计算化学公社

标题: 刚接触gaussian09，请问一下高斯黑箱操作的流程，谢谢。看书实在看不懂（求助） [打印本页]

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-23 22:52
标题: 刚接触gaussian09，请问一下高斯黑箱操作的流程，谢谢。看书实在看不懂（求助）
研一新生一枚，老师让我学习dft计算，现在下载完gaussian09和高斯view5.08，看了一些操作的手册，比如《Exploring Chemistry with Electionic Structure Method》第二页写着转自南开大学bbs网站等几本别人写的东西，但是看完了都是一个感觉，不知道写的这些东西是干嘛的怎么用，如果当概念看的话，也是能看进去的，但是看完不知道怎么使用！问过我们学校的学姐怎么使用，她告诉我说是用GView画图，选好jobtype为optimization；选好Method为TD-SCF~DFT、link0等设置好，然后用G09打开运行出out文件就是优化后的图形，也就是稳定的结构，能够使用算别的了。。再用Gv打开，再选calculate里的一些要求的频率啊，能量啊什么的，我不知道上述这些操作是不是各位前辈你们也用这种方法，怎么感觉看论坛都是发出来程序一大堆的，那个都是自己打上的吗？是不是有更好的方法进行计算，尤其是写书的这些高手写的那些入门，我理解慢还是不懂怎么用，希望能有那种计算实例一步一步的教程有的话给分享一份，提前先谢谢啦！最后唠叨一句就是新人第一次发帖，以前也没用过论坛啥的，如果哪里发的不对的地方请多多担待，我会注意的！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-23 23:05
仔细阅读：
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

趁着第三届科音量化初级班名额还剩一点，建议赶紧报名，省得白走弯路，误入歧途。

高斯使用没有“黑箱”。没有基本常识，则算出来的数据全都白费，毫无意义，根本发表不了，纯粹浪费人参和计算姬。

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-23 23:31

sobereva 发表于 2017-8-23 23:05
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

谢谢sob老师，刚刚我仔细看了您给我发的帖子，也对咱们这个培训班挺感兴趣的，如果自己时间允许的话我一定会去的。我是做瞬态吸收的，属于实验的，但是这边的师兄都不会用gaussian，我也是问其他专业的师姐来学了点，老师就让我学dft计算也没说学这个干嘛，但是下命令了就得学好，所以我也很着急。目前我要先能做一些简单的计算就行能先给老师让我学的任务交差，比如老师给我一个分子让我去算一下什么，根据我上边说的步骤是对的吗？还有一个就是这个培训班的价格和时间在哪里能看到

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-23 23:35

sobereva 发表于 2017-8-23 23:05
仔细阅读：
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

不好意思，刚刚在首页看见了培训班的内容，我考虑一下。

作者
Author: caofan_success 时间: 2017-8-24 07:35

huaxuewuli 发表于 2017-8-23 23:35
不好意思，刚刚在首页看见了培训班的内容，我考虑一下。

一般一两天就报满，最快的半天报满，基础班我是半夜盯着通知报的，全国再找不到更好的量化培训

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-24 08:14
目前我要先能做一些简单的计算就行能先给老师让我学的任务交差，比如老师给我一个分子让我去算一下什么，根据我上边说的步骤是对的吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-8-24 09:25
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-8-24 09:29 编辑

huaxuewuli 发表于 2017-8-24 08:14
目前我要先能做一些简单的计算就行能先给老师让我学的任务交差，比如老师给我一个分子让我去算一下什么，根 ...

这问题问的好像说“大学委托我盖一栋楼什么的，我就是画个草图、把原材料买来，该挖的挖，该搭的搭上，最后装修一下就行了吧。”这么问没法回答、稍有基础的人也不会这么问。
给你个分子是什么分子，算一下是算什么量，考察什么问题，分子多大，计算资源有多少，想达到什么精度等等等等(这只是举例，请不要一一回答上述问题，光你一句“DFT设置好”估计就得说上几万字)。

即使知道一般步骤怎么做，还有相当大的概率会碰上坑、不懂基本的东西会完全不知道怎么解决（类比于刚会搭土楼，但一听说明天天鸽要吹过来就懵逼了）这远不是一个回帖能说完的事。

个人建议不要急功近利觉得自己折腾几天就能算出有意义的结果，如此让电脑跑了一个月还在跑死循环；或者折腾半天用了不恰当的计算级别、跑出来的结果一看就毫无意义都大有人在。

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-24 09:44

liyuanhe211 发表于 2017-8-24 09:25
这问题问的好像说“大学委托我盖一栋楼什么的，我就是画个草图、把原材料买来，该挖的挖，该搭的搭上，最 ...

谢谢你的回答，我原来是学物理的，没接触过量子化学等东西，现在专业是原子分子老师也是做分子动力学的，进入实验室人家都在忙着干活我却啥都不会心里急的上火，也帮不上别人忙，我明白您说的不能急功近利，但是老师让学却没说怎么学，我基础不是很好，所以想问您一下我要把高斯先学会入门操作该怎么样学，万分感谢！

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2017-8-24 09:51

huaxuewuli 发表于 2017-8-24 09:44
谢谢你的回答，我原来是学物理的，没接触过量子化学等东西，现在专业是原子分子老师也是做分子动力学的， ...

趁现在初级班还有少量名额，赶紧报名吧。这是一个自费都觉得无比值的培训班。4天时间所学的东西让你受益三年有余。

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-24 10:30

ABetaCarw 发表于 2017-8-24 09:51
趁现在初级班还有少量名额，赶紧报名吧。这是一个自费都觉得无比值的培训班。4天时间所学的东西让你受益 ...

主要时间上不知道老师能不能放我，有空问问

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-8-24 10:48

huaxuewuli 发表于 2017-8-24 10:30
主要时间上不知道老师能不能放我，有空问问

你放心，上过的都说好。

作者
Author: wangyj 时间: 2017-8-24 15:36

huaxuewuli 发表于 2017-8-24 10:30
主要时间上不知道老师能不能放我，有空问问

去了你就知道为什么这么多层楼过去了，还没人回答你一楼说的你那些操作行不行，正如liyuanhe211说的，有一大堆要考虑的因素，什么都不知道没办法跟你说怎么开始。参加过两次培训班的人建议你赶快和老师沟通抓紧报名，培训班超值，而且很可能一两天就满了。
如果你一个月内着急想随便算算的话，那就是先用gaussview画结构，保存gjf文件，设置chk，设置计算资源，设置任务关键词，然后运行，至于运行出来的结果怎么分析，三言两语就没法说清楚了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-8-24 21:43
exploring这本书有英文原版的吧？看南开大学那个干啥。。。

要是连这本书你都不知道在干什么的话就赶紧去报名吧=.=

作者
Author: yopoxia 时间: 2017-8-25 15:00
我觉得楼主还是去报名参加初级班吧。。。
我老师不出钱，我都自费报的。。。

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-8-26 10:43
我来给你点儿自己的看法吧，我到我们课题组的时候小老板（密度泛函小卒yjcmwgk）说你第一件事儿就是看完Exploring Chemistry with Electionic Structure Method。我用两个月的时间稀里糊涂的看完了，说实话作为菜鸟（我当时会计算一些简单东西，但是对于科研毫无帮助）我还是属于一脸懵逼的状态。然后我就被定下了课题，开始通过计算化学公社里Sobereva老师的耐心解答和liyuanhe211等兄弟姐妹的帮助下，我开始知道该做些什么，应该如何做，怎么做是错误的并且必须避免的（在了解计算化学公社以前，我计算用的就是Sobereva老师嗤之以鼻的6-31G基组）。当然参加培训班是最有效的方式，不过现在开学了不是假期，你还是研一那就在完成研究生课程之余研读Exploring Chemistry with Electionic Structure Method，顺便做一下里面的例子，当然第三版里面是有各种问题，不过对于新手也无伤大雅，直接动手去搞就行了。好好学研究生课程中的《量子化学》，如果你能看Levine的Quantum Chemistry当然是最佳的选择。和你的导师研究好自己的课题，根据课题在exploring中找到对应的方法，先搞起来并和课题组还有公社的老师同学们说说你遇到的具体问题。最后，一定要看文献，这是你科研中必不可少的。PS：其实看sobereva的帖子http://sobereva.com/355中写的非常清楚了，我就是说说我自己的感受吧！我能体会新手的懵懂，不过要加油啊！祝顺利

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-27 11:57

ssp2493187 发表于 2017-8-26 10:43
我来给你点儿自己的看法吧，我到我们课题组的时候小老板（密度泛函小卒yjcmwgk）说你第一件事儿就是看完Exp ...

谢谢！

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-27 11:58

wangyj 发表于 2017-8-24 15:36
去了你就知道为什么这么多层楼过去了，还没人回答你一楼说的你那些操作行不行，正如liyuanhe211说的，有 ...

谢谢！

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-27 11:59

wangyj 发表于 2017-8-24 15:36
去了你就知道为什么这么多层楼过去了，还没人回答你一楼说的你那些操作行不行，正如liyuanhe211说的，有 ...

就像你说的那个设置chk，计算资源和关键词等的是在gaussview中设置还是在高斯打开gjf时候那里设置？

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-27 12:00

fhh2626 发表于 2017-8-24 21:43
exploring这本书有英文原版的吧？看南开大学那个干啥。。。

要是连这本书你都不知道在干什么的话就赶紧 ...

嗯呢。刚打印了100页先看看能不能看明白

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-27 12:00

yopoxia 发表于 2017-8-25 15:00
我觉得楼主还是去报名参加初级班吧。。。
我老师不出钱，我都自费报的。。。

主要是老师不给时间，刚来这边也不是敢提要求

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2017-8-27 16:55

huaxuewuli 发表于 2017-8-27 11:59
就像你说的那个设置chk，计算资源和关键词等的是在gaussview中设置还是在高斯打开gjf时候那里设置？

你在自学过程中，几步就是一个坑，几步就是一个难点，懂的人一句就点醒，自己慢慢捉摸要几天都不明白。为何不给自己一个机会去参加一下这个班？
我们一个个就像是自己已经进了传销然后哄骗亲人也进传销一样去劝你。我们对一个陌生人这么卖力推荐，你就没点数吗？我们是从心底里认同sob老师这个初级班对你来说是最好的选择，是最好选择，没有之一。
你的问题的类型让我们知道你身边没有人带你，甚至没有人带你走过最简单的计算例子。我感叹你自学的勇气，我也是自学的，没人带我，巧的是我在要自学时候就知道计算化学公社了，上完初级班就不算太茫然了。我是自费的，带着身边人对量化的不信任不理解去的北京。你现在就上手计算了，作为前瞻体验可以玩一玩，作为研究还是算了。说得绝对一点，你继续一个人摸索，你100%会成为http://sobereva.com/355说的第二类初学者。大家应该没有接你的问题的勇气。伴随着chk文件保存位置怎么设置，下面应该就是问什么是自旋多重度，然后问B3LYP/6-31G(d,p) 后面的括号有什么用，再然后会问为什么我算的分子这里明明是单键，为何算完后GV显示没有键，再然后，怎么用鼠标移动两个分子中的其中一个……【别问我为啥知道，我就是这样晕过来的然后上了初级班才不晕的】

chk文件保存，计算资源设置，可以用记事本打开GJF文件，然后在文件头部书写设置。根据自己实际情况以及操作规范去写！

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2017-8-27 17:22
不出钱不出时间，让你研究这个，你就不会反抗一下么？换个课题吗？换个你老板能带你的课题吗？

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-27 22:54

ABetaCarw 发表于 2017-8-27 16:55
你在自学过程中，几步就是一个坑，几步就是一个难点，懂的人一句就点醒，自己慢慢捉摸要几天都不明白。为 ...

谢谢你的回答，有些基本的知识还是会的，我也会等老师心情好的问问他看看情况，我是真的想学明白

。

作者
Author: ssp2493187 时间: 2017-8-29 11:17
对于参加培训班的问题，最大的困扰就是报不上就结束了，还有就是如果有很多人不在北京也很麻烦，涉及到各种问题。对于搞计算当然首推老师的培训班，但是参加不了也千万别停止脚步，向前努力就好，前辈们没有培训班的时候不是也过来了，关键都是看自己，加油

作者
Author: huaxuewuli 时间: 2017-8-29 16:15

ssp2493187 发表于 2017-8-29 11:17
对于参加培训班的问题，最大的困扰就是报不上就结束了，还有就是如果有很多人不在北京也很麻烦，涉及到各种 ...

嗯呢，谢谢你，我现在在大连，属于新来的，也不敢乱说话，老师说不我也不能再说什么，毕竟时间不允许，如果时间允许我自己花钱都可以，毕竟我首先也知道这里的课肯定是不错的，我打内心是想去的！

作者
Author: calixs 时间: 2017-8-29 20:39
可见一斑现在老师存在很多问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)