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标题: molcas终于开源了！ [打印本页]

作者
Author: beefly 时间: 2017-8-29 18:05
标题: molcas终于开源了！
本帖最后由 beefly 于 2017-9-25 13:14 编辑

开源版本的Molcas叫OpenMolcas，无需申请license。功能、文档和付费版本有点差别，没有得到原作者授权开源的模块未包含其中。
主版本号：8.3。新增功能主要有：使用一般活性空间SCF（GASSCF）的二阶微扰理论（GASPT2）；多组态电子对密度泛函理论（MC-PDFT）；等。

主页：
https://gitlab.com/Molcas/OpenMolcas

附件是手册。老版本手册虽然是用latex排版，但很丑陋。新版手册漂亮多了。

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2017-8-29 18:49
下下来玩一玩。。。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2017-8-29 19:07
http://www.molcas.org/order.html
这里说的怎么感觉没那么乐观呀。我英语渣渣，看到的意思是部分开源，但是授权不免费。

作者
Author: beefly 时间: 2017-8-29 19:42
本帖最后由 beefly 于 2017-8-29 19:51 编辑

ABetaCarw 发表于 2017-8-29 19:07
http://www.molcas.org/order.html
这里说的怎么感觉没那么乐观呀。我英语渣渣，看到的意思是部分开源，但 ...

花钱能多得到点东西，比如编译好的二进制程序，省得自己编译。但是OpenMolcas以外的Molcas源代码似乎不卖了

作者
Author: shalene 时间: 2017-8-29 23:21
OpenMolcas is still not ready for release. It cannot be compiled without
the non-free code from molcas.org, for which you need a developer license.

We are working on making OpenMolcas stand-alone, but we are not there yet.

是个好消息，就是还得等等

作者
Author: beefly 时间: 2017-10-25 16:57

nwwolfchj 发表于 2017-10-25 12:21
好东西，CASPT比Molpro快，但MRCI不行

molcas的caspt2快是因为每个根单独迭代。molpro所有的根一起迭代，用到的参考组态更多。如果只算单根的话，molpro的rs2c和molcas速度差不多，但做不了ms-caspt2

作者
Author: 函数与激情 时间: 2019-1-6 16:50
请问楼主装了并行版吗，我安装并行版本总是过不去

作者
Author: beefly 时间: 2019-1-14 19:43

函数与激情发表于 2019-1-6 16:50
请问楼主装了并行版吗，我安装并行版本总是过不去

节点内多核并行很好编译。

作者
Author: lerel 时间: 2019-1-27 21:25
节点内多核并行到底怎么编译呢？谢谢了～

作者
Author: beefly 时间: 2019-1-28 01:07
本帖最后由 beefly 于 2019-1-28 07:57 编辑

lerel 发表于 2019-1-27 21:25
节点内多核并行到底怎么编译呢？谢谢了～

1，准备工作。装intel编译器+mkl库，openmpi，python，cmake。其中，cmake可选；python也许用不到。如何加入环境变量参见文档和有关说明。

2，解压缩OpenMolcas，cd进入OpenMolcas根目录。

3，设定编译参数，产生Makefile文件。以下路径需要根据实际情况修改。

方法一
./configure-cmake --compiler intel --opt normal --mkl /opt/compiler/parallel_studio_xe_2017/mkl --omp

方法二
mkdir cbuild
cd cbuild
export MKLROOT=/opt/compiler/parallel_studio_xe_2017/mkl （cmake找不到mkl库文件的情况下才需要这一行命令）
CC=icc FC=ifort cmake -DLINALG=MKL -DOPENMP=ON -DTOOLS=ON /home/liubj/OpenMolcas/ （如果不安装工具程序的话，可以去掉参数-DTOOLS=ON）

注：后者需要装cmake。一般情况下，两种方法均可使用。但是某些第三方模块（如DMRG）只支持以上方法中的一种。参见手册。

4，用make编译。

作者
Author: lerel 时间: 2019-1-28 08:22
多谢大佬～

作者
Author: shiyanan 时间: 2019-3-6 09:02
老师，请问哪里可以找到译版的中文molcas手册~

作者
Author: VICKTOR2015 时间: 2019-5-9 11:04

beefly 发表于 2017-10-25 16:57
molcas的caspt2快是因为每个根单独迭代。molpro所有的根一起迭代，用到的参考组态更多。如果只算单根的话 ...

请问，每个根单独迭代和所有跟一起迭代，哪个通常更准一些？

作者
Author: beefly 时间: 2019-5-10 14:39
本帖最后由 beefly 于 2019-5-10 14:40 编辑

VICKTOR2015 发表于 2019-5-9 11:04
请问，每个根单独迭代和所有跟一起迭代，哪个通常更准一些？

简并态，或者存在某种关联的近简并态（比如存在psudo-Jahn-Teller效应的两个电子态），一起算更准。

一些光谱实验关心很多激发态，必须要把十几个甚至几十个根做平均。平均的波函数对每个态都不是最优的，但是一般来说，能量误差可以接受（价电子激发态的情况下），而电子态的性质（如偶极矩）会比较差。所以偶极矩计算最好用单根或只考虑简并态

作者
Author: wjc404 时间: 2023-1-26 18:38
标题: RE: molcas终于开源了！
本帖最后由 wjc404 于 2023-1-26 18:41 编辑

GASPT2当时有研究文章，不过现在的OpenMolcas貌似不支持。在用RASSCF程序做GASSCF计算后，运行到CASPT2程序，在波函数识别阶段就出错。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-1-26 20:17
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-1-26 20:19 编辑

wjc404 发表于 2023-1-26 18:38
GASPT2当时有研究文章，不过现在的OpenMolcas貌似不支持。在用RASSCF程序做GASSCF计算后，运行到CASPT2程序 ...

这些年OpenMolcas代码里不支持GASPT2，到现在也没有什么使用的必要了。活性空间大一点的话，有DMRG-PDFT，DMRG-CASPT2或DMRG-NEVPT2方法，其中DMRG-NEVPT2可以用PySCF+Block或OpenMolcas+QCMaquis做计算，更不用提还有selected CI和af-FCIQMC方法。感觉方法开放给大众的时机一旦错过了，就很容易被埋入历史的尘埃了。

作者
Author: beefly 时间: 2023-1-26 20:30
本帖最后由 beefly 于 2023-1-26 20:32 编辑

wjc404 发表于 2023-1-26 18:38
GASPT2当时有研究文章，不过现在的OpenMolcas貌似不支持。在用RASSCF程序做GASSCF计算后，运行到CASPT2程序 ...

早先的Molcas一直有个bug：用小活性空间CASSCF产生的JobIph格式波函，用于大活性空间CASSCF/RASSCF/GASSCF初猜，然后再做大活性空间CASPT2/RASPT2/GASPT2就会出现读取错误，可能就是你说的这个问题。这个bug直到2021年还有，不知道后来修复了没有，不过可以绕过去。解决方法是用Lumorb关键词，通过RasOrb格式的文本文件传递波函数。

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