计算化学公社

标题: 请教各位，在MD产生相中，如何很好的表征一个长烷基链在溶液下的取向 [打印本页]

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-8-25 10:26
标题: 请教各位，在MD产生相中，如何很好的表征一个长烷基链在溶液下的取向
现在想研究一个分子的长链在溶液下的取向问题，苦思想找一个什么参数来表征。不知道哪位老师有这方面的经验，求推荐参考文献。非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-25 14:34
计算惯性矩张量，其三个本征矢叫做惯性主轴或者分子主轴，本征值是绕着相应主轴的转动惯量。转动惯量最小的那个主轴就可以当做是长链分子的朝向。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-8-26 16:51
好，非常感谢sob老师！

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-10-20 19:35

sobereva 发表于 2017-8-25 14:34
计算惯性矩张量，其三个本征矢叫做惯性主轴或者分子主轴，本征值是绕着相应主轴的转动惯量。转动惯量最小的 ...

老师，在VMD中使用measure inertia <sel> [-moments] [-eigenvals] 可以获得一个分子的惯量相关值，请问之后如何利用move命令可以把分子摆正呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-20 19:45

tjuptz 发表于 2019-10-20 19:35
老师，在VMD中使用measure inertia [-moments] [-eigenvals] 可以获得一个分子的惯量相关值，请问之后如 ...

Multiwfn就可以做到
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html）

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-10-20 19:51

sobereva 发表于 2019-10-20 19:45
Multiwfn就可以做到
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http: ...

谢谢老师，我是从那篇博文获得的启发；我再研究下如何用VMD脚本实现

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-20 19:56

tjuptz 发表于 2019-10-20 19:51
谢谢老师，我是从那篇博文获得的启发；我再研究下如何用VMD脚本实现

用VMD的话，得把inertia返回的3*3矩阵自行扩成4*4变换矩阵，然后用$sel move [变换矩阵] 移动结构

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-10-20 20:03

sobereva 发表于 2019-10-20 19:56
用VMD的话，得把inertia返回的3*3矩阵自行扩成4*4变换矩阵，然后用$sel move [变换矩阵] 移动结构

可以使用transvec 可以获得将X轴指向某一惯性主轴的矩阵，请问YZ轴呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-21 07:01

tjuptz 发表于 2019-10-20 20:03
可以使用transvec 可以获得将X轴指向某一惯性主轴的矩阵，请问YZ轴呢？

之后再用transaxis产生对应绕着特定的轴旋90度的矩阵，然后作用上去就能起到相同效果

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-10-21 09:10

sobereva 发表于 2019-10-21 07:01
之后再用transaxis产生对应绕着特定的轴旋90度的矩阵，然后作用上去就能起到相同效果

谢谢老师，我试验试验

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)