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标题: 搜索弱相互作用过渡态的问题 [打印本页]

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Author: 茶新味 时间: 2017-8-14 15:27
标题: 搜索弱相互作用过渡态的问题
各位好，想请教过渡态相关的问题。构型一的弱相互作用类型是氢键，构型二弱相互作用类型是碳键。想找弱相互作用的转化过程中经历了怎样的过渡态，反应机理。初猜总是不合理，QSTN的方法也有尝试，也不理想，求指教。构型三是自己想出的中间体，优化后结构稳定，可以参考。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-14 16:30
复合物构型肯定不止这三种，再尝试看能否找到其它极小点构型（可以借助molclus），以其为参考再找过渡态。
注意帖子标题要反映帖子内容，给你改了

作者
Author: 茶新味 时间: 2017-8-14 19:46

sobereva 发表于 2017-8-14 16:30
复合物构型肯定不止这三种，再尝试看能否找到其它极小点构型（可以借助molclus），以其为参考再找过渡态。
...

好的，谢谢sob老师，我用这个程序试一试，下次发帖子注意。

作者
Author: 小巨人 时间: 2017-8-16 08:57
请问一下，不同弱相互作用构型之间也有过渡态吗？若存在的话，过渡态是是不是有虚频呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-16 12:49

小巨人发表于 2017-8-16 08:57
请问一下，不同弱相互作用构型之间也有过渡态吗？若存在的话，过渡态是是不是有虚频呢？

有，有

作者
Author: 茶新味 时间: 2017-8-17 09:51
在研究，开始不明白构想搜索，找不到合理的构型，sob老师说的先搜索合理的构象，然后在着基础上寻找过渡态，很好的方法，受益。谢谢

作者
Author: 茶新味 时间: 2017-9-5 15:53
Sob老师，您好。我最近研究了gentor程序，由构型一到构型二，在设置gentor里setting中，怎么选择旋转才合理呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-6 05:42

茶新味发表于 2017-9-5 15:53
Sob老师，您好。我最近研究了gentor程序，由构型一到构型二，在设置gentor里setting中，怎么选择旋转才合理 ...

二聚体适合genmer而不是gentor

作者
Author: 茶新味 时间: 2017-9-6 21:15
Sob老师，您好，

我使用genmer寻找二聚体的分子构象。最开始设置生成20个团簇数目，出现isostat-1，然后我把生成的cluster保存成traj.xyz，用molclus调用GAUSS产生isostat2，产生五个构型，如图三，我想找构型一二聚体之间形成的氢键弱相互作用到构型5形成的碳键弱相互作用，寻找不同相互作用之间过渡态。从genmer得到的结果来看，这二者存在过渡态吗？这种想法可行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-7 02:04

茶新味发表于 2017-9-6 21:15
Sob老师，您好，我使用genmer寻找二聚体的分子构象。最开始设置生成20个团簇数目，出现isostat-1，然后 ...

1,2,3本质都一样，只需要考虑一个。
虽然当前已经考虑了20种初始构型，但不一定已经全部都极小点都已经找到了，不排除还有其它极小点的可能。

4-5之间的过渡态根据当前两个结构的信息，应该容易能给出合适的初猜。但4与1/2/3之间结构差异还比较大，恐怕只经历一个过渡态还过不去，你可以先猜一些过渡态算算试试。

另外，一定注意合理选择计算级别。

作者
Author: 茶新味 时间: 2017-9-11 09:55
本帖最后由茶新味于 2017-9-11 10:35 编辑

Sob，老师，您好。我又从新考虑50个构型，最后算出来还是类似的以上三种构型。应该是全部找到，但是我在手动猜测过渡态的过程，总会出现负十几或者几十的虚频，然后走了IRC，有的时候只走几步，有的时候曲线震荡强烈。如图1和2和3。图三主要是沿着CH3F的三个H原子转动。老师，我计算的这种不同弱相互作用之间会有合理的过渡态吗？做了好几个月，越做越没自信。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-11 17:21

茶新味发表于 2017-9-11 09:55
Sob，老师，您好。我又从新考虑50个构型，最后算出来还是类似的以上三种构型。应该是全部找到，但是我在手 ...

弱相互作用过渡态附近势能面相当平滑，处理起来并不容易，必须在数值精度层面上达到较高要求
诸如找过渡态、走IRC的时候都用int=ultrafine结合calcall，并且找过渡态时候用tight收敛限，可有效避免数值噪音。但没有万能的办法，免不了折腾一番。

作者
Author: 茶新味 时间: 2017-9-14 14:11
Sob老师，您好。弱相互作用之前过渡态虚频负十几或者几十可以吗？这种过渡态好像并不像有机反应机理一样有很大的虚频，走IRC如果可以走通，可以认为就是合理过渡态吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-14 14:38

茶新味发表于 2017-9-14 14:11
Sob老师，您好。弱相互作用之前过渡态虚频负十几或者几十可以吗？这种过渡态好像并不像有机反应机理一样有 ...

弱相互作用体系势能面平缓，对应的构型转变的过渡态在这种虚频大小是很正常的，IRC走通了就算成功

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