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标题: 1D-PBC计算频率的问题 [打印本页]

作者
Author: kyuu 时间: 2017-8-21 09:24
标题: 1D-PBC计算频率的问题
本帖最后由 kyuu 于 2017-8-21 09:39 编辑

RHSEH1PBE/6-31G*优化过的1D-PBC分子，算频率的时候总进行不下去，能量是收敛的，但之后就停在l1110了，问题在哪里呢，附件里有log文件

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-21 09:42
里面写的是6-31G**而不是你说的6-31G*
而且这任务是opt freq而不是freq，opt一轮都没过去
8成是当前体系太大所致

作者
Author: kyuu 时间: 2017-8-21 10:02
本帖最后由 kyuu 于 2017-8-21 20:17 编辑

sobereva 发表于 2017-8-21 09:42
里面写的是6-31G**而不是你说的6-31G*
而且这任务是opt freq而不是freq，opt一轮都没过去
8成是当前体系 ...

可我没写opt啊，分子是6-31G**成功优化过的
#p freq rhseh1pbe/6-31g(d,p)/auto
分子是两个单体，一共92个原子，不是很大吧
那换纯泛函小基组？Scuseria不是推荐杂化泛函吗，6-31G已经很小了

作者
Author: kyuu 时间: 2017-8-21 21:11
冥冥之中有种预感，HF要威武了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-21 21:12

kyuu 发表于 2017-8-21 10:02
可我没写opt啊，分子是6-31G**成功优化过的
#p freq rhseh1pbe/6-31g(d,p)/auto
分子是两个单体，一共9 ...

你一开始传的输出文件里关键词里面有opt，后来你重新传了
gaussian PBC计算比起孤立体系计算耗时、资源消耗量都大得多。换诸如dmol3之类程序可以容易地处理
6-31G和6-31G**有天壤之别，看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/3366-31G根本没法用

你当前是杂化泛函计算，用auto毫无意义，高斯密度拟基组只能用于纯泛函
用纯泛函耗时小得多。对于有机体系结构优化，纯泛函完全可以接受

作者
Author: kyuu 时间: 2017-8-22 10:20

sobereva 发表于 2017-8-21 21:12
你一开始传的输出文件里关键词里面有opt，后来你重新传了
gaussian PBC计算比起孤立体系计算耗时、资 ...

auto是gv自己加的就没有删留那了，高斯的人一直都在灌输一个理念：”让程序自己去判断就好了，你别去管”，gaussian PBC的文章不多，做的分子也不大，聚乙炔那篇杂化泛函重复20个周期也才40个原子，但是对比HF的时候，我理解至少可以大一倍应该不会有什么问题。资源消耗那块都是gaussian造成的，跟方法没关系，所以目前gaussian还是不太适合做PBC的，只是好奇什么样的资源才能让gaussian做PBC，估计gaussian也没脸说吧

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Author: 卡开发发 时间: 2017-8-22 11:27

kyuu 发表于 2017-8-22 10:20
auto是gv自己加的就没有删留那了，高斯的人一直都在灌输一个理念：”让程序自己去判断就好了，你别去管” ...

以前用Gaussian做过2D系统50原子的scf纯泛函用了赝势照样算不动，如果还是算频率CPHF的内存需求本身就很大。局域基组计算周期性体系要计算对晶格R的积分，还要做BZ的求和，计算量一般都很大，标度和指前因子与分子体系都有所不同。HSE其实也是计算量这个偶然产生的，最早Scuseria他们本来想加速PBE0在固体中使用提出长程换成纯泛函这样的方案。

单胞90原子用其他程序，如平面波或是数值轨道在单节点上用纯泛函做声子频率也并不是那么容易，杂化泛函更加不用想。如果实在不行，可以考虑在内存爆炸的情况可以用时间和精度来换内存，你可以使用数值导数做。

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Author: kyuu 时间: 2017-8-22 16:08
本帖最后由 kyuu 于 2017-8-22 16:47 编辑

卡开发发发表于 2017-8-22 11:27
以前用Gaussian做过2D系统50原子的scf纯泛函用了赝势照样算不动，如果还是算频率CPHF的内存需求本身就很 ...

用Gaussian做PBC也是算着玩玩，都不要太当真哈，但我觉得Gaussian 1D可以玩，2D还好，3D还是不要了。
真的，Gaussian官培上关于PBC这块说“Gaussian PBC没事可以玩一玩，非常的因崔斯汀（旁白君：真的别太当回事），尽量用纯泛函，导电的东西别去算，用平面波能解决的很好的别用Gaussian做，结果会很糟糕，凡是平面波解决不了的，用Gaussian会有意想不到的结果。
如果单纯上是资源上的问题，问题倒不大；我后天有篇文章结稿，等我有空再试试，用高斯做1D PBC真的挺有意思的，我这边实验安全管理很严格，现在算的这个是硝化纤维，有爆炸和火灾隐患，不允许购买，存放，也不允许做相关任何实验，就想看看红外谱长什么样，但我不撸猫

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-22 22:05
做了更多测试，无论是g09还是g16，pbc的freq就是个摆设，哪怕氢链体系，哪怕gammaonly，都照样有NB too large for integers on this machine.报错，根本没法用

作者
Author: kyuu 时间: 2017-8-22 22:14
本帖最后由 kyuu 于 2017-8-22 22:23 编辑

sobereva 发表于 2017-8-22 22:05
做了更多测试，无论是g09还是g16，pbc的freq就是个摆设，哪怕氢链体系，哪怕gammaonly，都照样有NB too lar ...

喲，那前边贴的Barone,Scuseria岂不是数据造假,吹了N年的聚乙烯，聚乙炔红外数据稳和度呢？我用1TB内存重提交了一次，1TB不够用2T，内存多的是，看他有多大

作者
Author: kyuu 时间: 2017-8-22 23:12

sobereva 发表于 2017-8-22 22:05
做了更多测试，无论是g09还是g16，pbc的freq就是个摆设，哪怕氢链体系，哪怕gammaonly，都照样有NB too lar ...

@我本是个娃娃是时候该让真正gaussian压箱底的41年老妖Test关键词登场了

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-3-29 00:25
本帖最后由 ghifi37 于 2020-3-29 00:52 编辑

sobereva 发表于 2017-8-22 22:05
做了更多测试，无论是g09还是g16，pbc的freq就是个摆设，哪怕氢链体系，哪怕gammaonly，都照样有NB too lar ...

请教社长及各位前辈，采用VASP优化的过渡金属吸附有机体结构，想用g16的pbc算个单点产生波函数。有80多个原子，即使只算gamma点、基组只用到Def2SVP、只用纯泛函，不用DensityFit加速，不管是二维还是三维（大概10*10*40的格子）周期，还没开始SCF计算就会报：NB too large for integers on this machine 的错误。g16是avx2的版本，内存分配最多试到20GW，Scratch分区剩余4T，也试过好几个不同配置的机器，单核和多核并行都试过，都一样的问题。
因为怎么也查不到NB指的是啥，也就没有进一步解决的方向。想请教下如何处理此问题？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-29 00:47
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-29 00:50 编辑

ghifi37 发表于 2020-3-29 00:25
请教社长及各位前辈，采用VASP优化的过渡金属吸附有机体结构，想用g16的pbc算个单点产生波函数。有80多个 ...

哈哈哈当然是放弃了。“内存分配最多试到20MW”是什么鬼。。。这才160MB，算分子都不够。不过写16GB也没用。周期性程序一箩筐，不要给自己找罪受。
平面波：VASP, Quatum Espresso
高斯基：Crystal（同样是高斯基，并行爽得很，甩瓜丝一条街）
数值基之类的：DMOL3, etc.
你都用VASP算了，还回到高斯做啥。顺带一说，80个原子/DEF2SVP在高斯基下计算量是很大的。。。

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-3-29 00:50

kyuu 发表于 2017-8-22 22:14
喲，那前边贴的Barone,Scuseria岂不是数据造假,吹了N年的聚乙烯，聚乙炔红外数据稳和度呢？我用1TB内存重 ...

请问用1T内存能解决问题吗？

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-3-29 00:51

zjxitcc 发表于 2020-3-29 00:47
哈哈哈当然是放弃了。“内存分配最多试到20MW”是什么鬼。。。这才160MB，算分子都不够。不过写16GB也没 ...

关键是这些都不能产生Multiwfn能分析的波函数啊！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-29 00:53

ghifi37 发表于 2020-3-29 00:51
关键是这些都不能产生Multiwfn能分析的波函数啊！

你用高斯PBC算成了也没用，那波函数是周期性的。Multiwfn是分析非周期性体系的波函数。你只能用非周期性算。

作者
Author: ghifi37 时间: 2020-3-29 00:59

zjxitcc 发表于 2020-3-29 00:53
你用高斯PBC算成了也没用，那波函数是周期性的。Multiwfn是分析非周期性体系的波函数。你只能用非周期性 ...

我同时也用ORCA开RI算团簇的来产生，想对比下周期和非周期的结果。因为对波函数的数据没概念，不知道Multiwfn不能分析周期的，原以为程序算SCF时区分了是否周期性，后续的波函数分析就一样了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-31 03:00

ghifi37 发表于 2020-3-29 00:59
我同时也用ORCA开RI算团簇的来产生，想对比下周期和非周期的结果。因为对波函数的数据没概念，不知道Mult ...

周期性和非周期性差异大了去了
Multiwfn目前能分析什么样的波函数仔细看此文Q9
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

作者
Author: kyuu 时间: 2020-4-2 04:00

ghifi37 发表于 2020-3-29 00:50
请问用1T内存能解决问题吗？

不能

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