公社群聊Q&A整理：2017.05.19 16 ~ 2017.05.24 09 Concate - 计算化学公社

2017.05.19 16:33:18
Q1:
sob老师，现在公社邮箱都不能用了吗
A:
恩
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2017.05.19 16:54:45
Q2:
sob老师，DFT/LB94/6-31G(d,p)这个基组可以计算过渡态吧？
LB94应该是跟B3LYP一个类型的方法吧
审稿人让用LB94算一下
A:
算过渡态甭用这个
Q2:
我之前使用DFT/B3LYP/6-31G(d,p)
因为审稿人呢TDDFT算电离率发现LB94比B3LYP好
A:
算过渡态和算电离能是两码事
Q2:
是啊，
A:
你用B3LYP优化，用LB94算电离能不就完了
Q2:
意思是结构救用B3LYP优化好的，然后能量使用LB94来计算是吧？
那B3LYP是用高斯算的，LB94使用NWchem来算的话，有可比性吗？
A:
是
有
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2017.05.19 16:54:45
Q2:
关于培训的具体在哪里能看到？
OA3:
http://bbs.keinsci.com/forum.php
公社主页
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
OA4:
不去的可以买资料嘛
A:
看FAQ
Q2:
下半年时间还没定
暑期木有哦
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2017.05.19 16:54:45
Q3:
sob可以在公告里面要求大家冒个泡，如果过几天泡都不冒的话，说明xx天之内完全不会打开这个群看。那完全可以踢了
A:
公告没什么人看，即便关注群的也往往不看公告
如果发太多次提醒又扰民
反正误踢的还可以再加，没事
OA5:
看的哈，尤其是看到手抄群规五次，表示五体投地了
Q3:
我一打开这个群公告是自动弹出的啊？
不知道踢人的时候是否可以留言？
Q4:
要踢人么，冒泡，防踢
OA6:
打开群的时候，公告是会自动弹出来的。
Q1:
但是旧版qq就不一定啦
OA7:
第一次看到这样可以自动弹出的公告
Q1:
特别是使用国际版？
Q3:
因为有些人可能qq 被盗了。或者是毕业之后不再搞计算化学之类。这些人占着位置。就不太好了。
Q1:
嗯。。
Q5:
qq群自带的发言记录怎么样
应该没漏的吧？
OA6:
我也是第一次看到弹出来的公告，后半截还不全，我又找了一下公告的按钮，仔细阅读了一下。/呲牙
A:
发言记录是重要的参考，会先从加群满一年从未发言的开刀
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2017.05.19 17:04:39
Q:
请问大家，怎么计算某一激发态的电子有多少比例在LUMO上，有多少比例在LUMO+1上。这个能算出来吗？激发态有个MOs contribution，这个值的意义是什么？谢谢大家
怎么突然就沉默了呢？
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
谢谢。这个数值我能得到。您的意思是H->L=50%，代表电子从某HOMO跃迁到LUMO的概率就是50%？就是说有50%的电子分布在LUMO上？
A:
这只是种非常粗俗的说法。
TDDFT描述激发态时本身没有轨道的概念，已经脱离了单电子近似，严格来说没法说各轨道占多少电子
Q:
谢谢，那就是用Gaussian没有办法算了？
A:
不是高斯能不能算，本身从原理上这么描述就不严格
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2017.05.19 17:08:12
Q:
sob老师，我用分片方法先算了一个自旋极化单重态的单点能，然后读取chk初猜做频率分析，发现s^2又变为0了，这时候怎么办？
A:
你先确认之前单点最终的S**2不是0
Q:
确实不是0
A:
频率计算时用U了没？
Q:
用了
A:
计算级别一致，结构一致，只要没乱用额外的关键词，没有道理会那样
Q:
老师我级别是换了。。
sob老师换了计算级别就不能这样做了嘛？
A:
干嘛要换
减少不确定因素，先保持一致再试
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2017.05.19 17:11:03
Q:
想购买 molclus 汇款到哪里啊？
A:
发邮件到molclus页面上的邮箱索取付款方式即可
Q:
支付宝可以的吧
A:
可
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2017.05.19 17:16:30
Q:
老师弱弱的问一句怎么packmol 建模？
A:
看官网上的教程
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2017.05.19 17:24:54
Q:
[图片]老师好，请问下括号里是误差，这个误差值怎么查看呢？
A:
那估计不是误差，而是相对于平均值的偏差
Q:
是啊。我没表达清楚。怎么查看这个值呢
A:
自己求一下就完了
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2017.05.19 17:25:27
Q:
社长，有没有一种可以下载一些复杂有机物 xyz 坐标文件的地方啊
或者pdb也行
A:
西西迪西
Q:
soga
我以为那里只有晶体
A:
分子晶体cif文件你直接拖到chem3D就得到了单个分子结构
Q:
了解
社长chem3D有类似于gv的判断成键按钮么，我的cif拖进去没有化学键啊
A:
保存成pdb，载入gview让gview判断
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2017.05.19 19:47:53
Q:
第一次写计算方面的文章，有一个描述拿不准：the thermodynamically most stable conformation。请各位指教，谢谢！
A:
拿不准的时候就用google搜，别人有这样写的就说明对
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2017.05.19 20:16:02
Q:
请问老师，在做IRC扫描时,使用IRC=CALCFC这个关键词时，出现跳点的情况，并且扫了8个点就计算出错；随后加了关键词LQA,计算没有出错，也没有跳点，但是扫面是这种曲线，没有往前驱体方向走，只是走向了产物，并且扫了13个点，请老师指导我需要怎么改可以完成整个的扫描呢？[图片]
A:
减小步长再试
使用calcall或者recalc=x也可以使得IRC更平滑，更容易走成功
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2017.05.19 20:23:15
Q:
老师晚上好，我想请教一个问题，就是我计算直积发现HOMO到LUMO的电偶极跃迁是允许的，但是第一激发态的振子强度很低，好像是禁阻的一样，请问这是为什么呢？
A:
用Multiwfn的主功能18的子功能1可以把TDDFT电子激发的跃迁偶极矩分解成轨道对的贡献，看看就知道了。
而且直积判断的跃迁允许只是说明不会精确为0，不代表数值会大
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2017.05.19 20:46:27
Q:
大分子找过渡态的时候，因为加了calcfc，跑了一周一步都没算，就在算这个力常数了。但是去掉了calcfc，即使之前已经找到了相应的过渡态，只是加了一个基底，优着优着还是优偏了。请问这个怎么处理呢
A:
减小步长上限
Q:
是IOP那个命令吗
A:
maxstep
甭用IOp
Q:
好的，我找找这个关键词相关的
[图片]
减到15合适吗
A:
10
Q:
那这样时间会不会增加很多
calcfc实在是算不动
A:
没必然联系
Q:
哦哦，那就好~速度是硬伤
拿的结构是已经是过渡态的结构了，甚至和基底先做了fix计算
直接加notrust关键词吗？之前没见过这个
A:
优化过渡态默认就用notrust
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2017.05.19 20:54:25
Q:
老师，用gromacs怎么设置co2+h2o+有机溶剂分子他们之间任意个数的盒子吗，如：100个h2o、200个co2。50个有机溶剂？
A:
packmol的输入文件里设置数目就完了
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2017.05.19 21:16:01
Q:
sob老师，mecp这个程序中计算三重态t1和s0交叉是不是应该t1用udft的方法？我怎么看例子用rdft呢？
A:
T1显然不是用的RKS
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2017.05.20 10:00:37
Q:
老师，我要用packmol软件，可以用自己的电脑运行吗，我的电脑8核工作站，我对linux系统不太熟悉，想偷懒安装Windows版本在自己电脑上，麻烦给点建议
A:
packmol可以用windows下的fortran编译器编译，比如intel visual fortran。也可以用windows版gfortran编译
Windows下编译串行版本，把以下文件加入到工程，直接编译即可。IVF和CVF都一样
cenmass.f
feasy.f
fgcommon.f
geasy.f
gencan.f
gencan.i
heuristics.f
initial.f
io.f
molpa.i
packmolnew.f
polartocart.f
sizes.i
packmol可以用windows下的fortran编译器编译，比如intel visual fortran。也可以用windows版gfortran编译
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2017.05.20 10:01:38
Q:
[图片]老师在用Multiwfn文件输出SVEC文件时，到这一步选了2以后应该怎么操作？
请问用gamess做过能量分解的老师们，如果遇到不收敛的情况都是怎么解决的？
老师您上次说改变收敛方法可以达到收敛的效果（用gamess做能量分解的时候一直不收敛），老师您可以具体说下吗？
这是我用Multiwfn生成gamess输入文件后，编辑的gamess输入文件，还是出错了，错误提示是找不到Cu原子的基组，麻烦老师帮忙看下。
A:
Multiwfn只是给出$VEC部分，基组得自己写，和你当初高斯里计算时必须严格一样
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2017.05.20 10:34:53
Q:
老师，请教一下，CASSCF(nel, norb)里面的值是自己定吗？还是不同分子有特定的值
A:
活性空间的选择直接依赖于体系，看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=126
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2017.05.20 11:38:55
Q1:
HOMO-LUMO的gap值可以用来判定分子稳定性吗？同时是不是也能说明活性问题
Q2:
DFT计算的能量都是0K时的能量吗
Q1:
高斯里面默认的是298K的吧
A:
单点计算根本没有考虑温度，说是0K都是大错特错
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2017.05.20 13:45:45
Q:
群文件里，有关公共邮箱的txt文件是不是删掉了
A:
删了。因为有人捣蛋
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2017.05.20 14:29:32
Q:
群里的老师们有用AMBER程序的吗？我想请帮忙用这个软件生成一个DNA的top文件？谢谢。
A:
看官网的教程
Q:
卢老师你上次让我们安装的amber程序，能不能直接用于模拟？我看了教程，没看懂。amber有点难
A:
amber的教程已经超级简单了，按说本科生都能看懂
Q:
教程是很详细。
A:
基于命令行的程序里，几乎找不到用起来比amber更简单的了
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2017.05.20 15:12:16
Q:
问一下后hf和dft有什么区别？
A:
随便找本量子化学书看，比如群共享里的levine的
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2017.05.20 15:16:08
Q:
能否请教一下sob老师，如果计算化合物的升华焓利用politzer等人的静电势公式，在把
在b3lyp/6-311G**水平下优化和频率计算后，而预测晶体密度的静电势公式是在b3pw91/6-311g**水平，是否需要又重新在该水平下优化和频率计算？还是可以在b3lyp/6-311g**水平下的优化好结构进行频率和静电势计算？
A:
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337
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2017.05.20 15:43:28
Q:
这样量出来的是核间距吗？
核间距是怎么弄的？
A:
用gview的ruler工具量一下原子距离就完了
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2017.05.20 15:52:51
Q:
请教各位大神，想分析某个键断裂，除了跑IRC看,键能怎么分析呢？试了Mayer键级分析，不太明白
[图片]
A:
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
对于同类键，键级越大键越强，看群文件里的Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space
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2017.05.20 15:59:51
Q:
老师您好，我想请问一下不同体系在相同理论方法计算下得到的激发振子强度的绝对值有相互比较的意义吗？谢谢老师~~
A:
有
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2017.05.20 16:31:23
Q:
sob老师，我扫描
s1和T1的势能面，这2个能量在势能面上没有交叉点，是不是意味着不能进行s1-t1的穿越？
A:
势能面是多维的，一般不可能恰好你扫的变量就正好对应于S1和T1发生交叉的空间。
而且你这么扫也扫不到MECP
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
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2017.05.20 16:35:48
Q:
Sob那个量化编程的小册子可写好了？
A:
没时间弄
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2017.05.20 16:36:25
Q:
势能面扫描--转发
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=779&fromuid=5852
(出处: 计算化学公社)
这个文件可以转发一下给我吗？势能面扫描--转发
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=779&fromuid=5852
(出处: 计算化学公社)
这个文件可以转发一下给我吗？势能面扫描--转发
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=779&fromuid=5852
这个文件，发给我一下哦？改变键长的势能曲线扫描问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4817&fromuid=5852
(出处: 计算化学公社)
A:
再刷屏就禁言了
注册又不要钱，积分又不要钱
仔细看新人必读，了解积分规则
所有搞计算化学的都应当每天关注计算化学公社
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2017.05.20 16:43:19
Q:
老师，我想知道第一激发态的对称性，请问可以从基态的轨道对称性计算出来么？
A:
程序算激发态时直接就输出激发态对称性了
自己根据跃迁的轨道，进行轨道不可约表示的直积也可以
Q:
老师，是计算垂直激发能后的log文件里有么？
A:
是
Q:
谢谢老师的回复，不过我查到的是轨道对称性，不知道状态对称性查找哪个关键词看得到？
A:
把PATH环境变量设好，把pdb4amber所在目录加入其中
[图片]
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2017.05.20 16:49:52
Q:
请问这是个ppt么？哪里有下载的
A:
科音量化培训的ppt
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
群里无数人都参加过
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2017.05.20 16:49:52
Q:
系统安装好了以后，想扩大系统盘的容量，我百度了一下，说是下一个分区助手，请问这个可靠吗？谢谢！
A:
分区魔法师就可以
Q:
老师，我的系统盘是d盘，用的是您说的分区魔术师。这里是什么意思呢？谢谢，我想扩大d盘的容量
Q:
[图片]
老师，我选择分区后。点击应用。出现如图所示的错误，请问是怎么回事呢？，谢谢
A:
具体操作步骤忘了，多鼓捣鼓捣，这个死活不行就换别人说的其它分区工具。反正一定要把重要数据备份一下，免得搞砸
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2017.05.20 16:57:00
Q:
请教各位大神，本人在使用optDFTw调控w参数的程序时，发现下载下来的optDFTw文件在linux 系统下打开是乱码，有人知道是怎么回事吗？
A:
那是二进制可执行文件，不是用文本编辑看的
Q:
请问Sob老师，我按照您说的编辑好template.gjf，之后不是用这个optDFTw执行文件进行计算吗
A:
./optDFTw来运行
Q:
不需要编辑，直接执行吗？
OA:
这是程序运行常识啊。。。
A:
template.gjf当然要编辑
optDFTw不是可编辑的
OA:
你高斯难道也是用编辑器打开的么……
Q:
我以为这个类似可执行文件类似脚本文件
主要是用了./optDFTw执行不了
A:
说明报错
Q:
[图片]
A:
一看乱码自然就知道不是脚本文件
脚本文件一般哪有不带后缀的
Q:
执行不了是我输入文件错误吗
OA:
怎么执行不了了说明出错信息
A:
不懂就搜搜linux基础
Q:
我试了一下，还是不行，我再试试吧，谢谢老师
A:
以前的程序只给个手册
后来的程序得给个教程
再后来的程序得录成视频
OA:
主要是提问的人没说清楚问题在哪里，回答的人也不好说清楚
Q:
以前读书，使用linux都是别人直接把命令告诉，用命令就行了，现在毕业了，发现除了那几个命令，对于linux啥都不知道啊，各位见笑了
以前只用高斯，固定的命令，这两天才开始用NWChem,菜鸟一枚
OA:
这就是有热心师兄师姐带来的后遗症
几个有限的命令就能完成课题，很厉害啊
Q:
实验嘛
配合一些简单的理论计算
OA:
说不定10年以后录像都不行了，需要作者登门手把手辅导
A:
动力学培训班就是，安装要用到的程序的视频全部完整录下来了，还是很多人装不上
而且还是虚拟机，主机条件的不同都基本不起到干扰性
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2017.05.20 16:58:35
Q:
sob老师，我用NWchem算出来的结果都显示在xshell上，我怎么能让这些结果变成可以读取的文件？
A:
别人不是说了，用重定向
Q:
命令怎么用的呢
OA:
就是把那行复制到task的最下一行
Q:
可以执行了，需要转换一下，变成可执行文件，正在运行。感谢各位老师
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2017.05.20 16:58:35
Q:
[图片] 各位老师当溶剂为混合溶剂时，计算溶剂化效应时怎么计算比较合理
A:
仔细看群文件，最末尾
按体积比混合给出eps
Q:
而且EDE 在 gauss 里面没有找到介电常数
A:
查数据手册
google
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2017.05.20 16:58:35
Q:
各位老师谁知道 1,2-diethoxyethane 的介电常数啊我搜索没有查到
各位老师谁知道 1,2-diethoxyethane 的介电常数啊我搜索没有查到
A:
不要反复问
阅读群文件群规以及
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
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2017.05.20 17:05:49
Q:
请问下群里的各位老师，[图片]如果我在计算水平上加上弥散函数的话仍然用这个拟合式，会不会有什么影响？
A:
原文用什么级别就用什么级别
拟合参数显然是依赖于级别的
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2017.05.20 17:26:38
Q:
现在问题又来了，我使用Chemdraft打开了.out文件，可是发现这个软件没有看频率的地方？
gaussview可以打开nwchem算出来的文件么
我主要是想看有没有虚频，以及有几个虚频
A:
直接看输出文件啊
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2017.05.20 17:28:33
Q:
[图片][图片]
打扰老师问一下，这样转wfn正确吗？为什么老是出现问题啊？
A:
说问题必须说报错
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2017.05.20 17:31:55
Q:
sob老师打搅你下，mecp 寻找交叉过程中，traj.xyz 文件copy出来发现结构不理想，是不是这种停止了吧
芳香环都破了
A:
结构不理想要么计算级别或关键词不合适，要么初猜结构不理想
Q:
uB3LYP/6-31G** force guess(read) 这个是我计算t1的关键词
结构是用的优化s1得到的构型
A:
关键词没问题
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2017.05.20 17:45:09
Q:
请教一下各位老师、大牛，Levine的Quantum Chemistry教材花多少时间看完比较合适，目前准研一，时间很充裕
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
不要盲目试图看完那本书
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2017.05.20 17:50:12
Q:
请问预共振拉曼计算的log文件为什么gview打开失败，应该如何查看，用multiwfn导出的数据和静态拉曼完全一样的。
A:
用最新版本Multiwfn看预共振拉曼计算输出文件时会让你选择入射光频率，选择哪个频率，读取的拉曼活性就是哪个频率下的
Q:
哦，好的，我去下一个最新版本，谢谢老师！
[图片]
老师，读取的时候输入1没有问题，输入2就报错了，堆栈信息如图。
有的文件可以正常读取，有的不行，但是计算都是正常结束的，没有出错。
A:
确认没法读取的那个文件里数据部分全都正常，没有一堆星号之类。如果确认输出文件正确，把输出文件发给我
Q:
有三组数据带***号，怎么处理？
A:
如果星号部分不是你要研究的量，随便替换成个数据就行
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2017.05.20 18:44:37
Q:
老师，我在用多功能波函数做NCI分析，在VMD中观察分子等值面可视化如下：[图片]红框勾画的部分O-H…N应该有氢键存在，但是现在显示成键，请问老师，有没有解决办法让其显示不成键？
A:
mouse-add/remove bond，点击那两个原子
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2017.05.20 19:53:35
Q:
sob老师，关于单重态双自由基的优化，在uhf下，guess=mix可以优化得到预期的结构，在uwb97xd下读chk文件，却得不到预期结果的情况，可以怎么样改进？望指教，谢谢！
A:
uwb97xd下也用guess=mix再试
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2017.05.20 20:37:42
Q:
各位好，请教一个问题，我想计算一组化合物的pKa，大约有100个，都是CHON组成，原子数有大有小，小于50个原子的占大多数，大的也有100个原子左右的，但是只有几个，溶解自由能的计算看sob老师的博文，已经明白很多了，但对气相下的溶剂自由能的计算还不太明白，记得说这部分能量计算如果差1点多个kcal/mol，pka就会增大1个单位，可是用高精度的方法和基组，100个原子应该算不动吧，想请问大家，应该选一个什么水平的方法和基组比较合适，有小白的地方请大家批评，谢谢各位！
正在算一些已知的试试
A:
用混合基组，解离质子的区域用大基组，如def2-TZVP，其余部分用小基组，如6-31G*。根据具体情况将体系适当简化也可以。计算方法至少M06-2X
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2017.05.20 22:01:54
Q:
算带自由基的大分子的频率，有什么办法算的快一点吗？服务器能力有限
A:
本来算频率一般就用B3LYP/6-31G*，再降也没得可降，除非用半经验
Q:
要考虑分子间作用力，就用了uwb97xd/6-31g(d).80个分子两星期还没算完
nproc=24，32GB
主要是有自由基
没有自由基的早就算完了
A:
自由基只不过耗时从R增加到U，也不会导致耗时差这么多
绝对其它问题导致的
Q:
[图片]输入文件关键词是一样的呢。多重度不为1的算的都超慢
OA:
你这个输入文件。。。。
不知天下竟有此事学习了
A:
跟自由基没直接关系
如果是单点，关注迭代次数
OA:
iop(5/13=1)都用上了，。
Q:
我的输入文件肿么啦？
那个，老板给加的，之前用的xqc
OA:
为何要加6d和nosymm
Q:
6d是一套，这个体系都用6d，默认的是5d吧
A:
pople系列基组默认6d
没特殊情况不要自己改这个
Q:
哦哦，这个我其实是一知半解，知道保持一致。。。
A:
绝大多数关键词开发者已经调整到了对绝大多数问题最佳的组合，没经验的使用者不懂就不要改
Q:
我只是做优化和频率，优化还挺快，就是频率迟迟不能算完
A:
越改越添乱
U下算频率比R慢得多
如果恰巧碰上CPKS难收敛那慢的更多
Q:
哦哦，这个应该还是因为有成单电子，开壳层算的比较慢
A:
不在于是否单电子什么的，在于计算方法，差异在于R和U的差异
至于体系特点差异，只不过会影响收敛难易而已
OA:
程序理解单电子和人理解的不一样
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2017.05.20 22:48:41
Q:
HF方程的解是最佳等效单电子波函数，带入单行列式波函数就是原子的总波函数。请问求原子谱项的能量需要解HF方程吗？
A:
不是非得HF，DFT或者更后HF、多参考方法也可以
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2017.05.20 22:48:41
Q:
各位老师好，我要计算这个结构的HOMO-LUMO，分子两端同一手性，是对称结构，带2个正电荷。
[图片]
%nprocshared=10
%chk=yc6TN.chk
# opt b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity
这是计算方法
我先结构优化计算了17次， Maximum Displacement一直不能收敛，在一个范围内波动，其它三个可以收敛，计算也能正常结束，查看结构也不对称（两端构象不一样）。
A:
弥散是多余的
才17步没收敛着什么急
起码跑个40步没收敛再想办法解决
Q:
计算了17次
A:
几何优化说的是步，不是次
Q:
好的老师，我看看
是这样，我重复提交作业计算了17次
A:
你重新提交一亿次也没用
Q:
每次是用以前优化的结构继续算的
A:
你这单纯等于增加maxcyc到之前的17倍，博文说了，盲目增大这个毫无用处
Q:
恩恩
然后用最后优化的结果拿去继续算频率，但是计算文件增大到一定值后（感觉计算不动了）不再变化，已经几天了。计算也不正常结束。
[图片]
A:
搞懂基本原理，监控输出信息，甭看这些毫无用处的
届时按此文处理
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2017.05.20 22:56:09
Q:
是的，我没有上过老师的课，从同学那里看了老师的ppt
卢老师，基础班今年大概什么时候会开
A:
7月
Q:
还没有看到通知，不是上次看通知是年底吗？
A:
那是初级班
www.keinsci.com能看到预告
[图片]
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2017.05.20 22:59:45
Q:
请问老师，39个原子的有机分子优化用m06方法还是m062x方法合适呢，
A:
m062x
Q:
谢谢老师，还有个问题，之前为了节省时间用m06算的，这样误差大么，或者我直接把各个点用m062x跑一遍，不做irc，这样妥么
A:
m06和m062x耗时是相同的
m062x专门给有机体系优化的参数，用了m06还保不齐会被审稿人发难
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2017.05.20 23:03:03
Q:
sob老师，还有个问题请教一下，高斯的“版权”问题，他们会查吗？写文章要带其他作者吗？
A:
据说不查
但发文章还是应该买或者挂个有版权的人的名字，以绝后患，高斯的人超麻烦的
Q:
致谢加上可以吗？
A:
不行
Q:
请问老师，发文章之后，再买版权。高斯会计较吗？　比如，文章6月见刊，我7月份赶紧买一个。
A:
应该不会
但最好文章刚接受就买
Q:
如果没买版权，高斯会把我告上法庭，大概赔多少钱呢？
A:
估计不会去把你告上法庭，毕竟为这点事跨国打官司，他们维权成本太高，国内的代理也没心思去做，但不排除以各种方式被找麻烦的可能
Q:
那么amber呢？
A:
最坏的情况，没准他们联系期刊出版商，把你稿子撤了
amber没问题，只要你别说你用了PMEMD就行，sander已经免费了
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2017.05.20 23:18:30
Q:
问下大家，装软件时，第6步下载虚拟光驱挂载
iso文件什么意思
[图片]
A:
iso是光盘镜像文件
多数情况下，你直接用winrar等把iso展开成个目录，直接进去安装也可以
Q:
winrar是什么
OA:
解压缩用的那软件
A:
群里知道winamp的肯定不超过5%
Q:
知道了
A:
知道winzip的不超过30%
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2017.05.20 23:32:08
Q:
[图片]
总成份的正负是否可以理解为片断之间成键性质，正值为成键轨道，负值为反键轨道？
谢谢！
A:
可以
不过建议你用主功能9的选项4计算Mulliken键级，那个输出更为直接，正/负对应两原子间成键/反键轨道。但注意不适合有弥散函数的情况
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2017.05.20 23:36:26
Q:
请问Sobereva老师，变分法和自洽场法都可以解HF方程组吗？
A:
根本不是同一层面
HF方法的计算公式就是能量对单行列式波函数的参数变分推出来的，但这个公式在数值求解时需要通过迭代实现
这个反复迭代过程从物理意义上可以视为做自洽场
Q:
书上说不具体应用自洽场求解径向函数，而是介绍求径向函数的另一种方法，即变分法
A:
别看乱七八糟的书，看正经的、经典的外文书
Q:
变分法就是对Slater函数的参数变分最后确定参数，然后确定总波函数
A:
HF每一步都是可以视为在上一步波函数对应的单电子外场下进行变分
Q:
中心场近似之后只要解出径向函数，不用管球谐函数了吗？
A:
不要拿中心场那种处理和HF来比较，没可比性
中心场那种处理，中心场是根据经验规则构建的，本身不依赖于体系波函数，所以体系波函数一次变分就解出来了。而HF计算时，势场本身是依赖于波函数的，所以才要不断迭代直到二者自洽
Q:
解HF方程不是第一步就是中心场近似吗？确实是一步变分就确定了slater函数的系数
A:
HF求解的是分子体系，虽然也能用于原子体系
HF第一步的外势大多是通过不需要迭代的方法产生的波函数（比如扩展休克尔）来构造的。这个势场是严重不准确的，显然要不断迭代来更新
你找本正统的书，看看HF公式的计算过程就自然明白了。不要看国内的杂书，还有结构化学里的描述
Q:
不好意思我是说原子体系的 HF方程求解
对原子体系应该是中心场近似吧？
A:
原子体系也一样
Q:
对分子体系是具有分子点群的平均势场？
A:
HF里面没有中心场这个概念
HF里即便是内层的电子，也会感受到外层电子产生的势场
看正经的介绍HF的书，不然就成了民科了
对于搞量化的，结构化学程度的知识就等于民科
OA1:
做应用量化，结构化学的知识可就够了？
A:
民科喜欢局限于很少的知识基础然后就肆意发挥胡思乱想，并对严格、更高端的理论指手画脚
OA1:
没有学过结构化学的学生想搞量化，我都是叫他们先看结构化学/流汗
A:
那也不够
是可以看，也有好处，但只拘泥于这种程度就在学习理论知识上止步，会有麻烦
因为那些连初级的量化理论也算不上
OA1:
一下子就上levine，害怕学生畏惧困难
A:
不用上来看levine，甚至不看也没关系
科音的培训班就是重在设计出最佳的学习路线
OA1:
现在好多搞量化的，本科都是化工的，结构化学好多都没学过
A:
培训过程中发现连最基本化合物的结构是什么样都不懂的也有，不懂点群的更是一大批
OA2:
我觉得Szabo比较好？干货比Levine多，尤其是代码如何实现的。
A:
结构化学主要就学懂点群，搞懂sigma、pi、原子轨道图像，以及一些经典的化学键类型就够了
OA1:
基础还是得levine,习题有答案，原谅我对于这种书，首先都想找到答案
A:
levine本来就是量化里面向基础的书，szabo是中级的书，没有还坏之分，读者对象不同
OA1:
光看书，根本记不住，我感觉我必须得做题，还得做很多，才能记住，高中题海战术的后遗症
OA2:
我觉得可能要写几个代码？
A:
那倒不必
OA1:
写代码那是高级阶段，基础阶段就是做题
OA2:
用Python实现一个简单（速度巨慢）的HF
很多就懂了
A:
没必要过度夸大编程的必要性
OA1:
北欧三巨头那本书貌似有习题答案
A:
就算不自己写，把Szabo书末的HeH+读懂也足够了
只要读懂了，有现成的积分，熟悉编程的写个HF迭代代码也就十分钟的事
OA2:
不过一般同学入门应该用不到编程～不过国外的很多组比较Schaefer，Truhlar组貌似都入门都要求会写简单的HF
OA1:
很难想象VASP这种代码某些人怎么读懂的，哎
A:
写HF是否要写积分，难度差100倍
OA2:
Gaussian basis有现成的积分公式
其它的Basis可能需要数值积分
A:
STO照样有解析积分公式
最慢的积分方法和对应的代码，cook书上都有现成的
OA2:
是的，当然也可以用Monte Carlo做积分（逃）
vasp相对简单一点，用的是plane wave basis，使用FFT的框架
OA1:
看不懂，只会用一些
OA2:
现在感觉做固体的和做团簇的用的软件区别很大
OA1:
castep为团簇建立边界照样可以跑，区别不是很大吧
OA2:
固体的推荐Martin 的 electronic structure
是可以跑。。。k点设1 1 1就行了
OA1:
国内的有一本计算固体物理学有很多fortran代码，但是比较老
OA2:
就是有机小分子，团簇大家还是习惯用Gaussian和nwchem等软件
OA1:
社长早点休息吧，哎，我也是夜猫子，睡不着
OA2:
electronic structure这本书不涉及细节的代码实现，但是每个公式都讲得很详细～
OA1:
原来看过一点编程，感觉太难了，现在只想把软件用好，写点接口程序就可以了
OA3:
理论上分子和周期性固体的SCF的公式是一样的，只是分子只有gamma点
不过很少有软件两个同时都做得特别好的
量化里，听说Turbomol已经有周期性的GTO-DFT计算了，不过没有对称性。Gaussian也有，但是性能也是有限。
Crystal，QE，VASP面向对称性，但是以平面波基组为主，跟分子也没啥可比性
OA2:
我觉得可以玩一玩～对于理论的理解挺有帮助的～
OA1:
我感觉我可能是最底层的做模拟的写照
编长程序基本不会，只会一点matlab，
fortran写的基本不超过400行
OA2:
固体要涉及到倒空间的取样之类的，basis不一样也是一个重要的原因
A:
常用的也就是dmol3算是周期性和分子体系都照顾还可以的
A:
高效处理孤立体系用原子中心基函数几乎是必须的
OA1:
dmol3真的适合屌丝研究者，比如我，维护很简单，买个工作站就干起来了
OA2:
写了几千行的Fortran，现在主要在用Python+C，觉得Fortran模块化做的不太好
据说dmol3非常快。。。
A:
看跟什么比
OA2:
castep？
A:
以及用什么理论方法
OA3:
现在很多人想做固体的相关计算用GTO，但是计算量太大，难以变routine。最近有人做了个金刚石的EOM-CCSD，感觉也就是发文章。发完就完....
OA1:
快是很快，但是很多东西不能算，荧光和磷光什么的
OA2:
好像castep是周期性体系里面比较慢的
A:
我看dmol3缺乏长久发展的潜力
OA1:
只有一个吸收光谱，应该是紫外吸收
OA2:
固体的话如果要考虑localized basis可以考虑siesta或者cp2k
siesta好像有order N方法
但是据说很坑
OA1:
更新了这么多版本，都没加什么新的性质，哎
OA3:
CP2K只有gamma点=。=
A:
还可以考虑ADF band和crystal
目前版本已经不局限于gamma点了
OA2:
玻璃态的话一般晶胞都很大吧。。。
OA3:
Dmol团队人太少，而且只顾赚钱了
OA2:
基本上如果10x10x10 Angstrom以上就可以用gamma点了
OA1:
delly那个组？
CASTEP那个组呢？
wannier 函数，gw方法，现在castep还是没有
A:
dmol3用的数值基函数我也挺讨厌。
反正第三方后处理程序都搞不了
本身dmol3功能又少
OA2:
好像vasp支持挺多的，包括wannier和gw
OA3:
还真是，CP2K终于有K点了
OA2:
我2年以前用cp2k好像还没有k点
OA1:
每次castep更新下，都是创腾大卖的卖点
其实vasp早就上了，哎
免费的不好用，好用的不免费
最终感慨
OA2:
据说castep的research group每年分到很多钱
quantum espresso还可以吧
不过赝势有点坑
A:
ORCA vs Gaussian，估计到以后就是类似VASP vs CASTEP的形势
OA2:
算过TiO2，赝势基本不行
orca不开源。。。伤心
OA1:
abinit什么的，wien2k都没人提了
第一性就是VASP+CASTEP
OA2:
wien2k算高压体系还是蛮有用的，毕竟有些地方不能用赝势描述
A:
ORCA能免费已经很良心了
可能ORCA里面有写不便于公开的东西，frank neese的语气也表示并非不想开源，而是因为一些因素所致
OA2:
ps vasp的内存管理非常坑
vasp 有很多memleak
还是希望有一天orca能开源，膜拜一下大神的代码。。。
A:
想看代码的先看看nwchem、GAMESS-US这些就好
OA2:
nwchem代码还不错，基本上要用到的都能找到，还有一堆可以调用的接口，写md啥的很方便
不过我要吐槽一下数据结构的问题
nwchem的GA的数据结构很反人类
OA1:
那么多子程序，那么多代号，类怎么才能看清？需要用到别的工具吧
A:
我讨厌那个
OA1:
光VS估计不行吧
A:
应当有内部开发文档
像高斯就是
OA3:
这个大软件啊，没有源源不断的经费，时间一长，必然废了
OA1:
我好奇编译这样的大软件，要编译多长时间
OA3:
Gromacs要是没有钱撑着，估计也悬了
OA2:
我觉得这些软件现在维护都很成问题。。。
A:
其实也就半个小时左右
OA2:
就我的经验，Fortran一旦写长就会难以维护
A:
除非是编译一些机器生成的大批量高阶复杂理论的代码，那会很长
OA2:
make -j 12 之类的可以并行编译
如果用多核cpu的话
编译速度会快很多
OA1:
半个小时，厉害，MS这种感觉啥的很高深，感觉multiwfn的确代码很优美
OA3:
据说从头至尾编译Windows，普通电脑几个星期都不行
一些积分库编译需要半个小时
OA5:
Gaussian我编译过，一个小时
OA1:
界面不难编译吧，主要还是后台难
OA3:
ORCA软件有1G多，编译时间不知
但是有个另外的1G多的软件，编译了一天多才完事
A:
这和用的编译器也差异很大
比如nwchem，gfortran对代码优化程度远没有ifort那么充分（也看选项），耗时能低两倍甚至更多
OA2:
1G多的软件不一定代码多。。。有可能静态链了其他的库。。。据我所知orca至少链了openmpi库，其它零零散散的lapack，blacs至少都要链进来，这些库其实不应该算在代码里的
A:
记得以前用ifort编译nwchem的CCSDTQ部分，编译了快一整天也没完，干脆放弃了
OA1:
的确感觉GUI为小白准备的，linux版本的CASTEP的确快多了
OA2:
ifort经常会因为语法原因莫名其妙crash。。。我碰到过好几次
另外优化选项是大坑
OA3:
gromacs，很多地方专门针对不同的CPU写了不同的优化代码，这个在免费软件中很少见了。
很少听说过哪个量化软件中有针对不同CPU写的优化代码
OA1:
最害怕编译中warning
OA2:
有些文件只能用 ifort -O1编译程序才能不跑挂
A:
因为代码太复杂，也就只能靠编译器自动优化了
OA5:
multiwfn是用什么语言写的？
OA3:
crash还好
有时编译成功了，运行的结果是错的
A:
gmx现在的发展，精力有一多半都在优化对新CPU/GPU的支持了，在功能上到没什么像样的进展
OA2:
ps siesta里面的atom.f要用O1编译，vasp里面也有好几个
gromacs我看到貌似有汇编
估计汇编那几行是性能瓶颈
OA3:
其实Linux下，最靠谱的还真是gcc，gfortran之类
A:
Multiwfn在编译时也用的-O1，用O2计算静电势格点数据在个别情况下可能crash
OA2:
C/C++大法好，内联汇编就是快
对，我觉得这些都是编译器的坑。。。
给优化挂了
OA1:
github还是不懂到底是什么
开源代码软件库？
OA2:
就是源代码仓库
可以用git来管理自己的代码传上去
OA1:
跟以前的sourceforge一样？
OA2:
差不多，不过sourceforge貌似用的是subversion做包管理
OA3:
gromacs据说还有个专门的根号倒数函数1/sqrt( )
不过估计精度有限，没有人会用到量化里
OA2:
github用的是git
A:
sourceforge广告多，代码管理方面没git好，开始走下坡路了
----------------------------------------------------
2017.05.21 00:59:10
Q:
近期有什么学习班么？
A:
7月是基础班，深度和广度比初级班大得多，零基础上基础班够呛
年底会有第三届初级班，适合零基础、初学者参加
Q:
老师，报名开始了没？
A:
没
开始报名后论坛里和本群里都会发通知的
最早六月中旬才会开始报名
Q:
嗯，老师，我想参加零基础班的
A:
年底有下一届初级班
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2017.05.21 02:15:06
Q:
请问，做优化，两种方式，一种是从起始结构一直优化，中间不停断，相当于使用最开始的ＨＥＳＳＩＡＮ，优化到正常收敛；另一种是中间停断，取中间结构再优化，相当于重新计算ＨＥＳＳＩＡＮ，优化到正常收敛；
这两种方式的优化结果，从能量到几何结构，差别大吗？
A:
对于柔性大体系，有可能收敛到不同结构的可能。对于像蛋白质、分子多聚体，则几乎肯定会
一般就用能量最低构象
或者几种能量都较低的构象都对接试试。很多程序可以考虑配体的柔性，在对接时就考虑各种二面角可能的旋转
Q:
老师您对接的时候用什么方法做这步？
A:
autodock就能考虑配体的柔性，找点教程看看就懂了
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2017.05.21 03:32:42
Q1:
[图片]
第一次见这么长title的
Q2:
题目越短越容易被引用
A:
可以搞个大数据分析
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2017.05.21 08:00:28
Q:
老师您好，在基态优化时，我用NBO计算的电荷分布，在激发态时，我想用density算电荷分布(方便用软件算电荷密度差图)，我想问一下，这样做是不是错的
A:
怎么错？
你要算激发态NPA电荷，就TD和density同时用就行了，这样传递给NBO模块的密度就是激发态密度
Q:
我想着基态调用的是NBO模块，而激发态调用的是Mulliken方法，两者冲突
这样算出来的电荷密度差是不是不能用呢？
A:
意义不明
到底是求原子电荷差还是求密度差说清楚
Q:
老师，我以为这两个是一回事
A:
差别大了去了
密度差是这种
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
原子电荷看群文件里《原子电荷计算方法的对比》
Q:
恩，老师，这两个我都看过了，就是脑子迷糊，那就是说，在我现在算得基态基础上，我再算TD+density就可以利用咱们的Multiwfn计算电子密度差图了？这样理解对吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.05.21 09:32:40
Q:
老师，您好。我在优化构型时，输入文件如下[图片]但总出现这一错误[图片]
请教老师该作出怎样的修改
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.05.21 10:49:48
Q:
各位老师我想请教下面这个图用VMD怎么画出来的呀。弄了好久不会画。是运动轨迹密度图。
[图片]
A:
[图片]
同时显示指定区域的多帧结构。绘制风格选成line或poine
----------------------------------------------------
2017.05.21 12:44:44
Q:
你说的HF是最后输出的能量？
你是说，先单独用6-311g**算NO，单独用lanl2dz算pd4。然后把它们放到一块，用混合基组算？
那个HF=叫单点能。
A:
看此文弄清楚什么叫混合基组
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.05.21 13:16:46
Q:
请教一下，如果要对金银配合物做ICSS分析，泛函和基组怎么选？
A:
和平时配合物计算没有区别
没定义
Ag用赝势
Q:
但是一般算ICSS不是用B3LYP/6-31G*？这个基组对金银应该没有定义吧？
A:
SDD就够
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2017.05.21 14:11:05
Q:
老师您好，我想请问一下，如果我想比较一下各种不同的泛函对一个普通的有机小分子体系的磁学性质计算结果的影响，一般取哪些泛函比较有代表性呢？
A:
B3LYP
----------------------------------------------------
2017.05.21 14:54:24
Q:
请教一下，采用acpype.py构建拓扑时候，经acpype.py生成的目标_GMX_GMX.pdb与.itp与放入分子的初始构型关联大不大？需不需要先将目标分子采用高斯优化然后在acpype.py进行操作？
A:
没必要。antechamber自动就会在AM1下进行优化。除非碰到antechamber的AM1优化难以收敛时，才有必要先在量化程序里用AM1预优化一下
----------------------------------------------------
2017.05.21 16:26:33
Q:
请教各位大师，处在化学环境中的不同键能，可以在哪里查到？或者是不是可以通过gaussian 计算得到？
比如比较一下P-O和C=N键能
A:
自行计算，参考此文靠前部分的说明
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
----------------------------------------------------
2017.05.21 16:38:22
Q:
想自己搞个双路的E5 2600 V3。目前看好 E5 2696 V3 或者 2685 V3 。2696V3 145 W，2685V3 120w。这种高功耗的CPU一般用什么散热器才能镇得住啊？求推荐。玄冰 400行不行？
单路 2696V3 和双路 2685V3 哪个性价比高点啊？
A:
所有CPU里性价比没有比2696v3高的
尽量用大霜塔
如果空间不够，或者想静音，搞个海魔120水冷也是很好选择，性能比玄冰400强，但弱于大霜塔
----------------------------------------------------
2017.05.21 20:20:13
Q:
确认一下，做膜Z轴是没有周期性的，对吧
A:
Z轴也得用周期性，不然水会不断逸出
Q:
但是从细胞膜的实际上来说，Z轴周期性意味着膜是层叠状的，与细胞实际不符
A:
是不符，但你只需要研究一层膜，让水层厚度足够大，使这层不会与镜像作用上就行了
Q:
水的逸出确实是一个问题，但是用周期性限制可能还是会出更多问题
A:
不会的
三维都用周期性是模拟膜的标准做法
Q:
我觉得做xy周期性，在z周再加一个约束就好
A:
建议你看看这篇综述
[图片]
虽然此文比较老也比较基础，但作者也算模拟膜的专业户，没什么错误
Q:
谢谢，
确实大多文献上针对膜的模拟都采用了三维周期，也没有指出其弊端，还是觉得二维周期与实际更为吻合的
我再看看
A:
本来也没什么弊端，正如显式溶剂模拟蛋白质基本也都是三维周期性，只要距离边界足够远即可
如果通过限制势，反倒人为因素更大
----------------------------------------------------
2017.05.21 20:20:16
Q2:
老师您好！我在用VMD软件做弱作用分析时，为什么图里面弱作用的颜色是同一种颜色，没有出现不同的颜色代表不同的弱作用类型？
A:
如果都是灰色，换个别的显卡的机子再试
Q2:
对，就是灰色的，电脑的问题吗？
A:
是
Q2:
多谢老师，除了换机子，有其他解决办法吗？
----------------------------------------------------
2017.05.21 20:20:16
Q1:
请问各位老师如果作业在在超算中心上算比在小组服务器上算的慢的多怎么解决啊？
[图片]
这些论坛上的回答也很模糊啊
文件里有上传的文件
A:
因素多了去了，和你贴的图完全无关
起码先把配置搞清楚
Q1:
用其他小的体系算就快80个原子左右我的体系在180-230就慢的令人发指
难道是体系原因吗
配置要怎么搞清楚啊？
A:
本身耗时和体系大小就完全不是线型关系
机子配置显然自己最清楚
买了、租了机子难道还不知道配置
Q1:
确实不清楚。。要怎么了解啊？
A:
这么大体系频率显然是超慢的，还是开壳层
Q1:
sobereva老师搞清楚配置是指服务器配置还是电脑配置啊？
[图片]
这些都试不出来
A:
你自己实验室服务器的配置、你租的超算的节点的配置
Q1:
好的
Q:
[图片][图片][图片]这是在电脑查询的cmd
这是贴在服务器上的也不知道
是不是
然后超算的基本信息是：HPC系统，节点类型是计算节点，单节点内存按正常配置，内存总量按正常配置，磁盘存储1TB
这是我所能知道的服务器配置了。。
A:
总共才12核的westmere老内核服务器，算这种体系绝对吃力
超算肯定会标明节点的CPU、内存的
Q:
在哪里标明呢？
用实验室服务器比超算快两倍呢
两到4倍应该说
A:
高斯并行效率并不高，你居然给60核，不仅毫无益处，反倒由于你给的内存量太小，可能导致比核数少的时候更慢
Q:
写24核的时候也慢
A:
本来频率计算就很耗内存，内存给太少会大量读写硬盘，然而读写比内存超慢
具体情况远程没法说清楚
Q:
那这要怎么解决呢？
A:
反复琢磨、对比
别人光靠这么点信息量怎么解决？
没算完就继续等着
ultrafine完全不该用，导致频率计算耗时能增加甚至一倍
Q:
不知道解决这类问题还需要什么信息？
算完也算是提供解决信息吗？
A:
懒得折腾琢磨探究就慢慢等他算完就完了
如果有多个要算的，每个核数少给点，一起算，总效率更高
----------------------------------------------------
2017.05.21 20:51:03
Q:
[图片]在counterpoise=3 out文件最后这个 corrected energy 和 BSSE energy 代表什么意思？
A:
BSSE校正后的复合物能量
BSSE校正能
Q:
BSSE b不是有公式计算吗
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
Q:
这个我看了，我就是按照这个来的
A:
你要的不都输出了么，还要什么
Q:
BSSE,不是要有公式计算的吗
A:
counterpoise关键词就是按照那个公式算的啊
仔细看博文
Q:
是啊，SCF后面不代表那个几个能量吗
A:
你干嘛去看那些，最后都已经汇总告诉你最终的结果了
Q:
我是按照那个几个能量，然后自己按照公式计算的BSSE的值和这里给出的差好多呢
A:
肯定数值没取对
除非HF/DFT，否则单点能也不是SCF后面的
Q:
啊
我是ccsd的
A:
不懂基础知识就甭自己看中间数据
Q:
老师的意思，直接看最后给出BSSE吗
A:
y
Q:
啥?
A:
感觉和现在的年轻人语言代沟好重
说y不懂什么是y，说配置不懂什么是配置
Q:
corrected energy是系统的总能量吧?
A:
校正后的复合物总能量
Q:
好的，谢谢老师
Q:
老师问一下，可以counterpoise=1吗
报错了，不可以吗
A:
这毫无意义，不懂counterpoise基本原理才会做出这种事
Q:
我知道了
例如，我要求He的总能，但要排除基组的影响，例如图片上说的
A:
怎么可能排除基组的影响，你完全误解了BSSE的本质
Q:
难道直接用hf吗
A:
如果就靠个counterpoise就能得到CBS的结果，那提出counterpoise的人绝对拿诺贝尔奖
和理论方法更是完全毫无关系
所以我都不爱跟初学者提BSSE、counterpoise，要不然总是胡思乱想
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2017.05.21 20:51:03
Q:
老师，我想算分子内氢键的键能~我用Multiwfn，OK不？我用的.log导入的，是不是不对啊~
A:
log里没包含波函数信息，显然不行
如果你用AIM分析，用wfn/wfx/molden/fch/gms都行
怎么选择输入文件这里提了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
那我还有别的办法计算分子内氢键键能么？
A:
你就用我说的那些输入文件啊
AIM分析是估算分子内氢键键能最常用的方法之一
A:
手册4.2.1节的例子就有估算例子
若要用别的方法，可尝试PSI里面的分子内SAPT，但可能会比较麻烦。或者自己把分子拆成两个片段，计算相互作用能
Q:
可是~我有点急需数据，而如果我再重新提交生成这些文件，周期有点长了
A:
算个单点又没多少时间
你用别的方法怎么算？
Q:
恩，好~我计算试试看~谢谢老师~
Q:
老师，我虽然查了高斯手册，但是还是没搞懂，如果我需要出来.wfn文件，我输入文件加什么命令~
A:
看multiwfn手册第四章开头，怎么产生.wfn文件都写明了
还不会的话直接把chk转成fch作为输入文件也行
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2017.05.21 21:36:01
Q:
[图片]老师，计算这个结构的能量，里面有氢键作用还是可以用B3LYP方法的吧？
A:
不要用B3LYP，至少也得加D3。用M06-2X也可以
Q:
好的，谢谢老师！
老师，我再问问，我能不能就这个结构用比B3LYP-D3，其它无氢键作用结构用B3LYP呢？
A:
加D3又不要钱
同一篇文章莫名其妙切换计算级别是很不好的
加D3对没氢键的也没任何坏处
Q:
哦哦，好的，谢谢老师！
恩恩，明白了
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2017.05.21 21:36:01
Q:
请问如何计算乙醇中H-O的键能？
A:
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
此文靠前部分说了
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2017.05.22 08:07:45
Q:
请问暑期有培训计划吗？
A:
看www.keinsci.com上的预告
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2017.05.22 11:06:24
Q:
老师，请问有关铁化合物的计算，用M06，B3lyp还是其他计算方法其能量比较准确？
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2017.05.22 11:57:53
Q:
大博士，VMD里tcl脚本和.vmd显示方式有什么差异？我个人觉得前者更好使
A:
一码事
tcl脚本里通常tcl语句为主，.vmd里通常是VMD内置命令为主
不看后缀，只看内容
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2017.05.22 12:04:21
Q:
[图片][图片]老师您好，我用B3LYP方法，对不含金属的磷酸酶进行频率分析，出现这样的问题，是啥意思呢？
A:
%mem给得太大
Q:
老师不太懂
我怎么能懂这是啥意思
OA:
内存调用太大。
A:
怎么会不懂这是啥意思
用高斯的人还不知道%mem是干嘛的？
感觉和现在的年轻人语言代沟好重
Q:
啊请问，那内存调用多少才合适呢？是否和计算尺度有关系呀？
A:
不超过实际空余物理内存量的前提下能给多大给多大
不知道就试
机子若就一个任务在跑则物理内存量扣掉3GB左右后作为%mem
Q:
高斯自带一个freqmem工具，估计dft算freq消耗内存的[图片]
A:
freqmem只是估计能达到one pass算频率的理想情况，内存给得越大，所需pass会越少，耗时越低。所以内存往大了给不会有任何吃亏
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2017.05.22 12:32:44
Q:
卢老师，Multiwfn 可否计算原子核附近的各个轨道的自旋密度分布以及 exchange-correlation potential 变化情况
A:
交换相关势可以绘制，绘制自定义函数1100，看手册2.7节末尾部分
轨道没法说自旋密度，自旋密度是对整体而言的
顶多是对于ROHF/ROKS而言，把单占据轨道的密度分别绘图
在主功能6的选项26里修改占据数，只让要绘制的轨道的占据数不变，其它的都清零，之后绘制的密度就是那个轨道的
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2017.05.22 13:15:54
Q:
大博士，AIM拓扑分析想把盆间面倒出来用VMD看，可以吗？那个选项是？
A:
不行
Q:
今天做一个AIM盆分析，14个原子的体系居然分析出了15个原子，真逗
早着呢
[图片]
A:
有的体系有赝原子（非核吸引子），比如碱金属团簇。而且用了赝势又没用wfx文件的时候，价层位置可能会找到多个吸引子
Q:
I原子，基组是def2TZVP
做AIM用的是Fchk
A:
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
用wfx
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2017.05.22 19:25:59
Q:
大博士也没开始清理人啊，不会是虚晃一枪？
A:
6月份先清理一号群，然后估计7月或8月再清理本群
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2017.05.22 19:55:28
Q:
老师，我用AIM分析氢键键能，得到的值是总氢键能量值么？我的分子里有好多氢键，我怎么找到每个键的能量呢？
A:
显然不是，看你分析哪个BCP。看Multiwfn手册4.2.1节估算氢键键能的例子
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2017.05.22 20:20:29
Q:
sci-hub我这边用不了，求文献 http://science.sciencemag.org/content/252/5009/1154
A:
看群规了解正确用法
分明能用
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2017.05.22 20:29:59
Q:
请问包含铜原子的体系怎么算mult啊？比如有50个铜原子
A:
Cu50团簇基态应为单重态，虽然别的自旋多重度你也可以算算比较能量高低
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2017.05.22 20:44:22
Q:
老师，请问用orca的casscf计算配合物轨道分哪几步？这几步的基本命令行请举一个例子示范一下
A:
ORCA官方专门有CASSCF教程
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2017.05.22 21:13:00
Q:
老师，如果我计算某个氢键的偶极距怎么算呢？我现在有键长和原子电荷~
A:
看你怎么定义，没有唯一定义
研究氢键经常有考察其涉及的原子的原子偶极矩的，比如bader的atoms in molecules书里就有例子，用Multiwfn的主功能17盆分析功能来算，看
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
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2017.05.22 21:15:44
Q:
卢老师，您好，在用KBFF力场算计算离子溶液时，添加高浓度，显示没有更多的溶剂分子被取代时，卢老师是怎么解决的？
要用到-rmin这个指令吗？
A:
怎么没有更多溶剂分子被取代？你设了高浓度，但是提示加不了那么多离子？
实在不行就用packmol建立结构
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2017.05.22 21:27:29
Q:
请问一下sober老师~如果我只想冻结重原子及其四周配体的相对几何构型，而不对坐标和距离有严格要求，这样的话要怎么限定呢？
A:
ORCA里优化可以设定把某个片段保持刚性，可以尝试。高斯做不到
群内发言字号不要超过12，看群文件里群规
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2017.05.22 21:42:22
Q:
[图片]
请问老师，这个提示是什么意思，高斯提示不能存档，我算irc的但三个点就正常结束了，打开log是这个提示
A:
不是报错，无视
[图片]
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2017.05.22 21:53:32
Q:
老师，我用packmol得到了混合体系的gro文件，接下来怎么得到top文件，用gromacs来进行能量最小等下面过程呢？
A:
自己编辑top，引入该引入的.itp，分子数设合适
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2017.05.22 22:00:06
Q:
[图片]老师，用隐式溶剂模型计算外重组能时，比如计算第（2）中，当读入（1）中溶剂的慢部分时，是否需要加ExternalIteration关键字呢？或者说写与不写有什么区别呢？谢谢老师/微笑
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2017.05.23 17:10:45
Q:
请问各位，我想用gromacs做一个聚合物与小分子的动力学模拟，聚合物的力场如何建立，或者是compass的力场可以在gromacs中用吗？
A:
compass没法在gmx里用
聚合物可以用OPLS等力场，但是得自己写rtp等文件，才能利用pdb2gmx产生聚合物链的拓扑文件
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2017.05.23 18:03:40
Q:
请问计算铜簇不用赝势基组改用全电子基组可以吗？我用nwchem上的赝势基组总是报错，全电子基组用哪个合适呢？
A:
用全电子基组算过渡金属团簇耗时会增加许多
全电子基组的话def2SVP、s6-31G*都可以，更好的用def2TZVP
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2017.05.23 22:35:40
Q:
老师，我要用packmol建立如下体系：200个h2o 100个co和500个苯我该选用多大的盒子呢？设置盒子的标准是什么呢？
A:
盒子从大到小依次试，如果packmol反复不收敛就肯定太小了，如果太松散就说明太大了
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2017.05.23 22:48:27
Q:
求问各位老师，Gaussian如何导出 *.cosmo文件和 *.cos文件？
A:
加scrf=cosmors，然后分子坐标后面空一行写上输出文件名
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2017.05.23 23:07:20
Q:
老师请问算出来的LUMO能级为负值怎么办
A:
负值就负值，极为正常，没有任何理论表明LUMO能级得是正值
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2017.05.23 23:19:48
Q:
老师，gromacs中的OPLS力场可以吗？
A:
可
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2017.05.23 23:35:10
A:
2号群去年1月20日建的，也是2000人群，到现在也快满了
OA:
说明老师知名度提升快
现在说sob 做量化的没人不知道
再建个3号群
1号群元老多。
A:
3号群至少两年内绝对不会建
两个群+1个论坛已经是管理和答疑精力的极限了
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2017.05.24 00:02:59
Q:
请问在supporting information中可以引用参考文献吗？
A:
可
Q:
supporting information 涉及到一部分理论叙述，需要引用文献
引用的方式和格式和正文保持一致就可以吗？
A:
格式都无所谓，补充材料什么格式都行
Q:
还有，supporting information的长度有限制吗？我的supporting information都快50页了
A:
无限
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2017.05.24 01:29:21
Q:
请问高斯里能用ccsd扫描吗？为什么我用这个
# ccsd/aug-cc-pvtz symm=loose scan
算，最后的列表是mp2和mp3，没有ccsd的结果？
A:
自己用grep把CCSD能量提出来就完了
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2017.05.24 08:26:14
Q:
请问各位老师，在利用multiwfn中的NAO方法计算轨道组成时，[图片]输入0时，程序一闪自动退出了是怎么回事，谢谢！
A:
输入文件有问题。诸如你用的输入文件不对，误用了fch之类
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2017.05.24 09:09:54
Q:
伙伴们，有谁算过The second-rank magnetizability tensor 用AIMALL软件，现在我找不到这个软件，官方主页进不去http://aim.tkgristmill.com
A:
字号不要超过12
磁化率张量用高斯直接加NMR=Susceptibility就能计算，根本用不着AIMALL
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2017.05.24 09:27:43
Q:
请教一下，对于荧光材料，可以计算振子强度来判断其发光的容易；那么对于Ir磷光材料其发光的难易是通过计算T1-S0的跃迁偶极钜还是T1-S0的自旋轨道耦合，谢谢！
A:
考虑旋轨耦合后的振子强度
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