计算化学公社

标题: 抛砖引玉——Q-chem SAPT计算 [打印本页]

作者
Author: ximi1986 时间: 2015-1-20 16:15
标题: 抛砖引玉——Q-chem SAPT计算
最近在算分子弱相互作用力，恰好牵涉到计算色散能的贡献，采用Gaussian09 D自带的DFT-3计算的（EmpiricalDispersion=GD3BJ）~~本想进一步看看静电、交互、色散、诱导四部分的贡献，无奈Gaussian做不了。恰好看见Sober eva关于sapt的帖子，但是貌似软件都是要在Linux下，我是个懒人(自嘲下)，另外我不是量子化学专业的...我是工程热物理的...侥幸发现Q-chem是有Win版的...然后申请了个。安装时，貌似要在C盘下安装，虽然readme中没提到这点，但是在其他盘安装一直有错误。安装完发E-mail给Qchem公司可以拿到试用的License。如果是用并行版要去Win下个MSI。我扫了下Help，确实跟Gaussian 很像，但是比Gaussian 多了很多方法，比如局部MP2, RI-MP2，这些简洁方法按Help表述，计算快，精度没有明显下降。SAPT是在QCHEM的SP功能下面，例子可以在qcsamples下找到,另外EDA能量分解也可以用Qchem做，此外Qchem下有个功能wfn_analysis，感觉功能比Gaussian 强大，不过没有仔细研究。SAPT貌似在Q-CHEM有多种：SAPT、RI-SAPT、XSAPT大家可以在help中看见。拿着算了下，其实最省事的就是把例子里的$rem保留，把$molecule改改...计算正确的话，最后后出现
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      *  Thank you very much for using Q-Chem.  Have a nice day.  *
      *                                                          *
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SAPT计算部分，应该是输出文件的这块把（help中没找到out文件的说明...）：

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SAPT Interaction terms
E1_elst             -2.7096030192
E1_exch             0.0023181305
E2_ind             -0.0003494898
E2_exch-ind       -0.0000098599
E2_ind (resp)             -0.0003906662
E2_exch-ind (resp)       -0.0000147936
E2_disp             -0.0018185606
E2_exch-disp       0.0000388632
E1             -2.707285e+000
E2             -2.139047e-003
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SAPT corrected total energy       -1.1252858601e+003
SAPT total first order corrections       -2.707285e+000
SAPT total second order corrections       -2.139047e-003
SAPT total corrections             -2.709424e+000

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Total Post-HF correction time: 48.69 (cpu) 48.32 (wall)
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计算速度还是挺快的，不过这个结果，和我用"超分子"方法算的差别比较大，E2_disp和DFT-D3算的 Disp-correct 也有比较大的差距。。不知道是不是我哪里理解错了。。
发个帖子抛砖引玉，希望大家给点建议。就Qchem软件除了界面不直观，其他我感觉还是挺好的，不过配套的IQmol感觉一般般啊...不过听说这个比Gaussian便宜不少？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-20 22:11
D3方式计算的色散能，能和SAPT的在趋势上符合上就够了，定量上没什么可能能很好相符。差异大的话，建议以SAPT为准。D3算色散能也必须得是在完全无法描述色散作用的泛函的零阻尼情况下才合理。

Q-Chem如果像Gaussian那样对盗版睁一只眼闭一只眼，网上可以随意流传，但是发表论文必须购买的话，用的人会比现在多不少。比起Gaussian虽然在一些方面有优势，但是大家没法广泛体会到，也流行不起来。何况不是像molpro这样比起Gaussian在一些方面有极为重要、对很多研究不可缺少的优势。而且RI-MP2这些优点在免费的ORCA中也已经做得很好了。

作者
Author: ximi1986 时间: 2015-1-31 22:45

sobereva 发表于 2015-1-20 22:11
D3方式计算的色散能，能和SAPT的在趋势上符合上就够了，定量上没什么可能能很好相符。差异大的话，建议以SA ...

3Q~明白了~我还是再用其他算sapt软件~~再装个linux 系统~~

作者
Author: ORCA_in_TCC 时间: 2015-2-2 14:57
但是SAPT有个问题，众所周知，B3LYP不能描述色散，但是用DFT-SAPT却可以算出色散能出来，这结果曾经受到过reviewer的质疑。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-2-3 05:16

ORCA_in_TCC 发表于 2015-2-2 14:57
但是SAPT有个问题，众所周知，B3LYP不能描述色散，但是用DFT-SAPT却可以算出色散能出来，这结果曾经受到过r ...

这其实没什么问题。因为DFT-SAPT和SAPT的差异主要是把HF没考虑的分子内相关用DFT泛函描述而已，所以算出来的分子间的色散能是合理的（而且相互作用能算得相当精确）。

作者
Author: smutao 时间: 2015-11-20 03:45

sobereva 发表于 2015-1-20 22:11
D3方式计算的色散能，能和SAPT的在趋势上符合上就够了，定量上没什么可能能很好相符。差异大的话，建议以SA ...

确实很少能看到qchem的传播

作者
Author: WendyWan 时间: 2016-1-8 10:34
我想做q-chem的能量分解，但是分子中含有Pt和Pd这样的原子，发现基组一旦需要用到LAN2DZ，SAPT就不能正常运行，有解决的办法吗？谢谢！

作者
Author: ORCA_in_TCC 时间: 2016-1-8 11:20

WendyWan 发表于 2016-1-8 10:34
我想做q-chem的能量分解，但是分子中含有Pt和Pd这样的原子，发现基组一旦需要用到LAN2DZ，SAPT就不能正常运 ...

molpro可以

作者
Author: WendyWan 时间: 2016-1-8 14:49
谢谢

作者
Author: ayjaybfv 时间: 2016-6-28 23:36
q-chem 貌似比guassian 厉害。

作者
Author: beefly 时间: 2017-7-25 11:45

WendyWan 发表于 2016-1-8 10:34
我想做q-chem的能量分解，但是分子中含有Pt和Pd这样的原子，发现基组一旦需要用到LAN2DZ，SAPT就不能正常运 ...

sapt和eda的定性结果差不多，如果有重元素，可以用gamess的lmoeda，支持ecp和mcp。

作者
Author: xiaomidaxue 时间: 2020-6-8 12:47
楼主，有软件的安装文档和运行文档么？可否告诉下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-10 12:49

xiaomidaxue 发表于 2020-6-8 12:47
楼主，有软件的安装文档和运行文档么？可否告诉下，谢谢！

用PSI4强大得多，还不要钱
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

作者
Author: xxzj 时间: 2021-4-12 11:07
您好，打扰您了，现在我也想使用q-chem计算SAPT，请问您有q-chem中文使用手册吗？谢谢您，辛苦啦

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-4-12 11:12

xxzj 发表于 2021-4-12 11:07
您好，打扰您了，现在我也想使用q-chem计算SAPT，请问您有q-chem中文使用手册吗？谢谢您，辛苦啦

qchem不是中国人开发的，也没有中文手册。直接看官网英文手册即可。

补充：有免费的PSI4不用。。真是。。。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-4-12 19:23
有Qchem当然用特色的二代ALMO-EDA和NOCV咯，和SAPT可比性比较好，而且兼容强相互作用。

作者
Author: zhuyoucai 时间: 2024-5-15 11:45

sobereva 发表于 2020-6-10 12:49
用PSI4强大得多，还不要钱
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（h ...

老师您好，我看qchem里的ALMO-EDA2好像包含轨道项，但是psi4里面好像没有这一项，我想用能量分解看轨道作用有什么好的建议吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-16 00:34

zhuyoucai 发表于 2024-5-15 11:45
老师您好，我看qchem里的ALMO-EDA2好像包含轨道项，但是psi4里面好像没有这一项，我想用能量分解看轨道作 ...

SAPT里只不过把轨道相互作用弄到诱导项里了

sobEDA里也直接有轨道相互作用项，非常推荐使用
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

另外，如果进一步把轨道相互作用能进一步分解以对本质进行考察，可以用ETS-NOCV
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

作者
Author: zhuyoucai 时间: 2024-5-16 17:08

sobereva 发表于 2024-5-16 00:34
SAPT里只不过把轨道相互作用弄到诱导项里了

sobEDA里也直接有轨道相互作用项，非常推荐使用

收到，谢谢老师！！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)