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标题: 请教，单个分子的应力应变曲线的怎么计算？ [打印本页]

作者
Author: WZH1233 时间: 2017-8-24 21:30
标题: 请教，单个分子的应力应变曲线的怎么计算？
如截图1中所说，固定降低N-N间的距离，沿轴向进行压缩得到分子的应力应变曲线？不知道这个是怎么实现的，用什么软件？ (, 下载次数 Times of downloads: 63) (, 下载次数 Times of downloads: 71)

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-8-25 03:08
看描述无非是柔性扫描罢了。Gaussian里就能做，关键词opt=modredundant，按手册格式在相应段落声明扫描的坐标和参数。

作者
Author: WZH1233 时间: 2017-8-25 22:07

liyuanhe211 发表于 2017-8-25 03:08
看描述无非是柔性扫描罢了。Gaussian里就能做，关键词opt=modredundant，按手册格式在相应段落声明扫描的坐 ...

您好，按照您说的我查一下（没怎么用过Gaussian），用Gaussian进行柔性扫描输入文件如下，这样是否是实现了文献中说的，逐步固定减小N-N之间的距离，不知道这样对不对？
如果可行的话，能得到文献中说的能量应变关系吗？在哪里看？谢谢

%chk=3D Atomistic.chk
%mem=20GB
%nprocshared=20
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d) nosymm

BBDC

0 1
O                25.24460000 55.27690000 24.84810000
O                25.17890000 53.08670000 24.27670000
*
* 坐标
*
*
H                44.19110000 63.23790000 22.52350000
H                37.22730000 68.92100000 22.71910000

X 31 S 20 0.200000

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-26 03:04

WZH1233 发表于 2017-8-25 22:07
您好，按照您说的我查一下（没怎么用过Gaussian），用Gaussian进行柔性扫描输入文件如下，这样是否是实现 ...

弥散是多余的。
柔性扫描设定不对，应当设那两个N原子的序号，而不是X 31。而且这明显不是减小距离，而是增加距离
柔性扫描的每一步相当于做一次限制性优化，通过每次限制性优化最后那一步输出的原子受力信息，可以考察相应距离下的应力。

作者
Author: WZH1233 时间: 2017-8-26 10:49
本帖最后由 WZH1233 于 2017-8-26 11:02 编辑

sobereva 发表于 2017-8-26 03:04
弥散是多余的。
柔性扫描设定不对，应当设那两个N原子的序号，而不是X 31。而且这明显不是减小距离， ...

sob老师，按照你说的设定两个N原子的编号，我用gv设的柔性扫描，坐标后面加上 B 5 31 S 20 0.200000 ，这样对吗？我看手册上B是指键长，而我的是N-N间的距离，这样是否可行？

另外怎么减小5和31两个N原子间的距离？改成这样 B 5 31 -= S 20 0.200000对吗？

还有柔性扫描之前是不是要先进行结构优化，然后作为柔性扫描的初始结构？

看的下面手册的内容，还是一些地方不太明白

(, 下载次数 Times of downloads: 73) [attach]10199[/attach]

%chk=3DAtomistic.chk
%mem=20GB
%nprocshared=20
# opt=modredundant b3lyp/6-31g nosymm

Title Card Required

0 1
O 25.08116000 55.57736600 24.14316700
坐标
H 32.86269972 62.09363135 21.70330038

B 5 31 S 20 0.200000

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-26 17:30

WZH1233 发表于 2017-8-26 10:49
sob老师，按照你说的设定两个N原子的编号，我用gv设的柔性扫描，坐标后面加上 B 5 31 S 20 0.200000 ， ...

(, 下载次数 Times of downloads: 62)

作者
Author: WZH1233 时间: 2017-8-26 21:28

sobereva 发表于 2017-8-26 17:30

弱弱问一下怎么，在当前结构下，进行减小距离或角度的扫描

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-26 21:54

WZH1233 发表于 2017-8-26 21:28
弱弱问一下怎么，在当前结构下，进行减小距离或角度的扫描

扫描步长改成负数

作者
Author: WZH1233 时间: 2017-8-26 22:15

sobereva 发表于 2017-8-26 21:54
扫描步长改成负数

谢谢社长

我对一个线性分子如图，想对他进行图中变化的扫描，冗余坐标为（两个N原子和一个中心位置的C） 5 25 31 S 20 -3.000000
提示 User requested angle 5 25 31 is too close to linear. Error in added angle.

难道180°的分子不能实现角度的柔性扫描？
(, 下载次数 Times of downloads: 62) (, 下载次数 Times of downloads: 65)

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-27 05:14

WZH1233 发表于 2017-8-26 22:15
谢谢社长
我对一个线性分子如图，想对他进行图中变化的扫描，冗余坐标为（两个N原子和一个中 ...

在初始结构里，把5-25-31稍微掰弯一丁点，比如1度，然后再试试

作者
Author: WZH1233 时间: 2017-8-29 10:31

sobereva 发表于 2017-8-27 05:14
在初始结构里，把5-25-31稍微掰弯一丁点，比如1度，然后再试试

谢sob老师，稍微掰弯可以进行

作者
Author: WZH1233 时间: 2017-9-20 19:42

sobereva 发表于 2017-8-27 05:14
在初始结构里，把5-25-31稍微掰弯一丁点，比如1度，然后再试试

接着上面的问题请教，输入文件# opt=modredundant b3lyp/6-31g geom=connectivity

5 31 S 20 -0.200000

结果文件如下图，，想问一下Scan of RMS Gradient Norm这个图代表什么，是反映的原子受力信息吗？图中那个突然下降的点，是否可以看成随着距离的下降，分子结构的一个突变（比如宏观一些材料的屈服点）？想详细了解一下这个图的相关信息，在哪里看或者有什么参考吗？谢谢sob老师！
(, 下载次数 Times of downloads: 76)

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-20 23:32

WZH1233 发表于 2017-9-20 19:42
接着上面的问题请教，输入文件# opt=modredundant b3lyp/6-31g geom=connectivity

5 31 S 20 -0.20000 ...

对那个点没必要过度解释
就是指平均受力。结构有无突变看轨迹便知

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2022-5-11 00:16
我想问一下，柔性扫描的体系能量和应力是怎么换算的？是使用W=F*s换算的么？W是总能量，F是应力，s是位移。

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