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标题: 求推荐能用RI加速的溶剂中的分析频率的DFT计算软件 [打印本页]

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-6 17:58
标题: 求推荐能用RI加速的溶剂中的分析频率的DFT计算软件
各位大牛，
有没有谁推荐一下能用RI加速的溶剂中的分析频率的DFT计算软件。

作者
Author: dada747 时间: 2017-8-6 18:19
ORCA

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-6 20:19
忘了说明了，能计算溶剂效应的，免费的。

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-6 20:30
还有就是计算热力学反应时，是否必须加上虚拟水环境。加和不加有没有很大的差别。因为用ORCA只能计算不带溶剂效应的解析频率，有cpcm时只能计算数值频率。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-6 20:54
标题要直接反映帖子内容，给你改了
发帖时注意发在合适的板块，给你移动了
不是分析频率，而是解析频率

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-6 21:03

shaofeng 发表于 2017-8-6 20:30
还有就是计算热力学反应时，是否必须加上虚拟水环境。加和不加有没有很大的差别。因为用ORCA只能计算不带溶 ...

如果不是局部带显著电荷的体系，优化、振动分析获得热力学校正量的过程通常在气相下做就行，之后加上溶解自由能就完了

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-7 09:22
感谢sob老师的指正和帮助。我看了您的“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”的文章，对溶解自由能的计算有了初步的认识，还有个问题想咨询下。
我的体系是一个带电荷的体系，主要是砷、铁的配位计算问题，用ORCA进行计算，我想计算反应的Gibbs自由能。计算的步骤是否是（1）优化气相中的分子结构，同时计算分析频率，获得最终单点能，并获得gibbs热校正能；（2）在cpcm中优化分子结构，获得单点能，用这个总能加上gibbs校正能，就是这个分子在液相中的总自由能。
不知道说明白没。

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-7 10:32
还想请教一下，我的输入文件有没有可改进的。数值频率计算实在是比较慢，因为要用溶剂好像也没办法。如下：
!  UHF bhandhlyp kdiis  soscf OPT D3bj TightSCF Grid6 RIJCOSX gridx9 SlowConv CPCM(water) numfreq # NORMALPRINT nodamp RIJK  NoFinalGrid
!  ZORA/RI ma-ZORA-def2-TZVP  sarc/J pdbfile xyzfile  # Def2-SVP Def2/J Def2-SVP/C def2-TZVP  def2-TZVP Def2/J  GCP(dft/TZ)
%base "6water"
%maxcore 2000
%scf
MaxIter 200
end
%basis
newgto Fe "ma-ZORA-def2-TZVP(-f)" end
newgto H "ma-ZORA-def2-TZVP(-f)" end
newgto O "ma-ZORA-def2-TZVP(-f)" end
end
%geom
MaxIter 500
end
%pal
nprocs 14
end
* xyz -1 11
  O -3.90700005106762    0.56949966479235    -0.10148868952341
  Fe  -2.00101764702448    -0.03396210693755    0.06500206876935
  O -2.65526721660017    -1.42365169396183    1.38832246883801
  O -1.75173808560931    1.44376699557034    1.57199112973998
  O -4.89882586607861    -1.95599726843009    -0.28171870041754
  O -2.34791586276084    -1.41941911982311    -1.32607557106037
  O -1.42064209281175    1.41448775661714    -1.37352779298932
  O -0.20369483443355    -0.71182891073670    0.24590727560843
  H -2.98027631477130    -1.11356400237840    -1.99264876098062
  H -0.61983386569691    1.17639945935819    -1.84579015062401
  Fe  -3.16330501855155    -2.79204351711036    -0.01026093536483
  O -3.19203903361180    -4.07430112611368    -1.71155729373587
  O -1.01031716824759    -3.27576291321681    0.12802905126054
  O -3.71870956039864    -4.20017590661079    1.11094942084216
  H -3.99186603608167    -4.63496272263909    -1.68185651404259
  H -0.56204736775225    -2.39195318622698    0.15737087760258
  H -3.17820525528815    -4.98731107057060    1.16700288764962
  H -3.38507397480994    -3.53612823928431    -2.50697006868002
  H -1.72438530104662    2.36709212838291    1.21215252319484
  H -2.46763387192066    1.42423716388378    2.21203164552130
  H -1.98214574635245    -1.74007280845952    1.99144941526429
  H -0.72869000718570    -3.67938781695454    -0.69603988151035
  H 0.26307676278121    -0.46362873789322    1.04406554405148
  As  -5.11604988285317    -0.36851091028656    -0.87206543910288
  O -6.59773033962476    0.19759351624218    -0.54545665986719
  O -4.69593066043089    -0.39613968715367    -2.48976786084166
  O -1.81576572713292    3.79790525738838    0.40141092568232
  H -1.24924522724087    3.58485037224779    -0.34396330646744
  H -2.71583263084054    3.73217762649219    0.03205457304445
  O -4.59865071503315    -2.81879022781260    -3.63444476601550
  H -4.71659910246064    -1.92041317251977    -3.25670507762189
  H -5.26507906560682    -3.36728924680226    -3.20426790832740
  O -6.36506021587072    -4.10634213805952    0.50116319232088
  H -6.14764232763193    -3.19458671010589    0.24697052153489
  H -5.50546819456574    -4.37978581106185    0.87019335369048
  O -3.43034566185962    1.92089489706388    -2.96539892607044
  H -3.92903894414610    1.07392158764537    -2.89832150581049
  H -3.87858696625547    2.50407318008355    -2.33687632972387
  H -2.12492069994100    1.61104981662147    -2.05324772982772
  O -4.26003037470758    3.13075664077225    -0.59384888483604
  H -5.10662061318362    3.47158347789672    -0.30139192013522
  H -4.21434509503156    2.19377422113972    -0.28685746666688
  O -5.74147883076744    -4.88540531153797    -1.98838018581158
  H -6.06088714769793    -5.76257265353638    -2.20417160239064
  H -6.09698716179719    -4.67824674597414    -1.09798594616983
*

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-7 12:02

shaofeng 发表于 2017-8-7 09:22
感谢sob老师的指正和帮助。我看了您的“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”的文章，对溶解 ...

2是错的。
基于1的结构，在SMD下算个单点，再在气相下算个单点，相减得到溶解自由能，加到气相下算的自由能上去
博文里有详述

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-7 12:04

shaofeng 发表于 2017-8-7 10:32
还想请教一下，我的输入文件有没有可改进的。数值频率计算实在是比较慢，因为要用溶剂好像也没办法。如下： ...

关键词写得太乱
按照博文里说的，只需要气相下优化和振动分析，不牵扯到溶剂下的振动分析

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-7 16:02
sob老师，
感谢你的指正，通过阅读你的文章和相关文献，我基本明白了如何计算溶剂中的Gibbs自由能。还有一个问题，我的体系是个带负电的体系，在气相和液相中有一定的形变，键长和水分子的位置有所变化，在这种情况下是否需要像文献中说的那样，分别优化气相和液相中结构，溶解自由能还要考虑a more consistent approach would involve the independent treatment of gas- and solution-phase ensembles,where ΔGsolv is evaluated from the ratio of the partition functions of the conformational ensemble in each state. In this way, changes in solute conformational entropy and enthalpy are taken into account. 这种情况下溶解自由能是不是在气相和液相中分别的单点能的差。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-7 18:49

shaofeng 发表于 2017-8-7 16:02
sob老师，
感谢你的指正，通过阅读你的文章和相关文献，我基本明白了如何计算溶剂中的Gibbs自由能。还有一 ...

如果虽然整体带负电，但是负电分布不是特别集中，而是比较离域化，那么只在气相下优化依然没问题。如果某个区域负电比较集中，那么可能溶剂下结构比气相会有不可忽略的改变，就应当在溶剂下优化，并用气相和溶剂下结构各自计算的单点能来求差得到溶解自由能。

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-7 22:18
多谢sob老师解答。

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-7 22:42
再问个问题，我计算的是一个砷氧阴离子吸附在铁上的结构。如果我在这个团簇周围加几个水分子，那么还需不需要考虑隐性溶剂效应。或者加多少个水分子才不用考虑。结构如附件所示。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-8 10:52

shaofeng 发表于 2017-8-7 22:42
再问个问题，我计算的是一个砷氧阴离子吸附在铁上的结构。如果我在这个团簇周围加几个水分子，那么还需不需 ...

原则上，不管加多少显式水，都应当考虑隐式溶剂模型

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-8 17:51
十分感谢你的耐心解答，学到很多。

作者
Author: shaofeng 时间: 2017-8-9 11:53
sob老师，你的博文中提到“在SMD模型下计算溶解自由能，一定要用M05-2X/6-31G*”，但是6-31G*基组不包括砷元素，可以用其他基组代替吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-9 13:15

shaofeng 发表于 2017-8-9 11:53
sob老师，你的博文中提到“在SMD模型下计算溶解自由能，一定要用M05-2X/6-31G*”，但是6-31G*基组不包括砷 ...

高斯里6-31G*对As有定义

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