计算化学公社

标题: 高斯计算错误，说内存不足？ [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-20 08:28
标题: 高斯计算错误，说内存不足？
我的输出文件
%chk=test.chk
%mem=2000MB
%nprocs=4
#p b3lyp/6-31g* opt=(maxstep=4) td=(singlets,nstates=60,root=1,direct) scf(maxcyc=500) nosymm
test
0 1
N                2.09488500 1.95869800 0.61929600
C                2.01034900 1.90742200 2.03123900
C                2.90491200 0.90680000 2.50080100
C                1.23319600 2.64794100 2.92233200
C                3.01120200 0.63343300 3.86367000
后面还有很多坐标。
这事我对s1的优化，之前出错误，一直调，都调了2月了，sob指点了很多。才把命令行改为上面那样。但是这次出现的错误时：
Leave Link  716 at Tue Jan 20 09:00:23 2015, MaxMem=  262144000 cpu:    81.8
(Enter /home/software/g09/l103.exe)
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Erroneous write. Write 824 instead of 2448.
fd = 4
orig len = 2448 left = 2448
g_write

看过帖子，说是内存不足，我把这个%mem=2000MB调大？我感觉这个很大了，再就是，我们的服务器用的人很多，天天爆满。
谢谢指点

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-20 08:38
优化第一激发态，没必要nstates=60，这会严重浪费时间
nosymm是多余的
maxstep=4没意义，要设定步长上限也得同时加notrust才真正有效果。
2000MB已经很小了，连我的笔记本都是16GB的。一般新买的量化计算用的服务器64GB都是标配。
你的提示大抵是硬盘不够。应确保储存临时文件的目录有足够大的可用空间。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-20 08:49

sobereva 发表于 2015-1-20 08:38
优化第一激发态，没必要nstates=60，这会严重浪费时间
nosymm是多余的
maxstep=4没意义，要设定步长上限 ...

sob好，主要是按照您时说的，nstate40，可是，我设置到了40还是出现，you need solve more....所以，我就设置到了60，这个maxstep，是参考您的一个帖子，上面说可以调节。所以，我想干脆就设小，为4.
您说的这个要加上notrust，是opt=（maxstep=10，notrust）？
主要是我们集群有的人太多了，所以我写了2000M。高斯对内存有上限要求吗？
谢谢sob

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-20 18:41

小范范1989 发表于 2015-1-20 08:49
sob好，主要是按照您时说的，nstate40，可是，我设置到了40还是出现，you need solve more....所以，我就 ...

是opt=(maxstep=10,notrust)，否则maxstep只对第一步生效。
就算人多，2000M也太小了，后HF级别的任务很难算得动。Linux 64bit版内存无上限，设的愈大愈好。
把maxstep设小，比如5，看看nstates用少一些，比如5，能否避免错误。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-1-20 18:46

sobereva 发表于 2015-1-20 18:41
是opt=(maxstep=10,notrust)，否则maxstep只对第一步生效。
就算人多，2000M也太小了，后HF级别的任务很 ...

嗯，谢谢sob的指点，之前太麻烦您了，我都感觉不好意思了。谢谢sob

作者
Author: zhangzhiyuanscu 时间: 2023-6-26 08:50
本帖最后由 zhangzhiyuanscu 于 2023-6-26 08:51 编辑

sobereva 发表于 2015-1-20 08:38
优化第一激发态，没必要nstates=60，这会严重浪费时间
nosymm是多余的
maxstep=4没意义，要设定步长上限 ...

sob老师，您好！
我在使用高斯的时候遇到了l502.exe错误。大概查了一下似乎是由于内存的原因。
我在g16运算的时候没有设置内存容量，请问这种情况下给一个更大的内存是否能够避免这个问题呢？如果设置一般设置多少合适呢？我计算的体系是（100个重原子之内的有机配体+一个主族金属元素）

报错的gjf文件以及error文件如下：
------------------------------------------------------------------------------
%CPU=0-63
# M0620X/Def2SVP SCRF pop(Always)

CC(Oc1ccc(cc1)[N]1([Sr])c2ccccc2C(=O)C1=O)C

2 1
C          1.00336       -0.45979       0.29980
C          2.52088       -0.36095       0.09629
O          2.97741       0.85190       -0.41102
C          2.65725       1.56691       -1.52395
C          3.70401       2.19963       -2.20800
C          3.45409       3.00830       -3.32165
C          2.14072       3.20745       -3.77953
C          1.08985       2.57121       -3.08637
C          1.34268       1.76344       -1.97934
N          1.85987       4.12699       -4.84799
C          0.62561       3.97738       -5.54998
C          0.23945       2.87268       -6.31509
C       -1.03488       2.88203       -6.90960
C       -1.90135       3.98079       -6.72873
C       -1.49413       5.08976       -5.96927
C       -0.22281       5.06234       -5.40354
C          0.48471       6.05019       -4.62453
O          0.08540       7.15506       -4.28740
C          1.79728       5.47207       -4.36961
O          2.71104       6.03236       -3.78840
C          3.21500       -0.56795       1.44433
H          0.47724       -0.53600       -0.66881
H          0.62347       0.39206       0.90331
H          0.75505       -1.40759       0.82347
H          2.83524       -1.18115       -0.58483
H          4.72277       2.07802       -1.86125
H          4.28986       3.50210       -3.79420
H          0.05878       2.72475       -3.37617
H          0.48629       1.36002       -1.48044
H          0.90384       2.02802       -6.44423
H       -1.35606       2.03821       -7.50626
H       -2.88285       3.97370       -7.18413
H       -2.14645       5.94264       -5.83355
H          2.91958       0.23478       2.15562
H          4.31744       -0.53601       1.31437
H          2.94145       -1.55219       1.88063
Sr       4.02585       3.72827       -6.33312

---------------------------------------------------------------------------------------
Error: hangup
Error: hangup
rax fffffffffffffffc, rbx 0000000000000001, rcx 000014c96cbbd337
rdx 0000000000000000, rsp 00007ffc833b4268, rbp 00007ffc833b42d0
rsi 00007ffc833b4288, rdi 0000000000007ef1, r8  000014c96cec6600
r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000246
r12 00007ffc833b4288, r13 0000000000000066, r14 0000000000000000
r15 00007ffc833baca0
rax 000000000000002b, rbx 000014c335b4be10, rcx 000000005d5f8d80
rdx 000014c335b4b460, rsp 00007ffece8cb798, rbp 000014c335b4c000
rsi 000014c335b4b650, rdi 000000000000003e, r8  000000005d5f8280
r9  000014c335b4b840, r10 000014c335b4ba30, r11 000014c335b4bc20
r12 000014c335b4c1f0, r13 0000000000000f80, r14 0000000000000058
r15 00000000000000a8
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x12980) [0x14c368054980]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x129948b]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x1164490]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x1164143]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x11593fc]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x66089e]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0xaebe05]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0xfa8e30]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0xfa6a92]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0xc4764f]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0xad90c0]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x644a61]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x4c83d6]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x6dd2a5]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x50a78d]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x55d278]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x467b15]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x45a227]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x450c2b]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x450b34]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xe7) [0x14c3678d4c87]
  /home/zzy/sw/g16/l502.exe() [0x450a29]

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-6-26 13:26
（1）“M0620X”写错了；（2）最好使用#p而非#，输出内容更多，便于监控计算进度；（3）用
%mem=10GB
%nprocshared=8
这种格式指定计算所用的内存和核数。

作者
Author: RES 时间: 2023-6-26 15:00

sobereva 发表于 2015-1-20 18:41
是opt=(maxstep=10,notrust)，否则maxstep只对第一步生效。
就算人多，2000M也太小了，后HF级别的任务很 ...

sob老师你好！我跟帖问一下我出现的一个内存问题，这是计算很小的分子，提交之后就显示无法分配内存了。
Gaussian 16:  ES64L-G16RevA.03 25-Dec-2016
            26-Jun-2023
******************************************
%chk=C3.chk
---------------------------
# opt freq b3lyp/6-31g(d,p)
---------------------------
1/18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=101,11=2,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,7=101,11=2,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/18=20,19=15,26=3/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
galloc:  could not allocate memory.

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 21:51

RES 发表于 2023-6-26 15:00
sob老师你好！我跟帖问一下我出现的一个内存问题，这是计算很小的分子，提交之后就显示无法分配内存了。
...

仔细看下文，正确配置Default.Route里的-M-，别过大
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: RES 时间: 2023-6-27 09:14

sobereva 发表于 2023-6-26 21:51
仔细看下文，正确配置Default.Route里的-M-，别过大
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sob ...

谢谢sob老师，我改了内存现在可以计算，但是奇怪的是之前这个机器的计算是正常的，设置的内存和另一台也是一模一样，放置了一段时间重新插电计算就出现了这个问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-27 23:18

RES 发表于 2023-6-27 09:14
谢谢sob老师，我改了内存现在可以计算，但是奇怪的是之前这个机器的计算是正常的，设置的内存和另一台也 ...

后台跑的程序不同，导致剩余内存量不同

作者
Author: RES 时间: 2023-6-29 09:38

sobereva 发表于 2023-6-27 23:18
后台跑的程序不同，导致剩余内存量不同

谢谢老师！

作者
Author: RES 时间: 2023-6-29 10:45

sobereva 发表于 2023-6-27 23:18
后台跑的程序不同，导致剩余内存量不同

sob老师，那台机器现在就是计算一段时间会卡死，就是黑屏点击没有任何反应，远程链接就会断掉显示Connection closed by foreign host.
是跟内存有关吗，该怎么解决呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 23:34

RES 发表于 2023-6-29 10:45
sob老师，那台机器现在就是计算一段时间会卡死，就是黑屏点击没有任何反应，远程链接就会断掉显示Connect ...

电源坏了，主板坏了等等

作者
Author: RES 时间: 2023-6-30 09:16

sobereva 发表于 2023-6-29 23:34
电源坏了，主板坏了等等

谢谢老师

作者
Author: RES 时间: 2023-7-5 18:42

sobereva 发表于 2023-6-26 21:51
仔细看下文，正确配置Default.Route里的-M-，别过大
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sob ...

sob老师你好，之前按这个方法将之前设置的-M- 115G 调整为80G，问题就解决了，但是服务器算了几个简单的任务又出现了这个问题，不知为何

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-6 09:25

RES 发表于 2023-7-5 18:42
sob老师你好，之前按这个方法将之前设置的-M- 115G 调整为80G，问题就解决了，但是服务器算了几个简单的 ...

搞清楚当前实际空余物理内存有多少

作者
Author: RES 时间: 2023-7-6 11:19
好的，麻烦老师了

作者
Author: RES 时间: 2023-7-6 11:20

sobereva 发表于 2023-7-6 09:25
搞清楚当前实际空余物理内存有多少

好的，麻烦老师了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)