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标题: 聚合物模拟的力场参数如何选取和获得的问题 [打印本页]

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-8-12 21:53
标题: 聚合物模拟的力场参数如何选取和获得的问题
最近在处理聚合物模拟的问题，在设置力场参数的时候遇到一些问题，希望有经验的同志能给予经验，谢谢！

目前自己常用的处理方式是在MS中建立模型，然后使用msi2lmp获取相应的.data文件，但是经常会遇到一些
improper 参数的确实问题，即使是最简单的聚乙烯结构也会存在上述问题，我想请教一下在处理这些高聚物
的力场时候，有什么方法或者是需要注意的问题，谢谢！

作者
Author: winterzen 时间: 2017-8-13 05:03
聚合物我模拟的很少。但对于复杂分子体系，如果要生成LAMMPS的输入的话，用moltemplate据说挺不错，可以一试：
http://www.moltemplate.org/

VMD的TopoTools插件也可用于生成复杂体系的LAMMPS输入，它网站上还有个聚合物的例子：
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
https://sites.google.com/site/ak ... s-tutorial---part-1

对于聚合物力场的选择，如果是简单的C、H等元素组成，感觉用OPLS-AA得到的结果就不会太差。

作者
Author: G、sir 时间: 2017-8-13 08:03
Moltemplate建模一般不会出错，但如果分子量太大的话，也不是很方便，MAPS有一个模块cross-linked专门建聚合物的，可以看看，没用过

作者
Author: xiaowu759 时间: 2017-8-13 17:33
我也做聚合物模拟，据我了解，免费的比较通用的是opls-aa，在一般的学术分子模拟软件（如LAMMPS、GROMACS）中都可以用

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-8-13 19:28

xiaowu759 发表于 2017-8-13 17:33
我也做聚合物模拟，据我了解，免费的比较通用的是opls-aa，在一般的学术分子模拟软件（如LAMMPS、GROMACS） ...

貌似都是需要自己手动将参数整合在一起

作者
Author: xiaowu759 时间: 2017-8-14 20:43

ruanyang 发表于 2017-8-13 19:28
貌似都是需要自己手动将参数整合在一起

是的

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-8-16 10:19
在charmm或者NAMD里面是使用patch命令来生成高分子链的psf的

可以参考
https://www.charmm.org/ubbthread ... ber=7023&page=2

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