
没有
先把模拟石墨烯弄明白，然后上头加点水，没什么难的
Q:
好的谢谢群主
但是力场这块石墨烯和水的相互作用力场觉得有点难
A:
没有什么复杂的
石墨烯你就用芳香碳的原子类型就完了
Q:
谢谢群主
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2017.06.05 21:29:47
Q:
大神们，Multiwfn分析电荷密度的时候，怎么看具体数值啊，就是两个原子中间的具体数值
A:
具体哪个位置的？
两个原子中点？BCP？原子之间连线？
Q:
[图片]就两个原子中间的那个黄点
连线上的
A:
黄点还是桔黄？
连线上是桔黄点，不是黄点
你如果仔细阅读了我给你的博文、手册4.2.1节的例子，自然就知道怎么查看临界点的性质
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2017.06.05 21:51:54
Q:
[图片]运行就到，就停止了，
老师，这是什么原因
A:
硬盘不够，仅此而已
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2017.06.05 21:54:51
Q:
今年暑期还有培训吗?
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
[图片]
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2017.06.05 22:22:15
Q:
6-31g*是计算的底限，但是对于高斯之外的程序来说，比如ORCA，def2-SV(P)好像更占便宜。
A:
是的
其它程序大多不对SP壳层优化，而def2-SV(P)收缩度由低。而且本身def2-SV(P)多数情况结果也比6-31G*更好
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2017.06.05 22:37:46
Q:
好奇，刚才看了一篇文章，讲美国的中餐，好奇大博士去美国，吃得如何
A:
没什么太好吃的
还是在11区吃得爽
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2017.06.05 22:40:00
Q:
请问，计算过渡金属使用CEP-121G和LanL2DZ的区别，相较而言哪一个更好
A:
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
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2017.06.05 23:17:58
Q:
老师您好，计算两个分子作用的单点能时，最后结果是Counterpoise corrected energy还是SCF Done
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2017.06.06 08:17:48
Q:
老师早上好请问[图片]我高斯版本是B,在这个版本C之前的，所以我想确认输出wfn文件需不需要加关键词pop=NOAB，我用的mp2方法，这指的占据数在NBO中看LUMO的数值吗？我可以从这看吗[图片]，8号对应LUMO值，所以我的占据数在0~1之间，需要加上关键词pop=NOAB
A:
用Multiwfn显示轨道信息，包括占据数，怎么显示这里说了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
老师我还想请问那的占据数就是指的LUMO的值吗
A:
意义不明
LUMO的什么值？
轨道占据数为何非要专门提LUMO？
博文里已经说了，C01之前，不写density，则wfn里记录的就是HF轨道
对于后HF计算来说
Q:
主要是我想统一方法，我有一个例子的临界点没找全，因为的高斯版本是B，我看了这个帖子以后，加了关键词density，然后还是没找全，我又加了关键词pop=NOAB，就把临界点找全了，但是我其他的例子都没加这个关键词
A:
原理上加不加NOAB不会影响任何基于总密度的分析
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2017.06.06 08:25:57
Q:
求助老师，在关于有机反应机理的理论计算中，涉及的活化能垒的具体定义到底是什么，关于这点有些迷茫，想要找到确切的定义。我查了文献，但是没有找到，老师可以指明一下查找的方向吗（一本书或者某篇文献）？
A:
high阿伦尼乌斯公式里的活化能是拟合出来的
通过热力学形式的过渡态理论计算时，活化能是指的过渡态的自由能减反应物自由能
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2017.06.06 08:55:51
Q:
老师上午好，请问正在进行的TD任务怎样知道它算了多少了呢？
A:
用#P，监控TDDFT迭代求解情况
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2017.06.06 09:11:17
Q:
嗯，好的，谢谢Sob老师的解答！! 另外还想老师能否提供一下这方面的文献？有的人认为是过渡态的自由能是它的活化能垒，我想要支持一下自己的观点。
A:
“过渡态的自由能是它的活化能垒”明显就是错误的
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2017.06.06 09:25:48
Q:
请教一下sob老师，对一个离子NH4C(NO2)3优化和频率任务，使用m062x/6-311+g（2d，2p）是否妥当？
A:
阳离子？
Q:
阳离子是NH4+，阴离子是硝仿C（NO2）3-,是放在一起优化的，
A:
6-311+G**就够了
Q:
有氢键和离子键作用，必须要加弥散吧
分子内
A:
优化、频率分析不加弥散无所谓，算能量必须加
Q:
行吧，谢谢老师，这个水平算能量精度还是可以了吧。
A:
你若要能量算得理想，用ma-TZVP
Q:
哦，做完看了下你写的文章bsse校正，算焓的话我觉得用ma-TZVP是否更好？
A:
明显比6-311+(2d,2p)好
Q:
对了，老师，这个耗时对于6核的主流CPU比6-311+g（2d，2p）高多少啊？
A:
就这么点体系，算个单点，根本差不了多少
Q:
主要后面我将阳离子换成三唑阳离子，消耗会不会大概增加到1.5倍。学校计算条件不好，有时间真的考虑下耗时
A:
1.5倍肯定有
没必要这么抠门
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2017.06.06 09:42:57
Q:
老师我有一个问题，当我用RDG等值面判断出了同一体系不同情况氢键的强弱，我又计算了氢受体和供体的npa电荷，但是并不能得出：氢质子供体和受体电荷与氢键强弱的关系，这是为什么呢？影响氢键的因素都是什么呢
我没有用静电势，用的RDG等值面看的氢键强弱
OA:
看RDG等直面的颜色
Q:
是啊我想比较一下RDG判断氢键强弱能不能用NPA电荷来说明
OA:
ADCH电荷看了？
Q:
结果不是让我很满意，所以我不确定影响氢键强弱的因素可能有其他的因素
A:
NPA电荷本来就很不适合讨论弱相互作用
改用ADCH或者CHELPG等
Q:
我想用AIM电荷判断一下弱相互作用，之前算了ADCH，并不是很理想。
A:
更严格的做法是直接考察分子表面静电势极值点来讨论
用AIM电荷判断更是荒唐
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
Q:
这样啊，那我看一下表面静电势的极值十分感谢！
----------------------------------------------------
2017.06.06 09:49:11
Q:
[图片]我想请教下老师，我这输入文件上是不是不规范，该怎么修改
A:
ma-tzvp不是自带的
Q:
算体积干什么？
出一个体积看看而已，
A:
算体积用高斯的蒙特卡罗方式计算又慢又不准
用Multiwfn的定量分子表面分析功能算又快又准
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2017.06.06 09:49:11
OA:
好的其实我并不喜欢退妹图，而是那种可爱的感脚
Q:
什么是推妹图
等有时间我写一本《推妹图》
A:
你还想学和泉正宗，只能YY罢了
Q:
大博士不怕我把你写成主人公吗？
A:
禁言，封号
Q:
300页情书？
封！
大博士，我错了，再也不敢了
OA:
和泉正宗好多女孩子喜欢他，主角光环太严重，有时候会很寂寞的
Q:
可是现实中难寻
OA:
我感觉这个应该写成一部YY小说，所有的人物都是男主的幻觉，之后埃罗芒阿是他想象出来的
写小说把自己写走入魔了
Q:
高度幻想症患者？
A:
这就叫爽文
OA:
是的，这就是结局，一个初愈的幻想症患者在病房里写了另一个幻想症患者
Q:
我可能还是中度幻想症患者
[图片]
A:
写篇爽文，开发量化程序经历，到最后拳打高斯脚踢ORCA
OA:
对于老师那简直太简了！
Q:
坐等大博士爽文上线
A:
这叫科研爽文
最后高斯破产了
Q:
大博士高调接盘高斯
OA:
之后出现了一头更凶悍的高斯兽：究极高斯兽！
Q:
GAMESS的今天就是高斯的明天
和田光司吗？
A:
GAMESS-US这几年真是不行
也就LUT-IOTC是个亮点
那帮人翻来覆去搞EFP、FMO，还不如ORCA折腾DLPNO有实效
Q:
GAMESS的主页弄的不错，看上去挺高大上的
A:
高斯现在的主页挺傻的
Q:
比某宝还简单粗暴
A:
生怕用户不认得开发者长相
还是p的，有的头大有的头小
OA:
本乡昭由
Q:
Truhlar的主页挂着一副领导人头像，Grimme就没有这么做
A:
Grimme很务实
Q:
所以我更喜欢Grimme
A:
领导干部们都应该学grimme的作风
Q:
大博士也触及敏感了
A:
就当G是朱吧
T是jiang
Q:
[图片]
一脸实干家的本色
朱？这个不好理解，jiang我倒是明白
A:
ZRJ
Q:
大博士一语点醒梦中人
OA:
哈哈哈，我没看全，有机会重看一下
A:
想来，某些group老是鼓吹搞出号称耦合簇算几百，DFT算几千的方法，无异于当年扬言亩产万斤
而Grimme某种意义上又算是量化界的袁隆平
Q:
大博士是量化界的司马南
A:
我当石传祥就够了
Q:
是时传祥吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.06.06 10:20:19
Q:
请教一下，有人说在光照情况下，分子二聚体的多重态数会发生改变，这是啥原因呢？
A:
激发后，经过系间窜越，自旋多重度改变是可能的
----------------------------------------------------
2017.06.06 10:21:23
Q:
sob老师，[图片]我这个关键词该怎么编辑，
A:
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.06.06 10:36:17
Q:
Sobereva 老师，自由基耦合反应的选择性，是看自选密度最大的位置还是看SOMO轨道最大的位置。或者二者兼顾呢？
A:
自旋密度
Q:
只看它就可以了吗
还有一个问题就是，有的结构自选密度和SOMO轨道有的时候外形一摸一样，有的结构它们又不同。这是什么含义呢？@Sobereva
A:
看自旋布居更方便
除非你用RO波函数，否则SOMO对应的密度必然和自旋密度不同，因为U计算的时候所有价层轨道都会对自旋密度有贡献
Q:
我在计算时发现，自旋布居相对小的位置，somo会更小，甚至没有。
有的文章因此结合自旋核somo分析反应的选择性，但我觉得就应该只用自旋才合适，一般看轨道SOMO，LUMO不都是加成反应才看的吗。我这样想对吗？@Sobereva
A:
没必要结合SOMO
直接用概念密度泛函里定义的量就完了
Q:
这个要怎么用。
A:
讨论反应位点看：
1 群共享里的文章：亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384
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2017.06.06 11:27:12
Q:
老师，请问如果我选择DEmin增加几个态，但是现在问题是我想得到指定波长范围的，通过E=1240/λ的计算，我想要增加的能量3.1eV到4.1eV范围（300-400nm）的吸收峰这个要怎么设置才能实现呢？谢谢老师
A:
没法指定范围，只能指定下限，以及算的态数
----------------------------------------------------
2017.06.06 11:45:42
Q:
优化co2和N2 用什么方法基组好呢
A:
实验值直接就查到了
Q:
哪里看?
哈哈，大博士的意思是这种分子要优化了做甚？
OA:
gv给出的应该就是吧
A:
不是
CRC handbook
Q:
但不管怎么样，计算时候还是要优化的吧不过优化完可以和实验值对照一下
A:
非要程序来算，用CCSD(T)/cc-pVQZ优化
----------------------------------------------------
2017.06.06 12:38:38
Q:
大博士，你的承诺呢？你说好的爽文呢
难道又要自己开发？
A:
公社大杂烩里发过了
Q:
这个爽文套路我喜欢
求问大杂烩群号
A:
群文件里的群规里写了
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2017.06.06 12:46:30
Q:
距离大清洗的日子还有多少天了？
A:
不远了
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2017.06.06 12:50:15
Q:
对orca来说，一个确定的DHDFT单点任务，maxcore的最小值是只与任务本身有关，与并行核数无关吧？
A:
maxcore*并行核数必须明显小于空余物理内存量
Q:
ORCA有的时候似乎会用超了
A:
对
----------------------------------------------------
2017.06.06 13:33:13
Q:
老师，用M062X结合SMD溶剂模型进行过渡态优化会不会不如IEFPCM的结果要准确呀？
A:
原理上不会
Q:
SMD在拟合参数的时候不是没有考虑M062X嘛
这倒是
主要是我在气象状态和IEFPCM水溶剂模型下很容易找到的过渡态，在SMD的水溶剂模型中尝试了很多方法都再也找不到了，而且还出现了改变共轭结构的情况
A:
M052X和M062X那么接近，能差多少？Truhlar自己照样有文章将SMD和M062X结合使用
----------------------------------------------------
2017.06.06 14:04:43
Q:
请教一下啊，如果优化的时候出现这种错误怎么办啊？No lower point found -- run aborted.
是不是初始结构不合理？还是？
A:
看位移、受力收敛到什么程度了，如果离收敛限还远，用gdiis、calcall等继续优化再试
----------------------------------------------------
2017.06.06 14:31:49
Q:
老师，我是两性离子算势垒和反应热的体系，请问我用IEFPCM的水溶剂模型进行过渡态优化还需不需要考虑非极性部分?计算该体系的单点需不需要考虑非极性部分？
A:
优化无所谓
算能量应当考虑
----------------------------------------------------
2017.06.06 14:32:18
Q:
Grimme教授还是不愿意把xtb软件发给我啊
A:
来路不明的人估计不愿意给
----------------------------------------------------
2017.06.06 14:33:42
Q:
[图片]
老师，这个要怎么处理，之前在别的电脑都没有这样
A:
chmod加可执行权限
----------------------------------------------------
2017.06.06 15:12:24
A:
新文章
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6053
----------------------------------------------------
2017.06.06 15:15:30
Q:
我先请教下sob老师，这个报错是什么原因导致的[图片][图片]这是目标分子，氨基胍阳离子
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.06.06 15:15:35
Q:
请问如何消除甲基旋转的小虚频
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.06.06 15:19:17
Q:
老师下午好，我看一篇文献，分子点群为c1，但他说homo-lumo跃迁是对称性禁阻的，请问没有对称性的分子所有轨道的不可约表示都是A，作者怎样判断是对称性禁阻的呢？
A:
计算跃迁偶极矩
Q:
老师，那是不是只要是跃迁禁阻的都叫对称性禁阻啊？
A:
当然不是
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.06 15:27:16
Q:
老师，基态如果是3重态，这样计算吸收谱可以么
A:
基态是三重态，吸收光子的时候也只能被激发到三重态激发态上去
----------------------------------------------------
2017.06.06 15:27:56
Q:
请教一下大家，我想下载一个centOS，版本至少有3个可以选择，选择哪一个比较合适呢
[图片]
A:
DVD ISO
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2017.06.06 16:54:31
Q:
sob老师有一篇关于解决不收敛问题的博文，http://sobereva.com/61，我之前用在gaussian里面跑结构优化效果非常明显，能量分解没有用过，看看有没有帮助吧
A:
magic peace Multiwfn可以做，看Multiwfn手册4.12.6节的例子
----------------------------------------------------
2017.06.06 18:54:41
Q:
老师您好！在您的博文《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》中，图片上计算的速率常数的单位是s^-1,而表格中速率常数的单位是s^-1(mole/cm^3)^-1。请问他们可以互换吗?
[图片]
[图片]
谢谢老师！
A:
一个是单分子的，一个双分子的，怎么互换
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2017.06.06 19:06:02
Q:
请问老师判断分子内氢键的强弱也可以用ESP吗？毕竟不像分子间氢键那么直观吧，求解答
A:
得把分子拆成两个片段，当成两个分子算
----------------------------------------------------
2017.06.06 19:06:45
Q:
各位老师，在计算一个化合物的ECD的时候，在优化时，报错，severe error message # 2070
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
是什么原因[图片]这是输入文件
报错#2070
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.06.06 19:19:21
Q:
大神，我是做有机发光材料的，我计算出的激发前后的电荷转移是这种情况[图片]合适吗
怎么感觉不对
A:
计算有误。
8成是两个波函数文件坐标不对应所致
Q:
哦，那怎么办啊
是结构不对吗
还是我的体系用这个方法不适用
A:
仔细看此文，里面强调了做密度差图的波函数文件之间的坐标必须对应
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2017.06.06 19:48:08
Q:
sober老师有个问题请教一下当我用multiwfn基于sos计算超极化率时分子体系很小的时候计算的比较快当分子较大时计算起来非常慢请问multiwfn有没有其他的计算超极化率的方法使计算时间比较短
A:
SOS当态数一多，计算耗时必然很高，没办法
要图快就用导数方法
Q:
那请问sober老师 multiwfn可以用导数方法来计算超极化率吗？
A:
那是用量化程序做的事
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
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2017.06.06 19:57:41
Q:
文中溶剂是THF和H2O，我编辑文件写scrf=(pcm,solvent=scrf=(pcm,solvent=THF/H2O ) 对么，老师谢谢
A:
要么scrf=solvent=THF，要么scrf=solvent=water
没法同时写
Q:
老师，用IEFPCM溶剂模型算单点同时考虑非极性部分的话，水溶剂模型关键词是不是这样写scrf=(IEFPCM,read)呀？
A:
这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
老师，博文里说的是加read，是不是这么加呀？
A:
y
Q:
老师，这里的IEFPCM可以省略么/
?
A:
可
Q:
老师，scrf默认的pcm是不是就是指的IEFPCM？
A:
y
手册里都写了
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2017.06.06 20:16:24
Q:
大家好，请教个问题。在高斯程序中，给ahlrichs的def2系列基组加弥散，使用aug-的方式，计算方法写为b2plyp/augdef2tzvp，提交作业后，提示输入错误，怎么样写才是对的呢？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
根据aug-cc-pVnZ和def2基组的基组定义自行写出来对应的基组定义
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2017.06.06 21:24:42
Q:
sober老师请问一下在用multiwfn计算激发态间的跃迁偶极距时可以输入特定的几个态而不是全部输出吗？@Sobereva
A:
不能
如果是用普通文本数据输入的信息，把不想算的删掉就完了
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2017.06.06 21:38:11
Q:
各位老师有没有算热力学时用到校正因子的相关算例？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
Q:
老师这个我看过了有没有例题呢？
A:
什么例题，直接写上scale关键词指定频率校正因子就完了，这么简单的事怎么可能会有例子
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2017.06.06 21:41:20
Q:
老师，要是在计算溶剂模型的时候有必要自己定义溶剂的参数，这个时候使用隐式溶剂模型还合适吗，会不会有很大的误差？
A:
合适
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2017.06.06 21:44:06
Q:
老师，我做噻吩的分子表面静电势分布，multiwfn产生的三个pdb文件依次拖到VMD,但是只出现分子表面橙色的极大点，但是硫的青色极小点并没有出现，老师，我找了很久都不知道什么原因？下面是三个pdb文件，麻烦老师帮我看看是什么原因
A:
什么问题都没有
[图片]
注意graphics-representation里要正确设置显示方式
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2017.06.06 21:54:36
Q:
老师我想问一下：对于这个分子内氢键的强度的问题，首先这个分子是在C21的甲基上分别取代一个氯两个氯，以及三个氟的情况。
其中N17上的电荷和O15上的电荷变化应该会受影响。但是我计算了ADCH电荷发现N和O上的电荷的变化受氟氯取代的影响没有什么规律性。
我感觉N上的电荷应该随着氯→2个氯→3个氟的取代，N上的负电荷应该逐渐减少之类的，从而增强了N的酸性。
但是电荷的变化并没有这样的变化是为什么呢，而且取代基上的氯和氟的电荷有正有负
请求老师的解答，之前用ESP只能看出氢键相互作用的强弱，我还是想看酸性对相互作用的影响
A:
如果ADCH、CHELPG电荷都解释不了预期的顺序，说明原子电荷此时就是没法解释。改用静电势讨论
----------------------------------------------------
2017.06.06 21:56:10
Q:
老师审稿人问sobMECP程序在MECP程序的基础上修改了什么？该怎么回答呢？
A:
修改了界面、接口，使之更为易用。原理、算法没变
----------------------------------------------------
2017.06.06 22:10:29
Q:
[图片]
A:
一般认为B3LYP*比较好
Q:
B3LYP*是 15%HF的好像
各位老师，有机化合物含有18个原子，想要计算准确点的单点能用什么方法基组比较好呢？谢谢了
OA:
CCSD(T)/Jul-cc-pVTZ
Q:
这个M062x/def2-tzvp可行吗？
OA:
低多了
我100个原子的单点能都比这个高[图片]
Q:
嗯嗯，好的，明白了，谢谢老师
A:
CCSD(T)/cc-pVTZ对于18个原子没对称性的时候也是非常昂贵的，悠着点
算不动就用DSD-PBEP86-D3
Q:
害怕算不动，设备不太先进
好的，我试试，谢谢两位老师指点
100个原子啥level CCSD(T)/Jul-cc-pVTZ？
OA:
RI-DSD-PBEP86-D3/def2-TZVP
Q:
硬盘要求不小啊。。高斯40-50个原子做MP2就要1.5T硬盘。。
OA:
查了一下之前C6H14关对称性20核跑了63小时[图片]
没特别注意用了多少
可贵了[图片]
Q:
百来个原子的MP2。。硬盘要吃掉好几个T都不止了目测
A:
用ORCA这是小儿科
[图片]
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
测试用的还是普通四核笔记本
Q:
老师，为何我用【高斯】下DSD-PBEP86-D3 或者说MP2才50+原子就要1.5T临时文件。。机子只有1T硬盘。。
然后我就奔泪了
A:
这就是ORCA为什么能靠RI吊打高斯
Q:
是不是开RI能大幅降低硬盘开销
----------------------------------------------------
2017.06.06 22:26:36
Q:
老师，用静电势需要把分子改为两个分子片段，我想断开C11和N17之后需要把氢补上吗？应该如何弄呢？上个问题图没发上来
[图片]
A:
考察哪个内氢键？
Q:
N-H···O的内氢键，我已经用RDG判断了它的弱相互作用，发现随着取代基从H→氯→2个氯→3个氟的取代，氢键作用是越来越强的。但是我之前看过一篇文章，说取代基电负性的不同可以使质子供体的酸性越来越高，所以我最想的还是判断N的酸性老师说的用ESP看的是一个局域的电势，这个可以给出类似酸性的解释吗？我对分片段不是很懂，找了帖子没找到，好像有点像计算BSSE那样分片段吧
A:
如果你指的N17-H19---O15内氢键，C21离那么远，很难影响得到内氢键。诱导效应的影响随键的数目迅速衰减
Q:
直接算Pka的话我找到一个帖子，如果像sob老师说的离得那么远对质子供体的影响没什么影响了，那么氢键的强度受什么影响的呢？谢谢老师指点迷津。
A:
受N直接相连的原子影响
----------------------------------------------------
2017.06.07 08:51:46
Q:
请教大家个问题，如果体系中有50个氧气和6个OH自由基的话，该体系的多重度该怎样设置?之前算双自由基采用bs态，所以自由基是不是不影响体系的多重度？应该是3？
A:
如果没特殊情况，按照最低的自旋多重度设
Q:
那就是3了，这时候不用bs了吧，因为本身3的话就是开壳层
A:
一般不用。
Q:
好的，老师
sob，她是50个 O2。
A:
BS自旋多重度1，直接算自旋多重度3，都看看
----------------------------------------------------
2017.06.07 08:53:52
Q:
请问各位老师，win命令行里怎么换行呢？
我看网上说是shift 加 enter ，可是好像跟直接enter没什么区别啊？
A:
直接enter
----------------------------------------------------
2017.06.07 08:58:49
Q:
[图片]
请问这个配色方案有名字吗？
等高线
A:
填色值线图+等值面图
Q:
那个红蓝的颜色，
A:
BWR
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:02:09
Q:
老师请问如果我用DEmin增加态的时候用guess=read，那么这个读取的oldchk必须是之前算过TD的chk吗？还是我也可以读取相同level下计算单点能后的chk呢？
A:
都行
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:04:02
Q:
[图片]
老师，知道这个怎么解决吗
A:
不用解决
Q:
但是，安装完成后不能用啊
A:
那是你根本不会用
Q:
好吧
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:31:53
Q:
请问算NMR前对分子进行优化，需要非常精确吗？比如用def2tzvp这种级别？
A:
6-311G**就够了
Q:
好的，优化好后做nmr再把基组提高到def2tzvp可以吗
谢谢老师
A:
可
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:37:12
Q:
请教一下老师，我看了思想家公社关于选择DFT的文章，其中说多参考特征强的体系用M06L或者MN15L，我想请问下什么是多参考性特征强的体系？
OA:
[图片]感觉一言难尽
首先你要知道“静态相关”这个概念
Q:
那我还是先去学习下这方面的知识吧，我完全不懂
A:
T1诊断数值大的，属于多参考特征强的，或者说静态相关强的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5460
Q:
高斯的手册啊
这不是高斯的关键词吗
A:
[图片]
仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:43:33
Q:
请问老师Multiwfn可以算EDA（能量分解分析）吗？
A:
怎么结合高斯做简单能量分解看手册4.100.8节的例子
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:45:35
Q:
[图片]老师，知道这是怎么回事吗，打开fchk文件出现的
A:
先将chk转换为fch文件，然后用文本编辑器打开fch文件，看看里面的Number of basis functions和Number of independent functions是否一致。如果不同，将independent改成independant
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:46:43
Q:
内心疑惑特来咨询：优化激发态构型后，想知道荧光峰值。之前是利用G view看优化构型中results-UV-VIS 来确定，不知道这种方法是否可行？后期在一位师兄的建议下，说需要计算单点能，那我放入激发态构型坐标，输入文件为 td=(nstates=6,eqsolv) b3lyp/tzvp scrf=(solvent=toluene,iefpcm) 对吗？@Sobereva
A:
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:49:14
Q:
老师上午好，我想请教一个问题。multiwfn里电荷转移量可以基于电子密度差分来考察，但是例子中使用的是两个态的wfn文件，请问我只有一个TD任务后的fchk文件可不可以分析呢？
A:
不可
PS：Multiwfn里基态到激发态的密度差图也可以通过hole-electron分析模块来做，此时需要提供含有基态轨道的fch文件和激发态任务的输出文件，看Multiwfn手册4.18.1节的例子
Q:
但是hole-electron模块没有给出电荷转移量，我主要想要这个，那么必须要wfn格式的文件是么？谢谢老师
A:
不是必须得wfn格式，看此文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:58:59
Q:
老师，还有一个问题想向您请教。就是内存和并行核数以及core之类的一些设置问题，我不太清楚怎样最大化利用计算资源，请问老师有没有博文讨论这方面的？谢谢老师
A:
无
看程序、看任务类型、看体系、看计算方法，没法一概而论
对于耗内存不是很多的，诸如DFT几何优化、单点，物理核数有多少就设多少核
对于直接指定内存使用总量的程序，诸如高斯，总空余物理内存量扣除2~3GB给系统和后台程序，其它都分给高斯
----------------------------------------------------
2017.06.07 09:58:59
Q:
请问：文章中用ORCA中双杂化泛函计算了单点能，后边考虑零点振动能和吉布斯自由能矫正，可以用Gaussian 的频率结果吗？
A:
可以
Q:
好的，多谢
另外请问CBS-QB3和ORCA双杂化的能量结果有可比性吗？
CBS-QB3误差在1-1.5 kcal/mol
那这个双杂化误差大概在多少呢？
A:
不好比
本来前者也不是专用来算单点的，而是算热力学量的
Q:
哦，我偶之前算过一次，发现双杂化和CCSD(T）外推能量保持一致
这次发现 mp2/6-311G(2df,2p)的单点能和双杂化的结果差别比较大
相比MP2，我更相信双杂化的结果
A:
显然双杂化完胜MP2，此测试也明显体现了：
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378
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2017.06.07 10:04:43
Q:
sob老师转发招聘的帖子，小木虫的
A:
未经同意不要转发
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2017.06.07 10:54:23
Q:
老师可以通过multiwfn的哪个选项得到Potential的cube文件吗？
A:
主功能5用来计算格点数据和导出cube文件
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2017.06.07 11:05:40
Q:
打扰一下大家，新手想学Gaussian软件，不知道有没有什么软件培训班或者有谁能指点一下？谢谢啦
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
预计年底会办第三届科音初级量子化学培训
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2017.06.07 11:10:12
Q:
想请教下老师，优化一个苯环采用MP2/6-311++g**一直出现一个虚频，采用了降低对称性，取出最后的优化坐标，opt加loose或者tight 都不行，该怎么做谢谢
A:
基组太恶心
加弥散还不如不加
[图片]
Q:
看sob老师的帖子看exploring第二版做一些练习有问题来群里提问
可是我计算结合能的单体和总体都用了这个方法基组所以想看下这个方法基组的结合能能优化出来吗
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
这里强调了，后HF必须有较多极化函数
OA:
过几年波普尔基组会不会被淘汰
A:
不会
exploring第三版还在用构成恶心的pople基组
OA:
不过随着ORCA这种需要密度拟合更好的基组的软件的广泛运用，波普尔基组的生存空间会越来越小
A:
高斯要是完蛋了，会迅速加剧波普尔基组的灭亡
OA:
不是说还有十年的得瑟期嘛
A:
用ORCA的几乎没有用波普尔基组的
这俩的死兆星已经显现了
OA:
ORCA最适合使用的就是def2系列
Q:
社长，g16的环境变量和g09的设置方法一样吗
OA:
德国人又一次切中了美国人的脉门
A:
看见6-311++G(3df,2pd)这种就想吐
一样，g09改成g16就完了
OA:
大致一致，看看说明书呢
如果是这样的基组，都不如ma-def2-TZVP更好
A:
比这差远了
Q:
我还没找到g16的手册呢
A:
官网
OA:
都是高斯害的，如果改用ORCA，都能飞起来
Q:
恩恩，正在官网找
OA:
其实只要合适，万能泛函加万能基组就能灌水一大批文章
比如只要不含过渡金属，M06-2X/def2-TZVP就包打天下
A:
你会严重误导初学者的
初学者就想靠一个组合，对什么体系都用
OA:
当然了，万能并不是全能……
任何能趋向于一键发文章的东西都会强烈的吸引初学者，747拽着都拉不回来
A:
分子库+Gaussian+Multiwfn，完全可以把IF<1刊物的文章流水线化
OA:
用程序写文章
比1大的不少期刊也能做到，比如所谓的核心期刊
A:
一般说的核心的都不算SCI，没IF
CTC这个档是没问题的
OA:
不少大学招在职博士的时候也只要核心期刊，要是能发SCI的估计得乐死
A:
核心那种档次，至多三天就一篇
----------------------------------------------------
2017.06.07 11:30:50
Q:
老师，请问Molclus软件win10怎么安装不上？提示的错误是：[图片]
A:
先放到个像样的路径
win跑molclus毫无问题
Q:
我安装路径按照上面第一条路径按照，zz文件夹里面没有后面的路径，我人为设定的新建文件夹改成后面路径的名字，结果还是同样的提示错误，安装不上去。
A:
都提示了啊
当前目录没有genmer.ini
----------------------------------------------------
2017.06.07 11:30:50
Q:
[图片]老师，请问像multiwfn能不能这样，计算每个激发态与基态之间的电荷转移量，并且区分出转移的成分？
A:
转移的程度不要看电荷转移量，应当看S,D,delta_r等指数，看multiwfn手册4.18节的各种例子
----------------------------------------------------
2017.06.07 11:37:00
Q:
各位老师使用scale后只能得出[图片] 怎么得出下面的4个热力学数呢？[图片]
A:
下面那四个直接就输出了
Q:
是使用frechk修改scale后
A:
自己加到单点能上就是
Q:
不是加电子能么？
A:
一码事
Q:
比如说我在修改校正因子的时候也修改了温度压力
那么电子能会不变么？
A:
当然不变
Q:
恩好的谢谢老师
A:
感觉有必要把第三届初级量子化学班时间提前一些
群里>80%的问题都是初级培训班里都讲过的
----------------------------------------------------
2017.06.07 11:57:59
Q:
[图片]
看看搞计算的钱
A:
髙加力还挺能搞
Q:
小心小人
A:
客观评价
Q:
这是在夸高老师啊。
A:
[图片]
李象远也是
Q:
搞这个需要大成本吗？
资助这么多
A:
呵呵
Q:
葡萄挺甜点，呵呵
A:
要是有2000万，招一正经能干活的人，开发出个国产大型量化程序，指日可待
OA:
[图片]
按一个博士后1月2w的话，2000w足够养活10个博后100个月=8年
博士生便宜
A:
我也是差不多这么算的
我是按一个博士后20年一年算
Q:
大老板们有的是门路把钱花出去
哎
OA:
10个博后，8年，如果好好干，确实可以出个非常好的软件了
Q:
还得考虑涨工资。
嗯，那是。期待best软件出世
不涨的话就得考虑换人。
一年24万，我做
A:
现成人才有的是
Q:
嗯嗯
8年以后开公司卖软件。
做软件的随随便便年薪百万，你这点小钱他们恐怕看不上吧
尤其是博后
A:
搞量化的出路没那么广
Q:
也没随随便便年薪百万。
A:
更多的还是生活在底层的码农
Q:
呵呵，感觉码农做不了项目
OA:
做软件的年薪都百万了？
A:
50万，找几个码农，足够把gv写出来
Q:
码农有点苦逼
我堂哥本科毕业，8，9年的程序员，现在在某互联网巨头公司当项目经理，负责客户端的开发，年薪税前四五十万。
OA:
写个orcaview!
给我50万我干
百万的要么是架构师，要么是会那种特别牛的技术的，什么存储阵列之类
一般的也就几十万
Q:
不对，不叫项目经理，我不知道咋说的，就是带领十几个程序员的小经理。
缺的不是人，是钱
A:
对
Q:
能写量化程序的真的很多很多
OA:
钱要花在刀刃上，不然还不是社长说的那个Y么
Q:
但是个人小打小闹基本没意思
人家带个航天发动机，2000万就到了。
10个人，花个7-8年，足够写个很好的了。
OA:
但是。。绝大多数情况都是计算模拟的只能分得人家实验项目的一杯羹……
Q:
量化在外行听着就没那么高大上。
主要是看不见摸不着
看得见摸得着的，一听就高大上
OA:
这种纯计算项目拿钱。。唉。。我们看看就好。。轮不到啊
Q:
比如，给别人讲，贴上个2000w的设备比啥都管用
我一说量化，人家都以为是金融里边那个量化，说我好厉害。
混不下去了，就去搞量化去
OA:
金融那些量化R就足够了
航空发动机这种东西，2000w够么
航空l发动机的有限元模拟2000万太多了吧
模拟啊
对啊
Q:
模拟的话，1/40就够了吧。
真正做实物，2个亿不知道够不够。
看他用啥模型啊
OA:
燃烧模拟还不用考虑所有物理场
如果能融合量化+经典那还有点意思
话说那个生物通用平台的项目，我在美国的一个基金处看过一个名称类似的，批的钱是5w美元～～
A:
我很好奇几年后能拿出什么成果来
感觉还是看不见摸不着
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2017.06.07 13:07:20
Q:
老师，大约提前到什么时候啊？如果初级和基础班上课时间连续就好了。
A:
肯定不会连着
最晚11月，若有可能，尝试提前到9月
Q:
如果初级提前到九月，我真想立刻报名
A:
报名最早也得在培训前一个月才开始
OA:
看来好学习的也是有的
提早一些就好了
Q:
问一下，这个月末举办的讲座，什么时候报名？
A:
7月底有量化基础班，不可能刚弄完还没一个月又开另一个班
这月末没有
Q:
那7月底的是什么时候报名？
A:
六月底
Q:
怎么报名呢？
好的，谢谢
A:
www.keinsci.com
Q:
谢谢
sob老师考虑一下巡回培训不，比如江南兜一圈
A:
暂不打算
Q:
7月底的量化基础班培训费大概多少？
A:
暂定学生1600，教师1900。六天
参加过之前初级班的优惠200
OA:
Q:
好的，了解
OA:
六天了
[图片]讲完可累了
A:
是的
Q:
培训良心价格
A:
其它机构的科研计算类培训平均每天800元
Q:
超级良心，同学去培训别的软件4.5天的都4000多
咱住宿怎么弄呢
A:
肯定是CT的培训
Q:
自己找地方住
OA:
大博士又在黑CT，其实还有YZ
A:
可以统一预定，或者想图便宜，自己订旁边的旅馆，200米以内有起码6家
Q:
培训一般几点到几点呢
A:
9-12，13-18
Q:
男的可以睡地上
一个小屋子可以睡8个人
8个？确定？
那不要挤死啊
A:
5个还差不多
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2017.06.07 14:33:56
Q:
小伙伴们，请问在做非自洽空态计算时，非占据态本征能量为正值如何解释，有物理意义吗
A:
非自洽空态何意？
空轨道能量为正太正常
Q:
先做完基态计算，再去算非占据态
A:
没听说过“非占据态”
Q:
何为正常，这种态能否用来做相关计算？
A:
占不占据是对轨道而言的，对态没法用这个词
基态体系，不处于的电子态叫做激发态
Q:
这种态能否用来做相关计算？
比如单电子跃迁
A:
“态” is undefined
做电子相关计算，有轨道波函数和轨道能量就完了，牵扯“态”干嘛
先把语义弄清楚
Q:
教训的是
轨道能量为正如何解释
A:
假设koopmans定理对空轨道成立（实际上不成立），代表电子占了那个轨道后会令体系能量增加
Q:
这个好理解，在单电子近似下，这种轨道任然属于束缚“态”吗
A:
态是对于整个体系而言的，是有物理意义的
对于单电子近似产生的轨道这种假想模型，不称之为态
Q:
也就是说整体看待，若是体系能量为负值即可
多谢
A:
当你计算体系EA，数值为正，则说明再给体系一个电子，电子也是被束缚的；如果为负，说明再给一个电子，电子也呆不住，自发跑掉，是非束缚
----------------------------------------------------
2017.06.07 14:49:47
Q:
对于一个中性分子，EA>0 能推出 LUMO 轨道能为负吗？
A:
不能
Q:
原因在于koopmans定理对空轨道不成立对吧？
A:
恩
Q:
那LUMO有的体系算出来正的，有的体系算出来负的，这意义也不是很大了？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.06.07 15:10:33
Q:
计算过渡金属配合物的ICSS，用B3LYP/def2-TZVP水平是否可以达到JPC系列的平均要求？
A:
可
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2017.06.07 15:19:02
Q:
[图片]请问老师这是哪里出问题了？Gamess做能量分解时遇到的问题，我改了多重度还是算不过去
A:
电子数是奇数，自旋多重度为1显然不行
Q:
好的老师，我修改下多重度
[图片]老师这是我把多重度改为2以后，提示的错误。
A:
别用R啊
Q:
[图片]您的意思是我红线标出部分的R去掉吗？
A:
SCFTYP=UHF
Q:
好的，谢谢老师
[图片]麻烦老师给看下，这是我修改了多重度以后又出现的问题，这是哪里的问题？
A:
赝势涉及的角动量太高，GAMESS-US处理不了，估计你用的是SDD
如果不是最新版，换最新版再试。要么换个赝势基组，如lanl2系列
OA:
赝势积分任意角动量的不难写，不知道GAMESS为何只做到这么低。
A:
总比PSI都不支持ECP强
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2017.06.07 15:25:59
Q:
各位老师，请问一下要研究一个材料分子的稳定性，例如：热稳定性，光稳定性，化学稳定性，怎么通过计算表征啊？谢谢啦
A:
热：跑AIMD、研究裂解势垒
光：研究激发态势能面
化学：研究化学反应势垒等
Q:
老师，这样表征出来的能够说明它在薄膜上的稳定性吗
A:
根据具体情况，恰当考虑薄膜的影响
----------------------------------------------------
2017.06.07 15:31:41
Q:
不知道能不能从理论计算角度来判断具体哪个原子是+2价，哪个原子是+1价？谢谢 Yuanhe @zjxitcc-CC,PT
A:
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362
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2017.06.07 15:51:26
Q:
[图片]
老师，我跑出来的irc不是很平滑，了解是反应物和产物，这个曲线不会影响过渡态的准确性吧？
A:
并非不平滑
Q:
老师，我找过渡态，有些从1.9或者2.0左右开始扫描接近，如果没有能量升高，我就认为这个反应没有过渡态，这样的做法可行嘛？
A:
病句
如果扫描范围足够合理，扫描的轨迹上看也能大体对应反应路径，曲线上没有极大点是没有过渡态的重要证据之一
Q:
如果扫描出现陡峰，该怎样处理啊？我减少步长，发现还是有时候会出现
A:
凭化学直觉判断哪个可能作为合适的过渡态初猜
Q:
好的，谢谢老师
扫描过程有时候出现降低收敛标准，发现整个分子就会偏离预想，是否扫描过程中一般不建议降低scf的收敛标准？
A:
不要降
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2017.06.07 16:09:02
Q:
请问一下老师，在计算双自由基的紫外时要加打破对称性的关键词吗？
A:
要
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2017.06.07 16:11:47
Q:
请问社长，用counterpoise=3计算三聚体相互作用，片段的编号顺序，对结果有影响吗
A:
无
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2017.06.07 16:15:14
Q:
[图片]sob 老师您好！能不能打扰您一下：cycle 1（1），cycle 1（2）括号中的1，2代表什么？Thresh为多少的时候就收敛了？这里的DEV为什么越来越大，是不是没有收敛啊？
A:
具体搜索规则看NBO手册，或者公社论坛上NBO的资源汇总
non-lewis这么大，对当前体系NBO轨道已经很难给出定性合理的描述了
这里把NBO轨道存在的问题狠批了一番
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
除非要讨论E2，否则用Multiwfn做pipek-mezey轨道定域化，结果有意义得多
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2017.06.07 16:18:30
Q:
有个审稿人说：“...N(SiR3)3 or isoelectronic [OR3]+, with their well-known delocalized, 4 center pi-bond under employment of the 2p orbital of the central atom.” 事实上，N(SiR3)3 or isoelectronic [OR3]+ 都一个该不是平面三角形结构，我也不认为有4-中心pi-键。大家怎么看？
OA:
正常情况下应该是平面结构
氧我不清楚了氮肯定是平面结构
Q:
没算过N(SiR3)3，但是[OR3]+不是平面，更关键的是，我不认为有4-中心pi键
OA:
我算过很多氮自由基基本都是平面结构除非是环张力，偶氮类
Q:
NR3，不是平面的，N（SiR3)3，没查到文献，也还没算，不过我怀疑也不是平面的
N（SiR3)3，不是自由基
OA:
[图片]
[图片]
Q:
你那些结构带电荷
OA:
这里面的我都算过除了环烃偶氮都是平面的
哦你是有孤对电子的啊
有孤对电子肯定就不是平面的了
Q:
就说N（SiR3)3，肯定有孤对电子
更关键的是，有没有4-中心pi键
OA:
其实是有的
弯曲的不厉害基本上π键都是离域的
Q:
我觉的，[图片]，这个结构中不是pi电子离域
OA:
额这是明显的π电子离域吧...
Q:
或者，你如何知道pi电子是离域的
OA:
看一下前线轨道不就知道了？
Q:
周围的原子没有p轨道，如何离域？
OA:
恩？
Q:
sigma-pi共轭？
OA:
π轨道为啥离域要邻位原子提供p轨道？空的d轨道也行啊
d-p共轭不是很正常的吗
Q:
这也可能，不过从键的角度看，不太合理吧
我想，你去掉Si的d轨道，如果算出来的还是平面的，就不能说是，d-p共轭
OA:
怎么去掉d轨道？
你的脑洞有点大的
Q:
不给Si原子加d轨道么
OA:
额？你是说基组里的极化函数？
Q:
你得有合理的根据说服我
OA:
d,p极化？
Q:
是
OA:
大哥那个不是d轨道...
Q:
你不加d极化，还是平面的不？
OA:
Gaussian基组里的 6-311 6-31 加dp 2d2p 这些d极化函数，不是真实的d轨道...
Q:
这个知道
OA:
不加d极化，你优化的结构都不正确了
Q:
哎，你怎么知道不正确？
没有绝对要加d极化的问题
除非si是5配位
不然，不加d极化顶多是不够精确
OA:
不是啊你肯定要考虑化学键的极化效应吧
Q:
极化效应也和d-p共轭还差得远呢吧
OA:
大哥不要把化学键的极化效应和共轭程度对等好不好
CH4 也有极化的和共轭两码事
Q:
CH4和这个差的太远
咱的说平面构型的原因
OA:
不扯得太远了一句话总结一下审稿人的建议基本是正确的
Q:
你得有合理的根据
我也不是固执，但是你的说法不充分
OA:
我可以说实话吗你的量化基础要打一下
有点哭笑不得
Q:
这就不讲理了吧
为啥别人的回答，不可以质疑讨论呢
OA:
CH3自由基 CH3+ CH3- 都是平面的
Q:
我也没说你一定不对，但是要更有根据
OA:
CR3 CR3+ CR3- 也是平面的
Q:
是平面的，有4-中心pi键么
这才是关键
OA:
我想 CR3- 和你的 NR3 模型基本类似吧量化知识咱不讨论了就讨论这个结构的话审稿人也是没错的
如果你要问我正确的答案，我可以仔细回复你
Q:
NR3和N(SiR3)3, 一个是非平面，一个是平面，原因是什么
OA:
氮上的孤对电子填入了4中心π键了
Q:
Si要提供轨道，d轨道？
OA:
NR3 我估计R上没有d轨道
所以孤对电子没有离域还是接近于SP3杂化
Q:
这个有一定道理。不过还是那想法，Si不给d轨道要是算出来不是平面的，你的说法应该是对的，不然应该有问题
OA:
千万不要说Si上给不给d轨道...
文章里这是硬伤啊
Q:
我算的不含Si
OA:
只能说polarization function
Q:
不过算SiH4，不给d轨道（或者说d极化），不是啥大问题
说说你的理由
OA:
我感觉他把极化函数和原子的d轨道弄混了
前者只是一种函数逼近，后者是物理真实轨道
Q:
我还真不知道咋把极化函数和真正的d轨道弄混
之时说精度上有问题，有原理上的本质问题么？
OA:
优化时，不加极化函数的计算，都是在耍流氓...
Q:
如此，开发6-311G函数的人都傻子了
OA:
不是不是劈裂基组是3delta基组
和极化基组两码事
那是弥散
不加极化函数用某些方法计算苯都能算出不是平面的，你还在这儿讨论平面性
6-311是增加了劈裂基组
Q:
你就说用6-311G算含碳的体系，有本质上的不可以的根据么
大体系还用3-21G不加*呢，本质上应该没有不行，只是精度的问题
或者有些特殊的情况，必须考虑加极化
OA:
找到了和北大天桥上的民科讨论问题的感觉。
你可能没看过量化书
Q:
你起码没有给出合理的解释
OA:
Q:
随便你们自信
OA:
不是自信是感觉突然回答不出了...
Q:
没有合理的解释，你干脆把Gaussian里的6-31G基组就去掉，或者给个严重警告说不许用
OA:
Gaussian基组确实不是完备基组所以按照道理任何gaussian基组都差不多确实只是精度问题
Q:
其实我也挺无语的
讨论问题，只涉及问题自身好了，扯些其他的，只能呵呵
OA:
我这么来说吧
Q:
我就问你，1000个原子的有机分子，你可不可以用3-21G不加*算
OA:
无论变分法还是微扰法，都是寻找非简并的本征解，如果基组用得不合理得到的很可能是简并的解
Q:
我就问你，1000个原子的有机分子，你可不可以用3-21G不加*算
A:
[图片]
OA:
1200个原子的我都得用上极化，要不然局部的torsion实在描述不出来。
偏离平衡结构严重，键扭曲特别大就得加。
A:
来自pople基组加极化的原文
Q:
现在机器好了，以前机器不好的时候，用3-21G不加*，或者6-31G不加*的多了去了
OA:
社长，6-31G这种基组*和**的计算量有显著区别吗
有
氢和没氢的区别
重原子，氢原子
不对是氢加p还是不加的区别
所以，很久以前的计算化学论文都要基组泛函测试什么的
Q:
那也没说原来做的有本质上的错误吧
A:
[图片]
Q:
不客气说，某些人的自信，不知道哪里来的
A:
论极化的重要性
OA:
你提的问题是好的但是了解问题的态度是不对的不能抓住一个点就认为是这个点的问题
A:
pople原文里，极化对结果的效应显而易见
刚才贴的图里，更是说明，缺乏极化，甚至结果可能定性错误
[图片]
[图片]
Q:
其实我也没说4-中心键就不对，但是各位的解释并不到位
OA:
辛辛苦苦跟你说了一下午你来这一句
Q:
而且说不加极化就不能用，我是不赞同，看你体系需要和机器条件
----------------------------------------------------
2017.06.07 16:33:32
Q:
请教一下gaussian中inear-response method polarizable continuum model中是CPCM，I-PCM或者IEFPCM，谢谢
linear-response method polarizable continuum model
A:
默认IEFPCM
Q:
请教一下td-dft只要写td=（ ****）就可了，拿tda-dft是否只需要写tda=（***)就行，例如：
A:
是
----------------------------------------------------
2017.06.07 17:06:19
Q:
我想请教下sob老师，如果8台32核的工作站（一般CPU），算优化，频率和能量的话，每个分子大概30个原子，20个分子，大概需要多久时间了？
A:
同时用的话，顺利情况午休的功夫就算完了
----------------------------------------------------
2017.06.07 17:06:19
Q:
sob老师有没有linuix下高斯教程，现在网上好多教程都是错的，以前都是用的windows版的，怕提交作业老出错，所以想学习正确的语言，还有sob老师初级班多久开班，我想跟我老师商量下来培训下，不知道how much？
A:
初级班学生价约1200
尽量提早办下一届
Q:
好的，老师，我跟我导师商量下，来学点东西
老师，是今年年末办基础班吗？
A:
7月底基础班
Q:
学习高斯软件对电脑要求也很高吗
A:
不知道时间就看www.keinsci.com首页
很低
Q:
下学期还有基础班吗？
A:
没，基础班频率低于初级班，因为受众对象更少
Q:
老师，如果要报名，去哪儿报名啊
A:
第四届基础班就是明年了
到时候会发通知的
Q:
sob老师，这个培训费开发票吗？我需要报账
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q:
初级班是给啥都不懂的入门的，是吗
A:
没那么浅
应当说适合0基础以及搞量化不足一年的人
Q:
那我感觉我应该从初级班学起
A:
参考上一届的学员评价
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5736
Q:
老师，是基础班比初级班讲的深吧
OA:
y
A:
内容是初级班3倍以上
差异在这里写明了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
像我接触高斯和multiwfn接近一年了，老师推荐我该上初级班还是基础班
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5426
自测一下
Q:
看来我比较适合初级班，哈哈
只能回答1/4左右，
A:
第三届基础班报名时间暂定于6月18日，准备报名的注意届时关注www.keinsci.com首页，免得报不上
----------------------------------------------------
2017.06.07 17:28:15
Q:
[图片]请问下各位老师，激发态的计算中，一些数值是负的态怎么理解？是计算精度的问题么？这种状态出现之后应该怎么处理，谢谢。@Sobereva
A:
正常，看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
谢谢老师，您文中提到TDDFT激发与去激发主要是看符号“->”和“<-”，在例子中也是，那是否意味着跃迁系数本身的正负号不重要，因为在运算中会被平方全部变成正数是么？
A:
对
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2017.06.07 17:32:38
Q:
[图片]何谓检测不到pi轨道……
为何
A:
并不是所有原子都在YZ平面上
Q:
啊。。这一定要求所有原子才能干吗？那我想看一下 ELF-pi是不是要手工挑了
A:
对
----------------------------------------------------
2017.06.07 17:36:14
Q:
老师，scan文件老师出现scf不收敛，错误提示，
[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.06.07 18:12:39
Q:
能帮忙下一篇文献吗
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0022328X85803363?showall%3Dtrue%26via%3Dihub
A:
看群规，用sci-hub自行下载
本群不允许求sci-hub能下的文献
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2017.06.07 18:16:32
Q:
sob老师请问您会使用从头算进行力场开发吗
A:
没什么难的，现成的力场拟合工具很多，一搜一堆，往往需要提供量化扫描的势能面，或者一批结构的单点
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2017.06.07 18:23:23
Q:
请教一下老师，我用moloro的do循环计算分子能量，把theta2后面的语句改成#angles 后，就一直在theta1=20的地方出错，说矩阵有问题，这是什么原因呢 [图片][图片][图片]
A:
你先把结构手工摆成出错的那个值时候的结构，人工看看那时候的结构有没有什么异样
----------------------------------------------------
2017.06.07 18:28:11
Q:
老师6-31++G(d, p)和6-31++G**有什么区别就是(d, p)与**
A:
一样
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2017.06.07 18:30:12
Q:
请问各位老师，我用multifwn做的弱相互作用输出文件后在origin做图是这样的[图片]后边好像被截断了一样，是什么原因呢？还是说这样是正常的？
A:
本来就这样。Multiwfn默认的RDG_maxrho是0.05，密度超过0.05的都会被截断
不这样的话，化学键区域也显示出等值面了
----------------------------------------------------
2017.06.07 18:51:45
Q:
No.1 什么文献？
A:
[图片]
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2017.06.07 19:38:19
Q:
各位老师，有个问题想请教一下。meta-GGA中的meta的中文翻译是什么？我没太看到过它的中文释义。
A:
甭翻译，翻译完了谁也不懂
meta就是代表包含动能密度或者电子密度拉普拉斯的泛函
----------------------------------------------------
2017.06.07 19:39:41
Q:
老师，请问对于34个C，43个H的体系（有4个环，过渡态有5个环），用什么方法基组算单点耗时和准确度都考虑的情况下比较好啊？
A:
M062X/TZVP
Q:
老师，这么大的体系，用M062X/def2TZVP是不是有点昂贵了呀？
A:
TZVP比def2-TZVP小多了
Q:
请问老师，这个耗时大约占def2的百分之多少？
A:
1/4以下
----------------------------------------------------
2017.06.07 19:43:08
Q:
请问我用TD-DFT做垂直激发能，out文件中的[图片]，这个能量是基态能量吗，基态能量不应该是优化后的能量吗 sob老师
A:
是
----------------------------------------------------
2017.06.07 21:29:03
Q:
请教一个问题，对于DFT-D3，gamess的功能要比gaussion要强大的多吧？
A:
否
Q:
这样啊，老师。我再仔细看看说明书吧，感觉在高斯09的说明书中没有明确D2和D3的使用介绍啊
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:16:12
OA:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
恩恩，sober老师这篇博文我看了~就是不太确定，我是用 Sum of electronic and thermal Free Energies，这个值就好了么？
A:
[图片]
Q:
你想当巨懒无敌懒人就这么干
A:
写得再清楚不过
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:18:34
Q:
话说为何一般MNR计算不要求加弥散函数，算NICS时动用NMR就要求有弥散函数了呢？
OA:
我认为是因为这个时候考察的不只是核处的性质了
A:
毕竟算NICS的位置偏离核中心很大
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:19:29
Q:
请问老师，gromacs对蛋白跑10ns的长时间动力学，用了热浴和压浴，为什么npt系综里，cubic盒子的体积一直不变呢？还是说是有轻微的变化肉眼无法分辨呢？amber里就散得很明显。
A:
变化会很轻微，除非一开始你的体系就很松散。会的可压缩系数很低，必然导致哪怕很大的压力变化，也不导致盒子变化明显
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:19:59
Q:
老师上午好，我想请教一个问题。我用multifwn分析跃迁偶极矩密度得到S0-S1跃迁的振子强度为0.45，但高斯输出文件中看到仅仅为0.15，请问这时怎么回事呢？
A:
必须用IOp，让程序输出足够多的组态系数
如果已经用了9/40=4，还相差很大，那么只可能是格点设定得太不合理
Q:
9/40=5更好
A:
文件会更大，Multiwfn计算耗时会更高，对于可视化观察没必要。对于计算跃迁偶极矩用于SOS目的才有意义
Q:
我是SOS目的，习惯了，甚至一度我都想用9/40=6
A:
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:24:00
Q:
老师上午好，第一性原理中密度如何求解呢？比如Ni3Nb相，他的相对分子量为268.98,单个晶胞体积为99.86，结构为正交有序，谢谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:41:48
Q:
请问各位老师在哪里可以下载新版本的GAMESS?
A:
官网啊
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:49:42
Q:
[图片]想请教一下，电子定域图不同颜色代表什么意思？如何分析这个图？谢谢
A:
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
----------------------------------------------------
2017.06.08 09:50:51
Q:
我等会上传一个
OA:
好东西啊，g016，谢谢老师
是gv，不是g
A:
不要在群文件里传高斯有关的程序
会被人盯上
Q:
好
A:
群里可能有卧底
Q:
怎么删？
A:
已经删了
Q:
好
A:
这还是2群，在1群传更危险
私下讨论我管不着
OA:
1群估计有某公司的人
A:
有
群大招风，隔墙有耳，望大家注意
还有人闲话说多了，被同学向院里举报了的情况
Q:
看来以后得发送学生证照片并答对问题才能入群的规矩
A:
年轻的，国内搞量化的估计一多半人都在1群或2群里
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2017.06.08 09:52:44
Q:
[图片]这两个是什么？
A:
开壳层微扰方法
Q:
[图片]
感觉不大像。。。
A:
[图片]
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2017.06.08 09:57:31
Q:
群里有没有亲做反应速率常数，想要请教讨论一下
[图片] 想请教一下，一篇实验文献中谈到在1000mbar下 SF6 做稀释剂，测定自由基C6H5O+NO2的反应速率常数，不知道这样算出来的数据是高压极限速率常数吗? 我们所用的Kiphel计算的反应速率常数是1个大气压下的速率常数？
A:
kisthelp是按TST算这个k的，TST没法考察压力的影响。直接用kisthelp的结果就行了
Q:
sob老师，还想多问一下，Kisthelp不考虑压力影响，那得到的数据，算是高压极限的速率常数吗？
A:
可以这么理解
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2017.06.08 10:18:26
Q:
老师好，请问一下，用Gaussian 优化配合物的三重态时需要不要考虑旋轨耦合？如果考虑的话该怎样设置输入文件？
A:
不需要
Q:
那计算磷光发射要不要考虑呢？
A:
算发射能不需要考虑，算振子强度要考虑。这里写了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.06.08 10:26:00
Q:
[图片]请教一下：Gaussian会主动删除一部分输入的基函数吗？删除的原则是什么？
线性相关？
A:
会自动对基组进行一些简化，参考
[图片]
但Gaussian会做得更激进，结果会有轻微，但完全可忽略的变化
例如cc-pVTZ对于C最内层的基函数原始定义为
C 0
S 8 1.00
8236.0000000 0.0005310
1235.0000000 0.0041080
280.8000000 0.0210870
79.2700000 0.0818530
25.5900000 0.2348170
8.9970000 0.4344010
3.3190000 0.3461290
0.3643000 -0.0089830
S 8 1.00
8236.0000000 -0.0001130
1235.0000000 -0.0008780
280.8000000 -0.0045400
79.2700000 -0.0181330
25.5900000 -0.0557600
8.9970000 -0.1268950
3.3190000 -0.1703520
0.3643000 0.5986840
高斯自动处理后去除了三个GTF shell。
S 7 1.00 0.000000000000
0.8236000000D+04 0.5419783203D-03
0.1235000000D+04 0.4192873817D-02
0.2808000000D+03 0.2152216205D-01
0.7927000000D+02 0.8353432195D-01
0.2559000000D+02 0.2395828457D+00
0.8997000000D+01 0.4428528419D+00
0.3319000000D+01 0.3517995618D+00
S 6 1.00 0.000000000000
0.2808000000D+03 -0.5949224937D-04
0.7927000000D+02 -0.1148158310D-02
0.2559000000D+02 -0.1001913745D-01
0.8997000000D+01 -0.6121949230D-01
0.3319000000D+01 -0.1732698541D+00
0.3643000000D+00 0.1072915192D+01
这样处理对于高斯这种片段收缩程序，耗时能降不少
OA:
GTO基组的尿性在于收缩度降不下来。。
但是特别好做
数值基组就麻烦一些。微分不好做
但是，在原子中心附近描述的更好。
Q:
GTO在原子中心的描述，不一定好的
大师哭晕在WC
[图片]
A:
位于原子中心对于分子体系效率是最高的，虽然也用bond function这种idea，偶尔算算相互作用有用，但根本流行不起来
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2017.06.08 10:26:01
Q:
在NBO分析中，BD，CR，LP，RY都是写什么鬼
A:
RTFM
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2017.06.08 10:49:23
Q:
说个题外话，学生要毕业了，打算读博士，想送个礼物，实用的。有没有好建议？谢谢
OA:
给学生送礼物么，中国好老师啊
老师还给学生买礼物！
文章+1
张老师都送了N篇了。。
中国好老师
老板一定很满意
Q:
文章有。
OA:
好给力的老师！
厉害
好老师啊
有预算嘛
Q:
文章+2都没问题，虽然马上毕业了，她做的工作毕业后也还是会给她的。这个不算礼物。
她自己的工作。
OA:
买1-2个笔记本好啦，质量好一点
！
你那里缺人吗？我现在就去
Q:
哈哈啥叫1_2个
OA:
日记本
。。。。。
误会了
。。。
哈哈哈
丁老师，你的良心大大的坏了
A:
送本量化书
OA:
送书都不错呀
送去大博士那里培训
我也想到了培训，啊哈
Q:
sob这个提议不错，文章虽然还做得不错，但确实基础花的时间还不够，上次还去听了sob的培训班，但估计回来没巩固，忘记得差不多了
sob能推荐本经典吗？
OA:
我结婚的时候以为实验室小伙伴会送本原版书，谁知道送的是小霸王学习机和七龙珠,灌篮高手的手办...
A:
levine的
OA:
sob老师的量化书今年能出不
这么贵啊
[图片]有国际版
国际版200+
送个Amazon Kindle就不错，时时刻刻看文献
这个只有几百而已
￥200+
[图片]
不是印影版？
[图片]
这本也可以
电子结构入门书
[图片]
ebay
还有更便宜的
[图片]
怎么感觉像耳熟的
二手
A:
能买到影印版就买影印版，买不到就送这个就行了，用于激励学生。要不然花400，本身又是有pdf版不值当
[图片]
OA:
应该不是
A:
此书在这里推荐过
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4026
Q:
好的，谢谢各位，我回去查。这破手机开个网页半天反应过来。
这个原版levine的量子化学是不是国内的电商都没有。只能从国外直接买
OA:
原版要么海淘
不过价格太辣手。。
而且有相应地PDF版
歪国书籍都很贵
A:
就dover出版社最良心，超便宜
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2017.06.08 10:51:19
Q:
如果要优化T2，T3，是制作两个输入文件分别写root=2,root=3,还是只做一个输入文件写nstates= 6，root=1？
老师让我算到T10，总共四个配合物分子，感觉服务器要炸了
一般来说，前五个激发态就足够说明问题了
能不能通过加内存条提高服务器运行速度？
A:
看你算什么，任务对内存要求程度
对于大体系DFT优化、单点没有帮助，小体系偶尔还能靠incore方式储存双电子积分来加速SCF
Q:
100多个原子的金属配合物做DFT优化
需要计算的配合物分子数量较多，想一次提交多个任务
A:
大内存没用
Q:
双杂化20核能用80G+，一般DFT用不十分多
之前提交过十几个分子，服务器卡得不能动
关了超线程啦？
或者开着超线程用满了？
A:
是
如果CPU没超线程，如之前的AMD的U，留出一个物理核心，免得卡死
Q:
单纯从节约计算量上来说，5d，7f对post-hf很管用，但对于DFT，效果好像没那么明显
A:
因为后HF标度高，而且关键看基函数数目
Q:
嗯嗯，是的。
DFT还要做个变换，反而不如直接用笛卡尔快。
而且也用不了那么高的角动量
社长有没有说法说并行核数是2的次方时效率最高的说法
A:
没有
Q:
比如八核比九核快这种
好吧，被骗了
A:
迷信罢了
Q:
说了一个好吧，抱歉
A:
[图片]
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2017.06.08 11:17:57
Q:
谢谢son老师，输出文件中怎么查看已经改成球谐函数？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.08 11:20:12
Q:
[图片]想请教个问题，这个是dell的官翻主机，配置： i5-7400 8G 1T GT730 价格3700，是否值得。
A:
凑合
OA:
4000 自己组装能配更好的
Q:
自己组装下来价格也差不太多，品质做工我觉得不如品牌机。
品质不如品牌机你是认真的么
[图片]哪个部分的做工不如品牌机？
A:
也就机箱了
而且还是对于250块钱以下的而言
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2017.06.08 11:50:50
Q:
请问老师，我高斯优化的chk文件转为fchk文件时出现以下错误，[图片]有什么可以解决的方法么
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
看产生fch那一节的说明
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2017.06.08 11:52:10
Q:
第七版和第五版的区别在哪里？
或者说第七版的特色在什么地方？
A:
删除老旧、意义不大的内容，增添点与时俱进的东西，比如TDDFT、DFT-D、新泛函介绍。还加入了之前没介绍又比较有意义的内容，比如Mayer键级
新增的内容都写得很浅
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2017.06.08 13:01:36
Q:
[图片]
有人知道这个模型怎么建的吗？
A:
字号不得超过12，不要用斜体，注意看群文件里的群规
周围的相应原子位置放置背景电荷就完了
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2017.06.08 14:58:57
Q:
sob老师，multiwfn3.4支持g16超极化率密度的输出吗
说错了，就是支持第一超极化率的输出
A:
你可以试
我没试过
----------------------------------------------------
2017.06.08 16:20:37
Q:
老师，请问cda分析可以得到摸个片段的极化值吗？比如图中的Pl(1)[图片]
A:
不能
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2017.06.08 17:05:19
Q:
请问老师，我想问一下，优化聚合物怎么优化呢用哪些泛函比较合理呢
A:
B3LYP
----------------------------------------------------
2017.06.08 17:20:06
OA:
[图片]
[图片]
[图片]
A:
非周末和夜间不建议发和学术无关的
----------------------------------------------------
2017.06.08 17:44:43
Q:
老师，怎么只扫描某个原子的Z坐标？
A:
[图片]
Q:
老师，只扫描Z坐标时能否进行柔性扫描？
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.06.08 18:10:33
Q:
老师，优化和计算td用相同基组（6-311++G(d,p)）可以么，还是优化比计算td的基组要小？谢谢老师
A:
优化6-311G**足够
----------------------------------------------------
2017.06.08 18:38:30
Q:
对于单原子离子（A+)在溶剂B中的溶剂化能量，有文献直接用采用构建A+--B复合体的方式来获得A+的溶剂化能量，在优化A+--B复合体时，如何知道A+与B中哪个原子相互作用？（这个问题化学常识应该可以判断），相互作用的原子间距离如何设定？对这些问题，有何建议？
A:
让A+的分子表面静电势最正的地方与B分子表面静电势最负的地方接触，距离无所谓，优化后会自发调整
分子表面静电势最正、最负的地方可以用Multiwfn定量分子表面分析功能找到
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
----------------------------------------------------
2017.06.08 20:23:04
Q:
请教一下，gaussian算红外的话，1400个原子是不是算不动
DFT？
A:
没戏
Q:
我也觉得。。
那有没有办法只算其中一部分？
A:
除非你用ONIOM
Q:
把大部分当成环境，研究一小部分的红外光谱
A:
那种研究没太大意义
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2017.06.08 20:27:31
Q:
老师，对于35个重原子，45个H(其中包括4个环)的体系，用M062X/def2svp找过渡态算不算合适？有没有可以推荐的方法/基组？
A:
合适
Q:
谢谢sob老师！
老师，考虑溶剂化效应算激发能，是用TD好还是CIS好？
A:
显然TD
确切来说是TDDFT
TDHF比CIS没实质性改进
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2017.06.08 20:30:10
Q:
[图片]老师我用M062X-D3优化二聚体，任务提上去为什么会报错呢
这是报错的提示[图片] 麻烦老师您指点一下
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
OA:
M06-2X 高斯里写成 M062X
Q:
谢谢您我把它写成了M062X也是一样的您能帮我看看还有其他问题吗？谢谢您
OA:
贴出报错信息
Q:
[图片][图片]老师这分别是我的输出文件，我算的dimer 换了一个泛函还是同样的错误，老师，您看下我关键词部分哪里有误呢谢谢老师
A:
看手册啊
泛函写法别自行随意发挥
OA:
谁告诉你D3 是这么使用的？
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
你明显没看我给你的博文
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2017.06.08 20:41:10
Q:
[图片]Sob老师，我关键字已注明scrf=(smd,read)，后面注明了eps 和epsinf，为什么计算时显示溶剂为water呢？
A:
这是在water的基础上只把eps和epsinf改了
一个溶剂并非只由这两个参数定义，其它参数沿用默认的水的
Q:
那这样计算合适吗？
A:
非极性部分不合理
Q:
那该怎么改呢老师，scrf=(smd,generic,read)吗？
A:
不行
SMD没法自定义溶剂
仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
要么基于特征和你的溶剂最相近的自带的溶剂基础上修改eps和epsinf，要么索性干脆甭考虑非极性部分
----------------------------------------------------
2017.06.08 21:03:11
Q:
[图片]
这个期刊是否是sci
今天收到一封邮件
A:
肯定不是
Q:
那就不投了，否则论文浪费了
A:
我邮箱里每天都收到不少这种杂七杂八的期刊或会议的邮件。SCI的期刊根本不用这么征稿，别人都主动投
----------------------------------------------------
2017.06.08 21:05:10
Q:
各位老师，我想请问一下，是不是做布居分析就一定不能带弥散函数呢？那负离子计算到底要不要带弥散计算呢？谢谢各位老师啦~
A:
显然看你用什么方法算原子电荷，看群文件里《原子电荷计算方法的对比》
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2017.06.08 21:06:37
Q:
溶质的非极性部分是指eps吗？
A:
仔细看我的博文
[图片]
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5914
----------------------------------------------------
2017.06.08 21:08:36
Q:
[图片]
请问我用最低级的高斯计算，通过比较甲基丙烯酸乙酯，和甲基丙烯酸缩水甘油酯，判断甲基丙烯酸缩水甘油酯是否能进行反应
A:
先找对应的反应过渡态，用过渡态的自由能减反应物自由能，根据TST理论计算k判断是否能反映
Q:
我的是小分子，甲基丙烯酸甲酯和乙酯反应生成甲级丙烯酸乙酯，没有过渡态
A:
怎么会没过渡态
Q:
对对
那我的照片给出的吉布斯自由能G是通过我的反应求△G么
A:
光从热力学的可行上几乎没法说明一般意义上的能不能反应
能算势垒一定要算，这才是最关键的
Q:
老师，从动力学考虑能不能反应主要是看什么？
A:
势垒
----------------------------------------------------
2017.06.08 21:12:55
Q:
老师好，请问用QST2方法找过渡态，但是反应物产物和要找的过渡态每个碎片的电荷和自旋都不一样，这种情况怎么处理？
A:
QST2研究的对象是基元反应，在同一个势能面上发生，必然反应物、过渡态、产物的自旋多重度和电荷是相同的
Q:
总的电荷和自旋不变，但是碎片之间有质子和电子的转移，就是碎片不知道该按照哪个的设置，还是就按反应物，产物是什么样，就分别设置成什么样，找到的过渡态自旋是什么就是什么
A:
片段根本不需要设，量化里没法设某个片段的电荷和自旋多重度
除非你用CDFT
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2017.06.08 21:37:09
Q:
大家好啊，我用GV打开fchk文件，想画出分子的表面静电势，结果最后显示 "Surface map failed! Parsing Gaussian cubegen array outfile"。能指点下哪儿出问题了吗？
A:
确保ESP等值面数值合理
尝试重复此文的例子
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
----------------------------------------------------
2017.06.08 21:37:56
Q:
老师，暑假的培训班什么时候开班呢？
A:
www.keinsci.com
上面写着
任何和培训时间有关的信息，一旦确定，一定会在官网上体现
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q：培训什么时候有？
A：最新的培训信息都会在北京科音自然科学研究中心的官网(http://www.keinsci.com)上体现。马上要开展的培训会在页面上用红色大字公告，未来要开展的培训在“科研培训预告”一栏中会看到。凡是时间已经敲定的培训，在页面上都会写明。如果上面没写明确切时间，说明时间还没有敲定，发邮件询问或者通过QQ群询问也不会得到任何更具体的信息。
Q：在哪里能看到培训通知？如何报名？
A：培训的正式通知会在培训前大约一个月左右在科音的首页上公布，通知里会说明如何报名。正式通知发布后也会同时在思想家公社QQ群里大约每天通知一次，在计算化学公社论坛（http://bbs.keinsci.com）中也会统一发一次站内短信进行通知，在思想家公社的门口blog（http://sobereva.com）上也会将培训通知置顶。所以稍加留意就肯定不会错过。
在正式通知发布前的一段时间一般也会在科音官网以及计算化学公社论坛的公告栏中对培训进行预告，往往还会预告在几月几号会发布培训正式通知并开始报名。
----------------------------------------------------
2017.06.08 21:43:29
Q:
Sob老师，溶剂下SMD模型怎么计算，不考虑非极性部分呢，博文没看太明白
A:
用IEFPCM，直接就不考虑非极性部分了
Q:
“Gaussian09支持的SMD是目前几乎最好的隐式溶剂模型，笔者建议若无特殊情况一律用SMD模型，即写scrf=SMD。此时给出的单点能已经同时包含了极性和非极性部分的贡献了。”
若还用SMD的话，则在相近的自带溶剂上修改eps和epsinf，如scrf=（smd,solvent=xxx），最后再给出实际eps和epsinf吗
A:
scrf=（smd,solvent=xxx,read）
Q:
这样就考虑了极性和非极性是吧？Sob老师
A:
y
Q:
epsinf在SMD模型一般要加吗？有些分子的epsinf查不到，近似折射率的平方取代吗
A:
看你算什么问题
与epsinf无关的问题显然不用设
OA:
然后会问哪些与epsinf无关
A:
just try
Q:
就计算HOMO、单点能、结构优化用加epsinf吗
A:
no
Q:
是不是加了一定没错，就是耗时一点吗
OA:
[图片]
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
Sob老师，多加了epsinf会比不加的差距大吗？不会影响精度吧
OA:
看你计算什么了，TDDFT和含频极化率这个epsinf要好好设置
振动分析和NMR也要设置，不过可以随便设一个，不影响结果
Q:
是不是聊胜于无啊，不该加的加了之后精度不会变差吧？
OA:
不会
不影响
我之前说得很明白了，看你计算任务
[图片]
咋就不爱看ppt呢。。
哎。。。
A:
普遍都这样
Q:
看了啊
A:
=没看
----------------------------------------------------
2017.06.08 22:02:48
Q:
老师，激发能与激发态是什么关系呀？能否只算激发能不算激发态？
A:
没激发态哪来的激发能？
----------------------------------------------------
2017.06.08 22:13:19
Q:
诸位大牛我请教一下我想做一个分解反应的动力学过程模拟，有小于20的能垒，也就是说活化能不到20kj
请问用什么模拟软件好呢
A:
gaussian足矣
ORCA、dmol3亦可
Q:
我试过高斯的BOMD 但是好像算不了有能垒的分解过程
A:
没这回事
Q:
dmol3是MS里面的吗
A:
y
Q:
BOMD怎么算呢
我把温度升高到了700k
键是拉长了一些但是算到后来又回来了
该跑掉的分子没有跑
MS 是用quench吗
就是升温
A:
支持热浴的恰当设热浴/退火
不支持热浴的恰当设置初速度
----------------------------------------------------
2017.06.08 22:44:52
Q:
请问在计算一个只有CHON四种原子的结构各构象的玻尔兹曼分布时，该怎么选定计算方法和基组来保证计算精度？
A:
无数人求推荐级别时总是只交代有什么元素，不知什么逻辑
Q:
抱歉，是我没问清楚，大小200个电子，有柔性长链，不带电荷，计算目的是通过构象能量差计算玻尔兹曼分布。
A:
说原子数，甭说电子数
Q:
我看一下，原子数50-60个
不好意思我再补充一下，通过初步计算发现体系有氢键。
A:
RI-PWPB95-D3/def2QZVPP(-g,-f)单点，B3LYP-D3/TZVP 优化+频率
----------------------------------------------------
2017.06.09 01:50:38
Q:
请教各位大神，我看书上说使用effective core potentials（或者赝势）就相当于隐式的考虑了过渡金属的相对论效应，这是为啥呀？是不是过渡金属如果不使用ECP基组的话不仅耗费大量计算时间，相对论效应也被忽略了？
A:
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
----------------------------------------------------
2017.06.09 11:02:54
A:
能体现pi特征，看J. Am. Chem. SOC. 1983, 105, 5061-5068的讨论
----------------------------------------------------
2017.06.09 11:04:56
Q:
请问，看手册，CBS-QB3计算只能限于周期表前2行元素的分子吗吗？
A:
一试不就知道
Q:
我计算的含Se的也可以给出结果
结果应该能用吧
[图片]
另外这里的CBS-QB3energy 已经包含了零点振动了吗
A:
y
Q:
那如果我计算自由能，直接用最后的那个吗？
不再需要用B3计算的频率文件数据了？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.06.09 11:33:24
Q:
好哒，谢谢老师。
一般有机分子自由基电荷 0 自旋 3 是吧
不是多一个电子吗？不然怎么算自由基
A:
自旋多重度2
Q:
0 2？
-1 2？
A:
0 2
----------------------------------------------------
2017.06.09 11:36:55
Q:
还是温和的一点吧，不要和文章过不去
嘿嘿，我找找吧，能找到最好！确实不能过不去
这种问题纯属没得问了才问的问题
嗯嗯，是个小修，五个问题，这是其中之一，很尴尬的问题
A:
还有人故意在文章里设下槽点，让审稿人有槽可吐
Q:
机智
故意卖一个破绽
情商高
A:
不鼓励这样
Q:
万一有人用了multiwfn故意写成wife，到了老师手里，目测会秒拒吧？
A:
如果连引用都不恰当引用，8成就拒了
Q:
你以为北师大毕业的都和那些官僚一样吗
A:
官僚主义哪都有，有的人连文章都未必读过一遍，还得碍于情面挂个名
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2017.06.09 12:07:39
Q:
冰dalao哪个学校（
娃娃今年考研？
cramer好歹是老板啊
有机会得重读一些书了，最近净看古典的了，想重读《挪威的森林》
不要看黄色小说
为啥我感觉科学搞得久了，对言情就无感了呢
第一次读《挪》的时候还是在高二
如果真要看去看十日谈，人生第一次三观被毁
高中的时候什么小说都看，现在写完的几部小说有那个时候的影子
江南的看嘛？
米傲天你好
哈哈哈
江南？那个写玄幻的？不看
黑的无色无味
呃...写过玄幻
你要是说《蒋经国传》的那个江南我倒是有兴趣
不是
你看历史啊？
明朝那些事儿前后看了三遍
好看吗？
前六本写的不错，第七本的结尾有点儿矫情，写徐霞客如何如何，第一次见到有人这么歌颂公关吃喝
A:
非周末和夜间请勿发和学术无关的
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2017.06.09 14:03:45
Q:
老师，问一下，断键的话，如果脱一个氯，算键能，氯自由基，也是0电荷2自旋吗？
A:
y
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2017.06.09 14:54:40
Q:
multifn里4.18里激发态分析，为什么把t1的log文件输进去就闪退呢，而s1结构又可以
是的，s1正常
A:
跟结构完全无关
确认关键词都合理，并且用最新Multiwfn版本。还不行就上传给Multiwfn用的输入文件
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2017.06.09 15:10:02
Q:
老师您好，我想请问一下，一个两百多个原子（都是短周期元素）的阴离子自由基，优化结构用什么泛函和基组比较好呢？不带弥散可以吗？有比较多的π环。谢谢啦~~
谢谢指教，那基组呢？就6-31g*可以吗？需不需要用b3lyp或者wb97xd之类的对比一下呢？
A:
B3LYP/6-31G*优化就可以
如果负电荷集中分布在某个局部，那个局部加弥散就够
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2017.06.09 15:10:29
Q:
[图片]各位老师，请问这个错误应该如何解决，是去掉辅助基组?如果去掉辅助基组对计算结果影响大吗
那也就是说去掉之后计算速度变慢，但对结果的精确程度不会有什么影响，是这个意思吧，老师@米豆豆
A:
贴关键词
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2017.06.09 15:18:46
Q:
[图片]
请问大家，我用gaussview作图，如何去掉画好spin density的图中的部分化学键
我发现在手动modify bond那个地方是阴影
A:
life 没法改
用Multiwfn+VMD随意你怎么改
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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2017.06.09 15:22:22
Q:
multiwfn能给出静电势的示意图吗sob老师
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
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2017.06.09 15:23:16
Q:
[图片]
这是输入文件的，老师
A:
当前对CCSD(T)-F12没有用RI，定义-MP2fit那个辅助基组没意义
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2017.06.09 15:35:09
Q:
好的，谢谢两位老师指点，那我综合一下拿b3lyp和m062x都试一下吧~
1. 是不是之后做能量计算就一定要加弥散了呢？
2.我可以不可以根据没加弥散的基组优化完的结构的电荷布居大致看看负电荷集中在哪，然后能量计算就给那些区域加弥散呢？
3. 如果一定要加弥散，只加一层应该够了吧？
A:
就给带明显负电荷的带弥散就完了
2 可以
一层SP弥散就够
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2017.06.09 15:45:24
Q:
老师，我还想问一下，高斯手册中pcm模型中有的溶剂类型都有相应的smd模型可用吗？谢谢~
A:
高斯直接支持的溶剂不分溶剂模型，支持哪些都直接列出来了
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2017.06.09 16:15:29
Q:
[图片]sob老师，如果定义分子表面的电子密度从0.001改变到0.002，会影响静电势参数的计算吗？
A:
会
Q:
怪不得我这算fox-7的撞击感度怎么差那么多，如果我想定义的一下电子密度面，我该加什么关键词啊，比如变为0.002等电子密度
A:
跟关键词有什么关系
Multiwfn定量分子表面分析界面里直接设等值面数值
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2017.06.09 16:54:35
Q:
请问下，双键和苯环的π-π作用用什么方法表征啊？
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
用LOLIPOP也可以，见
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
文中提到的Hirshfeld surface等分析也可以用
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2017.06.09 17:34:00
Q:
不太对，提示这个错误
[图片]
A:
32bit高斯版本最多用4核
Q:
唉，如果装一个liuix虚拟机，用来计算的话，会有什么影响，会烧坏机子吗
A:
哪来的都市传说
Q:
那意思是linuix虚拟机下高斯计算不会产生什么影响，我也在纠结到底是装linuix系统还是装虚拟机，我怕我装坏电脑了，就想搞个虚拟机看看
A:
必装虚拟机
说虚拟机能搞坏电脑的都应该打死
Q:
sob老师是推荐在win下装linuix虚拟机，在用高斯计算的话就能用完12个核心了吧，那不是飞起来了
sob老师，装linuix虚拟机你能否推荐相对较好的系统，Ubuntu还是redhat
A:
CentOS
拼对linux
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2017.06.09 17:56:03
Q:
我做拓扑图的时候，双键的一个原子和苯环的某一个原子之间找到了一个（3，-1）点，能不能不做RDG，只通过这个临界点的参数来说明双键和苯环之间有弱相互作用啊。
只需要定性上确定下。
A:
pi-pi堆积，用RDG比AIM强得多得多
即便定性也得用RDG
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2017.06.09 18:01:23
Q:
Sob老师，orca跟g09比，做结构优化效果咋样啊？
A:
能用，但不及gaussian稳健
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2017.06.09 18:21:57
Q:
sob老师，看了您的博文，想使用b3lyp-d3在gaussian里面写输入文件的时候是否直接写b3lyp-d3?输出文件有报错，input文件有问题
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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