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标题: 使用MS动力学后，对.xyz文件如何用VMD画出满足以下条件的图 [打印本页]

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Author: yeahhanpei 时间: 2017-8-24 21:20
标题: 使用MS动力学后，对.xyz文件如何用VMD画出满足以下条件的图
同种分子（共100个）中的两原子连线与z轴的夹角随该分子质心坐标的变化情况图

请老师指教，谢谢

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Author: sobereva 时间: 2017-8-25 01:43
VMD没法直接画，必须自己写tcl计算脚本，得到相应的数据，导出来放到诸如origin里画

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Author: yeahhanpei 时间: 2017-8-25 11:25

sobereva 发表于 2017-8-25 01:43
VMD没法直接画，必须自己写tcl计算脚本，得到相应的数据，导出来放到诸如origin里画

sob老师，是不是可以将原子的坐标提取出来导入在excel中，然后求夹角和对应质心坐标间的关系，再借助origin来做布居图。我看有篇文献做的类似的图,原文表述：The populations as a function of the AC centroid position projected to the z-axis and the cosine of the orientation angle q were calculated。图中右侧的彩色轴是popupation,

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-25 14:00

yeahhanpei 发表于 2017-8-25 11:25
sob老师，是不是可以将原子的坐标提取出来导入在excel中，然后求夹角和对应质心坐标间的关系，再借助or ...

看不到图，注意看置顶的新人必读，里面写了怎么贴图。
用excel太麻烦，写个tcl脚本干这个很简单

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Author: yeahhanpei 时间: 2017-8-25 14:42

sobereva 发表于 2017-8-25 14:00
看不到图，注意看置顶的新人必读，里面写了怎么贴图。
用excel太麻烦，写个tcl脚本干这个很简单

抱歉Sob老师，图是这样的

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Author: sobereva 时间: 2017-8-25 14:58

yeahhanpei 发表于 2017-8-25 14:42
抱歉Sob老师，图是这样的

还是应当自己写tcl脚本，没有更简单的方法。

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Author: yeahhanpei 时间: 2017-8-25 15:49

sobereva 发表于 2017-8-25 14:58
还是应当自己写tcl脚本，没有更简单的方法。

好吧，谢谢sob老师

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