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标题: AMBER跑升溫，結構錯亂 [打印本页]

作者
Author: xroxzero 时间: 2017-8-18 01:56
标题: AMBER跑升溫，結構錯亂
各位老師好

我在用AMBER跑升溫，跑完之後用VMD讀取prmtop及crd檔，結果看到結構全部跑掉了(如附檔)

請問各位老師這該怎麼解決呢?

PS: minimize沒出現這現象

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-18 12:50
改成dynamic bond显示方式，如果届时结构都合理了，说明是周期边界考虑问题
对于有周期边界的轨迹，注意载入时选AMBER coordinate with periodic box

作者
Author: abdoman 时间: 2017-8-20 08:57
应该是导入文件格式错误，尤其是crd文件格式（如楼上所说，是否有周期边界）

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