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标题: NAMD2.9-ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom! [打印本页]

作者
Author: niuniu123 时间: 2017-8-26 13:31
标题: NAMD2.9-ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom!
大家好，很高兴加入此论坛认识大家。最近我在学习NAMD2.9 source code (因为要使用 Plumed2.1.2，NAMD可匹配的最高版本也就NAMD2.9了)。在安装二者后，我做教程测试，均成功。但当我测试自己体系（蛋白-配体复合物，amber 99sb立场）时却始终显示一下多条类似错误：
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 107!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
事实上，这个体系之前使用NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA是OK的，用别人家的NAMD2.9 source code测试也是OK的。以下是我的配置文件：
amber          yes
parmfile       com_sol.prmtop
ambercoor       com_sol.inpcrd
set temperature 310
set outputname ../output/md

# Continuing a job from the restart files
if {1} {
set inputname    eq3
binCoordinates    ../output/$inputname.restart.coor
binVelocities    ../output/$inputname.restart.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem    ../output/$inputname.restart.xsc
}
exclude          scaled1-4
1-4scaling       0.833333
cutoff             12.0
switching          off
switchdist       10.0
pairlistdist       13.5
# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    20
rigidTolerance    0.00001

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens
# Periodic Boundary Conditions
wrapAll          on
# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSizeX       72
PMEGridSizeY       72
PMEGridSizeZ       80
# Constant Pressure Control (variable volume)
if {1} {
useGroupPressure    yes ;# needed for 2fs steps
useFlexibleCell    no  ;# no for water box, yes for membrane
useConstantArea    no  ;# no for water box, yes for membrane

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  200.0
langevinPistonDecay 100.0
langevinPistonTemp $temperature
}
# Output
outputName       $outputname
restartfreq       1000    ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq          1000
xstFreq          1000
run  25000

google给出的大部分建议是在最小化，加热和平衡过程，分步限制、放松最小化。我尝试多次，而且还更换多个体系，但仍是此类错误。所以很困惑，不知道大家遇到过这样问题没，希望得到指点。谢谢关注和留言。

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-8-26 14:17
看看你minimize过程中的能量有没有不正常的，然后看看107号原子是不是和别的原子重叠了

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-8-26 22:37
eq没问题，md时就有问题了？
你最后一次eq对哪些原子做了restraint？
md做到第几步出错的？

作者
Author: niuniu123 时间: 2017-8-28 09:06

fhh2626 发表于 2017-8-26 14:17
看看你minimize过程中的能量有没有不正常的，然后看看107号原子是不是和别的原子重叠了

首先谢谢您的回复，minimize过程和heating均是正常通过的，一到eq步骤就过不去了，提示好多好多条这样的限制问题，而实际上我并没有对原子进行限制的。指出的原子id都属于蛋白，我用pymol查看并没有重叠的，而且我有试着增加最小化步数>20000，均不行。

作者
Author: niuniu123 时间: 2017-8-28 09:08
本帖最后由 niuniu123 于 2017-8-28 09:21 编辑

霜晨月发表于 2017-8-26 22:37
eq没问题，md时就有问题了？
你最后一次eq对哪些原子做了restraint？
md做到第几步出错的？

您好，谢谢回复。最小化没问题，到eq第1步出的问题。脚本中可看到我在模拟中没有对原子做限制的。

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-8-28 17:43

niuniu123 发表于 2017-8-28 09:08
您好，谢谢回复。最小化没问题，到eq第1步出的问题。脚本中可看到我在模拟中没有对原子做限制的。

看不到你的结构就没有办法提更多的建议了

你可以用最新版本的namd和plumed结合的，我记得只用改一个地方就行了，上plumed的网站找找或者发帖给那边的人问问吧

作者
Author: niuniu123 时间: 2017-8-29 12:09

fhh2626 发表于 2017-8-28 17:43
看不到你的结构就没有办法提更多的建议了

你可以用最新版本的namd和plumed结合的，我记得只用改一个地 ...

好的，谢谢您的提示，我尝试下git版本和plumed是否可以真的结合。再次感谢您

作者
Author: niuniu123 时间: 2018-2-26 10:12
最近多个体系的失败和反复测试，发现上述最小化提示的问题和contraint的力常数有关，特意过来结束本帖。适当降低限制力，如5kcal/mol a2降为2kcal/mol a2有时可以让体系成功跑过去，希望对需要者有帮助。

作者
Author: xcandy 时间: 2018-6-4 11:46
感谢楼主。最近跑动力学也碰到这个问题，改了好多遍。按照您的方法成功了！谢谢谢谢

作者
Author: liuyang1993 时间: 2018-7-18 11:48
楼主最近我也遇到了这样的问题，而且模拟的体系越大，提示出错的原子越多，你能具体告诉我一下constraint力常数在文件的哪个位置怎么修改吗

作者
Author: liuyang1993 时间: 2018-7-18 11:49

xcandy 发表于 2018-6-4 11:46
感谢楼主。最近跑动力学也碰到这个问题，改了好多遍。按照您的方法成功了！谢谢谢谢

你好我想请问一下楼主的方法具体是什么么，对于constraint力常数怎么修改不太懂，谢谢

作者
Author: xcandy 时间: 2019-1-11 10:12

liuyang1993 发表于 2018-7-18 11:49
你好我想请问一下楼主的方法具体是什么么，对于constraint力常数怎么修改不太懂，谢谢

直接修改constraintscaling 的参数即可

作者
Author: onlyking 时间: 2020-1-2 10:47

xcandy 发表于 2019-1-11 10:12
直接修改constraintscaling 的参数即可

请问这个参数的具体位置在哪

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2021-8-31 09:50

niuniu123 发表于 2018-2-26 10:12
最近多个体系的失败和反复测试，发现上述最小化提示的问题和contraint的力常数有关，特意过来结束本帖。适 ...

想问下你是怎么解决的

作者
Author: 哈哈加油 时间: 2021-8-31 09:52

onlyking 发表于 2020-1-2 10:47
请问这个参数的具体位置在哪

请问你知道具体位置了吗

作者
Author: wyb999 时间: 2023-9-25 21:47

niuniu123 发表于 2018-2-26 10:12
最近多个体系的失败和反复测试，发现上述最小化提示的问题和contraint的力常数有关，特意过来结束本帖。适 ...

我也想问一下constraint的力常数在哪里修改

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